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猪业科学 2024年第4期41卷 121-122页

作者：张海峰李景荣何鑫淼王文涛田明陈赫书冯艳忠刘自广吴赛辉汪亮何海娟亓美玉李忠秋李淼刘娣黑龙江省农业科学院畜牧研究所黑龙江哈尔滨150030 黑龙江农业工程职业学院黑龙江哈尔滨150086

猪种质资源是我国生猪产业的“芯片”,但由于受高生长速率和瘦肉率等消费需求因素影响,许多生猪育种者和生产者长期依赖国外引种,约有九成以上种猪来源于国外。大白猪、长白猪和杜洛克猪3个国外引进品种的市场占有率高达90%以上。

关键词：国外引进品种杜洛克猪长白猪国外引种大白猪民猪生猪产业瘦肉率

民猪从头组装(de novo)的基因组序列特征分析

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吉林农业大学学报 2023年第5期45卷 600-608页

作者：张冬杰何鑫淼汪亮刘娣黑龙江省农业科学院畜牧研究所哈尔滨150086 农业农村部种养结合重点实验室哈尔滨150086

利用Hiseq 2000测序平台对1头雌性民猪采用从头组装(de novo)策略,绘制了其完整的基因组序列。测序深度达116.91×,N50 contig为57.3 kb,N50 scaffold为4.91 Mb,最终组装的基因组大小为2.64 Gb。组装的基因组中重复序列共占基因组大小的... 详细信息

利用Hiseq 2000测序平台对1头雌性民猪采用从头组装(de novo)策略,绘制了其完整的基因组序列。测序深度达116.91×,N50 contig为57.3 kb,N50 scaffold为4.91 Mb,最终组装的基因组大小为2.64 Gb。组装的基因组中重复序列共占基因组大小的41.14%,其中占比最多的为长散在重复序列(Long interspersed nuclear elements,LINE),但存在1.22 Mb大小的缺失序列。共发现12079623个单核苷酸多态性(SNP)及1854337个插入缺失突变(InDels),检测到38867个缺失型结构变异(SV)和6867个插入型SV,以及575个倒位(INV)型变异。其中,缺失序列长多为60~300 bp,插入序列长多集中在1~8 bp,90%的插入片段长在1~30 bp。与11个其他猪种比较筛选后,发现民猪存在12个特异的SV位点,这些位点的形成机制以逆转录转座子元件的插入为主。预测到20853个基因,其中20651个基因有功能注释,占预测总数的99.03%。鉴定出22个基因受到正选择,包括与脂类代谢相关的多磷酸肌醇1-磷酸酶(INPP1)和缓激肽受体B1(BDKRB1);与繁殖性状相关的含HORMA结构域的蛋白1(HORMAD1)和核糖体蛋白大亚基8(RPL8);与耐寒性状相关的瞬时性受体电位通道香草酸受体5(TRPV5);与生长性状相关的甲基丙二酰辅酶A表异构酶MCEE和尤因肿瘤相关抗原1(ETAA1)以及与免疫性状相关的环指蛋白31(RNF31)。

关键词：民猪从头组装策略全基因组测序遗传变异正选择

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民猪肠道微生物功能发掘与利用研究进展

饲料工业 2023年第11期44卷 1-7页

作者：石宝明钊阳孙国栋东北农业大学动物科学技术学院

民猪是我国东北地区重要的地方猪种，具有抗病性强、耐寒、抗逆性强等优良特性。民猪独特的肠道微生物群组成与民猪的优良特性紧密相关。将民猪母体粪便微生物移植给受体大白猪仔猪，能够提高其哺乳期免疫球蛋白水平和断奶后小肠黏膜中... 详细信息

