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大黄鱼内脏白点病病原拮抗菌的分离鉴定及生物学特性研究

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南方水产科学 2023年第3期19卷 78-87页

作者：李张婵施慧许文军何杰谢建军王庚申汪玮浙江海洋大学水产学院浙江舟山316022 浙江省海洋水产研究所/浙江省海水增养殖重点实验室浙江舟山316021

为实现大黄鱼(Larimichthys crocea)内脏白点病的生物防控,推进水产养殖用药减量,从健康大黄鱼肠道中筛选出对其内脏白点病病原菌——杀香鱼假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicid)有拮抗作用的益生菌。采用琼脂扩散法筛选菌株,通过生理... 详细信息

为实现大黄鱼(Larimichthys crocea)内脏白点病的生物防控,推进水产养殖用药减量,从健康大黄鱼肠道中筛选出对其内脏白点病病原菌——杀香鱼假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicid)有拮抗作用的益生菌。采用琼脂扩散法筛选菌株,通过生理生化特征以及分子生物学分析,对菌株进行鉴定,并评价其溶血性、药敏性、安全性、产酶能力及抗菌广谱性。从健康大黄鱼肠道中初步分离出37株潜在益生菌,通过拮抗试验筛选出3株具有拮抗效果的菌株,分别命名为P1-17、P2-33和P3-11。通过生理生化特性及16S rRNA测序分析,菌株P1-17和P2-33鉴定为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis),菌株P3-11鉴定为粪肠球菌(Enterococcus faecalis);溶血性试验和药敏试验结果表明3株菌均无显著溶血圈,且所含耐药因子较少,不具备潜在致病性;人工回感试验证实,3株拮抗菌对健康大黄鱼无致病性;抗菌谱测定结果表明,2株芽孢杆菌对溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)、哈维氏弧菌(V.harveyi)、美人鱼发光杆菌(Photobacterium damselae)等多种水产病原菌具有拮抗效果,同时2株芽孢杆菌具有产淀粉酶和蛋白酶的能力;而该株粪肠球菌只对杀香鱼假单胞菌有拮抗作用。研究结果可为后续大黄鱼肠道益生菌的筛选和应用提供科学依据。

关键词：大黄鱼杀香鱼假单胞菌拮抗菌贝莱斯芽孢杆菌粪肠球菌

大黄鱼生长速率差异个体肌肉组织的转录组比较分析

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水产学报 2023年第3期47卷 87-100页

作者：张波姜丹张东玲王志勇方铭集美大学水产学院农业农村部东海海水健康养殖重点实验室

为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速率较快的体重均值为(527.1±83.6) g的个体182尾、生长速率较慢的体重均值为(238.4±52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA... 详细信息

为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速率较快的体重均值为(527.1±83.6) g的个体182尾、生长速率较慢的体重均值为(238.4±52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot (Swiss-Prot)数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出部分与肌肉生长相关的信息，如GO term有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路(TGF-β信号通路)、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。加权基因共表达网络分析(WGCNA)分析发现，purple模块与体重性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。本研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。

关键词：大黄鱼肌肉生长转录组差异表达基因加权基因共表达网络分析(WGCNA)

大黄鱼冷藏过程肌肉蛋白质生化特性与新鲜度的相关性

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水产学报 2022年第11期46卷 2196-2207页

作者：张建友孙蕾周广成费溧锋潘佳昕崔蓬勃吕飞丁玉庭浙江工业大学食品科学与工程学院浙江省深蓝渔业资源高效开发利用重点实验室国家远洋水产品加工技术研发分中心(杭州) 大连工业大学海洋食品精深加工关键技术省部共建协同创新中心

为研究大黄鱼冷藏期间肌肉蛋白质变化与鲜度品质的相关性，以色差值、质构、挥发性盐基氮(TVB-N)以及感官评分等鲜度指标判断鱼肉品质，并结合肌肉蛋白质中盐溶性和水溶性蛋白质含量、总巯基含量、羰基含量、蛋白质分子量以及粒径分布... 详细信息

