检索结果-南通市图书馆

作者：刘忱华南农业大学

学位级别：硕士

水稻纹枯病是水稻种植过程中的三种主要病害之一,给水稻的产量和质量带来了严重的危害。到目前为止,尚无高抗纹枯病的水稻品种可利用,因此水稻纹枯病的防治主要依靠化学方法。由于化学防治对环境的危害性,因此开辟新的绿色环保的水稻纹... 详细信息

水稻纹枯病是水稻种植过程中的三种主要病害之一,给水稻的产量和质量带来了严重的危害。到目前为止,尚无高抗纹枯病的水稻品种可利用,因此水稻纹枯病的防治主要依靠化学方法。由于化学防治对环境的危害性,因此开辟新的绿色环保的水稻纹枯病防治途径显得尤为重要。真菌病毒是一类侵染真菌并寄生于其体内的病毒,因为部分真菌病毒能对其寄主的致病力造成显著的减弱效果,因此这类真菌病毒在生防应用上具有广泛的应用价值,同时也为水稻纹枯病的防治提供了新的思路,但水稻纹枯病菌中的真菌病毒研究起步较晚,进展缓慢。本研究以本实验室保存的水稻纹枯病菌(Rhizoctonia solani AG-1 IA)菌株为研究材料,在水稻纹枯病菌中已报道的真菌病毒的基础上,通过分子检测技术检测其体内所含有的双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA),以期发现更多的新的真菌病毒;对其中一个菌株D168中携带的真菌病毒进行了提取和序列获取,并对其基因组结构和系统发育地位进行了研究。主要研究结果如下:(1)在水稻纹枯病菌中已报道的RsRV1,RsPV2和RsRV-HN008病毒的基础上,从本实验室前期筛选得到的16个携带真菌病毒的水稻纹枯病菌菌株中鉴定得到8个只携带新真菌病毒的菌株,并选择其中的D168菌株中所含的真菌病毒作进一步的深入研究。(2)在水稻纹枯病菌中已发现的RsRV1,RsPV2、RsRV3、RsRV-HN008和RsRV4真菌病毒的基础上,通过对本实验室保存的水稻纹枯病菌菌株进行真菌病毒的进一步筛选,并结合本实验室前期筛选得到的携带真菌病毒的水稻纹枯病菌菌株,一共鉴定得到4个只携带新真菌病毒的菌株。(3)从水稻纹枯病菌D168菌株中分离得到一种新的真菌病毒,该病毒由dsRNA-1和dsRNA-2两个片段组成;经序列同源性分析发现,该病毒的序列与水稻纹枯病菌中已报道的双分体病毒RsPV2的序列相似度最高,为61%。因此,初步判定其为一种新的双分体病毒,并将其命名为Rhizoctonia solani dsRNA virus 4(RsRV4),该序列已提交到NCBI数据库。(4)对RsRV4基因组结构的分析表明,dsRNA-1和dsRNA-2的长度分别为1990 bp和1731 bp,均含有一个ORF,分别编码病毒依赖RNA的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和外壳蛋白(coating protein,CP);同时,该病毒的末端比对发现,dsRNA-1片段的5’末端与dsRNA-2片段的5’末端、dsRNA-1片段的3’末端与dsRNA-2片段的3’末端均具有较高的保守性。(5)以病毒RsRV4以及其他23个真菌病毒的RdRps为基础进行的系统发育分析表明,RsRV4与Rhizoctonia solani dsRNA virus 2、Spinach cryptic virus 1、Beet cryptic virus 1以及White clover cryptic virus 1共同聚在甲型(?)双分体病毒属(Alphapartitivirus)谱系中,并且与我们实验室先前在水稻纹枯病菌中发现的双分体病毒RsPV2聚在同一个分支中,表明这两个病毒的亲缘关系较近,与同源性分析的结果一致,再次证明了该病毒为一种新的甲型(?)双分体病毒。(6)菌株D168与GD118的菌核均较多,菌株D168的生长速率与菌株GD118较相似,但致病力要弱于菌株GD118,推测RsRV4的存在可能会对菌株D168的致病力造成一定的影响。