民猪是我国东北地区重要的地方猪种，具有抗病性强、耐寒、抗逆性强等优良特性。民猪独特的肠道微生物群组成与民猪的优良特性紧密相关。将民猪母体粪便微生物移植给受体大白猪仔猪，能够提高其哺乳期免疫球蛋白水平和断奶后小肠黏膜中的抗菌肽水平。利用葡聚糖硫酸钠盐（DSS）和脂多糖（LPS）诱导的仔猪炎症模型证明了民猪微生物具有独特的抗炎特性。在慢性冷应激期间，民猪肠道微生物群的响应以及微生物群与肠道黏膜免疫的互作可能是民猪具有较强抗寒能力的原因之一。从民猪肠道微生物群中得到的枯草芽孢杆菌MZ-01、暹罗芽孢杆菌MZ16和贝莱斯芽孢杆菌三种菌株均具有很强的抑菌活性和应用价值。以上表明民猪肠道独特微生物菌群和代谢产物具有十分重要的发掘和利用价值。

关键词：民猪肠道微生物抗病能力抗寒能力生物饲料

民猪与大白猪背最长肌能量代谢关键酶活性研究

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中国畜牧杂志 2022年第8期58卷 121-124页

作者：李忠秋刘春龙吴赛辉张冬杰王文涛何鑫淼田明亓美玉何海娟刘娣黑龙江省农业科学院畜牧研究所农业农村部种养结合重点实验室黑龙江哈尔滨150086 中国科学院东北地理与农业生态研究所黑龙江哈尔滨150081

为了揭示肌纤维类型组成对猪骨骼肌能量代谢酶活性的影响,本实验以民猪和大白猪为研究对象,在比较了民猪和大白猪肌纤维类型组成差异的基础上,采用比色法测定民猪和大白猪背最长肌中能量代谢关键酶乳酸脱氢酶(LDH)、琥珀酸脱氢酶(SDH)... 详细信息

为了揭示肌纤维类型组成对猪骨骼肌能量代谢酶活性的影响,本实验以民猪和大白猪为研究对象,在比较了民猪和大白猪肌纤维类型组成差异的基础上,采用比色法测定民猪和大白猪背最长肌中能量代谢关键酶乳酸脱氢酶(LDH)、琥珀酸脱氢酶(SDH)和苹果酸脱氢酶(MDH)的活性差异。结果表明,民猪氧化型纤维MyHCI型和IIa型含量显著高于大白猪,酵解型纤维MyHCII b型含量显著低于大白猪,民猪有氧代谢酶SDH和MDH活性显著高于大白猪,无氧酵解酶LDH活性显著低于大白猪,这在一定程度上说明民猪与大白猪能量代谢关键酶活性差异的主要因素是骨骼肌纤维类型组成不同。

关键词：民猪大白猪肌纤维类型能量代谢酶活性

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民猪保种群体的遗传基础分析

黑龙江畜牧兽医 2022年第3期 64-67,131页

作者：张冬杰何鑫淼田明王文涛李忠秋李桂伟朱颖刘娣黑龙江省农业科学院畜牧研究所哈尔滨150086 农业农村部种养结合重点实验室哈尔滨150086 黑龙江省农业科学院畜牧兽医分院黑龙江齐齐哈尔161005 黑龙江东北虎林园中国横道河子猫科动物饲养繁育中心哈尔滨150028

为了科学准确地划分现有民猪保种群体的亲缘关系及家系结构,试验采用猪的"中芯一号"育种芯片检测了70头民猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);使用MEGAX(V10.0)和R软件进行公畜样本及全部样本的聚类分析,使用Plin... 详细信息

为了科学准确地划分现有民猪保种群体的亲缘关系及家系结构,试验采用猪的"中芯一号"育种芯片检测了70头民猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);使用MEGAX(V10.0)和R软件进行公畜样本及全部样本的聚类分析,使用Plink(V1.90)和R软件等进行近交系数的计算及因果突变分析,并统计分析影响猪的肉质性状、生长和体型性状、繁殖性状和抗病性性状等11个基因的基因型。结果表明:民猪保种群内的20头公猪可划分为5个血统,49头母猪可分别划入这5个血统,但有1头个体与这5个血统均不存在亲缘关系,而被归为"其他"。群体平均近交系数为0.11,属于中度近交。在因果突变分析中,该群体内氟烷基因和酸肉基因还未得到净化;采食量、抗仔猪腹泻和料肉比的优势等位基因占比较高,但影响多肋骨数和多胸椎数的优势等位基因占比非常低,还有较大的选择空间。说明未来该民猪保种群体要尽量避免近交,考虑引入新的公猪血统,尽快剔除携带有劣势基因型的个体,提升种群的生产性能。

