大黄鱼生长速率差异个体肌肉组织的转录组比较分析

作     者：张波 姜丹 张东玲 王志勇 方铭 ZHANG Bo;JIANG Dan;ZHANG Dongling;WANG Zhiyong;FANG Ming

作者机构：集美大学水产学院农业农村部东海海水健康养殖重点实验室 

出 版 物：《水产学报》 (Journal of Fisheries of China)

年 卷 期：2023年第47卷第3期

页      面：87-100页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金(31672399,U1705231,31872560,32172964) 福建省自然科学基金(2020J01672,2021J02045)~~ 

主　　题：大黄鱼 肌肉生长 转录组 差异表达基因 加权基因共表达网络分析(WGCNA) 

摘      要：为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速率较快的体重均值为(527.1±83.6) g的个体182尾、生长速率较慢的体重均值为(238.4±52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot (Swiss-Prot)数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出部分与肌肉生长相关的信息，如GO term有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路(TGF-β信号通路)、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。加权基因共表达网络分析(WGCNA)分析发现，purple模块与体重性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。本研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。