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消费者在甜玉米种质食味品质鉴评中的偏好性初探

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作物杂志 2023年第1期 14-19页

作者：于永涛张楠谢利华李光玉刘建华李武李高科胡建广广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室广东广州510640

甜玉米的蒸煮品质品尝鉴评是评价食味品质的重要环节。了解普通消费者评价甜玉米食味品质的标准及偏好性可以使育种家在改良甜玉米品质和培育优质品种时更有针对性。以17份甜玉米种质为试验材料,在专业鉴评的基础上,请95名普通消费者进... 详细信息

甜玉米的蒸煮品质品尝鉴评是评价食味品质的重要环节。了解普通消费者评价甜玉米食味品质的标准及偏好性可以使育种家在改良甜玉米品质和培育优质品种时更有针对性。以17份甜玉米种质为试验材料,在专业鉴评的基础上,请95名普通消费者进行了品尝鉴评,并对获得的评价数据进行调查。普通消费者的评价结果总体上和专业鉴评结果相一致;与好吃程度相关性最高的是风味和甜度,相关系数均在0.950以上;女性普通消费者中果皮厚度与好吃程度的相关系数高达0.930以上,显著高于男性的0.892,而女性消费者中好吃程度与光泽度的相关系数则只有0.501,明显低于男性的0.666。上述结果表明,与普通消费者整体喜好度相关性最高的是风味和甜度;女性消费者对果皮厚度的重视程度高于男性,而男性消费者对光泽度的重视程度高于女性。这些初步调查结果可为育种家们开展更有针对性的甜玉米食味品质改良提供参考依据。

关键词：甜玉米食味品质消费者偏好性

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豇豆OSCA基因家族密码子偏好性分析

分子植物育种 2023年

作者：仇学文曾春涛王楠李铖李丹徐梦怡程柳洋吴才君江西农业大学农学院

本研究以豇豆(Vigna unguiculata (Linn.) Walp.) OSCA基因家族为研究对象，利用Codon W、CUSP和MEGA11对鉴定出的14个OSCA基因家族成员进行密码子偏好性分析。结果表明，豇豆OSCA基因家族成员整体偏好性较弱，大多数成员偏好以T(U)和A... 详细信息

本研究以豇豆(Vigna unguiculata (Linn.) Walp.) OSCA基因家族为研究对象，利用Codon W、CUSP和MEGA11对鉴定出的14个OSCA基因家族成员进行密码子偏好性分析。结果表明，豇豆OSCA基因家族成员整体偏好性较弱，大多数成员偏好以T(U)和A结尾，VuOSCA5偏好以T(U)和G结尾。GC总量与密码子第3位碱基GC含量相关性显著。还鉴定出27个高频密码子，其中23个以U或A结尾。根据RSCU值对基因进行聚类分析结果与实际有一定差异，仅可作为参考。从ENc-plot、PR2-plot、中性绘图可以看出自然选择对该家族成员密码子偏好性影响较大。从密码子使用频率比值可以看出，烟草、拟南芥和酵母可以作为豇豆OSCA基因家族成员基因异源表达的受体。

关键词：豇豆(Vigna unguiculata (L.) Walp) OSCA基因家族密码子偏好性

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南五味子属叶绿体基因组密码子偏好性分析

西北林学院学报 2023年第5期38卷 102-109页

作者：刘涛尹登攀金吉芬彭志军李兴忠汪得凯贵州省果树科学研究所贵州贵阳550027 浙江理工大学生命科学与医药学院浙江杭州310018 贵州省农作物品种资源研究所贵州贵阳550027

为探究南五味子属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响因素,利用Codon W 1.4.2、CUSP及EMBOSS等程序,进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。结果表明,南五味子属4个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,只有rps14的ENC值... 详细信息

为探究南五味子属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响因素,利用Codon W 1.4.2、CUSP及EMBOSS等程序,进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。结果表明,南五味子属4个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,只有rps14的ENC值小于40;物种间的密码子参数高度保守,GC_(2)对ENC影响较大;有31个密码子RSCU大于1,均以A/U结尾;自然选择在4个物种叶绿体基因组同义密码子使用偏性中发挥主导作用;南五味子属4个物种中分别确定了18、17、16和18个最优密码子,共有的最优密码子有14个;在ΔR_(SCU)>0.5的高频密码子中,仅有编码半胱氨酸(Cys)的UGU为共有最优密码子。表明南五味子属4个物种间密码子偏好性较保守,自然选择是影响密码子偏好性的主要因素。研究结果为南五味子属物种鉴定、保护和遗传改良提供了基础。

关键词：南五味子属叶绿体基因组偏好性最优密码子

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基于转录组的小黄姜密码子偏好性分析

分子植物育种 2022年

作者：王润英赵德刚赵懿琛贵州大学生命科学学院山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵州省农业科学院贵州省植物保育技术应用工程研究中心贵州大学茶学院

