检索结果-南通市图书馆

作者：闫凯山西大学

学位级别：硕士

大豆胞囊线虫病（Soybean Cyst Nematode,SCN）是大豆生产上的毁灭性病害之一。利用分子标记连锁分析定位大豆胞囊线虫病的抗病qtl,获得连锁标记为分子标记辅助选育抗大豆胞囊线虫病品种奠定基础。本研究以感病品种晋豆28号与抗病品种... 详细信息

大豆胞囊线虫病（Soybean Cyst Nematode,SCN）是大豆生产上的毁灭性病害之一。利用分子标记连锁分析定位大豆胞囊线虫病的抗病qtl,获得连锁标记为分子标记辅助选育抗大豆胞囊线虫病品种奠定基础。本研究以感病品种晋豆28号与抗病品种赤不流黑豆杂交衍生的重组自交系群体（RIL）为试验材料,对其抗病性进行了qtl分析。主要研究结果如下:1.利用主基因+多基因遗传分离分析对双亲及RIL群体抗病性进行遗传分析,结果表明抗胞囊线虫的最适模型是MX2-AI-AI,即2对加性-上位性主基因+加性-上位性多基因混合遗传模型。2对主基因加性效应分别为13.1960和12.9956,主基因上位性效应为12.9731,主基因遗传率为46.10%,多基因遗传率为52.62%。通过对大豆RIL群体进行遗传分析,确定最适模型并掌握其遗传规律,为该群体后代选育大豆抗胞囊线虫提供理论依据。2.利用117对多态性SSR标记对RIL群体及亲本进行扩增。采用软件win qtlcart2.5中的复合区间作图法对大豆抗胞囊线虫4号小种进行qtl分析。结果表明:在RIL群体中,大豆对胞囊线虫4号小种的抗性呈正态连续分布,共检测到2个抗胞囊线4号小种的qtl位点,qSCN4-1在2019年检测到位于A2连锁群（Chr8）的AW132402-Satt089区间内,LOD值为2.50,贡献率为9.01%,加性效应为-11.62;qSCN4-2位于G连锁群（Chr18）的Satt309-Satt235区间内,qSCN4-2同时在2019年和2020年两个环境下检测到。2019年LOD值为2.28,贡献率为8.32%,加性效应为-11.26。其中2020年LOD值为4.71,贡献率为11.01%,加性效应为-11.39。本研究结果为大豆抗胞囊线虫4号小种的精细定位奠定了基础。3.对RIL群体每个家系及双亲进行全基因组重测序分析,构建了高密度Bin Map图谱,总遗传距离长度为3624.391c M,标记之间的平均遗传距离为0.692c M。基于5239个bin marker定位到4个qtl区间,可解释表型变异率在5.08%—6.63%,加性效应大小为-8.60—-9.84。其中qSCN4-3被检测到其贡献率为5.47%,加性效应为-9.03,位于第8号染色体chr08＿bin2358和chr08＿bin2365之间。qSCN4-4被检测到其贡献率为5.67%,加性效应为-9.16,位于第11号染色体chr11＿bin3545和chr11＿bin3551之间。qSCN4-5被检测到其贡献率为6.63%,加性效应为-9.84,位于第18号染色体chr18＿bin5443和chr18＿bin5450之间。qSCN4-6被检测到其贡献率为5.08%,加性效应为-8.60,位于第18号染色体chr18＿bin5450和chr18＿bin5453之间。本研究进一步缩小了qtl位点的区间范围,为大豆抗胞囊线虫研究奠定了基础。

关键词：大豆胞囊线虫（SCN）遗传分析简单重复序列（SSR）全基因组重测序（WGRS）数量性状基因座（QTL）

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水稻芽苗期耐冷性与耐淹性的qtl分析

水稻芽苗期耐冷性与耐淹性的QTL分析

作者：罗来杨江西农业大学

学位级别：硕士

水稻是我国重要的粮食作物之一。为了挖掘水稻耐冷性与耐淹性的数量性状基因座（Quantitative trait locus,qtl）,为阐明水稻耐冷与耐淹的分子调控机制奠定基础,本研究利用以籼稻品种昌恢121为背景亲本,粳稻品种越光为供体亲本构建的染... 详细信息

