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家蚕质型多角体病毒(苏州株)基因组片段8 cDNA克隆与分析

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科技通报 2010年第6期26卷 837-843页

作者：张晓荣孟祥坤朱越雄贡成良薛仁宇曹广力苏州大学医学部江苏苏州215123

为研究家蚕质型多角体病毒(BmCPV1)的遗传与变异、探讨S8片段的功能,通过RT-PCR克隆BmCPV1苏州株(BmCPV1-SZ)S8的cDNA,并对其核苷酸序列(GenBank登录号:GQ150539)和编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示:S8由1 328 bp构成,具... 详细信息

为研究家蚕质型多角体病毒(BmCPV1)的遗传与变异、探讨S8片段的功能,通过RT-PCR克隆BmCPV1苏州株(BmCPV1-SZ)S8的cDNA,并对其核苷酸序列(GenBank登录号:GQ150539)和编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示:S8由1 328 bp构成,具有一个编码390个氨基酸残基的开放阅读框;在BmCPV1-SZ S8的编码氨基酸序列与BmCPV1-I和BmCPV1-H的一致性达93%,但与其他非CPV1型的相似程度较低;在推导的蛋白的氨基酸序列中间区域,具有E-丰富和P-丰富的区域,其局部区域的氨基酸序列与某些蛋白的功能(细胞周期控制、蛋白降解和RNA降解)区域的序列具有一定的相似性;结构域家族分析显示,BmCPV1-SZ S8编码蛋白属GcrA家族,具有与DNA结合的HTH结构域。Blocks分析显示,S8编码蛋白同时具有DNA聚合酶家族、RNA聚合酶2的结构功能域;高级结构分类显示,S8编码蛋白具有与TIM桶酶、肽酶、核苷三磷酸水解酶相似的同源结构。推测该蛋白具有转录调控因子和多功能酶的功能。基于S8编码的氨基酸序列的进化分析显示,相同类型的CPV聚为一类,同一宿主不同类型的CPV相距较远,推测CPV主要根据其类型聚类,而宿主昆虫对聚类的影响相对较小。

关键词：家蚕质型多角体病毒 RT-PCR 克隆生物信息学

家蚕质型多角体病毒RDRP基因的序列测定及同源性分析

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蚕业科学 2005年第1期31卷 53-58页

作者：孙京臣杨艺峰戴伟君谭玉蓉张勤奋张景强徐兴耀华南农业大学动物科学学院广州510642 中山大学生命科学院生物防治国家重点实验室广州510275

应用分段RTPCR方法和分子克隆技术从家蚕质型多角体病毒(Bombyxmoricytoplasmicpolyhedrosisvirus,BmCPV)中国株的dsRNA中成功地分3段克隆了RDRP基因(RNAdependentRNApolymerase),大小分别为1442、827、1675bp,进行了基因全序列拼接,获得37kb的全长RDRP基因(GenBank序列号为AY496445)。通过在线blast分析,与BmCPV1、DpCPV1、LdCPV1、LdCPV14、TnCPV15核苷酸同源性分别为89%、81%、81%、541%和509%,氨基酸同源性分别为965%、931%、929%、411%和335%。根据核苷酸同源性与氨基酸同源性构建的进化树具有较好的一致性。通过ClustalX软件分析,定位了该病毒RDRP基因的3个保守区域(酸性区,核苷酸结合的核心区和催化功能核心区)。

关键词：家蚕质型多角体病毒 dsRNA RDRP基因同源性

家蚕质型多角体病毒基因组片段1中的假定重叠基因检测

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蚕业科学 2014年第1期40卷 45-51页

作者：张仰齐曹广力何蕾薛仁宇贡成良苏州大学基础医学与生物科学学院江苏苏州215123 苏州大学现代丝绸国家工程实验室江苏苏州215123

生物信息学分析结果显示家蚕质型多角体病毒（BmCPV）基因组s1片段中含有-个假定的重叠基因ORFX。为了检测该重叠基因ORFX是否在RNA和蛋白质水平有相应的表达产物，用大肠杆菌表达的重组ORFX蛋白制备多克隆抗体，对感染BmCPV的家蚕中肠... 详细信息

