RNA-seq技术开发油茶目的基因SSR标记

作     者：闫蕊 阮成江 杜维 丁健 吴波 刘祾悦 Yan Rui;Ruan Chengjiang;Du Wei;Ding Jian;Wu Bo;Liu Lingyue

作者机构：大连民族大学生物技术与资源利用教育部重点实验室资源植物研究所大连116600 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2018年第16卷第8期

页      面：2540-2548页

核心收录：

学科分类：0907[农学-林学] 08[工学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 

基　　金：贵州省科技计划项目(黔科合支撑(2017)2521 黔科合支撑2517-1 黔科合支撑(2016)2519号 黔科合支撑(2013)(201)号) 中央高校基本科研业务费-重大专项(DC201501070102)共同资助 

主　　题：油茶 RNA-seq 目的基因 SSR标记 

摘      要：油茶是中国南方重要的木本油料。利用MISA软件从油茶(Camellia oleifera)果实和叶转录组测序获得的25 297条Unigenes中共搜索挖掘出30 899个SSR标记。在这些SSR标记中,除单核酸苷酸(36.02%)外,主要重复类型是二核苷酸重复(45.79%),其次是三核苷酸重复(16.37%),四以上核苷酸重复占1.81%。Unigenes功能注释中,共648条涉及调控油茶油脂合成和脂肪酸形成积累、产量、花芽分化、生长发育及抗病虫害等目的性状,从这些Unigenes中共搜索挖掘到163个SSR标记,以民玉1号油茶基因组DNA为模板对这些SSR标记的有效性进行初步验证,共筛选出56对具有清晰扩增条带的SSR标记。以选取的5份二倍体油茶种质为材料,对初筛的56对SSR引物进行多态性检测,获得48对具有多态性的SSR标记引物。这些基于高通量数据新开发的油茶目的基因SSR标记可为油茶的指纹图谱构建、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种等奠定基础。