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鸡mir-1658前体基因多态性分析

中国农业科学 2015年第19期48卷 3919-3930页

作者：耿立英张传生赵书雨陈娟巩元芳刘铮铸朱文进李祥龙河北农业大学动物科技学院河北科技师范学院

【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对micro RNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应... 详细信息

【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对micro RNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】根据鸡gga-mir-1658基因组序列（Gen Bank登录号:NR;35151.1）设计一对特异性引物,采用PCR产物直接测序的方法,对太行鸡（95只）、北京油鸡（83只）和来航鸡（42只）3个鸡种220只个体的gga-mir-1658基因前体区进行多态性检测。使用DNAman、MEGA和mfold软件进行pre-gga-mir-1658基因组序列的比对分析和二级结构模拟。通过SHEsis软件和Haploview软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。使用mi Randa软件对gga-mir-1658的靶基因及其复合物自由能变化进行预测分析。【结果】在pre-gga-mir-1658基因共发现6个变异位点,其中次要等位基因频率≥5%位点有g.28 C>G、g.31C>T、g.70 G>A和g.71 G>–,4个变异位点均定位于gga-mir-1658基因成熟体的种子区。遗传变异特征分析显示,g.70 G>A位点表现为低度多态（PICT、g.71 G>–位点、太行鸡的g.71 G>–位点以及北京油鸡的g.70 G>A位点之外,其他变异位点在各鸡种均处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05）。连锁不平衡和单倍型分析表明,各突变位点之间存在弱连锁平衡;从3个品种鸡中共检测到11种单倍型,其中H1（C C G–）和H11（G T G G）是群体的优势单倍型,频率均大于25%。生物信息学分析表明,种子区的突变可影响gga-mir-1658基因前体二级结构的空间构型和自由能,其中H6单倍型突变体的自由能最高（41.00 kcal·mol-1）,H2和H5单倍型突变体的自由能最低（35.70 kcal·mol-1）;群体的优势单倍型H1和H11突变体的自由能分别为-36.10和40.04 kcal·mol-1。gga-mir-1658基因不同单倍型成熟体种子区序列存在差异,在gga-mir-1658-5p存在"AUACCAU"、"AUACCAC"2种种子区序列,gga-mir-1658-3p共有"AACUCUG"、"AGCUGUG"、"AACUGUG"和"AGCUCUG"4种种子区序列。针对gga-mir-1658的预测靶基因的生物信息学分析显示,它们主要在基因表达调控、细胞凋亡、免疫系统的发育和B细胞激活等基本生物学过程中显著富集;此外,种子区变化可以影响gga-mir-1658成熟体对靶基因的选择。【结论】（1）gga-mir-1658基因种子区存在4个具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成11种单倍型,其中H1（C C G–）和H11（G T G G）在北京油鸡、太行鸡和来航鸡为优势单倍型。（2）种子区突变影响gga-mir-1658基因前体二级结构的稳定性和靶基因的选择,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。

关键词：鸡 gga-mir-1658 二级结构分析遗传变异

Secondary Structure Analysis of Native Cellulose by Molecular Dynamics Simulations with Coarse-Grained Model

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Chinese Journal of Chemical Physics 2012年第2期25卷 191-198,I0004页

作者： Shuai Wu Hai-yi Zhan Hong-ming Wang Yan Ju Institute for advanced study department of chemistryNanchang UniversityNanchang 330031China Nanchang Institute of Technology Nanchang UniversityNanchang 330031China

第二等的结构不同我纤维素被分子的动力学模拟与马丁尼酒纹理粗糙的力量地分析，在纤维素的每链包括 40 个 D 葡萄糖单位的地方。计算关于纤维素的第二等的结构给满足的描述。作为增加的链数字，纤维素成为一个螺旋的表格，与螺丝钉成... 详细信息

第二等的结构不同我纤维素被分子的动力学模拟与马丁尼酒纹理粗糙的力量地分析，在纤维素的每链包括 40 个 D 葡萄糖单位的地方。计算关于纤维素的第二等的结构给满足的描述。作为增加的链数字，纤维素成为一个螺旋的表格，与螺丝钉成长并且螺线升起的直径。有趣地，有 6， 24 和 36 的链数字 N 4 的纤维素确实显示出右边的扭动。在对比上，有 12 的 N 8 的纤维素， 16 链是左边的扭动。这些模拟显示有比 36 大的链数字的纤维素将垮掉到二部分。而且，结果显示那个 36 链纤维素模型在所有模型之中是最稳定的。而且， Lennard-Jones 潜力决定第二等的结构。另外，一个方程被设置分析扭动的结构。

关键词：分子动力学模拟二级结构分析天然纤维素粒度模型 Lennard-Jones势 SIM卡对比度螺旋

猪重要感染病毒蛋白的二级结构、抗原表位分析及三联表位多肽疫苗的重组预测

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生物学杂志 2017年第3期34卷 18-23页

作者：刘祥陈琛陈春琳吴三桥陕西理工大学中德天然产物研究所陕西省天麻山茱萸工程技术研究中心汉中723001

为设计猪重要感染病毒的蛋白表位多肽疫苗,选取猪感染病毒的候选疫苗蛋白:猪繁殖与呼吸综合征病毒的GP5蛋白,猪圆环病毒2型的CAP蛋白,猪瘟病毒的E2蛋白。综合ABCpred和Bepi Pred方案,预测候选蛋白的B细胞表位;利用神经网络与量化矩阵法... 详细信息