生物信息学分析结果显示家蚕质型多角体病毒（BmCPV）基因组s1片段中含有-个假定的重叠基因ORFX。为了检测该重叠基因ORFX是否在RNA和蛋白质水平有相应的表达产物，用大肠杆菌表达的重组ORFX蛋白制备多克隆抗体，对感染BmCPV的家蚕中肠后部组织进行Westernblotting和免疫组化检测，结果在感染BmCPV第1～7天的家蚕中肠组织中没有检测到假定的ORFX蛋白。进一步基于假定重叠基因ORFX区域及其下游序列设计定量检测ORFX基因和s1片段转录本RNA总水平的引物RECPV-1／RECPV-2，以及定量检测S1片段转录本RNA水平的引物RECPV．3／RECPV-4，用引物Oligo（dT）／RECPV-2和Oligo（dT）／RECPV-4的反转录产物作为模板，对感染BmCPV的家蚕中肠组织中的S1片段转录本和假定的ORFX转录本进行定量PCR检测，结果在感染BmCPV第5～7天的中肠组织中均没有检测到假定的ORFX转录本。由此表明，BmCPV基因组S1片段中可能不存在假定的ORFX重叠基因。

关键词：家蚕质型多角体病毒基因组S1片段重叠基因免疫组化定量PCR

家蚕质型多角体病毒苏州株基因组片段2的克隆与分析

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江苏农业科学 2011年第1期39卷 19-23页

作者：刘卫星孟祥坤薛仁宇曹广力贡成良苏州大学医学部江苏苏州215123

为了探讨呼肠孤病毒科依赖RNA的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RDRP)基因的遗传与变异,通过RT-PCR对家蚕质型多角体病毒(Bombyx moricytoplasmic polyhedrosis virus)苏州株(BmCPV-suzhou)的S2片段进行了分段克隆,对各克隆的测序结果进行拼接,获得了S2片段的全长序列。分析显示,BmCPV-suzhou S2片段的全长为3 854 bp(GenBank登录号:GQ924586),含有1个3 678 bp的编码RDRP基因的开放阅读框,并分别在5′和3′端发现了保守序列AGUAA和GUUAGCC。RDRP的氨基酸序列比对分析结果显示,BmCPV-suzhou与BmCPV-china、BmCPV-1、舞毒蛾(Lymantria dispar)CPV-1(LdCPV-1)、马尾松毛虫(Dendrolimus punctatus)CPV-1(DpCPV-1)、舞毒蛾CPV-14(LdCPV-14)、棉铃虫(Heliothis armigera)CPV-14(HaCPV-14)的相似性分别为99%、97%、94%、94%、54%、55%。基于RDRP氨基酸序列的系统进化分析表明,BmCPV的不同株系与LdCPV-1、DpCPV-1聚为一类。

关键词：家蚕质型多角体病毒 S2片段 RDRP 序列分析

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家蚕质型多角体病毒的研究

蚕业科学 1980年第4期 227-232页

作者：巫爱珍戴仁鸣沈学仁孙玉昆胡雪芳钱元骏中国农业科学院蚕业研究所中国科学院上海生物化学研究所

我们以家蚕质型多角体病毒（以下简称CPV）为材料,开展了病毒分子生物学的研究工作。首先建立了用分子筛凝胶柱层析分离纯化家蚕CPV的方法。这一方法简便迅速,适于大量制备,所得病毒制剂均一,感染活性强,LD;可达1.11×10;克/每头2龄起... 详细信息

我们以家蚕质型多角体病毒（以下简称CPV）为材料,开展了病毒分子生物学的研究工作。首先建立了用分子筛凝胶柱层析分离纯化家蚕CPV的方法。这一方法简便迅速,适于大量制备,所得病毒制剂均一,感染活性强,LD;可达1.11×10;克/每头2龄起蚕。其次,用分子筛凝胶柱层析提纯的家蚕CPV作为抗原制备了免疫血清,家蚕CPV的抗血清中不仅有效价高的病毒蛋白的抗体,也有双链RNA的抗体存在,这对于研究各种双链RNA病毒之间的关系是很有意义的。家蚕CPV颗粒中含有以双链RNA为模板的RNA复制酶。我们建立了测定RNA复制酶的方法。并能获得毫克量体外合成的家蚕CPV—mRNA,在麦胚无细胞系统中进行翻译,所合成的蛋白与家蚕CPV抗血清进行免疫对流电泳能产生特异的沉淀线,说明体外合成的家蚕CPV—mRNA具有足够的信息。家蚕CPV经氯仿、30％乙醇、pH3.8酸性溶液等处理,其复制酶活力显著降低,病毒的感染能力也随之相应下降;用表面活性剂Triton X—100处理家蚕CPV,其复制酶活力提高约27％,感染活力也提高了28％。这些结果说明家蚕CPV所带的RNA复制酶是感染所必需的。

