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北京黑猪FUBP3和USP43基因多态性与眼肌面积性状的关联分析

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畜牧兽医学报 2022年第12期53卷 4197-4206页

作者：侯任达张润牛乃琪杨曼黄晓宇李慧慧张龙超中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193 山西农业大学动物科学学院晋中030801

旨在研究上游远端元件结合蛋白3(far upstream element binding protein 3,FUBP3)及泛素特异性蛋白酶43(ubiquitin specific protease 43,USP43)基因多态性与北京黑猪眼肌面积性状的关系,从而在分子水平指导北京黑猪的育种工作。本研究... 详细信息

旨在研究上游远端元件结合蛋白3(far upstream element binding protein 3,FUBP3)及泛素特异性蛋白酶43(ubiquitin specific protease 43,USP43)基因多态性与北京黑猪眼肌面积性状的关系,从而在分子水平指导北京黑猪的育种工作。本研究选取408头北京黑猪收集眼肌面积性状数据并采集肉样提取DNA,根据FUBP3和USP43基因序列设计43对引物进行PCR扩增及测序,运用DNAstar软件分析测序结果,对FUBP3和USP43基因不同基因型与北京黑猪眼肌面积性状进行关联分析并运用荧光定量PCR对两基因进行基因表达差异分析。在FUBP3基因启动子区共有8个突变,其中rs701769847G>A与5~6肋眼肌面积和最后肋眼肌面积均关联显著(PG仅与5~6肋眼肌面积关联显著(PC、rs339464012T>C和rs326069041T>C只与最后肋眼肌面积关联显著(PA位点GG型个体的FUBP3基因mRNA水平显著低于AA型个体(PT和剪切区的rs323463345G>A均只与最后肋眼肌面积关联显著(PA中GG型个体和AA型个体的USP43基因mRNA水平差异不显著。上述两基因中共有两个位点与5~6肋眼肌面积性状关联显著(P眼肌面积性状关联显著(P眼肌面积性状变异的候选基因功能位点,也可以作为潜在的眼肌面积性状分子标记。

关键词：北京黑猪 FUBP3 USP43 眼肌面积

大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的加权一步法全基因组关联分析

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畜牧兽医学报 2023年第4期54卷 1403-1414页

作者：吴骏蔡晓钿林清钟展明叶浩强魏趁徐志婷吴细波司景磊张哲李加琪华南农业大学动物科学学院广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室国家生猪种业工程技术研究中心广州510642 广西桂垦牧业有限公司南宁530022

旨在使用加权一步法全基因组关联分析方法,充分利用群体的表型、系谱和基因型信息,探索与大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚相关的候选基因。本研究收集21754头大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的表型记录数据,其中基因型数据个体... 详细信息

旨在使用加权一步法全基因组关联分析方法,充分利用群体的表型、系谱和基因型信息,探索与大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚相关的候选基因。本研究收集21754头大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的表型记录数据,其中基因型数据个体共1259头。通过方差分析和加权一步法全基因组关联分析,确定性状显著相关的数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)。并进行基因注释、GO(gene ontology)功能和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。计算结果表明,大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的遗传力分别为0.4506±0.0173、0.4968±0.0174和0.4758±0.0172。利用加权一步法全基因组关联分析,定位到与眼肌面积显著相关的候选QTL区域10个,与估计瘦肉率显著相关的候选QTL区域8个,与背膘厚显著相关的候选QTL区域12个。后续基因注释、GO功能和KEGG通路富集分析显示,与眼肌面积相关的候选基因36个,共富集到7个条目;与估计瘦肉率相关的候选基因29个,共富集到2个条目;与背膘厚相关的候选基因41个,共富集到11个条目。分析这些条目中所包含的基因,结果显示其中部分候选基因与生长发育、肌肉脂肪和骨骼发育有关。如ADAL基因影响脂肪细胞分化等活动;FGF 9基因被报道参与骨骼发育等过程。本研究通过加权一步法关联分析定位到与大白猪生长性状相关的重要候选基因,结果扩展了大白猪生长性状的相关研究,并为今后该品种生长性状的基因组遗传改良提供重要分子标记。

