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ssr标记遗传距离与结球甘蓝杂种优势的关系分析

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园艺学报 2021年第5期48卷 934-946页

作者：董艺冯羽飞许忠民王世民唐鸿吕黄炜西北农林科技大学园艺学院陕西杨凌712100

利用ssr标记对23份春甘蓝自交系和29份秋甘蓝自交系进行遗传多样性分析,结果表明:春甘蓝自交系在遗传相似系数0.61处可以划分为极早熟和早熟2个类群。秋甘蓝自交系在遗传相似系数0.58处可以分为中晚熟群、中早熟群和中熟群3个类群。从... 详细信息

利用ssr标记对23份春甘蓝自交系和29份秋甘蓝自交系进行遗传多样性分析,结果表明:春甘蓝自交系在遗传相似系数0.61处可以划分为极早熟和早熟2个类群。秋甘蓝自交系在遗传相似系数0.58处可以分为中晚熟群、中早熟群和中熟群3个类群。从上述材料中挑选15份代表性材料作为亲本,采用完全双列杂交法组配105个杂交组合,对其进行杂种优势分析,同时探究ssr分子标记遗传距离与杂种优势之间的关系。结果发现,不同类群间杂交或同一类群不同亚群间杂交产生的后代杂种优势较强,遗传距离与全株质量中亲优势的相关性达显著正相关,表明基于ssr分子标记划分的类群对于杂种优势的预测具有一定的价值。此外还发现,在105个杂交组合中,全株质量中亲优势最强的10个组合的组配方式均为春甘蓝×秋甘蓝,表明春甘蓝×秋甘蓝可能是一种潜在的杂种优势利用模式。

关键词：甘蓝结球甘蓝 ssr标记杂种优势遗传距离聚类分析预测

基于ssr标记的山茶属位点组合品种鉴别能力分析评价

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林业科学 2023年第8期59卷 74-84页

作者：李丰钰黄平郑勇奇李长红张雨婷薛克娜宗亦臣赵鸿杰青岛农业大学园林与林学院青岛266109 国家林业和草原局植物新品种分子测定实验室、国家林业和草原局林木培育重点实验室、中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种国家重点实验室北京100091 佛山市林业科学研究所佛山528234

【目的】筛选多态性高、通用性强等的ssr位点,评估筛选所得ssr位点的组合在山茶属品种中的鉴别能力;在保持最大鉴别能力的基础上,确定可用于山茶属品种鉴别所需的最少ssr位点的组合,提高品种鉴别效率。【方法】本研究以111份山茶属品种... 详细信息

【目的】筛选多态性高、通用性强等的ssr位点,评估筛选所得ssr位点的组合在山茶属品种中的鉴别能力;在保持最大鉴别能力的基础上,确定可用于山茶属品种鉴别所需的最少ssr位点的组合,提高品种鉴别效率。【方法】本研究以111份山茶属品种为材料,结合凝胶电泳、荧光毛细管电泳、位点多态性分析和位点组合品种鉴别力(VDP)分析等方法,筛选评价ssr位点并对ssr位点组合的品种鉴别力进行分析与评价。【结果】本研究筛选获得17个ssr位点,占筛选位点总数的30.9%,在111份山茶属品种中,共检测到166个等位基因,单位点基因型数量范围为6~35,均值为23.353个,观测等位基因数(Na)范围为3~15,均值为9.765个,多态性信息含量(PIC)的范围为0.447~0.835,均值为0.696,位点缺失率的范围为0~4.50%,均值为0.90%。当差异位点数=1时,17个ssr位点在全部品种(系)、红山茶组品种和金花茶组无性系中达到的R-VDP最大值均为1,可将ssr位点数量分别缩减到11、10、5个,分别占筛选所得位点数的64.7%,58.8%和29.4%;当差异位点数=2时,17个ssr位点在全部品种(系)、红山茶组品种和金花茶组无性系中达到的R-VDP最大值分别为0.964,0.952和1.000,可将ssr位点数量分别缩减到12、12、和7个,分别占筛选所得位点数的70.6%、70.6%和41.2%;当差异位点数=3时,17个ssr位点在全部品种(系)、红山茶组品种和金花茶组无性系中达到的R-VDP最大值分别为0.946,0.929,1.000,可将ssr位点数量分别缩减到8、7和8个,分别占筛选所得位点数的47.1%、41.2%和47.1%。当差异位点数≤6时,17个ssr位点组合对山茶属测试品种(系)群的RVDP最大值可保持相对稳定的水平。【结论】本研究筛选验证获得17个多态性高、通用性强等的ssr位点;这些位点的组合在山茶属品种(系)群中均表现出良好的品种鉴别能力;确定了山茶属不同类群品种(系)鉴别所需的最少ssr位点的组合,构建了一套山茶属ssr位点组合品种鉴别能力分析评价的体系,为山茶属品种鉴别及相关标准的制定等奠定了基础。