为研究大黄鱼冷藏期间肌肉蛋白质变化与鲜度品质的相关性，以色差值、质构、挥发性盐基氮(TVB-N)以及感官评分等鲜度指标判断鱼肉品质，并结合肌肉蛋白质中盐溶性和水溶性蛋白质含量、总巯基含量、羰基含量、蛋白质分子量以及粒径分布等蛋白质生化特性指标，分析大黄鱼4℃冷藏10 d肌肉蛋白质变化与鲜度品质的相关性。结果显示，冷藏期间大黄鱼肌肉的L*、a*和W值下降，b*值上升；鱼肉咀嚼性、黏着性和硬度下降；TVB-N由(4.42±0.21) mg/100 g增至(38.46±0.87) mg/100 g，并于第8天达二级鲜度标准，感官评分第8天不可接受。冷藏期间大黄鱼盐溶性和水溶性蛋白质含量、总巯基含量、羰基含量变化趋势相似。盐溶性蛋白质含量呈先小幅上升后下降的变化趋势，由(159.36±6.51) mg/g降至(91.99±13.82) mg/g，质量分数下降了42.27%，水溶性蛋白质含量由(33.68±2.13) mg/g降至(17.57±0.70) mg/g，质量分数下降了47.77%。盐溶性蛋白质的巯基含量和羰基含量分别由(3.95±0.04) mol/105g pro降至(1.08±0.13) mol/105g pro、(1.08±0.04) nmol/mg升至(3.94±0.43) nmol/mg，水溶性蛋白质巯基含量和羰基含量分别由(4.74±0.17) mol/105g pro降至(2.66±0.15) mol/105g pro、(0.21±0.14) nmol/mg升至(2.67±0.25) nmol/mg。盐溶性蛋白质粒径在冷藏第0～8天，由(203.32±5.44) nm增大至(425.40±8.63) nm,8天后降至(317.03±1.20) nm，水溶性蛋白质粒径从(190.80±0.30) nm降至(144.23±1.32) nm。SDS-PAGE电泳证明30 ku左右产生新的蛋白质条带，且蛋白质的量有一定程度减少。研究表明，盐溶性和水溶性蛋白质生化特性与新鲜度有良好相关性，其中水溶性蛋白质相关性更好。

关键词：大黄鱼冷藏新鲜度盐溶性蛋白质水溶性蛋白质

大黄鱼肿瘤抑制因子cylindromatosis(LcCYLD)的序列与免疫反应特征及其功能

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水产学报 2022年第5期46卷 805-814页

作者：张萌罗云江姚翠鸾集美大学水产学院

为研究大黄鱼肿瘤抑制因子cylindromatosis (CYLD)在免疫反应中的作用，本实验克隆了大黄鱼CYLD的全长c DNA (命名为LcCYLD)并对其进行序列分析；采用实时荧光定量PCR (qPCR)的方法对大黄鱼各组织及免疫刺激后的大黄鱼肾细胞系中的LcCYL... 详细信息

为研究大黄鱼肿瘤抑制因子cylindromatosis (CYLD)在免疫反应中的作用，本实验克隆了大黄鱼CYLD的全长c DNA (命名为LcCYLD)并对其进行序列分析；采用实时荧光定量PCR (qPCR)的方法对大黄鱼各组织及免疫刺激后的大黄鱼肾细胞系中的LcCYLD表达变化进行检测；构建了重组表达载体pTurboGFP-CYLD及pcDNA3.1-CYLD，分别用于亚细胞定位实验及过表达实验；在HEK293T细胞系中过表达LcCYLD后采用双荧光素酶报告系统检测了NF-κB、TNF-α及IL-1β启动子活性的变化。结果显示，LcCYLD的ORF包含2 754 bp，编码917个氨基酸，推测具有保守的3个N端的CAP-GLY结构域，1个磷酸化区域和1个C端的UCH结构域，多序列比对结果显示各物种CYLD间高度保守；系统进化分析显示，LcCYLD与来源于其他硬骨鱼的CYLD聚为一支，其中与条纹狼鲈的CYLD关系最近；转录水平表达分析发现，LcCYLD在大黄鱼各组织均有表达，其中在脑中表达量最高；LPS及poly I:C刺激能够显著诱导LcCYLD的表达；亚细胞定位实验表明LcCYLD在细胞质及细胞核中均有表达；过表达LcCYLD能够显著抑制NF-κB及促炎细胞因子TNF-α及IL-1β的转录激活。以上研究结果表明，大黄鱼CYLD能够抑制NF-κB的转录激活，为深入了解LcCYLD在大黄鱼先天免疫信号转导中的作用奠定基础。

