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三峡兰陵溪杉木马尾松混交林土壤dna空间异质性分析

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林业科学研究 2012年第5期25卷 664-669页

作者：林英华汪来发卢萍田晓堃肖文发中国林业科学研究院湿地研究所北京100091 中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所国家林业局森林保护学重点实验室北京100091 中国林业科学研究院亚热带林业研究所浙江富阳311400 华中农业大学园艺林学学院湖北武汉430070

Soil samples were collected to a depth of 20 cm using a 3.0 m × 3.0 m grid in 900 m 2(30.0 m ×30.0 m) plots for analysis of spatial patterns of soil in undisturbed area of China fir(Cunninghamia lanceolata) and Masson pine(Pinus massoniana) mixed forest in the Three Gorger Reservoir *** investigation data showed that the average of soil dna content was 922.71 μg·g-1 water-free soil,the maximal value was 6 761.30 μg·g-1 water-free soil,and the less value 58.52 μg·g-1 water-free *** geostatistical analysis indicated that the spatial distribution characteristic was not obviously reflected by the liner graphs while samples were randomly distribution and independent each *** separation distance among samples was related to precision of soil dna content,the effects of non-structure factors(environment factors,disturbed factors) on spatial correlation structure would disappeared due to the separation distance in excess of 18.84 m,and the spatial correlation of soil dna faded down in *** variability in soil dna in the region was mostly contributed by the influencing factors including soil nitrogen,soil organic matter and content of soil water.

关键词：土壤dna 空间分布插值法多元回归湖北秭归

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广西红树林土壤dna提取和分析

广西红树林土壤DNA提取和分析

浙贝母根际土壤总dna提取和纯化方法的比较

廿一世纪微生物学发展前沿与应用新技术研讨会

作者：杨建洪葵华南热带农业大学工学院中国热带农业科学院热带生物技术研究所热带作物生物技术国家重点实验室

自然环境中的微生物95-99%的种类至今尚不可在人工培养基上培养,这些菌种因为无法培养而未被人类所认识,而它们所包含的极大量的遗传基因是一笔无法估量的财富。用分子生物学的方法,从土壤中不经培养直接抽提总dna,是近几年逐步发展起... 详细信息

自然环境中的微生物95-99%的种类至今尚不可在人工培养基上培养,这些菌种因为无法培养而未被人类所认识,而它们所包含的极大量的遗传基因是一笔无法估量的财富。用分子生物学的方法,从土壤中不经培养直接抽提总dna,是近几年逐步发展起来的全新实验手段。通过这种实验技术,可以有效地避免在传统富集培养、分离、鉴定全过程中造成的生物多样性丢失,种群构成发生变化

关键词：红树林土壤土壤dna dna提取

来源： cnki会议评论

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微生物学通报 2008年第11期35卷 1840-1844页

作者：窦莹颖林展民朱英德路群叶波平中国药科大学生命科学与技术学院南京210009

本研究通过对6种土壤总dna提取方法(CTAB-SDS-冻融法、玻璃珠-SDS-酚氯仿抽提法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-SDS法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-溶菌酶法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-冻融法和UltraClean试剂盒法)和4种纯化方法(改进琼脂糖... 详细信息

本研究通过对6种土壤总dna提取方法(CTAB-SDS-冻融法、玻璃珠-SDS-酚氯仿抽提法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-SDS法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-溶菌酶法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-冻融法和UltraClean试剂盒法)和4种纯化方法(改进琼脂糖凝胶电泳法、2%聚乙烯吡咯烷酮-琼脂糖凝胶电泳法、PVPP层析柱法和低熔点琼脂糖电泳法)的比较,证明利用20 mmol/L EDTA(pH 7.5)预处理土壤后,利用CTAB-SDS-冻融法提取土壤总dna并经改进琼脂糖凝胶电泳法纯化获得的浙贝母根际土壤总dna的得率和纯度相对较高,达44.00μg/g±2.65μg/g土壤,可用于后续基于16S rdna分析基础上的土壤微生物分子生态学的分析工作。

