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申克孢子丝菌双相转换差异表达基因的生物信息学分析

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中国生物制品学杂志 2011年第9期24卷 1022-1027页

作者：周汛杨致邦肖异珠重庆医科大学附属第一医院皮肤科重庆400016 重庆医科大学基础医学院基础医学实验教学中心病原生物学教研室重庆医科大学神经科学研究中心重庆400016 重庆医科大学附属儿童医院皮肤科重庆400014

目的探讨申克孢子丝菌菌丝相(Mycelium,M)和酵母相(Yeast,Y)双相转换的分子机制,筛选与其双相转换相关的差异表达基因。方法应用抑制性消减杂交技术,构建申克孢子丝菌菌丝相和酵母相的正反cDNA消减文库,并对其差异表达的基因进行生物信... 详细信息

目的探讨申克孢子丝菌菌丝相(Mycelium,M)和酵母相(Yeast,Y)双相转换的分子机制,筛选与其双相转换相关的差异表达基因。方法应用抑制性消减杂交技术,构建申克孢子丝菌菌丝相和酵母相的正反cDNA消减文库,并对其差异表达的基因进行生物信息学分析。结果 M+Y文库获得751条表达序列标签(Expressed sequence tags,ESTs),经拼接后获得101条非冗余序列(Unigenes);Y+M文库获得875条ESTs,拼接获得249条Unigenes。申克孢子丝菌酵母相和菌丝相的转换伴随着不同菌相细胞差异基因的高表达,这些高表达的差异基因可分为结构基因类、代谢酶类、细胞表面分子类及功能不明的细胞分子。结论已成功构建申克孢子丝菌双相转换相关的cDNA消减文库,并筛选出部分差异表达基因,为进一步研究申克孢子丝菌致病相关基因奠定了基础。

关键词：申克孢子丝菌抑制性消减杂交基因文库生物信息学分析

申克孢子丝菌SPDS基因的生物信息学分析及分子克隆

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中山大学学报（医学科学版） 2013年第6期34卷 948-953页

作者：袁立燕黄怀球张静冯佩英高文超李玉哲张晓辉黄丽林中山大学附属第三医院皮肤性病科广东广州510630 中山大学孙逸仙纪念医院皮肤性病科广东广州510120 中山大学中山医学院广东广州510089 广东省皮肤病医院广东广州510000

[目的]分析预测申克孢子丝菌cDNA中编号为Locus_ 168_Contig_1序列编码的基因及蛋白质结构、功能特征,并进行分子克隆.[方法]利用NCBI及Expasy网站提供的BLASTx、SignalIP、InterPro Scan等生物信息学软件分析其序列,判断其是否为全长... 详细信息

[目的]分析预测申克孢子丝菌cDNA中编号为Locus_ 168_Contig_1序列编码的基因及蛋白质结构、功能特征,并进行分子克隆.[方法]利用NCBI及Expasy网站提供的BLASTx、SignalIP、InterPro Scan等生物信息学软件分析其序列,判断其是否为全长编码序列、同源序列名称,并分析其结构、定位及功能等;将其中的全长编码区利用PCR方法进行扩增后克隆到pET-30a（＋）载体,测序验证.[结果]该序列是亚精胺合成酶（SPDS）的同源基因,全长序列为1062 bp,包含完整的编码区190 ～1 062 bp,编码291个氨基酸,在GenBank中,其与粗糙脉孢菌的SPDS基因同源性最高,达88％.理化性质预测其编码蛋白疏水性高;无质体、线粒体等定位序列,不存在跨膜螺旋结构,为非分泌型蛋白.进化树分析结果显示与粗糙脉孢菌同源性最高;PCR扩增及测序结果证实目的基因成功克隆进入pET-30a（＋）质粒.[结论]获得申克孢子丝菌SPDS的基因及蛋白结构、功能特点,构建了其重组表达质粒,将为进一步明确其在孢子丝菌病中的致病作用奠定理论基础.