关键词：水稻纹枯病菌真菌病毒 dsRNA 甲型(α)双分体病毒属基因组结构分析

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野鸟肠道病毒群落解析及DNA病毒暗物质挖掘

野鸟肠道病毒群落解析及DNA病毒暗物质挖掘

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作者：代紫苑江苏大学

学位级别：硕士

目前正在肆虐的新冠病毒给全球的公共卫生事业带来了巨大的冲击,对人类的生命安全构成严重威胁。这次新冠肺炎疫情的爆发再次引起人们对病毒性新发传染病的关注,有研究者对新冠病毒进行溯源研究时发现其可能源于野生动物。野生动物携带... 详细信息

目前正在肆虐的新冠病毒给全球的公共卫生事业带来了巨大的冲击,对人类的生命安全构成严重威胁。这次新冠肺炎疫情的爆发再次引起人们对病毒性新发传染病的关注,有研究者对新冠病毒进行溯源研究时发现其可能源于野生动物。野生动物携带并传播病原体的例子常有报道,其中野生鸟类被认为是病毒的天然储藏库。野生鸟类遍布全球各地,这些具有大量生物量的动物在每年的迁徙周期中在全球范围内移动,创造了一个真正相互联系的星球。除了野生鸟类,被人类饲养并食用的家禽可能是潜在的人畜共患禽流感病毒(如甲型流感病毒)的重要放大器。尽管我们与鸟类有着重要的关系,但我们对禽类病毒的多样性了解有限。由于野生动物经常与重要的人类疾病有关,因此识别这些物种中现有或潜在的病原体至关重要。最近二十年来,基于高通量低成本的二代测序技术的宏基因组学的出现,使得病毒的发现出现了质的飞跃,不仅可以追踪特定流行病的起源,而且可以对疾病的最可能来源进行风险评估。为了了解和掌握中国野生鸟类肠道内病毒群落的多样性和丰度并挖掘DNA病毒暗物质分析其遗传进化关系,我们对中国黑龙江、江苏、浙江、吉林和湖南5个省的自然保护区、动物园、公园和农场中收集的九十多种鸟类的3,404份泄殖腔样本进行了系统的宏基因组分析。本研究的主要内容和结论如下:1.野生鸟类肠道病毒群落解析:野生鸟类肠道内共检测到1,518种病毒,属于157个属,36个科,26个目,19个纲,10个门,5个界,4个域。其中核糖病毒域(Riboviria)和单链DNA病毒域(Monodnaviria)的病毒分别占所有序列的65.07%和34.29%,前者占比相对较高的是小RNA病毒目(Picornavirales)中的二顺反子病毒科(Dicistroviridae)、小RNA病毒科(Picornaviridae)和传染性软腐病病毒科(Iflaviridae),后者以细小病毒科(Parvoviridae)和类双生病毒科(Genomoviridae)为主。细小病毒科(Parvoviridae)、二顺反子病毒科(Dicistroviridae)和小RNA病毒科(Picornaviridae)在游禽、鸣禽、攀禽、猛禽、涉禽和走禽六大组内均有检测到,且具有较高的丰度。在种水平上,有将近一半的病毒可以同时存在于两组及两组以上的鸟类肠道中,具体到存在于鸣禽组中的1,146种病毒时,我们发现,约有58.81%的病毒不止感染某一科的鸟类。在属和科分类水平上,分别有20个属、18个科在六组鸟类肠道中共享,表明鸟类可能是这些科和属的关键宿主,这些广泛存在的核心病毒组可能在维持鸟类肠道病毒群落的稳定性和功能中发挥重要作用。***病毒暗物质挖掘:通过宏基因组序列分析,在鸟类肠道中发现了170个属于Cossaviricota门的细小相关病毒以及323个属于Cressdnaviricota门的环形病毒。根据基因组结构分析、系统发育分析以及序列相似性分析,我们挖掘出的170个新型细小相关病毒分别有5个属于细小病毒亚科(Parvovirinae),70个属于浓核病毒亚科(Densovirinae),28个属于Hamaparvovirinae,31个属于细小样杂交病毒(Parvo-like virus),17个属于未分类细小病毒(Parvoviridae sp.),19个属于起源于细小病毒的二分DNA病毒科(Bidnaviridae);挖掘出的323个新型环形病毒中11个属于圆环病毒科(Circoviridae),7个属于小环状DNA病毒科(Smavoviridae),168个属于类双生病毒科(Genomoviridae),137个属于未分类CRESS DNA病毒(CRESS DNA virus sp.)。

