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基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ基因的山东省济宁市三带喙库蚊种群遗传多样性分析

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中国血吸虫病防治杂志 2024年第5期36卷 466-473页

作者：张也臧传慧潘晓公茂庆刘宏美山东第一医科大学附属消化病医院、山东省寄生虫病防治研究所、山东第一医科大学(山东省医学科学院) 山东济宁272033

目的了解山东省济宁市三带喙库蚊适应不同环境生态的遗传基础,为其种群结构或隔离模式研究提供参考。方法2023年6—8月,选择山东省济宁市城市、城郊及农村地区的7个采样点,采用诱蚊灯法采集蚊虫。对所采集的成蚊进行形态学鉴定,提取单... 详细信息

目的了解山东省济宁市三带喙库蚊适应不同环境生态的遗传基础,为其种群结构或隔离模式研究提供参考。方法2023年6—8月,选择山东省济宁市城市、城郊及农村地区的7个采样点,采用诱蚊灯法采集蚊虫。对所采集的成蚊进行形态学鉴定,提取单只三带喙库蚊雌蚊基因组DNA,采用PcR法对细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,cOI)基因进行扩增、测序,并进行分子鉴定。使用DnaSP 6软件统计不同地区三带喙库蚊DNA序列的单倍型数量、单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)、序列间核苷酸差异的平均数量(average number of nucleotide differences,K)等指标,并进行中性检验。使用Arlequin 3.5.2软件计算种群固定指数(fixation index,FST)、基因流(number of migrants,Nm),并进行分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)。使用PopART和MEGA 11软件分别绘制种群单倍型网络图和系统进化树。结果从济宁市7个采样点采集的三带喙库蚊样本cOI基因中成功扩增出420条序列,获得长度为603 bp的基因片段序列,其中有55个可变位点和46个单倍型,无插入和缺失突变。46个单倍型中,H01为优势共享单倍型,单倍型频率从城市地区(34.00%)向农村地区(47.00%)递增。城郊、城市、农村地区三带喙库蚊cOI基因平均Hd、Pi值和K值分别为0.814、0.024、14.129,0.489、0.016、7.941和0.641、0.016、10.393;城郊地区三带喙库蚊种群多样性最高,城市地区种群多样性最低。不同类型采样点之间的配对FST分析表明,城市地区与城郊地区FST平均值为0.029,其种群间交流更为频繁。AMOVA分析结果表明,济宁市三带喙库蚊群体内变异百分比(95.74%)高于群体间变异(4.26%)。中性检验结果表明,7个采样点中仅南阳镇采集的三带喙库蚊种群偏离中性(Tajima's D=2.793,Fu's Fs=6.429,P均cOI基因错配分布图曲线呈双峰或多峰,表明种群整体数量相对较稳定。结论线粒体cOI基因可作为研究三带喙库蚊种群遗传多样性的分子标志。济宁市城郊地区三带喙库蚊种群遗传多样性高于农村和城市地区,城市和城郊地区三带喙库蚊种群间频繁发生遗传交换。

关键词：三带喙库蚊细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 种群多样性遗传多样性济宁市

益气活血中药复方对cVB_3大鼠心肌细胞感染模型细胞色素c氧化酶亚基ⅰ、Ⅱ表达的影响

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中国中医基础医学杂志 2010年第12期16卷 1110-1112页

作者：张明雪曹洪欣车红花何伟顾平辽宁中医药大学附属医院辽宁沈阳110032 中国中医科学院北京100700

目的:研究益气活血中药复方调控cVB3大鼠心肌细胞感染模型细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cytochromec oxidase subunitⅠ)及细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ(cytochrome c oxidase subunitⅡ)表达的作用机制。方法:本实验用Wistar大鼠心肌细胞建立柯萨... 详细信息

目的:研究益气活血中药复方调控cVB3大鼠心肌细胞感染模型细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cytochromec oxidase subunitⅠ)及细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ(cytochrome c oxidase subunitⅡ)表达的作用机制。方法:本实验用Wistar大鼠心肌细胞建立柯萨奇病毒B3(cVB3)感染模型,通过改良的抑制性消减杂交技术(SSH),克隆受cVB3攻击的宿主细胞中被中药(益气活血中药复方)调控的基因。结果:细胞色素c氧化酶亚基ⅰ、Ⅱ在中药组中呈高表达,病毒组中表达减弱或被抑制。结论:益气活血中药复方能够影响受cVB3攻击的宿主细胞色素c氧化酶亚基ⅰ、Ⅱ的表达,有效保护心肌,阻断病程进度,实现治疗病毒性心肌炎的目的。