关键词：申克孢子丝菌亚精胺合成酶生物信息学分子克隆

申克孢子丝菌翻译控制肿瘤蛋白的结构分析与功能预测

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中山大学学报（医学科学版） 2012年第4期33卷 454-459页

作者：黄怀球钟毅赵静张静孙九峰张晓辉袁立燕中山大学附属第三医院皮肤性病科广东广州510630 中山大学附属孙逸仙纪念医院皮肤性病科广东广州510120 中山大学中山医学院热带病防治研究教育部重点实验室广东广州510080 广东省皮肤病防治研究所广东广州510045

【目的】从cDNA文库中识别申克孢子丝菌翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)的基因并分析预测其结构功能和应用前景。【方法】利用NCBI和ExPASy网站中的各种基因和蛋白的序列结构信息分析工具,结合DNAstar和VectorNTI suite生物信息学分析软件包,从... 详细信息

【目的】从cDNA文库中识别申克孢子丝菌翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)的基因并分析预测其结构功能和应用前景。【方法】利用NCBI和ExPASy网站中的各种基因和蛋白的序列结构信息分析工具,结合DNAstar和VectorNTI suite生物信息学分析软件包,从申克孢子丝菌全长cDNA质粒文库中识别TCTP的基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白结构特征和功能。【结果】TCTP基因全长621 bp,编码区具有207个氨基酸。在GenBank同源序列中,其与蓝菌属真菌(Grosmannia clavigera)TCTP氨基酸序列一致性达到78%。理论预测分子质量为64581.4 ku。无质体和线粒体定位序列。预测结果显示编码蛋白含有1个跨膜区、7个亲水性部位和5个主要B细胞表位。与蓝菌属真菌及球毛壳霉(***)的TCTP进化关系最近。【结论】应用生物信息方法筛选出申克孢子丝菌TCTP的cDNA全长序列并预测其结构与功能、潜在抗原表位,为进一步实验研究该蛋白生物学特性提供了依据。

关键词：申克孢子丝菌翻译控制肿瘤蛋白(TCTP) 生物信息学

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申克孢子丝菌随机扩增DNA多态性研究

中华皮肤科杂志 2001年第5期34卷 355-357页

作者：廉翠红金礼吉刘晓明安利佳杨国玲林熙然大连医科大学附属第一医院皮肤科 116011 大连理工大学化工学院生物工程系

目的了解申克孢子丝菌的基因学特征,研究DNA分型与菌种来源和临床表现的关系。方法以随机扩增DNA多态性方法对来源于不同地区及不同临床类型的24株申克孢子丝菌进行DNA多态性分析。结果①筛选出3个具有较好扩增片段的引物,即引物OPAA11:... 详细信息

目的了解申克孢子丝菌的基因学特征,研究DNA分型与菌种来源和临床表现的关系。方法以随机扩增DNA多态性方法对来源于不同地区及不同临床类型的24株申克孢子丝菌进行DNA多态性分析。结果①筛选出3个具有较好扩增片段的引物,即引物OPAA11:5'-ACCCGACCTG-3',OPD18:5'-GAGAGCCAAC-3',OPB07:5'-GGTGACGCAG-3'。②24株菌的DNA带型不完全相同,具一定遗传变异性。③不同菌株同一引物扩增均见一共有DNA片段。④播散型DNA带型与皮肤淋巴管型不同。结论随机扩增DNA多态性方法可用于申克孢子丝菌的DNA分型。其带型与菌株的地区来源和临床表现有关。

关键词：申克孢子丝菌随机扩增多态DNA技术

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申克孢子丝菌野生株致病性的实验研究

中华皮肤科杂志 2002年第5期35卷 358-360页

作者：姚煦刘军李福秋金学洙王延龙吉林大学第二临床学院皮肤科

目的研究申克孢子丝菌野生株的致病性。方法制备申克孢子丝菌野生株的细胞悬液,注入小鼠体内,于接种后第1周开始至第10周,视发病情况每周分批处死、剖检,观察发病情况。结果从自然环境中分离的申克孢子丝菌通过不同注射途径进入小鼠体... 详细信息

