高通量RNA-seq技术开发巴旦木目的基因SSR标记

作     者：刘景 丁健 韩平 王雪萍 LIU Jing;DING Jian;HAN Ping;WANG Xueping

作者机构：大连民族大学资源植物研究所辽宁大连116600 孙吴县特色产业研究中心黑龙江黑河164299 

出 版 物：《东北农业科学》 (Journal of Northeast Agricultural Sciences)

年 卷 期：2022年第47卷第2期

页      面：42-47页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：大连民族大学创新创业训练计划(201812026342) 中央高校基本科研业务费大连民族大学学科团队项目(0919110127) 大连市科协高校创新联合体项目(大科协发【2019】20号) 

主　　题：巴旦木 RNA-seq 目的基因 SSR 分子标记 

摘      要：为了开发适合于木本油料巴旦木目的性状基因SSR分子标记,基于巴旦木叶片高通量RNA-seq数据,共组装得到41849个unigenes,其中22894个获得功能注释;利用MISA软件从4862个unigenes中挖掘到5260个SSR标记,它们的主要重复基序为单核苷酸(占总SSR位点数的14.30%)、二核苷酸(47.64%)和三核苷酸(31.35%)。二核苷酸重复基序中最多的重复类型是AG/CT(22.83%),三核苷酸重复基序中AAG/CTT重复类型最多(3.83%);根据unigenes功能注释和KEGG途径分析结果,筛选到13个含有SSR标记且与油脂合成、脂肪酸合成、种子大小与粒重等相关的目的基因,并设计48个目的基因SSR标记引物;以巴旦木叶片基因组DNA为模板验证SSR标记引物有效性,其中33对引物可以获得清晰的目的条带。这为巴旦木种质的遗传多样性分析、分子辅助育种和性状关联分析等提供了有效的目的基因SSR标记。