为研究小黄姜功能基因的表达情况及密码子偏好性。本研究使用Illumina HISeq;2000对小黄姜转录组测序，根据小黄姜测序结果中筛出的10 521条完整开放阅读框序列，用CodonW计算小黄姜密码子偏好性指标。共获得175 994条Unigenes。注释到... 详细信息

为研究小黄姜功能基因的表达情况及密码子偏好性。本研究使用Illumina HISeq;2000对小黄姜转录组测序，根据小黄姜测序结果中筛出的10 521条完整开放阅读框序列，用CodonW计算小黄姜密码子偏好性指标。共获得175 994条Unigenes。注释到的Unigenes有92 670条（52.66%），其中注释到NR数据库的Unigenes最多。GO注释包含生物过程、细胞组成和分子功能，分别注释到21、12、11个GO terms。有34 841个基因注释到COG中，包括25个子类。小黄姜基因的GC12、GC3s和平均GC含量分别为51.28%、51.44%、51.29%，密码子偏好性受到突变和选择等要素影响。本研究共筛出23个小黄姜最优密码子，除UGA外，其余最优密码子第三位碱基为G/C。此研究为小黄姜基因功能解析、外源基因的改良及表达提供理论依据。

关键词：小黄姜转录组功能注释密码子偏好性

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杂花苜蓿叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

分子植物育种 2023年

作者：郝新艳刘嘉伟米福贵内蒙古农业大学草原与资源环境学院草地资源教育部重点实验室

为探究杂花苜蓿(Medicago varia)叶绿体基因组密码子使用偏好性，本研究通过高通量测序技术对杂花苜蓿叶绿体基因组测序，筛选出50条CDS序列进行密码子组成、中性绘图、ENc-plot、PR2-plot、相对同义密码子使用度(RSCU)及最优密码子分... 详细信息

为探究杂花苜蓿(Medicago varia)叶绿体基因组密码子使用偏好性，本研究通过高通量测序技术对杂花苜蓿叶绿体基因组测序，筛选出50条CDS序列进行密码子组成、中性绘图、ENc-plot、PR2-plot、相对同义密码子使用度(RSCU)及最优密码子分析，结果显示：密码子各位置的GC含量分布不均匀，其中GC1含量最高为46.18；ENc值在26.81～61.00间，平均值为50.55，密码子使用偏好性较弱；在中性绘图中GC3与GC12相关性不显著，基因突变对密码子使用偏好性影响较小；ENc-plot中，大多数基因分布于曲线下方且均距离曲线较远，ENc比值在-0.05～0.05之间的基因有20个，PR2-plot中，杂花苜蓿叶绿体基因组密码子的第三位碱基使用频率T高于A，G高于C，这表明密码子偏好性受自然选择影响较大；RSCU值大于1的有32个密码子，大部分都是以A和U结尾；杂花苜蓿叶绿体基因组中共有15个最优密码子，并且均以A或U结尾。本研究结果可为今后杂花苜蓿遗传多样性、种质资源的鉴定及系统发育等提供一定的理论基础。

关键词：杂花苜蓿(Medicago varia) 叶绿体基因组密码子偏好性

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白兰叶绿体基因密码子偏好性分析

分子植物育种 2022年

作者：韩春丽陈乃明陈乃健谭冬晓杨利平王鹏良北部湾大学海洋学院钦州市林业科学研究所

为了解白兰叶绿体基因的密码子偏好性，筛选以ATG起始且长度大于300 nt的白兰叶绿体非重复基因为研究材料，使用CodonW1.4.2和SPSS软件分析了白兰叶绿体基因密码子使用偏好性。结果表明：密码子第3位GC含量变化范围为22.10%～36.90%；3... 详细信息

为了解白兰叶绿体基因的密码子偏好性，筛选以ATG起始且长度大于300 nt的白兰叶绿体非重复基因为研究材料，使用CodonW1.4.2和SPSS软件分析了白兰叶绿体基因密码子使用偏好性。结果表明：密码子第3位GC含量变化范围为22.10%～36.90%；31个高频密码子中93.55%密码子的第3位是A/U，表明偏好以A/U结尾；ENC和CAI平均值分别为47.74和0.171，说明白兰叶绿体基因的密码子偏性较弱；PR2-plot分析和中性分析指出大多数基因不在中心位置和对角线，表明选择是影响密码子偏爱性的重要因素；ENC-plot分析表明基因在-0.1～0及0～0.1区间分布的比例分别为27.27%和47.27%，总共为74.54%，说明突变在密码子偏好形成过程中也起重要作用；对应性分析表明，第1轴的贡献率为19.39%，第2至4轴的贡献率分别为9.76%、5.53%、5.10%，前四轴累计贡献率为39.79%，第1轴与碱基组成参数GC1、GC2、GC、A3和G3及密码子偏好性参数CAI、CBI和Fop均呈极显著相关，相关系数相当，因此推断选择和突变在白兰叶绿体密码子偏好的影响相当。最终确定GCU、GUU、AGU、AUU、AAU、GGU、CUU、CCU、UUA、ACA、GUA、CAA 12个密码子为白兰叶绿体基因的最优密码子。本研究结果有助于优化外源待转化基因密码子，提高其在宿主中的表达效率，更好地改良白兰生长、代谢、耐逆性及抗病虫害等关键性状。