关键词：大黄鱼肿瘤抑制因子亚细胞定位过表达免疫抑制

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大黄鱼肌纤维性状的全基因组关联分析

水产学报 2022年第8期46卷 1313-1323页

作者：何骞吴怡迪周志雄郑文彬周祉吟郝帅峰魏煜麒濮菲陈佳徐鹏厦门大学海洋与地球学院福建省海洋生物遗传育种重点实验室宁德市富发水产有限公司大黄鱼育种国家重点实验室

为定位肉质相关遗传位点，解析大黄鱼肉质性状的遗传调控机制，并为养殖大黄鱼肉质选育提供基础，实验首次对大黄鱼肌纤维性状进行全基因组关联分析。首先采集一个大黄鱼养殖群体的背部肌肉样本，通过组织切片获得了483尾大黄鱼的肌纤... 详细信息

为定位肉质相关遗传位点，解析大黄鱼肉质性状的遗传调控机制，并为养殖大黄鱼肉质选育提供基础，实验首次对大黄鱼肌纤维性状进行全基因组关联分析。首先采集一个大黄鱼养殖群体的背部肌肉样本，通过组织切片获得了483尾大黄鱼的肌纤维直径及253尾的肌纤维密度数据。随后用双消化限制性酶切位点相关的DNA测序(ddRAD-seq)法进行基因分型，将获得的25 520和25 309个高质量单核苷酸多态性(SNPs)位点用于全基因组关联分析(GWAS)。最终，在5条染色体上定位到了6个显著位点，并注释到了lpin2、adcyap1、btg1、tcp11l2、lifr、thbs4、gmeb1、slc2a1、myom1和myom2共10个候选基因。对上述候选基因的分析表明，大黄鱼的肉质与肌纤维组成、生长，以及能量代谢有关。本研究首次对大黄鱼肌纤维相关性状进行分析和基因组定位，发现2龄成熟大黄鱼的肌纤维性状间不存在性别差异。此外，lpin2、adcyap1和btg1等基因，以及能量代谢、肌纤维组成和生长等生物学过程可能在决定大黄鱼肌肉的物理特性中发挥作用。研究结果为大黄鱼分子标记辅助选育提供了重要的理论参考，并为后续开展针对养殖群体大黄鱼肉质性状的遗传改良提供了分子工具。

关键词：大黄鱼肌纤维直径肌纤维密度 ddRAD-seq 全基因组关联分析

大黄鱼对5种新型非粮蛋白源表观消化率的研究

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水生生物学报 2023年第9期47卷 1416-1424页

作者：张健李磊董衍邹李学山王玲宋凯谭北平鲁康乐张春晓集美大学水产学院厦门市饲料检测与安全评价重点实验室厦门361021 广东海洋大学水产学院水产动物营养与饲料实验室湛江524088

为研究大黄鱼(Larimichthys crocea)对乙醇梭菌蛋白、小球藻、黑水虻粉、黄粉虫粉和棉籽浓缩蛋白5种蛋白质原料的干物质、粗蛋白、粗脂肪、能量和氨基酸表观消化率,试验选取初始体重为(154.0±5.3)g的大黄鱼1800尾,随机分到18个浮式网箱... 详细信息