水稻是我国重要的粮食作物之一。为了挖掘水稻耐冷性与耐淹性的数量性状基因座（Quantitative trait locus,qtl）,为阐明水稻耐冷与耐淹的分子调控机制奠定基础,本研究利用以籼稻品种昌恢121为背景亲本,粳稻品种越光为供体亲本构建的染色体置换系（Chromosome segment substitute lines,CSSL）群体,对三年两地（2015年南昌、2016年三亚、2016年南昌、2017年三亚）收获的群体材料进行芽苗期（发芽期、芽期、苗期）的耐冷性和耐淹性qtl定位及稳定性分析,并对各时期耐冷与耐淹性状进行相关性分析。主要研究结果如下:1.在相同处理下,粳稻亲本越光在发芽期、芽期和苗期的耐冷性与耐淹性均明显强于籼稻亲本昌恢121。CSSL群体的芽苗期耐冷性与耐淹性均呈连续分布,存在双向超亲分离,表明水稻芽苗期耐冷性与耐淹性是受多基因控制的数量性状。2.发芽期、芽期和苗期的耐冷性不存在明显相关性,而水稻苗期耐冷存活率,枯萎等级,脯氨酸含量变化率存在显著的相关性,表明这三个指标可以共同用作检测水稻苗期耐冷性使用。水淹发芽率与水淹胚芽鞘长呈极显著相关;而水稻水淹后苗高与苗高相对变化率、叶绿素受损指数均呈极显著负相关;苗高相对变化率和叶绿素受损指数呈极显著负相关。但是水稻萌发时期的耐淹性指标与水稻苗期的耐淹性指标不存在显著的相关性。3.共检测到40个与水稻芽苗期的耐冷性与耐淹性相关的qtl。其中6个与发芽期耐冷性相关;8个与芽期耐冷性相关;2个与低温苗期存活率相关,4个与枯萎等级相关,4个与脯氨酸含量变化率相关;3个与水淹发芽率相关,10个水淹胚芽鞘长相关;3个与水淹后苗高相对变化率相关,这些qtl分布在水稻全部的12条染色体上,贡献率在5%～42.06%之间。4.共有13个qtl能在2个以上环境中被重复检测到,其中qGRS9在4个环境中被检测到,qCTB6、qCLS1-2、qGRS8在3个环境中被检测到,qCTG3、qCTG4-2、qCTG6、qCTG8、qCTB5-1、qWG12、qPCCR11、qPCCR12、qCLS4-2能在2个环境中被检测到,表明这些qtl受环境影响小。5.存在于12号染色体上的一个qtl（RM6296～RM27686之间）可以同时控制水稻苗期耐冷存活率和枯萎等级,存在于10号染色体上的一个qtl（RM7492～RM8201之间）可以同时控制水淹发芽率和水淹后苗高相对变化率。除此之外,其他qtl都只可以控制1个性状。

关键词：水稻芽苗期耐冷性耐淹性数量性状基因座（QTL）

甘蓝型油菜黄籽基因BnSCA09定位及候选基因筛选与鉴定

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甘蓝型油菜黄籽基因BnSCA09定位及候选基因筛选与鉴定

作者：刘水燕西南大学

学位级别：硕士

油菜是世界四大油料作物之一,也是我国食用植物油的第一大来源和重要的植物蛋白饲料资源。在遗传背景相同条件下,研究表明黄籽油菜具有种皮薄,蛋白质含量和含油量高且油质清澈透明,皮壳率、纤维素、木质素与多酚含量低,而硫苷、单宁等... 详细信息