关键词：民猪基因芯片亲缘关系血统因果突变

基于转录组分析不同生长阶段民猪的特异性表达基因与时序特征

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基于转录组分析不同生长阶段民猪的特异性表达基因与时序特征

作者：刘乔东北农业大学

学位级别：硕士

动物生长发育过程中,体重、外形、内脏器官及生长速率等均会发生相应改变。受遗传和环境因素的综合影响,动物生长发育并非匀速,其变化规律一般表现为“S型”生长曲线。根据不同的生长发育阶段和速率变化规律,可将动物整个生长周期划分... 详细信息

动物生长发育过程中,体重、外形、内脏器官及生长速率等均会发生相应改变。受遗传和环境因素的综合影响,动物生长发育并非匀速,其变化规律一般表现为“S型”生长曲线。根据不同的生长发育阶段和速率变化规律,可将动物整个生长周期划分为缓慢生长、快速生长、减速生长以及停滞生长阶段。通过探究动物不同生长发育阶段的关键生理功能和分子调控机制,可为揭示动物生长发育规律以及改良驯化遗传特性等方面提供科学依据,更可为智慧农业家养动物高效生产提供科学指导。民猪是分布于中国东北地区唯一的国家级地方保护猪种,具有抗寒性好、繁殖力高、耐粗饲、肉质优等特点。其中,针对民猪肉质和抗寒特性等优良性状形成分子机制的研究正在不断深入地展开,然而,在改良民猪生长发育缓慢的劣势性状方面仍停留在基础的表型测定水平,调控民猪生长发育的分子机制亟待深入探索。为更好地开发、利用民猪的优良特性、同时改良其劣势性状,本研究以民猪为研究对象,收集1日龄(Day,d)、30d、60d、90d、120d、150d、180d、210d、240d、270d、300d、330d、360d、720d(成体)共14个生长日龄的42份民猪肌肉组织样本,通过转录组测序获得差异表达基因(Differentially expressed gene,DEG),鉴定民猪生长发育的关键转折期,通过加权基因共表达网络分析、时序分析以及基因家族分析挖掘民猪不同生长阶段的核心基因及生物学功能与遗传演化规律,为定向、快速培育民猪配套系新品种提供科学指导。获得研究结果如下:(1)通过对民猪14个日龄肌肉组织转录组测序数据进行差异表达分析,结果表明,在13个相邻日龄组别中共筛选到7849个DEGs。民猪初生(1d)与成体(720d)两个日龄作为民猪生长发育的初始阶段(A阶段)和结束阶段(E阶段),30d～360d之间的12个日龄构成民猪的主要生长发育期,其中,120d与150d、210d与240d之间具有的DEGs及阶段特异DEGs最丰富,结合DEGs层级聚类分析结果发现,30d～120d,150d～210d和240d～360d三个发育阶段具有不同的基因表达模式。因此,将民猪生长发育过程划分为初生期(A阶段,1d)、生长发育前期(B阶段,30d～120d)、生长发育中期(C阶段,150d～210d)、生长发育后期(D阶段,240d～360d)和成体期(E阶段,720d)五个不同的生长阶段。(2)利用加权基因共表达网络分析,联合GO+KEGG+PPI方法以及时序分析综合筛选到民猪主要生长阶段(B、C、D)的核心基因、功能及表达趋势的波动特征,结果表明,民猪B阶段鉴定到12个核心基因RPL35、RPS15、RPS11、RPS2、RPS28、RPL10L、MRPS11、MRPL12、NOP14、NOP58、BYSL、SKIV2L,多属于核糖体和线粒体功能基因,并在B阶段特异性高表达,与民猪生长快速发育、抗逆性增加有关,在不同组织验证中发现RPS11在民猪卵巢高表达,与繁殖密切相关;C阶段筛选到2个核心基因,FBLN1和TNC均与肌肉、骨骼发育密切相关,仅在C阶段表现为低表达水平,表明民猪150d至180d骨骼及肌肉发育缓慢,很可能为民猪发育的减速生长期;D阶段筛选到PLD2、FASN、LPIN3、CPT1B、SNCAIP、PLCB1、PLA2G4B、HRH1、CEBPA、ACAP3共10个核心基因,主要参与动物脂质代谢、沉积过程,并发现与脂肪生成存在正调控关系的基因在该阶段高表达,提示D阶段是民猪提升肌内脂肪含量,形成“雪花肉”的重要阶段。(3)对民猪核糖体蛋白质(Ribosomal Protein,RP)基因家族进行分析,结果表明,斑马鱼、热带爪蟾、家猪和小鼠的种间以及家猪染色体之间的RP基因家族共线性分析显示RPS3A、RPS7、RPS15、RPL4、RPL14、RPL19、RPL21等7个成员存在从水生动物到到哺乳动物的连续共线性关系,而家猪各染色体间不存在共线性关系,表明RP基因在脊椎动物演化历程中具有高度保守性。通过系统发育关系和选择压力分析,发现RPS7和RPS15在不同家猪品种间存在不同程度的遗传分化现象,反映出RP基因在家猪品种驯化过程中可能受到不同程度的人工选择压力作用,其中,民猪相较于其他脊椎动物,RPL7A、RPL23A、RPLP0和RPS4基因存在一定程度的选择放松作用,RPL35、RPL36、RPS2、RPS11、RPS14、RPS15、RPS18和RPS26基因存在强烈的负选择作用(ω≈0.01)。