关键词：山茶属 ssr标记位点组合品种鉴别能力 VDPtools

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基于ssr标记的木荷核心种质构建

林业科学 2017年第6期53卷 37-46页

作者：杨汉波张蕊王帮顺徐肇友周志春中国林业科学研究院亚热带林业研究所浙江省林木育种技术研究重点实验室杭州311400 浙江省龙泉市林业科学研究院龙泉323700

【目的】通过对比分析与评价以确定木荷核心种质构建的最适取样策略和比例,并构建木荷核心种质;在此基础上,进一步建立核心种质分子身份信息,为木荷种质资源的深入研究和加强利用、发掘优异基因资源提供理论依据和核心材料,同时也可为... 详细信息

【目的】通过对比分析与评价以确定木荷核心种质构建的最适取样策略和比例,并构建木荷核心种质;在此基础上,进一步建立核心种质分子身份信息,为木荷种质资源的深入研究和加强利用、发掘优异基因资源提供理论依据和核心材料,同时也可为其他多年生木本植物核心种质的构建提供参考。【方法】利用13对ssr引物,以来自7个省(市)29个地区的754份木荷种质资源为材料,利用M策略(M)、随机取样法(R)、遗传多样性最大化法(SAGD)和等位基因最大化法(SANA)分别构建核心种质。采用等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)和Shannon’s信息指数(I)等遗传多样性指标进行比较分析来确定最适合的构建方法。【结果】13对ssr引物共检测到128个等位基因(Na),平均有效等位基因数(Ne)为3.47,Shannon’s信息指数(I)为1.39,表明木荷种质资源具有丰富的遗传多样性。SANA、SAGD和M策略构建的核心种质均优于R策略。SANA和SAGD法抽取的核心种质对原有种质均具有较好的代表性,但等位基因保留率较低。M策略构建的核心种质等位基因(Na)保留比例明显高于其他3种策略所构建的核心种质。根据遗传多样性参数综合考虑,同时考虑抽样数量,M策略构建的核心种质能以最小的取样量、最大程度地保留原有种质的遗传多样性,为最优的取样策略。采用主坐标分析法显示,M策略构建的核心种质能够较全面地代表木荷种质资源的遗传多样性,利用该策略得到的115份木荷核心种质,保留了原有种质15.3%的种质材料,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)和Shannon’s信息指数(I)的保留率分别达到93.8%,115.6%和109.9%。依据13对ssr引物的扩增数据,经过多态性谱带的有序编码转换,构建了115份木荷核心种质的特异分子身份信息,置信概率达到99.99%,具有有效性和唯一性。【结论】M策略是较适宜的构建木荷核心种质的方法,构建的115份核心种质能最大程度代表木荷种质资源的遗传多样性,同时,本研究所采用的方法对其他多年生木本植物核心种质的构建具有重要的参考价值。

关键词：木荷 ssr标记核心种质分子身份信息

ssr标记对不同黄子甘蓝型油菜亲本材料的遗传分析

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植物遗传资源学报 2012年第4期13卷 632-638页

作者：刘晓兰曲存民谢景梅卢坤王敏王瑞徐新福谌利李加纳西南大学农学与生物科技学院重庆北碚400716 南方山地农业教育部工程研究中心重庆北碚400716

杂交育种中,亲本选配是育种成败的关键。本研究以重庆市油菜工程技术研究中心提供的180份甘蓝型黄子油菜亲本种质为材料,应用分布于不同连锁群的60对ssr标记进行了分析,共检测出308个标记位点,每对引物在不同亲本材料之间的等位基因数在... 详细信息

杂交育种中,亲本选配是育种成败的关键。本研究以重庆市油菜工程技术研究中心提供的180份甘蓝型黄子油菜亲本种质为材料,应用分布于不同连锁群的60对ssr标记进行了分析,共检测出308个标记位点,每对引物在不同亲本材料之间的等位基因数在1～11个之间,平均位点为5.1个。其中多态性位点207个,多态率达67.2%。对ssr扩增结果进行UPGMA分析,在遗传距离0.566处,180个品种(系)分为3个类群,聚类结果与种质来源比较一致,本研究为甘蓝型油菜黄子杂交育种和优势组合的选配提供了理论依据。