关键词：病毒性心肌炎益气活血中药复方抑制性消减杂交技术细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ

基于细胞色素c氧化酶亚基ⅰ序列位点特异性聚合酶链反应鉴别鹿茸及其伪品

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世界中医药 2020年第10期15卷 1381-1385页

作者：杨重晖尹程程宋文博荆礼陈昊媛杨洋李芳宇刘莉赵大庆齐滨长春中医药大学人参科学研究院长春130117 长春中医药大学药学院长春130117 长春中医药大学创新实践中心长春130117

目的:基于细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)序列建立一种新的PcR鉴定方法,以快速鉴别出梅花鹿、马鹿茸片与驯鹿茸片。方法:采集不同来源的鹿茸片共60批。通过比较梅花鹿、马鹿与驯鹿等其他伪品的cOⅠ基因序列差异,根据SNP鉴别位点设计梅花... 详细信息

目的:基于细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)序列建立一种新的PcR鉴定方法,以快速鉴别出梅花鹿、马鹿茸片与驯鹿茸片。方法:采集不同来源的鹿茸片共60批。通过比较梅花鹿、马鹿与驯鹿等其他伪品的cOⅠ基因序列差异,根据SNP鉴别位点设计梅花鹿茸、马鹿茸同驯鹿茸的鉴别引物cne-F、Rt-F、co-R,并对影响聚合酶链反应(PcR)结果的主要因素变性时间、退火温度、退火时间、延伸时间等进行方法学考察和优化。结果:该实验构建的双位点特异PcR鉴别体系,基于cOⅠ的鉴别位点,可通过PcR扩增获得294 bp的梅花鹿、马鹿特异片段,而产生514 bp的驯鹿特异片段,伪品及阴性对照无条带。结论:该实验建立对梅花鹿、马鹿及驯鹿等其他伪品鹿茸的PcR鉴别方法简便、可靠。

关键词：鹿茸细胞色素c氧化酶亚基ⅰ DNA 位点特异性聚合酶链反应分子鉴定

日本血吸虫线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因的克隆与初步分析

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中南民族大学学报（自然科学版） 2009年第2期28卷 36-40页

作者：陈鹏陈强袁媛陈思礼中南民族大学生命科学学院武汉430074 武汉大学第二临床学院武汉430071

目的:了解日本血吸虫湖北株细胞色素c氧化酶亚基(mt co)基因的生物学特性.方法:以日本血吸虫湖北株成虫基因组总DNA为模板,设计特异性引物应用降落PcR扩增、纯化基因片段后连接、转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆、测序并与NcBI数据库中... 详细信息

目的:了解日本血吸虫湖北株细胞色素c氧化酶亚基(mt co)基因的生物学特性.方法:以日本血吸虫湖北株成虫基因组总DNA为模板,设计特异性引物应用降落PcR扩增、纯化基因片段后连接、转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆、测序并与NcBI数据库中的核酸序列进行同源性比对分析,利用蛋白质分析软件分析该序列编码蛋白的相关生物学特性.结果:克隆序列的结果表明co基因全长1 581 bp,编码526个氨基酸;编码蛋白的等电点为6.28,相对分子量为59 KDα,具有一个细胞色素c氧化酶亚基的核心保守结构域.结论:日本血吸虫湖北株co基因与其他地理株具有较高的同源性.

关键词：日本血吸虫细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 克隆序列分析

9种蚊虫细胞色素c氧化酶亚基ⅰ基因的分子进化分析

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中国媒介生物学及控制杂志 2017年第6期28卷 530-534页

作者：郭秀霞程鹏刘丽娟史琦琪王海防张崇星王怀位公茂庆山东省医学科学院山东省寄生虫病防治研究所山东省医药卫生媒介生物学重点实验室山东济宁272033

目的分析常见的9种蚊虫线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(mtDNA-cOⅠ)基因序列特征,了解其分子系统进化关系。方法 2016年采用人饵帐诱捕法在济宁市北湖地区采集蚊虫,经实验室种类鉴定后,提取淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊... 详细信息

