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高通量RNA-seq技术开发巴旦木目的基因SSR标记

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东北农业科学 2022年第2期47卷 42-47页

作者：刘景丁健韩平王雪萍大连民族大学资源植物研究所辽宁大连116600 孙吴县特色产业研究中心黑龙江黑河164299

为了开发适合于木本油料巴旦木目的性状基因SSR分子标记,基于巴旦木叶片高通量RNA-seq数据,共组装得到41849个unigenes,其中22894个获得功能注释;利用MISA软件从4862个unigenes中挖掘到5260个SSR标记,它们的主要重复基序为单核苷酸(占总... 详细信息

为了开发适合于木本油料巴旦木目的性状基因SSR分子标记,基于巴旦木叶片高通量RNA-seq数据,共组装得到41849个unigenes,其中22894个获得功能注释;利用MISA软件从4862个unigenes中挖掘到5260个SSR标记,它们的主要重复基序为单核苷酸(占总SSR位点数的14.30%)、二核苷酸(47.64%)和三核苷酸(31.35%)。二核苷酸重复基序中最多的重复类型是AG/CT(22.83%),三核苷酸重复基序中AAG/CTT重复类型最多(3.83%);根据unigenes功能注释和KEGG途径分析结果,筛选到13个含有SSR标记且与油脂合成、脂肪酸合成、种子大小与粒重等相关的目的基因,并设计48个目的基因SSR标记引物;以巴旦木叶片基因组DNA为模板验证SSR标记引物有效性,其中33对引物可以获得清晰的目的条带。这为巴旦木种质的遗传多样性分析、分子辅助育种和性状关联分析等提供了有效的目的基因SSR标记。

关键词：巴旦木 RNA-seq 目的基因 SSR 分子标记

RNA-seq技术开发油茶目的基因SSR标记

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分子植物育种 2018年第8期16卷 2540-2548页

作者：闫蕊阮成江杜维丁健吴波刘祾悦大连民族大学生物技术与资源利用教育部重点实验室资源植物研究所大连116600

油茶是中国南方重要的木本油料。利用MISA软件从油茶(Camellia oleifera)果实和叶转录组测序获得的25 297条Unigenes中共搜索挖掘出30 899个SSR标记。在这些SSR标记中,除单核酸苷酸(36.02%)外,主要重复类型是二核苷酸重复(45.79%),其次... 详细信息

油茶是中国南方重要的木本油料。利用MISA软件从油茶(Camellia oleifera)果实和叶转录组测序获得的25 297条Unigenes中共搜索挖掘出30 899个SSR标记。在这些SSR标记中,除单核酸苷酸(36.02%)外,主要重复类型是二核苷酸重复(45.79%),其次是三核苷酸重复(16.37%),四以上核苷酸重复占1.81%。Unigenes功能注释中,共648条涉及调控油茶油脂合成和脂肪酸形成积累、产量、花芽分化、生长发育及抗病虫害等目的性状,从这些Unigenes中共搜索挖掘到163个SSR标记,以民玉1号油茶基因组DNA为模板对这些SSR标记的有效性进行初步验证,共筛选出56对具有清晰扩增条带的SSR标记。以选取的5份二倍体油茶种质为材料,对初筛的56对SSR引物进行多态性检测,获得48对具有多态性的SSR标记引物。这些基于高通量数据新开发的油茶目的基因SSR标记可为油茶的指纹图谱构建、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种等奠定基础。

关键词：油茶 RNA-seq 目的基因 SSR标记

软骨组织工程基因转染技术中目的基因的研究与进展

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中国组织工程研究与临床康复 2010年第7期14卷 1278-1281页

作者：杨亮李建鑫王文良武警医学院研究生17队天津市300162

目的:阐述软骨组织工程中的基因转染技术及其应用的研究现状,对目的基因的种类和选择进行,并提出其进一步应用的前景。方法:以cartilage tissue engineering,gene transfer为检索词,检索Science Direct数据库(2003-01/2009-04);以软骨... 详细信息