关键词：浙贝母根际土壤土壤dna 提取和纯化方法优化

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土壤dna提取与纯化方法的研究

今日科苑 2015年第12期 124-124页

作者：刘雪济南市食品药品检验检测中心

土壤dna提取与纯化成为研究土壤微生物微生态的首要前提,本文系统总结了国内外提取和纯化土壤dna的方法。

关键词：土壤dna 提取纯化

采用实时荧光定量PCR技术比较提取土壤真菌dna方法的差异

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安徽农业科学 2011年第33期39卷 20318-20321页

作者：王淑芳马桂珍钱媛媛陈月淮海工学院海洋学院江苏连云港222005 江苏省海洋生物技术重点建设实验室江苏连云港222005

[目的]采用实时荧光定量PCR技术比较手提方式和OMEGA微量土壤dna提取试剂盒获得土壤中真菌dna的差异。[方法]接种5个梯度稀释的辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici)菌丝到灭菌土壤中,并设置不接种的样品为阴性对照。采用手提方式和OMEGA... 详细信息

[目的]采用实时荧光定量PCR技术比较手提方式和OMEGA微量土壤dna提取试剂盒获得土壤中真菌dna的差异。[方法]接种5个梯度稀释的辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici)菌丝到灭菌土壤中,并设置不接种的样品为阴性对照。采用手提方式和OMEGA土壤微量dna提取试剂盒分别提取制备的土壤样品,采用实时荧光定量PCR方法和辣椒疫霉菌的特异性引物对土壤样品中的辣椒疫霉菌进行定量,并对结果进行比较,分析两种方法的特点。[结果]手提方式和试剂盒方式获得的土壤真菌dna受土壤中杂质的影响较小,并且均能获得适合实时荧光定量PCR技术的模板dna。采用试剂盒方式获得的辣椒疫霉菌定量结果比手工提取方式获得的辣椒疫霉菌定量结果平均高2.78倍。[结论]采用OMEGA微量土壤dna提取试剂盒方法获得的菌体基因组dna的量较多,定量结果更精确;手提方法所需试剂均为常用生化试剂,方便获得且价格低廉。因此,两种方法各有优势,可以根据实际情况选择。

关键词：实时荧光定量PCR 真菌土壤dna

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四种土壤微生物总dna的纯化方法的比较

微生物学杂志 2005年第3期25卷 1-4页

作者：邵继海何绍江冯新梅华中农业大学教育部农业微生物重点实验室

比较了4种从土壤中直接抽提的微生物总dna的纯化方法,实验结果表明1 %的琼脂糖凝胶电泳纯化方法及葡聚糖凝胶G 2 0 0离心层析纯化方法均不能完全纯化从土壤中抽提的微生物总dna。若将直接抽提的总dna先经葡聚糖凝胶G 2 0 0离心层析纯化... 详细信息

比较了4种从土壤中直接抽提的微生物总dna的纯化方法,实验结果表明1 %的琼脂糖凝胶电泳纯化方法及葡聚糖凝胶G 2 0 0离心层析纯化方法均不能完全纯化从土壤中抽提的微生物总dna。若将直接抽提的总dna先经葡聚糖凝胶G 2 0 0离心层析纯化,再用1 %的琼脂糖凝胶电泳纯化,则能取得较好的纯化效果。含2 %PVP的1 %琼脂糖凝胶电泳纯化,用dna凝胶回收试剂盒回收后没有得到纯化后的土壤微生物总dna。

关键词：土壤dna 直接抽提纯化

单细胞、显微计数和高通量测序典型水稻土微生物组的技术比较

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微生物学报 2017年第6期57卷 899-919页

作者：贾仲君蔡元锋贠娟莉杜文斌中国科学院南京土壤研究所土壤与农业可持续发展国家重点实验室中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室

【目的】比较传统显微计数、单细胞分选和现代分子方法研究典型水稻土微生物组的细胞数量、物种组成及好氧甲烷氧化菌生理生态过程的技术特点。【方法】针对水稻土中可提取微生物细胞(土壤细胞)及其dna(细胞dna)、单细胞dna、土壤微生... 详细信息