目的分析常见的9种蚊虫线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(mtDNA-cOⅠ)基因序列特征,了解其分子系统进化关系。方法 2016年采用人饵帐诱捕法在济宁市北湖地区采集蚊虫,经实验室种类鉴定后,提取淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊和黄色轲蚊的DNA,PcR扩增mtDNA-cOⅠ基因并测序。在GenBank中进行同源性比对,采用Bioedit 7.0软件及DNAman软件对测序结果进行比对分析,通过DNAStar、clustal X 1.81和Mega 6.0软件分析序列特征、颠换率、分化年代并构建系统进化树,探讨系统发生关系。结果 9种蚊虫的mtDNA-cOⅠ基因成功扩增并测序,获得长度均为528 bp的基因片段,(A+T)含量为65.72%～69.32%,有375个保守位点,153个变异位点,104个简约信息位点,49个单态位点。不同蚊种间的颠换率为3.409%～9.470%,分化年代为1.482×10~6a～4.117×10~6a。不同蚊种间序列同源性为84.28%～92.94%。系统进化关系显示,所有蚊虫的cOⅠ基因分子鉴定与形态学鉴定一致,同属间聚集,不同蚊种为独立分支。结论 mtDNA-cOⅠ基因可用于蚊虫属和种的区分,为蚊虫的分子鉴定提供科学依据。

关键词：蚊虫线粒体DNA 细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 分子进化

宁夏部分地区不同蚊种细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cOI)基因序列分析

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中华卫生杀虫药械 2017年第4期23卷 373-375页

作者：韩坤吴忠兰兰策介张术斌高建炜宁夏回族自治区疾病预防控制中心宁夏银川750004 无锡市疾病预防控制中心江苏无锡214023

目的了解宁夏部分地区蚊虫种类组成和不同蚊种细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cOI)基因特征和蚊虫分子系统进化关系。方法对宁夏银川市、石嘴山市、吴忠市和青铜峡市的三带喙库蚊、里海伊蚊、淡色库蚊和八代按蚊4种蚊种cOI基因序列进行扩增、测序... 详细信息

目的了解宁夏部分地区蚊虫种类组成和不同蚊种细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cOI)基因特征和蚊虫分子系统进化关系。方法对宁夏银川市、石嘴山市、吴忠市和青铜峡市的三带喙库蚊、里海伊蚊、淡色库蚊和八代按蚊4种蚊种cOI基因序列进行扩增、测序,在Gen Bank中对所测序列进行相似性比对,分析基因特征、颠换率、遗传距离,利用Mega 7.0软件构建分子系统树。结果本研究中相似性比对结果,其他蚊虫分别与其同种蚊虫的相似性均达到94%~99%,cOI基因序列扩增长度为417 bp左右,Gc含量为29.4%~31.5%,种间颠换率为5.80%~13.81%,种间遗传距离为0.121~0.160。结论 cOI基因具有种间特异性,可作为不同蚊种分类鉴别的参考依据。

关键词：蚊虫细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 序列分析

基于毛细管凝胶电泳与DNA条形码技术鉴别可食用动物内脏掺假方法的研究

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食品工业科技 2023年第15期44卷 329-336页

作者：励炯吴琼江海扈明洁金朦娜闫金花杭州市食品药品检验研究院浙江杭州310017

建立并优化了使用基于DNA条形码技术对可食用内脏制品中包括猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、兔7种常见动物源成分进行掺假鉴别的方法。用生理盐水清洗和真空冷冻干燥预处理后的内脏样品,经DNA提取扩增后,扩增产物经毛细管凝胶电泳分析系统进... 详细信息

建立并优化了使用基于DNA条形码技术对可食用内脏制品中包括猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、兔7种常见动物源成分进行掺假鉴别的方法。用生理盐水清洗和真空冷冻干燥预处理后的内脏样品,经DNA提取扩增后,扩增产物经毛细管凝胶电泳分析系统进行确认,克隆测序结果提交本地数据库Viscera进行比对,同时筛选出适合7种动物源内脏DNA扩增的通用引物cOI-A,优化DNA模板量和退火温度,验证考察了19个可食用内脏掺假模型的最低掺假比例。7种动物的5类内脏的PcR扩增效率均为100%,最佳的DNA模板量和退火温度为2μL和53℃,掺假成分的最低检出比例为5%。本方法灵敏度高,可靠性好,可作为常见可食用动物内脏掺假的有效检测方法。

关键词：毛细管凝胶电泳 DNA条形码内脏细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 掺假

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我国藁杆双脐螺分子溯源研究

中国血吸虫病防治杂志 2024年第3期36卷 272-278,285页

作者：段磊屈磊郭云海顾文彪吕山张仪周晓农中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心)、国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室、WHO热带病合作中心、科技部国家级热带病国际联合研究中心上海200025 复旦大学生命科学学院上海200438 上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院上海200025

目的了解我国藁杆双脐螺来源,为我国曼氏血吸虫病流行风险评估和双脐螺控制提供依据。方法选择我国深圳市观澜河,大沙河,深圳水库,葵涌河上、下游,新圳河作为采样点,每个采样点采集10个双脐螺样本,提取螺样本基因组DNA。自南美洲巴西米... 详细信息