关键词：大白猪眼肌面积估计瘦肉率背膘厚加权一步法全基因组关联分析

哈萨克羊不同杂交组合羔羊背膘厚度和眼肌面积等肉用性状的比较分析

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中国畜牧杂志 2023年

作者：何鹏飞梁龙巴音花贺鑫李佳莹贺三刚李文蓉新疆畜牧科学院生物技术研究所新疆农业大学动物科学学院

本研究旨在通过比较哈萨克羊与特克赛尔羊不同杂交组合后代羔羊肉用性状，筛选出早期产肉性能好、增重显著的杂交组合，为确定最优横交固定模式、加快哈萨克羊肉用新类型培育提供理论依据。选用以纯种特克赛尔羊为父本、哈萨克羊为母本... 详细信息

本研究旨在通过比较哈萨克羊与特克赛尔羊不同杂交组合后代羔羊肉用性状，筛选出早期产肉性能好、增重显著的杂交组合，为确定最优横交固定模式、加快哈萨克羊肉用新类型培育提供理论依据。选用以纯种特克赛尔羊为父本、哈萨克羊为母本杂交获得的4种杂交组合(即级进特哈F2×哈萨克羊、级进特哈F2×特哈F1、特哈F1×级进特哈F2和纯种特克赛尔羊×特哈F1)后代为研究对象，利用B超测定了4个杂交组合762只6月龄羔羊的背膘厚度、眼肌深度及眼肌面积，比较了4个杂交组合羔羊上述性状的差异；分析羔羊上述性状与体重之间的相关性，建立了体重与各肉用性状间的趋势方程；利用Gompertz模型，对4个杂交组合羔羊日龄在100 d、150 d、180 d、210 d 4个生长阶段的体重进行校正，将同一日龄的体重分别代入预测方程对背膘厚度等3个肉用性状进行预测。在日龄100 d时，F2×F1组合羔羊具有背膘厚度较薄且眼肌深度和眼肌面积较大的特点，为最优组合。在日龄150 d后最优杂交组合公羔为纯特×F1，母羔为F2×F1组合。出栏体重在45 kg之前，F2×F1组合羔羊肉用性状较优，出栏体重在45 kg之后，纯特×F1组合羔羊肉用性状较优。本研究对哈萨克羊与特克赛尔羊杂交后代的选育和生产提供了重要依据。

关键词： 6月龄羔羊背膘厚眼肌深度眼肌面积 B超活体测定

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猪眼肌面积的全基因组关联分析

黑龙江畜牧兽医 2023年第23期 41-46,133页

作者：杨凯张瑞琪卢倬达李克标郭猛朱晓萍赵云翔佛山科学技术学院生命科学与工程学院广东佛山528231 广西扬翔股份有限公司广西贵港537100

为了研究杜洛克猪和杜长大猪校正115 kg眼肌面积(corrected loin eye area at 115 kg)的遗传参数及相关的候选基因,试验收集2783头杜洛克猪和2424头杜长大猪的LEA115数据,使用Gene Seek GGP 50K芯片对杜洛克猪与杜长大猪进行基因分型。... 详细信息

为了研究杜洛克猪和杜长大猪校正115 kg眼肌面积(corrected loin eye area at 115 kg)的遗传参数及相关的候选基因,试验收集2783头杜洛克猪和2424头杜长大猪的LEA115数据,使用Gene Seek GGP 50K芯片对杜洛克猪与杜长大猪进行基因分型。对杜洛克猪的基因型数据进行质量控制,去除个体基因型检出率<0.95的样品,去除单核苷酸多态性(single-nucleotide pdymorphism,SNP)基因型检出率<0.99、最小等位基因频率<0.05、哈代-温伯格平衡检验P值<1×10^(-6)的SNP位点;对杜长大猪不进行哈代-温伯格平衡检验,其余质量控制条件同杜洛克猪。利用ASReml软件对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行遗传参数估计,使用rMVP软件包提供的FarmCPU(fixed and random model circulating probability unification)模型对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),筛选显著的SNP位点,在显著SNP位点上下游500 kb范围内挖掘潜在候选基因。通过NCBI和Animal QTL等数据库最终鉴定出杜洛克猪和杜长大猪LEA115的候选基因。结果表明:杜洛克猪和杜长大猪的LEA115均为低等遗传力,分别为0.13和0.09。与杜洛克猪LEA115显著相关的显著SNP位点有11个,分布在5,6,7,8,13,14,15,16号染色体上;与杜长大猪LEA115显著相关的SNP位点有10个,分布在1,2,6,7,8,9,13号染色体上。KLHL21、NUDT3、PACSIN1、SPDEF、SNRPC、ANKS1A、ENSSSCG00000043323、CHCHD6基因可作为杜洛克猪LEA115的候选基因;ENSSSCG00000052059、SLC39A7、ABHD4基因可作为杜长大猪LEA115的候选基因。说明与猪LEA115显著相关的SNP位点和候选基因为猪LEA115的标记辅助选择提供了分子遗传标记。