【目的】比较传统显微计数、单细胞分选和现代分子方法研究典型水稻土微生物组的细胞数量、物种组成及好氧甲烷氧化菌生理生态过程的技术特点。【方法】针对水稻土中可提取微生物细胞(土壤细胞)及其dna(细胞dna)、单细胞dna、土壤微生物组总dna(土壤dna),利用传统显微计数和实时荧光定量PCR(qPCR)方法,研究水稻土好氧甲烷氧化过程中微生物数量的变化规律;通过高通量测序16S rRNA基因技术,研究微生物物种组成的变化规律。【结果】水稻土微生物组的传统显微计数结果显著低于现代分子方法 qPCR,最高可达3个数量级。基于DAPI染色、CARD-FISH、细胞dna及土壤dna的qPCR定量结果分别为:(5.8–7.4)×107、(1.7–1.9)×107、(2.8–6.3)×108、(1.5–2.7)×1010cells/g。基于qPCR的水稻土好氧甲烷氧化菌数量为1.1×107cells/g,比传统显微计数方法高3个数量级。然而,当水稻土氧化高浓度甲烷后,所有方法均发现甲烷氧化菌显著增加,增幅分别为54倍(CARD-FISH)、388倍(细胞dna)和45倍(土壤dna)。在微生物分类学门的水平,细胞dna(25个门)与土壤dna(30个门)结果基本一致,均能较好地反映水稻土微生物组的群落结构,而单细胞dna尽管检测到20个门,但偏好性较大,95%以上均为Proteobacteria。在微生物分类学属的水平,土壤dna、细胞dna和单细胞dna分析均表明背景土壤含有7个好氧甲烷氧化菌的pmo A基因型,但氧化高浓度甲烷后,γ-Proteobacteria的2个属Methylobacter/Methylosarcina则成为优势类群。【结论】土壤微生物的传统显微计数(DAPI和CARD-FISH)结果显著低于qPCR技术,相差1–3个数量级。qPCR定量土壤dna和细胞dna表明:水稻土可提取微生物细胞约占土壤微生物总量的2%左右,而好氧甲烷氧化菌的提取效率最高可达6%。细胞dna在门水平能较好地反映水稻土微生物组成,但在属水平和土壤dna有着较大差异。Planctomycetes微生物门的细胞易被提取,Acidobacteria门的微生物则较难被提取,而单细胞分选技术则偏好Proteobacteria。尽管传统方法和分子技术的分辨率明显不同,但均能较好地表征水稻土甲烷氧化的微生物生理生态过程。未来土壤微生物组研究应更加重视科学问题本身对技术手段的内在需求,最大限度发挥各种先进技术的优势。

关键词：微生物数量微生物组成土壤dna 土壤可提取细胞单细胞

基于致病基因靶点的PCR法特异性检测土壤青枯菌

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中国烟草学报 2012年第2期18卷 33-36页

作者：郭淼淼种斌徐小洪杨超陈海涛蒋士君河南农业大学植物保护学院郑州市金水区文化路95号450002 重庆市烟草公司黔江分公司重庆市黔江区西沙南路39号409700 重庆市烟草公司重庆市江北区五江路20号400023

利用分子生物学手段,以***染色体上的16S rdna ITS以及毒性质粒携带的致病性相关基因fliC为靶点,分别设计5对序列特异性引物,筛选得到了特异性扩增16Srdna ITS保守序列的引物对RaITS-1/2以及特异性扩增病菌fliC基因片段的引物对RalfliC-... 详细信息

利用分子生物学手段,以***染色体上的16S rdna ITS以及毒性质粒携带的致病性相关基因fliC为靶点,分别设计5对序列特异性引物,筛选得到了特异性扩增16Srdna ITS保守序列的引物对RaITS-1/2以及特异性扩增病菌fliC基因片段的引物对RalfliC-F/R。比较这两对引物的扩增灵敏度、稳定性和特异性可以发现,它们均能够稳定、快速、灵敏地检测青枯菌dna,检测灵敏度可以达到10 fg dna/μL。在此基础上成功构建了直接检测土壤青枯菌dna的PCR检测技术体系。