为设计猪重要感染病毒的蛋白表位多肽疫苗,选取猪感染病毒的候选疫苗蛋白:猪繁殖与呼吸综合征病毒的GP5蛋白,猪圆环病毒2型的CAP蛋白,猪瘟病毒的E2蛋白。综合ABCpred和Bepi Pred方案,预测候选蛋白的B细胞表位;利用神经网络与量化矩阵法预测蛋白的CTL表位;采用MHC-Ⅱ类分子结合肽在线程序预测蛋白的Th表位。使用SOPMA方法与DNASTAR软件分析候选蛋白的二级结构,进一步验证B/T细胞表位预测结果的准确性。然后,通过Protean程序重组拼接获得的B/T细胞抗原表位。结果显示GP5蛋白具有4个优势B细胞表位,CAP、E2蛋白分别具有5个B细胞表位;GP5、CAP与E2蛋白各具有1个CTL表位;GP5、E2蛋白分别具有2个Th表位,CAP蛋白存在1个Th表位。二级结构分析显示预测获得的B/T细胞表位均处于蛋白易于产生表位的暴露表面、无规则卷曲与转角等位置,验证了B/T细胞表位预测结果的准确性。Protean程序重组拼接获得优势的B/T细胞抗原表位。最终设计获得抗原性较好的猪病毒三联表位多肽,为猪易感病毒的多联疫苗开发奠定基础。

关键词：猪病毒表位疫苗二级结构分析抗原分析

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猪瘟病毒3′非编码区的多态性及其二级结构分析

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中国农业科学 2010年第4期43卷 828-834页

作者：范运峰赵启祖赵耘邹兴启张仲秋王琴宁宜宝中国兽医药品监察所中国动物疫病预防控制中心

【目的】分析CSFV3′-UTR一级序列和二级结构,为研究其对病毒复制、增殖和毒力的关系奠定良好的基础。【方法】利用RT-PCR技术扩增CSFV Thiverval株、HCLV株和Shimen株的3′-UTR并测序,使用DNAstar、Sequencher和RNAstructure软件进行CS... 详细信息

【目的】分析CSFV3′-UTR一级序列和二级结构,为研究其对病毒复制、增殖和毒力的关系奠定良好的基础。【方法】利用RT-PCR技术扩增CSFV Thiverval株、HCLV株和Shimen株的3′-UTR并测序,使用DNAstar、Sequencher和RNAstructure软件进行CSFV3′-UTR基因组序列的比对分析和二级结构模拟。【结果】Thiverval株3′-UTR最长可达259个碱基,与母源株Alfort相比,含有32nt的插入,最短只有233个碱基,含有6nt的插入。HCLV株最长有244个碱基,含有17nt的插入;最短有233个碱基,含有8nt的插入。同时,疫苗株的插入片段导致3′-UTR空间构型和自由能发生改变,自由能随着插入片段的增加而升高。【结论】(1)CSFV3′-UTR存在两个高度变异的区域。(2)CSFV疫苗株Thiverval株和HCLV株3′-UTR同一样品不同克隆株中插入片段呈现明显的不均一。(3)疫苗株的插入片段影响3′-UTR二级结构的稳定性,可能是导致疫苗株毒力减弱的原因之一。

关键词：猪瘟病毒 3′-UTR 不均一性二级结构分析

猪瘟病毒Thiverval株3′非编码区插入片段对病毒拯救的影响

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中国预防兽医学报 2009年第6期31卷 420-423页

作者：范运峰赵启祖赵耘邹兴启张仲秋王琴宁宜宝中国兽医药品监察所北京100081 中国动物疫病预防控制中心北京100026

猪瘟病毒(CSFV)疫苗株Thiverval株与亲本病毒Alfort株相比,最明显的区别就是其3'-UTR含有一定长度的插入序列。本研究通过反向遗传学操作,构建了3'-UTR含有19nt、32nt以及插入片段完全缺失的CSFV Thiverval株全长cDNA感染性克隆,将突变... 详细信息

猪瘟病毒(CSFV)疫苗株Thiverval株与亲本病毒Alfort株相比,最明显的区别就是其3'-UTR含有一定长度的插入序列。本研究通过反向遗传学操作,构建了3'-UTR含有19nt、32nt以及插入片段完全缺失的CSFV Thiverval株全长cDNA感染性克隆,将突变病毒基因组进行体外转录,利用BHK-21细胞转染、PK-15细胞传代增殖的方式成功的从3种重组突变感染性克隆中拯救出活病毒粒子,表明CSFV疫苗株3'-UTR插入片段并不影响病毒的拯救。通过3'-UTR二级结构模拟,发现疫苗株的插入片段导致3'-UTR空间构型发生改变、自由能升高、影响二级结构的稳定性,可能是导致疫苗株毒力减弱的原因之一。

关键词：猪瘟病毒 3′非编码区插入片段病毒拯救二级结构分析

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Analysis of the Secondary Structure of the Transmembrane Domain of SARS CoV E Protein Using FTIR Spectroscopy

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Journal of Chemistry and Chemical Engineering 2010年第6期4卷 8-14页

作者： Qasem Abu-Remeleh Abd-Alkareem Alsharif Mutaz Akkawi Department of Life Sciences College of Science and Technology AI-Quds University Jerusalem 91999 Palestine