关键词：病毒宏基因组学 DNA病毒暗物质野生鸟类基因组结构分析系统发育分析

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新发林麝环状类病毒的鉴定和分析

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中国动物传染病学报 2022年第1期30卷 39-43页

作者：刘齐杨世兴张文齐敦武付为国江苏大学农业工程研究院镇江212013 江苏大学医学院镇江212013 成都大熊猫繁育研究基地四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室成都610081

利用病毒宏基因组学(viral metagenomics)方法,本研究从95份林麝粪便样品中检测到1株新型圆环病毒样(Circoviruslike)病毒,经过拼接获得其全基因组序列,该毒株命名为ls-cyc。其基因组全长约3552 nt,GC含量39.00%,含有2个开放阅读框(ORF)... 详细信息

利用病毒宏基因组学(viral metagenomics)方法,本研究从95份林麝粪便样品中检测到1株新型圆环病毒样(Circoviruslike)病毒,经过拼接获得其全基因组序列,该毒株命名为ls-cyc。其基因组全长约3552 nt,GC含量39.00%,含有2个开放阅读框(ORF),即ORF1和ORF2。其中ORF1长度为1386 nt,ORF2长度为1953 nt。ORF1编码的氨基酸序列与来自猪血清圆环状病毒的(MH170058.1)序列相似度为34.31%。系统进化分析表明其与来自猪的圆环状病毒(MH170058.1)和鸭相关环状病毒(NC_030134.1)为同一进化分支。该病毒是否与林麝特定疾病相关有待于进一步流行病学研究。

关键词：林麝环状病毒病毒宏基因组学基因组结构分析系统发育分析

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病毒宏基因组学方法鉴定出小熊猫粪便中一株新型指环状病毒

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上海交通大学学报（农业科学版） 2018年第1期36卷 14-19,35页

作者：郭靓骅吴孔菊华修国崔立张文齐敦武上海交通大学农业与生物学院上海市兽医生物技术重点实验室上海200240 四川成都大熊猫繁育研究基地四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室成都610081 江苏大学医学院江苏镇江212013

研究从2份小熊猫粪便样品中检测到了一种新型的指环状病毒,命名为AV-Chengdu1(GenBank KX611132)。全基因组测序结果表明,其基因组全长约2 900nt,GC含量为49.8%;基因组结构分析表明其含3个开放阅读框(ORF1:1 743nt,ORF2:393nt,ORF3:399n... 详细信息

研究从2份小熊猫粪便样品中检测到了一种新型的指环状病毒,命名为AV-Chengdu1(GenBank KX611132)。全基因组测序结果表明,其基因组全长约2 900nt,GC含量为49.8%;基因组结构分析表明其含3个开放阅读框(ORF1:1 743nt,ORF2:393nt,ORF3:399nt),其中ORF1编码产物的氨基酸序列与一株来自松貂的指环状病毒的氨基酸序列(JN704611)同源性为56.4%。系统进化分析表明其与来自松貂的指环状病毒(JN704611)紧密聚类。

关键词：小熊猫病毒宏基因组学指环状病毒基因组结构分析系统进化分析

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