油菜是世界四大油料作物之一,也是我国食用植物油的第一大来源和重要的植物蛋白饲料资源。在遗传背景相同条件下,研究表明黄籽油菜具有种皮薄,蛋白质含量和含油量高且油质清澈透明,皮壳率、纤维素、木质素与多酚含量低,而硫苷、单宁等有毒物质少等优点,从而备受育种家们的青睐,因此也试图通过选育种皮较薄的黄籽品种来提高含油量及其品质。但甘蓝型油菜黄籽主效基因来源不同,且存在多基因遗传、异源四倍性、母性效应,并易受光照、温度等诸多因素的影响,遗传模式较为复杂。分子标记技术的发展加快了油菜黄籽基因定位及连锁标记筛选的进程,前期研究已发现多个黄籽性状主效qtl,单个qtl可解释40—60%的表型变异,也获得一些与粒色相关的连锁标记,但油菜种皮色泽相关的主效基因尚未被成功克隆。因此,本研究通过构建SNP高密度遗传连锁图谱,首先对种皮色泽进行qtl定位分析,结合已测序完成的甘蓝型油菜基因组信息,筛选、挖掘更多可能与甘蓝型油菜粒色调控有关的候选基因;其次,通过同源克隆获得候选基因的ORF全长序列,在核苷酸水平和蛋白质水平分析其基本的结构与功能,并利用qRT-PCR分析它们的表达模式变化,明确候选基因的基本生物学特征;最终通过构建候选基因的超量和RNAi植物表达载体遗传转化黄黑籽甘蓝型油菜,为进一步解析候选基因的生物学功能奠定基础。其主要结论如下：1甘蓝型油菜遗传图谱的构建及黄籽性状qtl定位分析以源自黄籽母本的GH06和黑籽父本中油821杂交获得后代通过“单粒传法”连续自交10代构建的高世代重组自交系为材料,通过覆盖甘蓝型油菜全基因组的60K芯片进行SNP分析,构建了一张包含34个连锁群,9014个SNP标记位点,覆盖基因组1209.52cM,标记间的平均距离为0.13cM的高密度遗传连锁图谱。其中A09染色体长度为76.30cM,包括384个SNP标记位点,平均遗传距离为0.19cM。通过CIM分析法,不同环境中在A09染色体上检测到一个控制种皮色泽相关的稳定主效qtl,单个qtl可解释45.07—60.42%的表型变异。利用F2群体和BC3F2群体对qtl主效区间进行加密,将主效qtl （BnSCA09）定位在约200kb的区间内,提取该区段的甘蓝型油菜基因组序列,发现分别与拟南芥的1号染色体及白菜基因组对应序列具有很高的同源性;以拟南芥基因组数据集为模型,提取该区段甘蓝型油菜基因组序列进行基因预测,并通过NCBI进行BLASTP比对,将该区段包含的23个注释基因作为本研究的候选基因。2粒色相关候选基因的筛选与鉴定以三对不同遗传来源的黑、黄籽甘蓝型油菜不同发育时期（花后28、35、42、49d）的种皮为材料,采用同源克隆的方法,扩增获得候选基因的ORF全长序列,在核苷酸和蛋白质水平上通过同源性比较分析发现,4个基因BnSC04, BnSC10, BnSC11和BnSC10在不同材料中均存在单核苷酸多态性（SNP）位点,部分SNP位点致使蛋白质水平上氨基酸位点发生突变。在不同材料中BnSC10基因还存在一致性氨基酸突变位点（52、116、123、142、184、188、198、206、217和222）,说明SNP位点突变不一定能导致氨基酸位点的变异,而BnSC10基因中的一致性突变位点可能是甘蓝型油菜黄黑籽差异形成的直接原因。其次,以三对不同遗传来源的黑、黄籽甘蓝型油菜不同发育时期（花后20、30、40、50d）的种子为材料,采用qRT-PCR的方法对BnSC04, BnSC10, BnSC11和BnSC10基因的表达模式进行分析。结果表明,BnSC04和BnSC20基因在不同发育时期种子中的表达模式相似,在黄黑籽间仅存在表达量上的差异;BnSC10和BnSC11基因在黑籽中的表达量均显著高于黄籽,而BnSC10基因表达量随着发育期延长而逐渐增高,在花后50天达到最高峰值,但在黄籽中最高峰值要早于黑籽;BnSC11基因主要在种子发育的前期表达,而在种子发育后期则表达量降低甚至不表达。另外,不同基因表达水平在不同黄黑籽材料间也存在显著差异,说明这些基因在黄黑籽发育过程中参与调控的作用位点或机理存在差异。因此,通过构建4个候选基因的超量表达和RNAi表达载体,成功转化甘蓝型油菜,已获得部分组培幼苗,其转基因植株鉴定与功能研究将在后续工作中完成。