关键词：甘蓝型油菜亲本骨干系 ssr标记核心种质遗传多样性

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ssr标记对甜瓜品种纯度和真实性的鉴定

分子植物育种 2015年第11期13卷 2522-2530页

作者：李丽张万清刘玲吴萍马连平北京市蔬菜种子质量监督检验测试中心北京100097 北京市农林科学院蔬菜研究中心农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室农业部都市农业(北方)重点实验室北京10097 北京京研益农科技发展中心北京100097

建立ssr指纹鉴定甜瓜杂交种纯度的技术体系,对于利用分子标记进行品种纯度和真实性鉴定具有重要的意义。以12个甜瓜杂交种及其亲本为试验材料,确定了杂合率高,能够区分甜瓜杂交种与双亲的11对ssr引物,其中5个引物对其中6个杂交种具有特... 详细信息

建立ssr指纹鉴定甜瓜杂交种纯度的技术体系,对于利用分子标记进行品种纯度和真实性鉴定具有重要的意义。以12个甜瓜杂交种及其亲本为试验材料,确定了杂合率高,能够区分甜瓜杂交种与双亲的11对ssr引物,其中5个引物对其中6个杂交种具有特异带型,进一步结合其它引物可将杂交种中混杂的其它11个品种的异型株鉴别出来。通过对照12个甜瓜杂交种的51份样品,分子标记检测纯度的结果与田间纯度鉴定的结果进行验证,利用统计学的方法对ssr指纹检测的结果与田间地里植株的形态性状鉴定的结果进行了显著性分析,结果证明,ssr分子标记技术检测技术体系可以取代地里经典的形态性状鉴定方法,用于甜瓜杂交种纯度及真实性快速鉴定。

关键词：甜瓜杂交种 ssr标记纯度鉴定异型株

ssr标记分析国家北方花生区试品种的遗传多样性

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植物遗传资源学报 2009年第3期10卷 360-366页

作者：陈静胡晓辉苗华荣石运庆禹山林山东省农业科学院花生研究所青岛266100

利用10对ssr引物对参加我国北方区域试验的27份花生品种进行PCR扩增分析,共扩增出57条带,其中45条呈现多态,多态性比率为78.95%。引物的多态性信息含量（PIC）变幅为0.417-0.857,平均值为0.688。27个品种间的遗传相似系数在0.311-0.962... 详细信息

利用10对ssr引物对参加我国北方区域试验的27份花生品种进行PCR扩增分析,共扩增出57条带,其中45条呈现多态,多态性比率为78.95%。引物的多态性信息含量（PIC）变幅为0.417-0.857,平均值为0.688。27个品种间的遗传相似系数在0.311-0.962之间,平均为0.651。聚类分析结果表明,27个参试花生品种在遗传相似系数0.61处分为3个类群,同一类型的参试品种优先聚为一类,同一地区或同一育种单位提供的品种往往首先聚为一类。系谱分析表明亲本来源相近的品种优先聚在一起,利用农家品种和辐照诱变材料对于拓宽花生遗传基础发挥作用较明显。ssr分析结果基本上与系谱相吻合。

关键词：花生遗传多样性 ssr标记聚类分析

木荷优树无性系种质ssr标记的遗传多样性分析

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林业科学 2017年第5期53卷 43-53页

作者：杨汉波张蕊王帮顺徐肇友陈焕伟周志春中国林业科学研究院亚热带林业研究所浙江省林木育种技术研究重点实验室杭州311400 浙江省龙泉市林业科学研究院龙泉323700

【目的】利用ssr标记深入研究木荷优树无性系种质的遗传多样性,揭示其遗传多样性地理分布特点及种质间遗传关系,为木荷种质资源的保护和育种亲本的选择提供理论依据。【方法】利用10对ssr引物,分析我国5个省份24个地区的734份木荷优树... 详细信息