关键词：青枯菌土壤dna fliC PCR检测

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转基因水稻根际固氮微生物群落结构分析

转基因水稻根际固氮微生物群落结构分析

作者：王丽娜东北农业大学

学位级别：硕士

转基因水稻环境安全性问题是研究者关注的焦点之一。有关转基因水稻对稻田土壤微生物的影响目前仍知之甚少。固氮微生物是水稻根际微生物群落中重要的微生物功能菌群之一,对水稻氮素营养调节起着重要作用。本论文重点利用功能基因法对... 详细信息

转基因水稻环境安全性问题是研究者关注的焦点之一。有关转基因水稻对稻田土壤微生物的影响目前仍知之甚少。固氮微生物是水稻根际微生物群落中重要的微生物功能菌群之一,对水稻氮素营养调节起着重要作用。本论文重点利用功能基因法对转基因水稻根际固氮微生物群落多样性进行了研究。主要内容和结论如下:1、三种土壤微生物总dna提取方法的比较。本研究对3种常用的土壤微生物总dna提取方法Martin法、高盐改进法及试剂盒法进行了比较,并通过dna得率、纯度及16S rdnaV3可变区的PCR扩增结合DGGE法(denaturing gradient gel electrophoresis),分别对3种方法进行评价。结果表明,三种方法均能达到土壤微生物多样性PCR-DGGE分析的要求。其中,试剂盒提取方法的DGGE条带更为均匀,能更好地代表土壤微生物多样性。与试剂盒法相比,Martin法和高盐改进法由于纯化不够完全,dna提取液中的杂质等可能影响PCR扩增反应,造成DGGE分析中PCR扩增产物条带数目的微小变化,从而可能会给土壤微生物多样性分析带来偏差。理想的解决方案是,DGGE结合目的条带回收、测序以保证土壤微生物多样性分析的可靠性。三种方法中,试剂盒方法操作简单,提取的dna质量较高,但dna得率较低且成本昂贵。Martin法和高盐改进法用时较长,dna得率较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉。在本论文中选用试剂盒方法为提取水稻根际土壤微生物dna的方法。2、转基因水稻对根际固氮微生物群落多样性的影响。本研究以转基因水稻科丰6号(转Bt)与转基因水稻抗优97(转Xa21)及对照非转基因水稻中鉴为材料,我们通过提取土壤微生物dna,对固氮微生物进化保守基因nifH进行PCR扩增、序列比对及分类单元分析,分析转基因水稻及非转基因水稻根际固氮微生物群落。转基因水稻(科丰6号、抗优97)与非转因水稻(中鉴)根际固氮微生物的丰富度指数及优势度指数等均无明显差别。通过建立系统发育树,对三种水稻根际的固氮微生物群落进行了系统发育分析,我们发现:三个水稻品种的根际固氮微生物类群主要分为两大类,一类是变形菌门(proteobacteria)其中包括α-Proteobacteta,γ-Proteobacteria,β-Proteobacteria与δ-proteobacteria另一大类为厚壁菌门(Firmicutes)。中鉴与科丰6号的根际固氮微生物超过半数是属于γ-proterbact eria,抗优97的根际固氮微生物在这一菌门中所占的比例明显低于其它两个水稻品种,在其它各菌门中,转基因水稻与非转基因水稻根际固氮菌的种类无明显差别。而且本文中研究的绝大部分固氮菌群属于具有典型钼-铁固氮酶特性groupⅠ,小部分属于具有厌氧钼-铁固氮酶特性的groupⅡ。分析结果表明,转基因水稻科丰6号(转Bt)与抗优97(转Xa21)与非转基因水稻根际固氮微生物多样性没有明显差别,转基因水稻对根际固氮微生物群落没有显著影响。本论文的研究初步揭示了转基因水稻根际固氮微生物的群落结构,为转基因水稻安全评价提供了科学数据。

关键词：转基因水稻固氮微生物土壤dna DGGE nifH