豇豆OSCA基因家族密码子偏好性分析

作     者：仇学文 曾春涛 王楠 李铖 李丹 徐梦怡 程柳洋 吴才君 

作者机构：江西农业大学农学院 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2023年

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090202[农学-蔬菜学] 

基　　金：江西省现代农业产业技术体系建设专项资金(赣财农指7号)资助 

主　　题：豇豆(Vigna unguiculata (L.) Walp) OSCA基因家族 密码子 偏好性 

摘      要：本研究以豇豆(Vigna unguiculata (Linn.) Walp.) OSCA基因家族为研究对象，利用Codon W、CUSP和MEGA11对鉴定出的14个OSCA基因家族成员进行密码子偏好性分析。结果表明，豇豆OSCA基因家族成员整体偏好性较弱，大多数成员偏好以T(U)和A结尾，VuOSCA5偏好以T(U)和G结尾。GC总量与密码子第3位碱基GC含量相关性显著。还鉴定出27个高频密码子，其中23个以U或A结尾。根据RSCU值对基因进行聚类分析结果与实际有一定差异，仅可作为参考。从ENc-plot、PR2-plot、中性绘图可以看出自然选择对该家族成员密码子偏好性影响较大。从密码子使用频率比值可以看出，烟草、拟南芥和酵母可以作为豇豆OSCA基因家族成员基因异源表达的受体。