关键词：甘蓝型油菜种皮色泽单核苷酸多态性位点（SNP）数量性状基因座（QTL）候选基因

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鲫体重和体厚性状的qtl定位研究

鲫体重和体厚性状的QTL定位研究

作者：郭薇哈尔滨师范大学

学位级别：硕士

鲫(Carassius auratus)在我国分布广泛，年产量已超过200万吨，具有较高的食用以及观赏价值。近年来，由于对渔业资源的过度捕捞以及水体污染严重，野生鲫资源受到威胁，所以大力发展分子生物学就成为了选育鲫优良性状的关键。目前，分... 详细信息

鲫(Carassius auratus)在我国分布广泛，年产量已超过200万吨，具有较高的食用以及观赏价值。近年来，由于对渔业资源的过度捕捞以及水体污染严重，野生鲫资源受到威胁，所以大力发展分子生物学就成为了选育鲫优良性状的关键。目前，分子标记辅助育种(MAS)技术依靠DNA分子标记的开发而逐渐发展起来，不仅可缩短育种时间，也可得到表型能稳定遗传的后代。本研究利用384个微卫星标记(SSR)对鲫自交F2代的178尾个体进行基因型分析，并构建二倍体普通鲫遗传连锁图谱，进而对鲫体重和体厚性状的qtl进行定位分析。采用SPSS13.0中的最小二乘法对384个SSR标记与鲫体重和体厚性状进行相关性分析的显著性检验，结果共检测出38个与性状相关的标记，27个标记与体重相关，25个标记与体厚相关，其中，14个标记与体重、体厚均相关。JE13499与两种数量性状均呈极显著相关(P性状相关的38个标记与斑马鱼基因组序列进行BLAST同源性比对，找到10条相似性高且功能已知的序列(Eqtl6.0软件进行对体重(BW)和体厚(BT)两种生长性状进行了qtl分析，采用Permutation(1000次)确定阈值，共检测到14个qtl区间分布于11个连锁群上，14个qtl区间内有32个SSR标记，7个与体重相关的qtl区间，包含20个SSR标记，7个与体厚相关的qtl区间，包含14个SSR标记。7个与体重相关的qtl区间中有2个与体厚的qtl区间重叠，分别为LG4(HLJYJ296-JE385)、LG13(HLJYJ244)。JE385位于LG4连锁群上，HLJYJ244位于LG13连锁群上，同时位于两个性状相关的qtl区间内。本研究构建了鲫遗传连锁图谱，并对鲫体重、体厚性状进行了qtl定位，从而为qtl区间精细定位和候选基因筛选做基础，实现分子标记辅助育种的目的。

关键词：鲫遗传连锁图谱数量性状基因座（QTL）体重体厚

利用GWAS和EigenGWAS挖掘合成小麦中优异遗传变异

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利用GWAS和EigenGWAS挖掘合成小麦中优异遗传变异

第十九届中国作物学会学术年会

作者：单丹婷 Mohsin Ali 王建康 Awais Rasheed 李慧慧中国农业科学院作物科学研究所 Department of Plant Sciences Quaid-i-Azam University

随着全球人口增长、气候变化、耕地面积减少以及人们生活水平日益提高,作物产量和营养价值的需求也在不断增加,作物对环境的适应性要求也逐渐增加。小麦(Triticum aestivum L.)作为世界三大作物之一,在保障粮食安全中发挥着重要的作用... 详细信息