目的:阐述软骨组织工程中的基因转染技术及其应用的研究现状,对目的基因的种类和选择进行,并提出其进一步应用的前景。方法:以cartilage tissue engineering,gene transfer为检索词,检索Science Direct数据库(2003-01/2009-04);以软骨组织工程,基因转染为检索词,检索CNKI数据库(2003-01/2009-04)。文献检索语种限制为英文和中文。纳入与软骨组织工程基因转染相关的内容,包括临床和基础研究;排除重复研究和明显不符合标准的文章。观察软骨细胞的分化情况及基因表达情况。结果:计算机初检得到90篇文献,根据纳入排除标准,对软骨组织工程中的基因转染技术和基因的种类和选择进行分析。基因转染技术在软骨组织工程领域有着广阔的应用前景。选择哪些与软骨修复相关的基因作为转染的目的基因,是软骨组织工程中亟待解决的课题。目前用于研究的目的基因主要分为刺激软骨细胞增殖分化和基质形成、抑制软骨细胞肥大和成骨分化、抗炎性反应、抑制衰老和抑制凋亡这几大类。结论:选择适当的目的基因,并用安全的基因转染方法进行软骨修复具有特别重要的意义。基因转染技术能否应用于临床将取决于是否能构建出安全有效的载体、目的基因和转染系统。

关键词：基因转染软骨修复软骨组织工程目的基因综述文献

RNA-seq技术开发紫斑牡丹目的基因SSR标记

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分子植物育种 2019年第11期17卷 3665-3673页

作者：韩平阮成江丁健董旭王海明熊朝伟刘文浩王国辉大连民族大学资源植物研究所生物技术与资源利用教育部重点实验室大连116600 国有阜新蒙古族自治县林业科技示范林场阜新123000

紫斑牡丹(Paeonia suffruticosa ***)是中国北方主栽的油用牡丹品种。基于高通量转录组测序技术(RNA-seq),利用MISA软件从紫斑牡丹种子转录组库中共获得115 922条Unigenes,从中挖掘出16 900个SSR标记。这些SSR标记中的单核酸苷酸重复占5... 详细信息

紫斑牡丹(Paeonia suffruticosa ***)是中国北方主栽的油用牡丹品种。基于高通量转录组测序技术(RNA-seq),利用MISA软件从紫斑牡丹种子转录组库中共获得115 922条Unigenes,从中挖掘出16 900个SSR标记。这些SSR标记中的单核酸苷酸重复占59.14%、二核苷酸重复占28.61%、三核苷酸重复占11.27%、四以上核苷酸重复占0.98%。在涉及调控紫斑牡丹油脂合成和脂肪酸积累、种子大小和粒重及角鲨烯等目的性状相关目的基因的功能注释unigenes中,共搜索到71对SSR标记引物;以优良无性系DL1叶片DNA为模板对这些SSR引物的有效性验证结果表明,共有46对引物能扩增出清晰的目的条带。以7个牡丹种质的叶片为材料,对46对已扩增出目的条带的SSR引物进行多态性验证,获得了44对具有多态性的SSR标记引物,占总引物的95.65%。利用RNA-seq技术新开发的目的基因SSR标记可为紫斑牡丹的遗传多样性分析和标记辅助选择育种等提供科学基础。

关键词：紫斑牡丹 RNA-seq 目的基因 SSR 多态性标记

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转基因小麦后代外源目的基因的遗传分析

干旱区研究 2008年第6期25卷 808-811页

作者：祝长青赵惠新李艳红覃建兵新疆师范大学生命科学与化学学院分子生物学研究室新疆乌鲁木齐830054

采用PCR和SDS-PAGE技术,分析了转基因小麦后代外源基因1Dx5的遗传分离及表达规律。结果显示:外源目的基因1Dx5在转基因小麦后代中完全符合孟得尔遗传分离规律,稳定遗传都达到了纯合状态,并在后代中发现了该目的基因超表达的差异表达现象... 详细信息