为研究大黄鱼(Larimichthys crocea)对乙醇梭菌蛋白、小球藻、黑水虻粉、黄粉虫粉和棉籽浓缩蛋白5种蛋白质原料的干物质、粗蛋白、粗脂肪、能量和氨基酸表观消化率,试验选取初始体重为(154.0±5.3)g的大黄鱼1800尾,随机分到18个浮式网箱中,设5个试验组和1个基础组,每组3个平行。基础组投喂基础饲料,试验组分别投喂5种试验饲料,试验饲料由70%基础饲料和30%试验蛋白质原料组成,以0.1%三氧化二钇(Y2O3)为外源指示剂。结果显示,大黄鱼对5种试验原料干物质的表观消化率为56.77%—75.53%(乙醇梭菌蛋白>黄粉虫粉>小球藻>黑水虻粉>棉籽浓缩蛋白);粗蛋白的表观消化率为69.93%—89.59%(乙醇梭菌蛋白>小球藻>棉籽浓缩蛋白>黑水虻粉>黄粉虫粉);粗脂肪的表观消化率为58.58%—93.77%(乙醇梭菌蛋白>小球藻>黄粉虫粉>棉籽浓缩蛋白>黑水虻粉);能量的表观消化率为63.39%—84.33%(乙醇梭菌蛋白>黑水虻粉>小球藻>黄粉虫粉>棉籽浓缩蛋白);总氨基酸的表观消化率为76.62%—93.24%(乙醇梭菌蛋白>小球藻>棉籽浓缩蛋白>黑水虻粉>黄粉虫粉)。大黄鱼对各种蛋白质原料的氨基酸表观消化率与粗蛋白表观消化率变化趋势基本一致。结果表明:乙醇梭菌蛋白是5种原料中最适合大黄鱼的蛋白源、小球藻次之,大黄鱼对黄粉虫粉、棉籽浓缩蛋白和黑水虻粉的消化率均不佳。

关键词：新型非粮蛋白源表观消化率大黄鱼

大黄鱼ATG10基因的分子特征及其在抗病毒免疫中的功能

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水生生物学报 2022年第4期46卷 521-528页

作者：魏祖运卢利霞任秋磊何天良陈新华福建农林大学海洋研究院福建省海洋生物技术重点实验室福州350002

为了研究自噬相关基因ATG10(Autophagy related gene 10)在鱼类免疫应答中的功能,研究克隆了大黄鱼(Larimichthys crocea)ATG10基因(LcATG10)的cDNA序列,其开放阅读框全长747个核苷酸,编码248个氨基酸的蛋白,包含1个Autophagy_act_C结构域。系统进化分析显示,LcATG10和其他硬骨鱼类ATG10聚成一支,与金头鲷和石斑鱼ATG10亲缘关系最近。LcATG10在所检测的正常大黄鱼各组织中都有表达。在病毒类似物poly(I:C)刺激后,大黄鱼脾脏和头肾组织中LcATG10的表达水平显著上调,分别在12h和6h达到峰值(9.4和5.9倍)。LcATG10在大黄鱼头肾细胞系(LYCK)、原代巨噬细胞、淋巴细胞和粒细胞中也均有表达,在原代粒细胞中的表达量相对较高;在poly(I:C)刺激后,大黄鱼原代头肾粒细胞和LYCK细胞中LcATG10的表达水平显著上调。过表达LcATG10的鲤上皮瘤(Epithelioma papulosum cyprinid,EPC)细胞受鲤春病毒血症病毒(Spring viremia of carp virus,SVCV)感染48h后,细胞病变效应(Cytopathic effects,CPEs)明显低于对照组;细胞培养上清中SVCV病毒滴度为103.55 TCID50/mL,显著少于对照组;SVCV标志基因SVCV-G、SVCV-M和SVCV-P的表达水平也显著低于对照组,分别是对照组的0.022、0.015和0.022倍。这些研究结果表明LcATG10在大黄鱼抗病毒免疫应答中发挥作用,为深入研究自噬在大黄鱼抗病毒免疫中的分子机制奠定了基础。

关键词： ATG10 免疫相关细胞抗病毒免疫大黄鱼

大黄鱼STAT6分子特征及其在溶藻弧菌感染后表达模式研究

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海洋与湖沼 2022年第5期53卷 1151-1160页

作者：袁晓琴陈友荣毅孟钰帆任超群母尹楠陈新华福建农林大学生命科学学院福建农林大学海洋学院福建省海洋生物技术重点实验室福建福州350002 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室山东青岛266237

