猪瘟病毒3′非编码区的多态性及其二级结构分析

作     者：范运峰 赵启祖 赵耘 邹兴启 张仲秋 王琴 宁宜宝 FAN Yun-feng;ZHAO Qi-zu;ZHAO Yun;ZOU Xing-qi;ZHANG Zhong-qiu;WANG Qin;NING Yi-bao

作者机构：中国兽医药品监察所 中国动物疫病预防控制中心 

出 版 物：《中国农业科学》 (Scientia Agricultura Sinica)

年 卷 期：2010年第43卷第4期

页      面：828-834页

核心收录：

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(30571377) 国家“863”计划项目(2006AA10A204) 

主　　题：猪瘟病毒 3′-UTR 不均一性 二级结构分析 

摘      要：【目的】分析CSFV3′-UTR一级序列和二级结构,为研究其对病毒复制、增殖和毒力的关系奠定良好的基础。【方法】利用RT-PCR技术扩增CSFV Thiverval株、HCLV株和Shimen株的3′-UTR并测序,使用DNAstar、Sequencher和RNAstructure软件进行CSFV3′-UTR基因组序列的比对分析和二级结构模拟。【结果】Thiverval株3′-UTR最长可达259个碱基,与母源株Alfort相比,含有32nt的插入,最短只有233个碱基,含有6nt的插入。HCLV株最长有244个碱基,含有17nt的插入;最短有233个碱基,含有8nt的插入。同时,疫苗株的插入片段导致3′-UTR空间构型和自由能发生改变,自由能随着插入片段的增加而升高。【结论】(1)CSFV3′-UTR存在两个高度变异的区域。(2)CSFV疫苗株Thiverval株和HCLV株3′-UTR同一样品不同克隆株中插入片段呈现明显的不均一。(3)疫苗株的插入片段影响3′-UTR二级结构的稳定性,可能是导致疫苗株毒力减弱的原因之一。