关键词：民猪生长发育核糖体蛋白家族比较转录组加权基因共表达网络分析时序分析

大白猪与民猪流行性腹泻免疫功能基因及非编码RNAs鉴定

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大白猪与民猪流行性腹泻免疫功能基因及非编码RNAs鉴定

作者：李慧慧中国农业科学院

学位级别：硕士

猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起的一种具有高度传染性的肠道疾病,给养猪业造成了严重损失。目前为止,PEDV的受体未被确定,现有疫苗对其变异毒株的防控作... 详细信息

猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起的一种具有高度传染性的肠道疾病,给养猪业造成了严重损失。目前为止,PEDV的受体未被确定,现有疫苗对其变异毒株的防控作用非常有限,而且仍然缺乏从宿主角度筛选的有效免疫分子标记。本研究以大白猪和民猪为试验材料,旨在通过表型鉴定、转录组学和生物信息学分析、分子生物学实验等技术鉴定PED免疫功能基因和非编码RNAs并初步解析其调控机制。1.猪感染PEDV后表型评价与分析:本研究对12头大白猪和12头民猪(两个品种均分为对照组、感染PEDV后急性死亡组和相对抗性组)的肠道病毒拷贝数、空肠组织切片、血常规指标、血清细胞因子和抗体等表型进行评价和分析,发现各肠段(十二指肠、空肠、回肠、结肠、盲肠、直肠)病毒拷贝数均是对照组猪的肠绒毛完整、肠壁未出血,抗性组肠绒毛出现一定萎缩、肠壁出现一定出血,急性死亡组肠绒毛萎缩严重、肠壁充血严重,肠绒毛长度、隐窝比、ZO-1均是对照组>抗性组>急性死亡组,DAO为急性死亡组>抗性组>对照组(P抗性组>对照组(P民猪中为急性死亡组>对照组>抗性组(P抗性组>对照组(P抗性组>对照组(P猪急性死亡组空肠和直肠内的病毒拷贝数显著高于民猪急性死亡组(P猪各组较民猪各组肠绒毛完整性比例较低,损失比例较大,DAO在大白猪各组中显著高于民猪各组(P猪抗性组中显著高于民猪抗性组,在急性死亡组中显著低于民猪急性死亡组(P猪急性死亡组和对照组中显著高于民猪各组(P猪抗性组和对照组中显著低于民猪各组(P猪各组中显著低于民猪(P猪急性死亡组显著高于民猪急性死亡组,对照组显著低于民猪对照组(P猪各组中显著高于民猪各组(P猪和12头民猪的空肠组织进行转录学分析,共鉴定到表达的PCGs 16,651个、lnc RNAs 9,673个(3,733个已知和5,940个新的)和mi RNAs 986个(348个已知和638个新的)。