关键词：杜洛克猪杜长大猪眼肌面积全基因组关联分析(GWAS) 候选基因

成年草原短尾羊超声眼肌面积、背膘厚与体重、体尺的相关分析及回归分析

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黑龙江畜牧兽医 2023年第22期 63-68页

作者：奇寅刘及东张志超段子渊呼伦贝尔学院生态建设与绿色发展研究中心内蒙古呼伦贝尔021008 呼伦贝尔学院农学院内蒙古呼伦贝尔021008 中国科学院遗传与发育生物学研究所北京100101 中国科学院大学北京100049

为了探究草原短尾羊眼肌面积和背膘厚与体重、体尺指标的关系,试验采用超声检测技术对1115只成年草原短尾羊(公羊103只、母羊1012只)的眼肌面积(Y_(1))和背膘厚(Y_(2))进行了测定,同时测量了体重(X_(1))和体尺指标[体长(X_(2))、体高(X_... 详细信息

为了探究草原短尾羊眼肌面积和背膘厚与体重、体尺指标的关系,试验采用超声检测技术对1115只成年草原短尾羊(公羊103只、母羊1012只)的眼肌面积(Y_(1))和背膘厚(Y_(2))进行了测定,同时测量了体重(X_(1))和体尺指标[体长(X_(2))、体高(X_(3))、胸深(X_(4))、胸围(X5)、胸宽(X_(6))、管围(X_(7))、腰角宽(X_(8))],对上述指标进行相关分析,并以体重和体尺指标为自变量、眼肌面积和背膘厚指标为因变量进行了逐步回归分析,建立了多元回归方程,结合通径分析剖析体重和体尺指标对眼肌面积和背膘厚指标的直接与间接作用。结果表明:草原短尾羊母羊的体重、体尺指标与眼肌面积和背膘厚均呈极显著正相关(P眼肌面积和背膘厚呈极显著正相关(P眼肌面积均呈极显著正相关(P眼肌面积和背膘厚影响最大的是体重,其次是腰角宽;草原短尾羊公母羊眼肌面积与体重、体尺指标的最优线性回归方程分别为Y_(1)=2324.163+29.512X_(1)-42.449X_(4)-43.696X_(8)和Y_(1)=-301.896+9.420X_(1)+32.620X_(7)+22.435X_(8)-18.810X_(6)+3.417X5;公母羊背膘厚与体重、体尺指标的最优线性回归方程分别为Y_(2)=-1.517+0.111X_(1)和Y_(2)=-4.636+0.035X_(1)+0.134X_(8)+0.038X_(2)+0.034X5-0.046X_(4)。说明体重和腰角宽、胸围和管围等体尺性状对草原短尾羊眼肌面积和背膘厚指标具有较好的预测作用。

关键词：眼肌面积背膘厚体重体尺相关分析逐步回归分析

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数字图像法测定绵羊眼肌面积的应用研究

黑龙江畜牧兽医 2022年第18期 52-55页

作者：张志峰贺三刚孙亚伟南阳师范学院生命科学与农业工程学院河南南阳473061 新疆畜牧科学院生物技术研究所河南南阳473061

为了建立一种快速、准确的绵羊眼肌面积测定方法,试验以102只8月龄特克塞尔羊×阿勒泰羊的横交F2代为研究对象,将其眼肌横断面轮廓描绘在硫酸纸上,以求积仪法作为对照组,公式法(采用0.70,0.73,0.79三个系数,即公式法1、公式法2、公式法3... 详细信息