关键词：家蚕质型多角体病毒体外合成抗血清 CPV 复制酶对流电泳 RNA

家蚕质型多角体病毒的血清学研究——Ⅲ、中和试验和交叉反应

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蚕业科学 1980年第2期 93-100页

作者：钱元骏胡雪芳戴仁鸣巫爱珍沈学仁孙玉昆中国农业科学院蚕业研究所中国科学院上海生物化学研究所

家蚕质型多角体病毒（CPV）的血清学研究,有关抗原的纯化方法（1978）,血清制备及对流免疫电泳检测（1970）等已分别报导过。本文着重报告CPV抗血清与家蚕质型四方形多角体病毒（CPV;）、六角形多角体病毒（CPV;）、病毒性软化病病毒... 详细信息

家蚕质型多角体病毒（CPV）的血清学研究,有关抗原的纯化方法（1978）,血清制备及对流免疫电泳检测（1970）等已分别报导过。本文着重报告CPV抗血清与家蚕质型四方形多角体病毒（CPV;）、六角形多角体病毒（CPV;）、病毒性软化病病毒（FV）、核型多角体病毒（NPV）等中和效果,以及对桑

关键词：家蚕质型多角体病毒添食 CPV 抗血清赤松毛虫松毛虫属对流免疫电泳免疫电渗电泳起蚕交叉反应抗原-抗体反应病毒液血清学中和试验

家蚕质型多角体病毒编码的miRNA的鉴定和功能研究

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家蚕质型多角体病毒编码的miRNA的鉴定和功能研究

家蚕质型多角体病毒编码的BmCPV-miR-10的鉴定和功能研究

中国蚕学会第十届青年学术研讨会

作者：王永升林苏赵泽徐平侯成香高坤郭锡杰江苏科技大学生物技术学院中国农业科学院蚕业研究所

家蚕质型多角体病毒（Bombyx mori cypovirus,BmCPV）是家蚕的重要病原之一,也是典型的RNA病毒,在侵染过程中与家蚕免疫防御系统的互作机制尚不明确。研究发现,一些病毒编码的mi RNA在病毒感染宿主和免疫逃逸过程中发挥重要作用,目前关... 详细信息

家蚕质型多角体病毒（Bombyx mori cypovirus,BmCPV）是家蚕的重要病原之一,也是典型的RNA病毒,在侵染过程中与家蚕免疫防御系统的互作机制尚不明确。研究发现,一些病毒编码的mi RNA在病毒感染宿主和免疫逃逸过程中发挥重要作用,目前关于昆虫病毒尤其是RNA病毒编码的mi RNA及其功能的报道较少。因此,研究BmCPV基因组编码的功能性mi RNAs,揭示其在病原-宿主互作过程中的功能,将为mi RNA家族增加一类新的由RNA病毒编码的mi RNA分子,还将揭示一种由mi RNA介导的RNA病毒在宿主细胞中复制增殖调控的新机制,也将为其他病毒mi RNA的研究和病毒病的防治提供新思路。为此,我们选择对BmCPV比较敏感的家蚕品系4008为实验材料,经口接种BmCPV多角体,分别抽提感染组和对照组家蚕中肠的总RNA,进行小RNA深度测序,筛选病毒特异表达的mi RNAs,并预测其靶基因;用q RT-PCR方法检测mi RNAs及其靶基因在BmCPV感染家蚕过程中表达水平的变化,验证mi RNA对靶基因的调控作用及其对BmCPV复制增殖的影响。通过相关软件分析小RNA深度测序数据,并经茎环RT-PCR鉴定,已经初步鉴定得到8条可能由BmCPV基因组编码的mi RNAs;采用mi Randa和targetscan两种靶基因预测软件分别针对家蚕基因组和BmCPV基因组进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和Pathway分析,发现它们的功能涉及Apoptosis,Cell cycle,RNA degradation,PPARsignalingpathway,Nucleotideexcisionrepair等通路。本研究选取其中一条mi RNA即BmCPV-miR-10进行深入研究,q RT-PCR结果表明BmCPV-miR-10在感染Bm CPV的家蚕中肠组织中随感染时间增加呈上调表达模式;软件预测发现,RISC-loadingcomplex（RLC）subunit TARBP2基因和家蚕细胞凋亡相关因子p53-associatedparkin-likecytoplasmicprotein（PARC）为BmCPV-miR-10的两个候选靶基因,靶位点分别位于BmPARC mRNA序列的CDS区域和BmRLC submit TARBP2 mRNA序列的3’UTR区域。且定量结果表明,随感染时间增加,BmPARC基因和BmRLC submit TARBP2基因先上调后下调表达。为验证mi RNA对靶基因的调控作用,分别构建BmCPV-miR-10及其靶基因的慢病毒表达载体,借助包装质粒共转染HEK293T细胞,通过qRT-PCR检测BmPARC基因和BmRLCsubmitTARBP2基因的表达水平,且合成了mimic和inhibitor并注射于蚕体,从而检测两个靶基因以及病毒的表达趋势。根据结果可以推测,BmCPV在侵染家蚕的过程中,可能通过编码mi RNA下调Bm PARC基因和BmRLC submit TARBP2基因的表达水平,进而抑制宿主细胞凋亡的发生,以利于病毒自身的繁殖。