对两个品种猪的六个组分别进行两两比较的差异分析,共鉴定到差异表达PCGs 9,084个、差异表达lnc RNAs 4,077个和mi RNAs 502个。对差异表达lnc RNAs进行靶基因预测,共鉴定到7,066个差异靶基因。对差异表达mi RNAs进行靶基因预测,共鉴定到4,075个(Energy80)差异靶基因。根据差异表达lnc RNAs、差异表达mi RNAs与其差异靶基因的关系,构建247个差异表达的lnc RNAmi RNA-PCG的互作关系对,提出与PED免疫相关的384个基因和476个非编码RNAs,它们主要参与NF-kappa B信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、TNF通路、内吞作用、钙信号传导途径、T细胞受体信号传导途径、m TOR信号通路、氧化磷酸化、ECM-受体相互作用、磷酸戊糖途径、糖酵解/葡萄糖生成等通路。3.G6PC3基因抵抗PEDV的功能验证:本研究在小肠上皮细胞(IPEC-J2)上对G6PC3基因进行了干扰,两条si RNAs的干扰效率分别为85.32%和85.92%。通过对PEDV N基因定量检测G6PC3干扰前后细胞中PEDV的复制能力,发现G6PC3可抑制PEDV在IPEC-J2细胞中的繁殖。通过q RT-PCR检测发现G6PC3干扰后能引起糖酵解/葡萄糖代谢通路中基因(ACSS1、ENO1、PKM和PFKL)表达的显著下降,且能引起与免疫相关的细胞因子IL1β、IL6、IL18和IFN-β表达的显著下降。综上,本研究基于构建的大白猪和民猪感染PEDV模型,通过表型评价,提出与猪感染PEDV相关的潜在表型指标Mon%,另外通过空肠转录组学分析提出PED免疫功能基因384个和非编码RNAs 476个。进一步通过功能验证,发现G6PC3基因能促进糖酵解/葡萄糖代谢抑制PEDV在IPEC-J2细胞上的复制。以上研究为PED分子育种提供了标记资源和理论依据,为进一步揭示其机制奠

关键词：大白猪民猪猪流行性腹泻病空肠转录组学 G6PC3基因

ZNF423基因在民猪脂肪细胞分化中的作用研究

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ZNF423基因在民猪脂肪细胞分化中的作用研究

作者：范文博东北农业大学

学位级别：硕士

民猪是东北地方猪种,具有优秀的抗寒能力。因此,深入研究民猪的脂肪细胞分化机制对于挖掘民猪抗寒相关遗传资源,对促进民猪优秀种质资源的保护和利用具有深远意义。ZNF423基因是成脂的关键因子,在脂肪细胞的分化和成熟中不可或缺,但目... 详细信息