随着全球人口增长、气候变化、耕地面积减少以及人们生活水平日益提高,作物产量和营养价值的需求也在不断增加,作物对环境的适应性要求也逐渐增加。小麦(Triticum aestivum L.)作为世界三大作物之一,在保障粮食安全中发挥着重要的作用。由于基因组大数据的爆发式增长,全基因组关联分析(GWAS, Genome-wide association studies)成为数量性状基因定位的重要手段。特征值全基因组关联分析(EigenGWAS)是一种高效的选择位点定位方法,用来挖掘研究群体中受选择的遗传变异。本研究利用495份小麦品种,其中包括194份合成小麦以及合成小麦衍生的93份普通小麦。通过简化基因组测序(GBS, genotyping by sequencing)技术,共获得47,121个分子标记,经过杂合率≤0.2和最小等位基因频率≥0.05的数据过滤后,得到33,788个标记用于后续分析。通过表型鉴定,共获得4大类15种农艺性状(适应性性状、产量相关性状、叶片相关性状、穗部相关性状)的表型。本研究通过GWAS分析,共定位到43个控制小麦株高、穗长、开花期等的qtl,其中包括23个一因多效qtl;共注释到96个基因,其中包括生长期、开花期、盐性等相关基因;12个是本研究首次发现的qtl。EigenGWAS结果一共定位到100个受选择基因组区域,共注释到75个基因,其中与千粒重和生物量相关的3个qtl同时也受到选择,表明小麦千粒重和生物量与选择适应性密切相关,该研究发掘出的新位点为揭示合成小麦基因组渗入在小麦育种中的重要性、为小麦全基因组辅助育种提供了重要信息。

关键词：合成小麦全基因组关联分析（GWAS）特征值全基因组关联分析（EigenGWAS）数量性状基因座（QTL）受选择位点

来源： cnki会议评论

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多性状联合定位小鼠焦虑相关qtls

多性状联合定位小鼠焦虑相关QTLs

作者：张陈皓浙江大学

学位级别：硕士

发展用于定位复杂性状基因有效的统计方法是一项很有挑战性的工作。新的定位软件qtlNetwork V2.2,是基于分子标记多态性定位数量性状基因座（qtls）,基于单核苷酸多态性定位数量性状核苷酸（QTSs）和基于连续变异表达值定位数量性状表... 详细信息

发展用于定位复杂性状基因有效的统计方法是一项很有挑战性的工作。新的定位软件qtlNetwork V2.2,是基于分子标记多态性定位数量性状基因座（qtls）,基于单核苷酸多态性定位数量性状核苷酸（QTSs）和基于连续变异表达值定位数量性状表达谱（QTTs）的三种定位策略开发的,用以检测主效基因和上位性基因的位置,估计各种遗传效应以及预测它们与环境互作效应。软件还可研究多个数量性状的基因定位问题。本论文以一组由C57BL/6J和DBA/2J组合衍生的重组自交系数据来验证以上新方法的可行性和有效性。本论文共分三章,主要内容概括如下：第一章为数量遗传学qtl定位的背景和文献综述。第二章进行了BXD近交系小鼠的Marker、SNP和表达谱数据的定位分析。用506个微卫星标记,qtl方法定位探测到8个qtls,包括3个主效qtls（h2=0.27）和3对上位性qtls（h2=0.23）。用2320个SNP标记,QTS方法定位探测到17个QTSs,包括7个主效QTSs（h2=0.25）和6对上位性QTSs（h2=0.22）表达谱数据采用小样本群体（5种处理下的188个体）定位,只探测到1个主效QTT（h2=0.07）和2对效应微小的上位性QTTS。比较第1条和第11条染色体上三种方法的探测结果,发现3个主效QTSs正好落在3个qtls的区间内,而QTTs的位置与第一条染色体上qtl位置相匹配。通过实例分析验证了方法的可行性和有效性。第三章是多性状联合定位小鼠焦虑相关qtls。利用GeneNetwork公共平台的BXD近交系小鼠数据,对小鼠71个品系的528个体的焦虑相关性状用qtlNetwork v2.2软件进行多性状qtl定位分析。研究控制多性状的数量性状基因座（QTL）,分析主效和上位性qtl,以及主效和上位性与环境的互作。通过对小鼠数据的qtl定位分析和蒙特卡罗模拟,结果表明：如果性状间存在较强的遗传相关,多性状联合定位能提高统计功效和参数估计的精确性,也能有效鉴定基因的一因多效和基因的紧密连锁。