目的研究申克孢子丝菌野生株的致病性。方法制备申克孢子丝菌野生株的细胞悬液,注入小鼠体内,于接种后第1周开始至第10周,视发病情况每周分批处死、剖检,观察发病情况。结果从自然环境中分离的申克孢子丝菌通过不同注射途径进入小鼠体内后均可导致小鼠致病;其产生色素的黑色菌株与不产生色素的白色菌株致病性无差异(P>0.05);腹腔组与尾静脉组比较致病性有差异(P申克孢子丝菌的野生株均具有致病性;黑白菌株致病性无显著差异;不同的致病途径致病性不同。

关键词：申克孢子丝菌野生株致病性孢子丝菌感染动物实验

申克孢子丝菌基因差异、致病力与孢子丝菌病临床型别的关系

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中华皮肤科杂志 2005年第6期38卷 338-341页

作者：孔祥明林俊萍王雅坤陈洪铎中国医科大学第一附属医院皮肤科沈阳110001

目的探讨申克孢子丝菌基因差异、致病力与孢子丝菌病不同临床型别的关系。方法①收集不同临床型别孢子丝菌病的申克孢子丝菌分离株并提取DNA,进行随机扩增多态DNA(RAPD)扩增。②BALB/c小鼠接种不同临床型别孢子丝菌病的分离株菌悬液,观... 详细信息

目的探讨申克孢子丝菌基因差异、致病力与孢子丝菌病不同临床型别的关系。方法①收集不同临床型别孢子丝菌病的申克孢子丝菌分离株并提取DNA,进行随机扩增多态DNA(RAPD)扩增。②BALB/c小鼠接种不同临床型别孢子丝菌病的分离株菌悬液,观察实验动物发病及病变情况。③发病小鼠皮肤及内脏组织病理学检查,观察接种不同临床型别孢子丝菌病的分离株菌悬液后小鼠病变内申克孢子丝菌孢子数量及分布。结果①不同临床型别孢子丝菌病的申克孢子丝菌分离株聚合酶链反应产物电泳带型差异较明显:播散型分离株可见1800bp、850bp、500bp、180bp,皮肤淋巴管型分离株见1400bp、800bp、700bp、500bp,皮肤固定型分离株见2500bp、1400bp、1000bp、700bp。②注射播散型孢子丝菌病分离株菌悬液的BALB/c小鼠比注射皮肤淋巴管型分离株小鼠发病早、病变部位广且死亡率高;注射皮肤淋巴管型分离株的小鼠较注射固定型孢子丝菌病分离株小鼠皮损出现早、病变范围广且严重。③实验BALB/c小鼠病变皮肤及内脏组织病理学检查显示:注射播散型孢子丝菌病分离株的小鼠病变内孢子数量明显多于注射皮肤淋巴管型分离株小鼠病变内孢子数量,而后者较注射固定型孢子丝菌病分离株的小鼠病变内孢子数量多。结论不同临床型别孢子丝菌病的申克孢子丝菌的基因差异、致病力与孢子丝菌病不同临床型别的关系密切。

关键词：申克孢子丝菌孢子丝菌病基因差异致病力随机扩增多态DNA(RAPD) 型别临床 BALB/c小鼠组织病理学检查淋巴管型分离株菌悬液播散型固定型病变情况实验动物反应产物聚合酶链病变部位病变范围病变皮肤注射

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申克孢子丝菌的体外耐热实验观察

中华皮肤科杂志 1996年第5期29卷 359-360页

作者：李福秋金学洙白求恩医科大学第二临床学院皮肤科长春130041

申克孢子丝菌是孢子丝菌病的病原菌,该菌为双相性真菌,本实验通过不同的温度刺激体外培养的酵母型孢子丝菌,观察其形态结构的变化、生长繁殖规律及最低温度的致死率,进一步探讨孢子丝菌病温热疗法的作用机理,以对孢子丝菌病的治疗提供... 详细信息