采用PCR和SDS-PAGE技术,分析了转基因小麦后代外源基因1Dx5的遗传分离及表达规律。结果显示:外源目的基因1Dx5在转基因小麦后代中完全符合孟得尔遗传分离规律,稳定遗传都达到了纯合状态,并在后代中发现了该目的基因超表达的差异表达现象,转基因植株不存在基因沉默。

关键词：转基因植株目的基因超表达基因沉默

果树核DNA提取、目的基因分离与克隆技术研究进展

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福建农林大学学报（自然科学版） 2002年第1期31卷 44-50页

作者：陈桂信潘东明吕柳新王凤华赖钟雄福建农林大学园艺学院福建农林大学亚热带果树研究所福建福州350002

介绍了果树核 DNA的提取及目的基因分离的研究方法 ,并对核 DNA的几种主要提取方法的优缺点进行比较。

关键词：果树核DNA 目的基因克隆分离提取

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影响工程菌株目的基因表达的因素

生物技术通报 2010年第3期26卷 6-12页

作者：沈宝明谭新球谭周进刘勇湖南农业大学生物安全科技学院长沙410128 湖南省农业科学院植物保护研究所长沙410125 湖南中医药大学基础医学院长沙410208

目的基因在细胞中的表达研究,在理论和应用上都具有重要的意义。只有弄清影响目的基因表达的因素,才能使目的基因高效表达。主要讨论目的基因本身、表达载体、宿主细胞、培养条件、诱导剂等因素对目的基因更加高效的表达的影响。

关键词：工程菌目的基因高效表达影响因素

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例谈以目的基因为题材

中学生物教学 2021年第15期 75-76页

作者：邹琪湖南省新化县第三中学 417600

遗传部分是每年各省市高考生物学试题中的必考内容,着重考查考生对孟德尔两大遗传规律的理解与运用,为例探讨与目的基因有关的遗传试题的解题策略。

关键词：目的基因遗传试题解题策略

RNA-seq技术开发刺五加目的基因SSR标记

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分子植物育种 2019年第14期17卷 4722-4728页

作者：李雪柔丁健阮成江周译诠杨伞伞大连民族大学资源植物研究所生物技术与资源利用教育部重点实验室

刺五加是中国珍贵的药食两用植物,果实和根部富含多种生物活性成分。本研究基于刺五加果实、根、茎和叶的转录组测序数据,利用Trinity软件共组装86315条Unigene。利用MISA软件在所有Unigene中共检测到12096个SSR位点,分布于10333条Unig... 详细信息

刺五加是中国珍贵的药食两用植物,果实和根部富含多种生物活性成分。本研究基于刺五加果实、根、茎和叶的转录组测序数据,利用Trinity软件共组装86315条Unigene。利用MISA软件在所有Unigene中共检测到12096个SSR位点,分布于10333条Unigene中。优势重复基序为单核苷酸,占总SSR位点数的40.37%;其次为二核苷酸,占总SSR位点数的35.79%;三核苷酸占总SSR位点数的21.11%。AG/CT是二核苷酸中最多的重复类型(17.96%),三核苷酸重复类型以AAG/CTT为主(5.83%)。根据Unigene注释,挖掘到与刺五加品质(皂苷,SOD,维生素,糖,酸,脂肪酸等)相关功能基因序列,利用Primer3.0软件设计了107对目的基因SSR引物,以刺五加叶片的基因组DNA为模板对这些引物进行有效性验证,其中56对引物能扩增出清晰条带。开发的目的基因SSR标记为刺五加种质遗传多样性分析、指纹图谱构建和果实品质性状关联分析提供有效标记。

关键词：刺五加(Eleutherococcus senticosus) RNA-seq 目的基因 SSR分子标记