为了建立一种快速、准确的绵羊眼肌面积测定方法,试验以102只8月龄特克塞尔羊×阿勒泰羊的横交F2代为研究对象,将其眼肌横断面轮廓描绘在硫酸纸上,以求积仪法作为对照组,公式法(采用0.70,0.73,0.79三个系数,即公式法1、公式法2、公式法3)、称重法及本试验所建的数字图像法为处理组,将各组眼肌面积的平均值和组间差值绝对值的平均值进行比较,并将上述眼肌面积测定方法进行相关性分析。结果表明:处理组中公式法3、称重法和数字图像法测定的眼肌面积与对照组差异不显著(P>0.05),而公式法1和公式法2极显著低于对照组(P眼肌面积与对照组的差值绝对值的平均值从大到小排序依次为公式法1>公式法2>公式法3>称重法>数字图像法。公式法、称重法、数字图像法测定的眼肌面积与求积仪法均极显著相关(P称重法>公式法。说明数字图像法是一种简单、快速、准确、可靠的绵羊眼肌面积测定方法。

关键词：眼肌面积绵羊测定方法数字图像法求积仪法称重法公式法

基于GWAS和RNA-seq的北京黑猪眼肌面积候选基因筛选及鉴定

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基于GWAS和RNA-seq的北京黑猪眼肌面积候选基因筛选及鉴定

作者：侯任达中国农业科学院

学位级别：硕士

北京黑猪是20世纪60年代由大白、巴克夏和中国地方猪种杂交形成的地方猪种,有着丰富的遗传背景,是在中国北方市场占重要地位的优质猪种。通脊是猪肉价值最高的产品之一,有报道显示眼肌面积与产肉量的相关系数为0.515,说明眼肌面积是一... 详细信息

北京黑猪是20世纪60年代由大白、巴克夏和中国地方猪种杂交形成的地方猪种,有着丰富的遗传背景,是在中国北方市场占重要地位的优质猪种。通脊是猪肉价值最高的产品之一,有报道显示眼肌面积与产肉量的相关系数为0.515,说明眼肌面积是一种重要的产肉性状。但目前为止在北京黑猪中调控眼肌面积的主要基因还未见报道,是北京黑猪瘦肉产量的分子育种限制因素。全基因组关联分析(GWAS)和RNA-seq差异分析现在是目前普遍采用的筛选调控性状关键基因的重要方法。在本研究中,我们针对北京黑猪的实际生产需要,通过GWAS并联合RNA-seq差异分析,探索影响北京黑猪眼肌面积性状的关键调控基因和候选功能突变位点。此外,我们初步阐述了北京黑猪眼肌面积性状的调控机制,从而为北京黑猪将来的眼肌面积分子设计育种提供理论依据。本研究通过硫酸纸对650头210±40日龄北京黑猪最后肋处的眼肌进行描绘并通过像素法计算其眼肌面积,随后使用50K芯片数据通过EMMAX进行北京黑猪群体眼肌面积性状GWAS。经过质量控制后,共有35401个SNP用于进一步分析。使用FDR矫正后的P值作为显著性阈值。在SSC9上累计发现了10个SNPs达到了显著性阈值水平,这些SNPs被定位到一个2.90 Mb(84.94-87.84Mb)的区域。总共有11个带注释的基因被定位在这个区域可作为重要候选基因。它们分别是MEOX2、CRPPA、SOSTDC1、LRRC72、ANKMY2、BZW2、TSPAN13、AGR2、AHR、SNX13和HDAC9。其中MARC0069139位点位于HDAC9启动子中,通过对该位点进行多态性分析发现AA基因型个体的眼肌面积极显著高于GG基因型个体(P眼肌面积性状相关基因,本研究选择了16头210±10日龄北京黑猪,根据其眼肌面积将其分为8个高(H)组及8个低(L)组。其中H组眼肌面积平均值为42.04±3.19cm,L组眼肌面积平均值为24.20±1.48cm。对其16个c DNA文库进行测序,共产生712114178个clean reads,每个样本的平均读数为44507136,平均97.03%的读数被映射到参考基因组。这些结果表明,本研究中的测序数据可用于后续的生物信息学分析。通过RNA-seq差异分析,我们鉴定到329个差异基因(DEG),其中161个上调DEG,168个下调DEG。其中高眼肌面积组北京黑猪群体上调DEGs富集到肌动蛋白丝解聚的正调控、TOR信号传导、磷脂酶D信号通路、Apelin信号通路以及JAK-STAT信号通路等GO条目及信号通路。高眼肌面积组北京黑猪群体下调DEGs富集到肌肉收缩,成纤维细胞生长因子受体信号通路,细胞群增殖的正向调节,转化生长因子β受体信号通路、肌动蛋白细胞骨架重组的调节、Rap1信号通路、PI3K-AKT信号通路、Apelin信号通路、Ras信号通路以及MAPK信号通路等GO条目及信号通路。其中HDAC9基因在GWAS及RNA-seq差异分析中是唯一均被鉴定到的基因,因此HDAC9基因被认为是在北京黑猪中与眼肌面积性状相关的新候选基因。本研究通过GWAS及RNA-seq差异分析的方法,鉴定到与北京黑猪眼肌面积性状显著相关的分子标记及重要的候选基因。该发现可以为眼肌面积性状的分子育种提供分子标记,丰富眼肌面积性状调控机制的分子基础。