关键词：家蚕质型多角体病毒 miRNA 靶基因家蚕细胞凋亡抑制因子

来源： cnki会议评论

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家蚕质型多角体病毒编码的BmCPV-miR-10的鉴定和功能研究

家蚕质型多角体病毒编码的miRNA BmCPV-miR-1和BmCPV-miR-3的鉴定及功能研究

2019年全国蚕病理学与病虫害防控学术研讨会

作者：王永升林苏赵泽徐平侯成香高坤钱荷英郭锡杰江苏科技大学生物技术学院中国农业科学院蚕业研究所

家蚕质型多角体病毒（Bombyx mori cypovirus,BmCPV）是家蚕的重要病原之一,也是典型的RNA病毒,其在侵染过程中与家蚕免疫防御系统的互作机制尚不清楚。研究发现,一些病毒编码的mi RNA在病毒感染宿主和免疫逃逸过程中发挥重要作用,但关... 详细信息

家蚕质型多角体病毒（Bombyx mori cypovirus,BmCPV）是家蚕的重要病原之一,也是典型的RNA病毒,其在侵染过程中与家蚕免疫防御系统的互作机制尚不清楚。研究发现,一些病毒编码的mi RNA在病毒感染宿主和免疫逃逸过程中发挥重要作用,但关于昆虫病毒尤其是RNA病毒编码的miRNA及其功能的报道很少。因此,研究BmCPV基因组编码的功能性mi RNAs,揭示其在病原-宿主互作过程中的功能,将为miRNA家族增加一类新的由RNA病毒编码的miRNA分子,还将揭示一种由miRNA介导的RNA病毒在家蚕组织细胞中复制增殖调控的新机制。为此,我们选择对BmCPV比较敏感的家蚕品系4008为实验材料,经口接种BmCPV多角体,分别抽提感染组和对照组家蚕中肠的总RNA,进行小RNA深度测序,筛选病毒特异表达的miRNAs,并预测其靶基因,验证mi RNA对靶基因的调控作用及其对BmCPV复制增殖的影响。通过小RNA深度测序数据和生物信息学分析,并经茎环RT-PCR鉴定,鉴定得到8条可能由BmCPV基因组编码的miRNAs;采用miRanda和targetscan两种靶基因预测软件分别针对家蚕基因组进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和Pathway分析,发现它们的功能涉及Apoptosis,Cell cycle,RNA degradation, PPAR signaling pathway,Nucleotide excision repair等通路。本研究选取其中一条miRNA即BmCPV-miR-10进行深入研究,qRT-PCR结果表明BmCPV-miR-10在感染BmCPV的家蚕中肠组织中随感染时间增加呈上调表达模式;软件预测发现,RISC-loading complex（RLC） subunit TARBP2基因和家蚕细胞凋亡相关因子p53-associated parkin-like cytoplasmic protein（PARC）为BmCPV-miR-10的两个候选靶基因,靶位点分别位于BmPARC mRNA序列的CDS区域和BmRLC submit TARBP2 m RNA序列的3’UTR区域。qRT-PCR检测结果表明,随感染时间增加,BmPARC基因和BmRLC submit TARBP2基因先上调后下调表达。分别构建BmCPV-miR-10和BmPARC和BmRLC submit TARBP2的慢病毒表达载体,共转染293T细胞,通过qRT-PCR检测BmPARC基因和BmRLC submit TARBP2基因的表达水平;进而合成了BmCPV-miR-10的mimic和inhibitor分别转染家蚕培养细胞并注射于蚕体,从而检测两个靶基因以及病毒的表达趋势,验证对病毒复制的影响。根据初步结果推测,BmCPV在侵染家蚕的过程中,可能通过BmCPV-miR-10下调BmPARC基因和BmRLC submit TARBP2基因的表达水平,进而抑制宿主细胞凋亡的发生,以利于病毒自身的繁殖。

关键词：家蚕质型多角体病毒 miRNA 靶基因家蚕细胞凋亡抑制因子

来源： cnki会议评论

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家蚕质型多角体病毒编码的miRNA BmCPV-miR-1和BmCPV-miR-3的鉴定...