【目的】利用ssr标记深入研究木荷优树无性系种质的遗传多样性,揭示其遗传多样性地理分布特点及种质间遗传关系,为木荷种质资源的保护和育种亲本的选择提供理论依据。【方法】利用10对ssr引物,分析我国5个省份24个地区的734份木荷优树无性系种质的遗传多样性和遗传结构。利用CERVUS、Gen AIEx 6.5、NTSYS、Arlequin和STRUCTURE 2.3软件进行无效等位基因检测、遗传参数估算、主坐标分析、聚类图构建、遗传变异分析及遗传结构分析。【结果】10对引物共检测到105个等位基因(Na),平均每个引物为10.5个,ss16引物检测到的等位基因数最多,为16个。Shannon’s信息指数(I)变化范围为1.121~1.908,平均值为1.473;多态信息指数(PIC)范围为0.557~0.807,平均值为0.668;平均期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)分别为0.713和0.735。木荷优树无性系种质的主坐标(PCo A)和遗传结构分析基本可以保持一致,供试734份木荷优树无性系种质可被分为3个PCo A类群,而在遗传结构上可划分为5个群组。24个种质群体间遗传距离范围为0.030~0.804,平均为0.230,表明群体间的亲缘关系较近,但仍有部分种质群体间存在较远的亲缘关系,如HNSZ和GDSX,JXFY和FJSX等;不同种质群体Shannon’s信息指数(I)变化范围为0.980~1.431,遗传多样性与地理分布不完全相关。STRUCTURE分析表明,71.1%的木荷优树无性系种质遗传组分相对比较单一,28.9%的种质遗传背景比较复杂。分子方差分析(AMOVA)表明,供试的木荷优树无性系种质有5.91%的遗传变异存在于群体间,而94.09%的遗传变异来自于群体内。【结论】木荷优树无性系种质存在丰富的遗传多样性,各群体间遗传多样性水平相差较大。在木荷杂交育种亲本选配时不仅要考虑地理远缘,还应考虑亲本群体(个体)间的亲缘关系。

关键词：木荷优树 ssr标记遗传多样性遗传结构

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ssr标记在桉树树种精准鉴定中的应用分析

热带亚热带植物学报 2018年第2期26卷 116-124页

作者：刘果谢耀坚吴志华陈鸿鹏国家林业局桉树研究开发中心广东湛江524022

为精准鉴定桉树种质,利用4个在种内完全保守的ssr位点对28种桉树(Eucalyptus)进行鉴定。根据这4个ssr位点的微卫星重复次数和侧翼序列特异核苷酸组合,构建了28种桉树种间种质资源的鉴定条码,能够精准鉴定9种桉树。这为桉树杂交育种工作... 详细信息

为精准鉴定桉树种质,利用4个在种内完全保守的ssr位点对28种桉树(Eucalyptus)进行鉴定。根据这4个ssr位点的微卫星重复次数和侧翼序列特异核苷酸组合,构建了28种桉树种间种质资源的鉴定条码,能够精准鉴定9种桉树。这为桉树杂交育种工作提供了生物学依据。

关键词：桉树 ssr标记微卫星序列种质鉴定

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ssr标记评价西瓜品种的一致性

农业生物技术学报 2014年第5期22卷 590-597页

作者：李丽张力刘玲马连平北京市蔬菜种子质量监督检验测试中心北京市种子管理站

为了评价ssr标记对西瓜品种一致性鉴定的可行性,以及建立依据ssr标记的西瓜一致性鉴定标准,本研究采用11对西瓜ssr引物,检测了78个西瓜(Citrullus lanatus)品种以及2009～2013连续5个年度北京市西瓜区域试验97个品种的11个ssr标记位点... 详细信息

为了评价ssr标记对西瓜品种一致性鉴定的可行性,以及建立依据ssr标记的西瓜一致性鉴定标准,本研究采用11对西瓜ssr引物,检测了78个西瓜(Citrullus lanatus)品种以及2009～2013连续5个年度北京市西瓜区域试验97个品种的11个ssr标记位点的一致性比率。每个品种取48个个体,每条染色体上选取一个标记。通过统计11对核心引物对175个西瓜品种的检测结果以及不同品种在不同位点的一致性分布的特征特性,发现品种内的随机单株个体在不同引物位点中一致性分布情况都不一样,品种内单株的某一个ssr位点的一致性比率不代表这个品种的一致性,也不能简单的依据品种内个体的某一个ssr位点的一致性比率来评估这个品种的一致性,需要综合品种内随机单株个体11个位点的平均一致性比率来评价其一致性。综合分析西瓜11对ssr核心引物对175个品种一致性比率的统计结果,提出可以将ssr位点一致性比率作为评价西瓜品种一致性的辅助标准,判断西瓜品种的一致性时,需综合单个引物的一致性r和所有引物位点的平均一致性比率R两个指标进行评价,将西瓜品种一致性级别分为5级,并说明了利用ssr标记评估西瓜品种一致性的指标以及检测方法中需注意的细节,初步拟出西瓜一致性评估标准。

关键词：西瓜 ssr标记一致性比率一致性 DUS测试