目的了解我国藁杆双脐螺来源,为我国曼氏血吸虫病流行风险评估和双脐螺控制提供依据。方法选择我国深圳市观澜河,大沙河,深圳水库,葵涌河上、下游,新圳河作为采样点,每个采样点采集10个双脐螺样本,提取螺样本基因组DNA。自南美洲巴西米纳斯吉拉斯州、帕拉州、联邦区、伯南布哥州、圣保罗州的5个采样点获得15个藁杆双脐螺DNA样本。对上述DNA样本的细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,cOI)和线粒体16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)基因进行扩增和测序。同时,从GenBank中下载藁杆双脐螺cOI和16S rRNA基因序列,并获取其采样点信息。将所有基因序列进行比对并构建进化树,分析我国和南美洲双脐螺样本的遗传相似度和谱系进化关系。结果从我国双脐螺样本中共获得60个长度为529 bp的cOI序列,其中3个为单倍型。从GenBank中获得165条藁杆双脐螺cOI序列,与上述60条序列比对后,共获得33个单倍型。进化树分析显示,采自我国的双脐螺3个单倍型聚在一支,其中单倍型china11与GenBank中获得的来自巴西的3个样本属于同一单倍型。地理进化分析结果显示,巴西东部沿海3个采样点的样本有与我国china11相同的单倍型,另2个采样点的样本与china11亲缘关系较近。扩增我国双脐螺样本16S r DNA基因,共获得60条长度约为322 bp的序列和2个单倍型。从GenBank中获得70条藁杆双脐螺16S rDNA序列。系统进化树分析显示,我国双脐螺样本聚为一支,其中单倍型china64与来自巴西的229BS为同一单倍型。将GenBank中获取的来自巴西南部25个采样点的49个藁杆双脐螺16S r DNA序列纳入分析,发现其中3个采样点的藁杆双脐螺与我国china64有相同的单倍型。综合分析藁杆双脐螺cOI和16S rRNA的地理系统进化关系,发现仅巴西东部沿海地带样本与我国双脐螺样本在两个基因片段序列上具有相同单倍型。结论我国双脐螺为藁杆双脐螺,遗传多样性较低,与来自巴西东部沿海地区的样本遗传学相似度很高,可能来源于巴西东部沿海地区。

关键词：藁杆双脐螺曼氏血吸虫分子溯源线粒体16S核糖体RNA 细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 中国巴西

基于cOⅠ的褐云玛瑙螺广州管圆线虫系统进化分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2023年第6期41卷 756-759页

作者：高澜琳谢汉国林陈鑫江典伟蔡武卫郑丹福建省疾病预防控制中心福建省人兽共患病研究重点实验室福州350012

对福州褐云玛瑙螺感染的广州管圆线虫进行遗传进化分析,并探讨其与5大洲地区广州管圆线虫分离株间的系统进化关系。在福州市市区各大公园、市民居住地附近的垃圾场、草丛和菜地等环境,采集褐云玛瑙螺,匀浆法收集广州管圆线虫Ⅲ期幼虫并... 详细信息

对福州褐云玛瑙螺感染的广州管圆线虫进行遗传进化分析,并探讨其与5大洲地区广州管圆线虫分离株间的系统进化关系。在福州市市区各大公园、市民居住地附近的垃圾场、草丛和菜地等环境,采集褐云玛瑙螺,匀浆法收集广州管圆线虫Ⅲ期幼虫并进行形态学鉴定。提取幼虫DNA,PcR扩增细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)序列,测序后在GenBank数据库中进行BLAST比对。采用MEGA软件,以血管圆线虫为外群,用邻接法构建基于广州管圆线虫cOⅠ序列的系统进化树。共采集褐云玛瑙螺103只,19只感染广州管圆线虫Ⅲ期幼虫,感染率为18.4%。检获广州管圆线虫Ⅲ期幼虫1081条。PcR扩增条带长450 bp。BLAST比对结果显示,本研究获得的cOⅠ序列与福建连江广州管圆线虫(GenBank登录号:AB684364.1)的序列一致性为98.2%。系统进化树分析结果显示,本研究获得的序列与福建分离株的序列聚在一个进化分支上,再与来自北美洲(GenBank登录号:MH069731.1)、南美洲(GenBank登录号:MW390969.1)、大洋洲(GenBank登录号:KU532144.1)和欧洲(GenBank登录号:MN227185.1)的参比序列聚为一个分支。福州广州管圆线虫分离株仍属于亚洲地理株,遗传分化稳定。

关键词：褐云玛瑙螺广州管圆线虫细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 序列分析系统进化