病毒宏基因组学方法鉴定出小熊猫粪便中一株新型指环状病毒

作     者：郭靓骅 吴孔菊 华修国 崔立 张文 齐敦武 GUO Liang-hua;WU Kong-ju;HUA Xiu-guo;CUI Li;ZHANG Wen;QI Dun-wu

作者机构：上海交通大学农业与生物学院上海市兽医生物技术重点实验室上海200240 四川成都大熊猫繁育研究基地四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室成都610081 江苏大学医学院江苏镇江212013 

出 版 物：《上海交通大学学报（农业科学版）》 (Journal of Shanghai Jiaotong University(Agricultural Science))

年 卷 期：2018年第36卷第1期

页      面：14-19,35页

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家自然科学基金(31270186 31372223) 四川省大熊猫保育研究基金(CPFResearch CPF2014-02) 上海交通大学Agri-X项目(AF1500028/001) 

主　　题：小熊猫 病毒宏基因组学 指环状病毒 基因组结构分析 系统进化分析 

摘      要：研究从2份小熊猫粪便样品中检测到了一种新型的指环状病毒,命名为AV-Chengdu1(GenBank KX611132)。全基因组测序结果表明,其基因组全长约2 900nt,GC含量为49.8%;基因组结构分析表明其含3个开放阅读框(ORF1:1 743nt,ORF2:393nt,ORF3:399nt),其中ORF1编码产物的氨基酸序列与一株来自松貂的指环状病毒的氨基酸序列(JN704611)同源性为56.4%。系统进化分析表明其与来自松貂的指环状病毒(JN704611)紧密聚类。