多性状联合定位小鼠焦虑相关QTLs

作     者：张陈皓 

作者单位：浙江大学 

学位级别：硕士

导师姓名：朱军

授予年度：2011年

学科分类：0710[理学-生物学] 0711[理学-系统科学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 

主      题：数量性状基因座（QTL） SNP 表达谱 多性状QTL定位 QTLNetwork 一因多效 

摘      要：发展用于定位复杂性状基因有效的统计方法是一项很有挑战性的工作。新的定位软件QTLNetwork V2.2,是基于分子标记多态性定位数量性状基因座（QTLs）,基于单核苷酸多态性定位数量性状核苷酸（QTSs）和基于连续变异表达值定位数量性状表达谱（QTTs）的三种定位策略开发的,用以检测主效基因和上位性基因的位置,估计各种遗传效应以及预测它们与环境互作效应。软件还可研究多个数量性状的基因定位问题。本论文以一组由C57BL/6J和DBA/2J组合衍生的重组自交系数据来验证以上新方法的可行性和有效性。本论文共分三章,主要内容概括如下： 第一章为数量遗传学QTL定位的背景和文献综述。 第二章进行了BXD近交系小鼠的Marker、SNP和表达谱数据的定位分析。用506个微卫星标记,QTL方法定位探测到8个QTLs,包括3个主效QTLs（h2=0.27）和3对上位性QTLs（h2=0.23）。用2320个SNP标记,QTS方法定位探测到17个QTSs,包括7个主效QTSs（h2=0.25）和6对上位性QTSs（h2=0.22）表达谱数据采用小样本群体（5种处理下的188个体）定位,只探测到1个主效QTT（h2=0.07）和2对效应微小的上位性QTTS。比较第1条和第11条染色体上三种方法的探测结果,发现3个主效QTSs正好落在3个QTLs的区间内,而QTTs的位置与第一条染色体上QTL位置相匹配。通过实例分析验证了方法的可行性和有效性。 第三章是多性状联合定位小鼠焦虑相关QTLs。利用GeneNetwork公共平台的BXD近交系小鼠数据,对小鼠71个品系的528个体的焦虑相关性状用QTLNetwork v2.2软件进行多性状QTL定位分析。研究控制多性状的数量性状基因座（QTL）,分析主效和上位性QTL,以及主效和上位性与环境的互作。通过对小鼠数据的QTL定位分析和蒙特卡罗模拟,结果表明：如果性状间存在较强的遗传相关,多性状联合定位能提高统计功效和参数估计的精确性,也能有效鉴定基因的一因多效和基因的紧密连锁。