民猪是东北地方猪种,具有优秀的抗寒能力。因此,深入研究民猪的脂肪细胞分化机制对于挖掘民猪抗寒相关遗传资源,对促进民猪优秀种质资源的保护和利用具有深远意义。ZNF423基因是成脂的关键因子,在脂肪细胞的分化和成熟中不可或缺,但目前它在猪脂肪细胞发育过程中的具体机制尚不清晰,本研究以民猪前脂肪细胞为研究对象,在前脂肪细胞分化和成熟过程中,通过过表达、干扰和miRNA调节ZNF423基因表达的方法,对ZNF423在调控脂肪生成过程中的表达模式和作用进行研究。同时,利用表观遗传试剂5-Aza-Cd R和TSA处理民猪脂肪细胞,研究它们对ZNF423的调控作用及对脂肪生成能力的影响。本研究结果将为深入揭示猪脂肪细胞生成和调控机制提供试验依据。获得主要研究结果如下:(1)冷刺激条件下,民猪背部脂肪、胸部脂肪和颈部脂肪的脂肪生成能力较其他部位脂肪更强,在背部脂肪组织中出现较强的米色脂肪基因表达特征,同时背部脂肪中与脂肪生成和产热相关基因的表达也明显增加。(2)在原代培养的民猪前脂肪细胞中过表达ZNF423后,产热基因和脂代谢基因表达水平升高,米色脂肪标记基因表达水平降低。说明ZNF423具有促进脂肪产热和向白色脂肪细胞分化的功能。(3)在原代培养的民猪前脂肪细胞中干扰ZNF423后,产热基因表达水平升高,脂代谢基因表达水平降低,米色脂肪标记基因表达水平升高,说明干扰ZNF423能抑制脂肪生成,可能促进白色脂肪向米色脂肪转化。(4)成功验证ZNF423是miR-425-5p的靶基因且miR-425-5p能通过对ZNF423负调控模式来影响脂肪和产热生成。(5)成功筛选出在诱导分化0d加入500nmol/L的5-Aza-Cd R和150nmol/L的TSA为最佳的药物浓度和加入时间。表观遗传试剂5-Aza-Cd R能够降低ZNF423基因表达,而TSA则能够提高ZNF423基因表达。它们通过对民猪前脂肪细胞中ZNF423基因的表达影响脂肪生成和代谢。试验结果表明,ZNF423能够参与并影响民猪脂肪细胞的脂肪分化和产热过程,具有抑制脂肪细胞米色化和促进产热的功能。

关键词：民猪脂肪细胞 ZNF423 miRNA 表观遗传

基于背膘厚度构建民猪肌内脂肪含量的预测模型

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黑龙江畜牧兽医 2023年第13期 63-67,135页

作者：刘亚欣何鑫淼刘欣睿秦婕王嘉博王文涛吴赛辉刘娣钟金城西南民族大学、青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省教育部重点实验室成都610041 黑龙江省农业科学院畜牧研究所哈尔滨150086

为了探究不同统计模型预测猪肌内脂肪含量和眼肌面积的可行性,试验利用测定的312头民猪的体重、背膘厚和日龄数据,以岭回归最佳线性无偏估计(ridge regression best linear unbiased prediction,rrBLUP)、贝叶斯B (Bayes B)、随机森林算... 详细信息

为了探究不同统计模型预测猪肌内脂肪含量和眼肌面积的可行性,试验利用测定的312头民猪的体重、背膘厚和日龄数据,以岭回归最佳线性无偏估计(ridge regression best linear unbiased prediction,rrBLUP)、贝叶斯B (Bayes B)、随机森林算法(Random Forest,RF)三种模型来预测民猪肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量和眼肌面积(eye muscle area,EMA),每种模型均采用5倍交叉法和去一法进行验证,比较预测结果以得出预测准确率较好的一种模型。结果表明:两种验证方法中,去一法的预测准确率要明显高于5倍交叉法,但计算效率较慢。在预测肌内脂肪含量的模型中,rrBLUP、Bayes B、RF模型的预测准确率分别为0.639,0.595,0.631,其中rrBLUP模型预测效果较好。在预测眼肌面积的模型中,rrBLUP、Bayes B、RF模型的预测准确率分别为0.618,0.464,0.642,其中RF模型预测效果较好。说明基于体重、日龄和背膘厚测定数据预测民猪IMF和EMA是可行的。