关键词：北京黑猪眼肌面积 GWAS RNA-seq

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利用眼肌深度预测猪活体眼肌面积

华中农业大学学报 2018年第4期37卷 126-130页

作者：倪德斌赵书红夏欣胡军勇刘望宏马云龙华中农业大学农业部种猪质量监督检验测试中心(武汉) 武汉430070

采用胴体性状测定方法对286头猪胴体进行测定,采用B超测定方法对357头猪活体进行测定,通过分析286头猪胴体测定数据(宰前活体质量、背膘厚、眼肌深、眼肌宽、瘦肉率等)和357头猪活体测定数据(结测质量、背膘厚、眼肌深、眼肌面积),建立... 详细信息

采用胴体性状测定方法对286头猪胴体进行测定,采用B超测定方法对357头猪活体进行测定,通过分析286头猪胴体测定数据(宰前活体质量、背膘厚、眼肌深、眼肌宽、瘦肉率等)和357头猪活体测定数据(结测质量、背膘厚、眼肌深、眼肌面积),建立胴体与活体2个预测模型并加以验证。结果发现:胴体眼肌深与眼肌面积的相关系数(0.945)高于活体(0.720),胴体模型的决定系数(R2)值(0.894)高于活体模型的R2值(0.519);胴体模型预测值与实测值的散点分布相对一致,而活体模型预测值与实测值的散点分布则较分散;胴体模型预测值与实测值的相关系数为0.497,活体模型为0.672,均为极显著正相关;经t检验,胴体模型预测值与实测值差异不显著,活体模型则差异极显著。本研究结果表明,用眼肌深度预测猪活体眼肌面积是可行的,但预测值的准确性仍需进一步研究。

关键词：猪 B超预测模型眼肌深眼肌面积

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三种测定哈萨克羊眼肌面积的方法比较

草食家畜 2023年第4期 16-21页

作者：罗春彦阿米妮古丽·阿不力孜于丽娟玛尔孜亚·亚森张恺白锋买坎·沙力奴丽曼古丽·阿不拉周喜荣张艳花新疆农业大学动物科学学院乌鲁木齐830052 新疆畜牧科学院畜牧研究所乌鲁木齐830026 农业农村部畜禽资源(羊)评价利用重点实验室乌鲁木齐830026 哈密市伊州区柳树沟乡农业(畜牧业)发展服务中心新疆哈密839003 新疆畜牧科学院畜牧业经济与信息研究所乌鲁木齐830026

【目的】为了寻找准确度高、成本低的眼肌面积测定方法。【方法】试验以随机采样的30只哈萨克羊的眼肌面积为材料,在硫酸纸上描绘出相应轮廓,分别用三种不同方法进行测定,将求积仪法设为对照组,公式法和CAD图像法作为处理组,对各组眼肌... 详细信息

【目的】为了寻找准确度高、成本低的眼肌面积测定方法。【方法】试验以随机采样的30只哈萨克羊的眼肌面积为材料,在硫酸纸上描绘出相应轮廓,分别用三种不同方法进行测定,将求积仪法设为对照组,公式法和CAD图像法作为处理组,对各组眼肌面积的平均值以及组间差值绝对值的平均数进行比较,并计算三种方法测定结果的皮尔逊相关系数。【结果】处理组中CAD图像法与对照组差异不显著(P>0.05),而公式法所得结果极显著低于对照组(P眼肌面积的测定,且CAD图像法在成本上更具优势,可作为求积仪法的替代方法,而公式法测定结果误差大,建议尽量避免使用。

关键词：眼肌面积求积仪法公式法 CAD图像法