关键词：白兰叶绿体基因密码子偏好性

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朝仓花椒转录组密码子偏好性分析

分子植物育种 2020年第21期18卷 6989-6996页

作者：王超赵懿琛赵德刚贵州大学生命科学学院山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实室贵阳550025 贵州大学茶学院贵阳550025 贵州省农业科学院贵阳550006

生物体内密码子的使用偏好性对外源基因在宿主内表达存在较大的影响。为研究朝仓花椒密码子偏好性,本研究利用CodonW软件对花椒7 014个编码氨基酸基因序列进行密码子偏好性分析,计算了编码氨基酸的密码子使用频率,结果显示花椒偏好使用... 详细信息

生物体内密码子的使用偏好性对外源基因在宿主内表达存在较大的影响。为研究朝仓花椒密码子偏好性,本研究利用CodonW软件对花椒7 014个编码氨基酸基因序列进行密码子偏好性分析,计算了编码氨基酸的密码子使用频率,结果显示花椒偏好使用以碱基A/U结尾的密码子,共有23个,如AGA、CCU、CCA等。少量使用以碱基G/C结尾的密码子,共有8个,如GAG、UUG、CUC等。与毛果杨、拟南芥、大肠杆菌、酵母、克莱门柚进行密码子偏好性比较,发现花椒与其他物种偏好性差异较大的密码子分别有21、20、26、22和27种,其中与拟南芥差异最小,与大肠杆菌、克莱门柚差异最大。该研究对花椒基因的异源表达及蛋白功能验证具有重要的指导意义。

关键词：朝仓花椒(Zanthoxylum piperitum) 密码子高频密码子偏好性

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香樟转录组基因密码子偏好性分析

广西植物 2021年第12期41卷 2077-2083页

作者：梁晓静朱昌叁李开祥安家成王鹏良广西林业科学研究院广西特色经济林培育与利用重点实验室国家林业局八角肉桂工程技术研究中心广西木本香料工程技术研究中心南宁530002 北部湾大学广西钦州535011

为了解香樟基因密码子偏好性,该文以NCBI网站中香樟转录组数据为材料,利用生物信息学手段评价转录组数据质量,选取高质量数据的转录组,去除低质量序列,组装转录组,预测基因结构,再利用自编perl脚本提取以AUG开头的基因序列37 Mb序列3493... 详细信息

为了解香樟基因密码子偏好性,该文以NCBI网站中香樟转录组数据为材料,利用生物信息学手段评价转录组数据质量,选取高质量数据的转录组,去除低质量序列,组装转录组,预测基因结构,再利用自编perl脚本提取以AUG开头的基因序列37 Mb序列34931个基因,进一步利用CodonW分析基因密码子偏好性。结果表明:GC含量的变化范围为0.273~0.742,均值为0.452;ENC的范围为26.29~61.00,均值为52.76;CAI的范围为0.064~0.401,均值为0.199;RSCU值大于1的密码子数目为27个,其中以U或A结尾的有22个;中性分析表明,小部分基因在对角线上,大多数基因偏离对角线;ENC-plot分析表明小部分基因在标准曲线上,大多数基因偏离标准曲线。上述研究结果表明,香樟基因的密码子偏好性比较弱,密码子常以A/U结尾;突变和选择两者都在密码子偏好中起作用,而选择作用更大;最终确定了GUU、CAG、GAA、UCU、GCU、GGU为最优密码子,通过对目标基因密码子的校正,提高表达效率,从而为利用基因工程技术改良香樟重要性状奠定了基础。

关键词：香樟转录组基因密码子偏好性

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蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性分析

西南林业大学学报（自然科学） 2021年第3期41卷 15-22页

作者：原晓龙刘音康洪梅陈中华李云琴王毅云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201 云南省水文水资源局昆明分局/云南省水环境监测中心昆明市分中心云南昆明650051

为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC−plot、PR2−plot绘图分析并确定了其最优密码子。结果表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基G... 详细信息

为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC−plot、PR2−plot绘图分析并确定了其最优密码子。结果表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC含量为28.43%,远低于第1位(47.74%)和第2位(41.05%),RSCU值大于1的密码子有30个,其中12个以A结尾,16个以U结尾,说明蒜头果叶绿体基因组的编码基因偏好以A和U结尾。GC_(12)和GC_(3)的相关系数为0.1646,相关性不显著,回归系数为0.0004;有效密码子数(ENC)范围为40.39~54.86,大于45的有25个,ENC比值主要分布在−0.05~0.05之外。蒜头果叶绿体基因组中的大部分基因分布在PR2平面图的下半部或右下半部,说明蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性更多地受选择的影响,同时亦受其他因素的影响。蒜头果叶绿体基因组的最优密码子确定为UUU、UUA、GUA等18个。

关键词：蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性