关键词：数量性状基因座（QTL） SNP 表达谱多性状qtl定位 qtlNetwork 一因多效

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大麦苗期耐湿性遗传分析与qtl定位

大麦苗期耐湿性遗传分析与QTL定位

作者：栾海业扬州大学

学位级别：硕士

湿害是影响大麦产量和品质的重要因素之一,尤其是对我国长江中下游地区影响严重。大麦幼苗生长是后期产量形成的基础,了解大麦苗期耐湿性的遗传机制,尤其是对大麦苗期耐湿性qtl进行定位分析,将有助于大麦苗期耐湿性的分子标记辅助选择... 详细信息

湿害是影响大麦产量和品质的重要因素之一,尤其是对我国长江中下游地区影响严重。大麦幼苗生长是后期产量形成的基础,了解大麦苗期耐湿性的遗传机制,尤其是对大麦苗期耐湿性qtl进行定位分析,将有助于大麦苗期耐湿性的分子标记辅助选择育种。本文以泰兴9425X Franklin构建的DH群体及亲本为材料。于2009年和2010年苗期进行湿害处理,以正常生长幼苗为对照,考察幼苗的苗高、叶龄、黄叶数、分蘖数,测定叶片的叶绿素含量、SOD酶活性、丙二醛含量生理指标。分析亲本及DH系在对照和湿害胁迫条件下各性状的差异性与相关性。利用该群体的分子遗传图谱,对各性状进行qtl定位,综合分析两年份不同环境下qtl的表达特点,定位大麦耐湿主效qtl,研究结果如下：（1）对照和湿害胁迫条件下,双亲各性状均存在差异,且部分性状在亲本间的差异达到了显著或极显著水平。湿害对DH群体各性状都产生了明显影响,群体内存在耐湿性基因的差异,即DH群体内各性状存在广泛变异,且均存在明显的双向超亲分离,大部分性状的次数分布呈现单峰连续分布,表明考察性状符合多基因控制的数量性状特征,适合进行qtl定位分析。（2）两年间在对照和湿害胁迫条件下,7个苗期耐湿相关性状共定位到158个qtl,其中对照条件下74个,湿害胁迫条件下84个。每个性状检测到的qtl数目在1-8个之间,单个qtl对表型变异的解释率范围为6.56%-38.38%,LOD值范围2.48-7.92。在各染色体上均有分布,其中在第2、3和第5染色体上有明显的成簇分布现象,可能存在基因的一因多效或多基因的紧密连锁,即这些区段为控制耐湿相关性状的热点区域。（3）检测到59个只在湿害条件下特异表达的qtl,其中有30个等位基因来自耐湿亲本Taixing9425,29个等位基因来自敏感亲本Franklin,表明两个亲本对耐湿性等位基因的贡献是相同的。耐湿性qtl的LOD值介于2.51-7.58之间,贡献率最小的为8.82%,最大的为36.46%。由黄叶数和叶绿素含量定位到的耐湿性qtl最多,分别为12个和17个,占总数的50%。（4）根据不同年份及同一年份不同调查时期定位到苗期耐湿性qtl的重演性,有4个稳定表达的耐湿性qtl,包括位于第3染色体上的qtlqSH3一1,该qtl位于标记bPb-0079-bPb-6765之间;位于第5染色体上的qtl qYLN5-1,该qtl在标记p5b1附近;位于第4染色体上的qtl qCC4-1,该qtl在分子标记bPb-6523附近;位于第5染色体上的qtl qCC5-3,该qtl位于p9b7-bPb-0171标记区间。

关键词：大麦苗期加倍单倍体（DH）群体数量性状基因座（QTL）耐湿

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黑龙江省奶牛育种基因标记技术应用前景展望

黑龙江省奶牛育种基因标记技术应用前景展望