信号转导和转录激活因子(signal transducers and activators of transcription,STAT)是兼具信号转导和转录活化功能的一类蛋白,在细胞增殖、分化、迁移、凋亡等过程中发挥重要作用。目前,关于鱼类STAT基因的分子特征及其在病原感染过... 详细信息

信号转导和转录激活因子(signal transducers and activators of transcription,STAT)是兼具信号转导和转录活化功能的一类蛋白,在细胞增殖、分化、迁移、凋亡等过程中发挥重要作用。目前,关于鱼类STAT基因的分子特征及其在病原感染过程中表达模式研究仍相对较少。克隆了大黄鱼STAT6基因(LcSTAT6)的开放阅读框序列,其全长2211个核苷酸,编码1个含736个氨基酸的蛋白质。通过氨基酸序列分析发现,LcSTAT6蛋白具有5个保守的功能结构域,包括氨基端结构域、卷曲螺旋结构域、DNA结合结构域、SH2结构域和转录激活结构域。系统进化分析显示,LcSTAT6和其他硬骨鱼类STAT6聚为一支,与棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)STAT6的亲缘关系最近,与两栖类、鸟类和哺乳类STAT6的亲缘关系相对较远。实时荧光定量PCR结果显示,LcSTAT6在所检测的大黄鱼各组织或器官中均有表达,尤其在血液、鳃、脾脏等免疫相关组织中表达量相对较高;蛋白免疫印迹实验显示其蛋白也在鳃和脾脏中高表达。溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)感染后,大黄鱼头肾和脾脏组织中LcSTAT6的mRNA水平都显著上调,达到峰值时分别上升了3.82倍和6.54倍;同时大黄鱼头肾组织中LcSTAT6蛋白及其磷酸化蛋白水平也明显上调,头肾白细胞细胞核内LcSTAT6的蛋白量也显著增加。此外,溶藻弧菌感染后,LcSTAT6下游效应基因MHCⅡα和Arginase-1表达水平显著升高。这些研究结果表明LcSTAT6可能在大黄鱼抗病原感染的免疫应答中发挥重要作用,该结果对于深入认识STAT蛋白在鱼类免疫防御中的调控机制具有重要意义。

关键词：大黄鱼 STAT6 多克隆抗体表达模式免疫应答

大黄鱼slitrk3基因启动子克隆及转录调控分析

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南方水产科学 2023年第4期19卷 68-76页

作者：周锐涛岳珠峰纪焦军温靖姜丹王志勇方铭集美大学水产学院/农业农村部东海海水健康养殖重点实验室福建厦门361021

神经突触相关蛋白Slitrk3具有调节抑制性突触发育的作用。研究大黄鱼(Larimichthys crocea)神经突触黏附分子slitrk3基因的转录调控机制,可为解决大黄鱼养殖面临的生长、应激及抗逆等问题提供新思路。通过生物信息学方法对大黄鱼及其他... 详细信息

神经突触相关蛋白Slitrk3具有调节抑制性突触发育的作用。研究大黄鱼(Larimichthys crocea)神经突触黏附分子slitrk3基因的转录调控机制,可为解决大黄鱼养殖面临的生长、应激及抗逆等问题提供新思路。通过生物信息学方法对大黄鱼及其他物种的Slitrk3氨基酸进行多重序列比对和系统进化树分析,并预测大黄鱼slitrk3基因启动子区域相关的调控元件,采用双荧光素酶报告基因系统检测大黄鱼slitrk3基因启动子区域的转录活性。生物信息学分析结果显示,Slitrk3氨基酸序列在鱼类中具有较高的保守性;大黄鱼slitrk3基因启动子区域预测存在2个潜在的转录起始位点、2个CpG岛以及Sp1、GR、C/EBPα和C/EBPβ等多种转录因子结合位点。双荧光素酶报告基因系统结果显示,大黄鱼slitrk3基因启动子区域的−1970—−1614 bp、−1210—−667 bp存在正调控元件,−1614—−1210 bp、−667—−376 bp、−376—−147 bp存在负调控元件,推测−147—+16 bp为核心启动子。

关键词：大黄鱼 slitrk3基因启动子转录调控