关键词：民猪构建模型肌内脂肪眼肌面积预测准确率岭回归最佳线性无偏估计模型贝叶斯B模型随机森林算法模型

多组学联合分析揭示民猪和约克夏猪结肠微生物群的差异和功能

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多组学联合分析揭示民猪和约克夏猪结肠微生物群的差异和功能

作者：黄晓宇山西农业大学

学位级别：硕士

肠道菌群被认为是调节宿主健康的关键因素之一。不同猪种由于肠道菌群丰富度和均匀度的不同引起其代谢和免疫等方面的差异,进而导致表型的差异。结肠具有内容物停留时间长、营养供给充足、肠蠕动和消化液流动较慢、氧化还原电位低等特点... 详细信息

肠道菌群被认为是调节宿主健康的关键因素之一。不同猪种由于肠道菌群丰富度和均匀度的不同引起其代谢和免疫等方面的差异,进而导致表型的差异。结肠具有内容物停留时间长、营养供给充足、肠蠕动和消化液流动较慢、氧化还原电位低等特点,有利于菌群的定植和繁殖,其菌群的密度最高、种类最丰富。本研究以来自中国农业科学院北京畜牧兽医研究所昌平试验基地的长期生长环境和饲喂条件相同、健康、育肥后期体重接近100 kg的8头民猪和8头约克夏猪为研究对象,统一屠宰后采集结肠内容物进行宏基因组和代谢组学分析,采集结肠组织进行转录组分析。全文结果如下:1、民猪和约克夏猪结肠微生物群的组成存在显著差异(P民猪中显著富集,链球菌属、Vescimonas和宿主关联乳杆菌属等5个属在约克夏猪中显著富集;在物种水平,约翰逊氏乳杆菌、溶木聚糖拟杆菌、脆弱拟杆菌和肠道罗斯拜瑞氏菌等32个物种在民猪中显著富集,解没食子酸盐链球菌、马肠链球菌、巴黎链球菌和小儿链球菌等34个物种在约克夏猪中显著富集。2、民猪和约克夏猪结肠微生物群碳水化合物活性酶谱存在显著差异(P民猪中相对丰度显著增加的酶有CBM57、CE11、GH2、GH29、GH31、GH33、GH35、GH39、GH57、GH63、GH85、GH92和GT106;在约克夏猪中相对丰度显著增加的酶有AA10、CE2、CE14、GH25、GT47和GT58。3、民猪和约克夏猪结肠微生物群的功能存在显著差异(P民猪中显著富集;约克夏猪中有2个途径显著富集,分别为倍半萜和三萜的生物合成和氨基苯甲酸酯的降解。4、结肠内容物代谢组共鉴定到440个有效代谢物,包含了60个差异积累代谢物(P民猪结肠内容物中显著上调;脱落酸、香芹酮、维生素H、银杏酸、脱氧雪腐镰刀菌烯醇等22个代谢物在约克夏猪结肠内容物中显著上调。5、结肠转录组共鉴定到了633个差异表达基因,其中在民猪中上调的有80个,在约克夏猪中上调的有553个。民猪上调差异表达基因显著富集到了产生Ig A的肠道免疫网络、唾液分泌、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用、细胞因子-细胞因子受体的相互作用、NF-κB信号通路、吞噬体等10条通路;约克夏猪上调差异表达基因显著富集到局灶性粘附、蛋白质的消化吸收、Hippo信号通路-多物种、松弛素信号通路等25条通路(P民猪结肠的Occludin、ZO-1和p Ig R含量极显著高于约克夏猪;民猪结肠内容物的s Ig A、s Ig G和s Ig M含量极显著高于约克夏猪(P民猪和约克夏猪,进行结肠内容物宏基因组、代谢组及结肠组织转录组学分析,挖掘结肠微生物群与代谢物和宿主基因在不同品种之间的差异及相关性,以探讨结肠微生物群对民猪优良种质特性形成的贡献,为解析地方猪种种质特性提供数据支持和参考。

关键词：结肠微生物民猪约克夏猪宏基因组代谢组转录组