申克孢子丝菌是孢子丝菌病的病原菌,该菌为双相性真菌,本实验通过不同的温度刺激体外培养的酵母型孢子丝菌,观察其形态结构的变化、生长繁殖规律及最低温度的致死率,进一步探讨孢子丝菌病温热疗法的作用机理,以对孢子丝菌病的治疗提供新的方法。一、资料和方法筛选1例固定型孢子丝菌病患者皮损处组织块及渗出液,用沙堡培养基27℃培养一周,将此菌落接种在脑心葡萄糖血琼脂培养基(BHI)上,36℃培养一周。

关键词：申克孢子丝菌耐热实验体外

申克孢子丝菌菌丝相和酵母相cDNA消减文库的构建及差异表达基因的筛选

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中国人兽共患病学报 2011年第5期27卷 427-431页

作者：周汛杨致邦肖异珠重庆医科大学附属第一医院皮肤科重庆400016 重庆医科大学基础医学院基础医学实验教学中心病原生物学与免疫学实验室重庆医科大学神经科学研究中心重庆400016 重庆医科大学附属儿童医院重庆400014

目的构建申克孢子丝菌双相cDNA消减文库,筛选与双相转换相关的差异表达基因。方法运用抑制性消减杂交技术,构建申克孢子丝菌菌丝相(Mycelium,M)和酵母相(Yeast,Y)的正反cDNA消减文库,并对其差异表达的基因进行生物信息学分析。结果 M+Y... 详细信息

目的构建申克孢子丝菌双相cDNA消减文库,筛选与双相转换相关的差异表达基因。方法运用抑制性消减杂交技术,构建申克孢子丝菌菌丝相(Mycelium,M)和酵母相(Yeast,Y)的正反cDNA消减文库,并对其差异表达的基因进行生物信息学分析。结果 M+Y文库获得751条表达序列标签(Expressed Sequence Tags,ESTs),经拼接后获得101条uni-genes;Y+M文库获得875条ESTs,拼接获得249条unigenes。申克孢子丝菌酵母相菌丝相的转换伴随着不同菌相细胞差异基因的高表达,这些高表达的差异基因可分为结构基因类、代谢酶类、细胞表面分子类及功能不明的细胞分子。结论成功构建了申克孢子丝菌双相转换相关的cDNA消减文库基础上,筛选出部分差异表达基因,为进一步研究申克孢子丝菌致病相关基因奠定了基础。

关键词：申克孢子丝菌抑制性消减杂交 cDNA消减文库生物信息学分析

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申克孢子丝菌随机扩增DNA多态性分型研究

临床皮肤科杂志 2006年第7期35卷 451-452页

作者：王敬尤刚王晓红李若瑜黑龙江省医院南岗分院皮肤性病科黑龙江哈尔滨150001 北京医科大学第一临床医院皮肤科北京100730

目前国际上采用分子生物学方法如线粒体DNA限制性片段长度多态性(RFLP)分析等进行菌株分型研究,对流行病学研究有很大促进作用。为了解我国北方地区申克孢子丝菌(Sporothrix schenckii)DNA水平的特点,笔者对黑龙江地区孢子丝菌病患者皮... 详细信息

目前国际上采用分子生物学方法如线粒体DNA限制性片段长度多态性(RFLP)分析等进行菌株分型研究,对流行病学研究有很大促进作用。为了解我国北方地区申克孢子丝菌(Sporothrix schenckii)DNA水平的特点,笔者对黑龙江地区孢子丝菌病患者皮损中分离的29株申克孢子丝菌进行随机扩增DNA多态性(RAPD)分型,探讨不同感染部位的致病菌与RAPD型别之间的关系。[第一段]

关键词：申克孢子丝菌随机扩增DNA多态性聚合酶链反应