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基于转录组测序的广藿香MYC基因家族鉴定与分析

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分子植物育种 2024年

作者：王瑜桑夏快飞张明永黄焕超严寒静张宏意何梦玲中国科学院华南植物园广东省应用植物学重点实验室广东药科大学中药学院广东省南药规范化种植与综合开发工程技术研究中心国家中医药管理局岭南药材生产与开发重点研究室中国科学院华南植物园华南农业植物分子分析与遗传改良重点实验室

MYC家族(myelocytomatosis proteins， MYC)是茉莉酸信号转导通路中的重要转录因子。利用生物信息学方法，本研究在广藿香茉莉酸甲酯处理后的转录组测序数据中共鉴定到21个广藿香MYC转录因子，并对其理化性质、亚细胞定位、保守结构域... 详细信息

MYC家族(myelocytomatosis proteins， MYC)是茉莉酸信号转导通路中的重要转录因子。利用生物信息学方法，本研究在广藿香茉莉酸甲酯处理后的转录组测序数据中共鉴定到21个广藿香MYC转录因子，并对其理化性质、亚细胞定位、保守结构域、系统进化和表达模式等进行分析。这21个MYC基因家族成员分别命名为PatMYC1～PatMYC21，每个PatMYC蛋白均含有bHLH＿MYC＿N结构域和bHLH结构域。PatMYC基因家族成员氨基酸数为420～702 aa，分子量为47 906.95～76 173.09 Da，理论等电点在4.67～8.78之间，预测为不稳定亲水蛋白，以α-螺旋和无规卷曲为主要构件。系统发育树分析表明PatMYC可分为四组。这些PatMYC基因可能参与调控了广藿香茉莉酸信号转导途径。本研究为进一步挖掘广藿香MYC基因家族功能提供了科学依据。

关键词：广藿香 MYC基因家族转录组生物信息学

鹅源副鸡禽杆菌全基因组重测序及比较基因组学分析

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畜牧兽医学报 2024年第3期55卷 1208-1216页

作者：苏文楠刘佳琪钟嘉诚陈济铛朱婉君张溢珊张济培佛山科学技术学院佛山528225 佛山天牧生物科技有限公司佛山528225

为了分析鹅源副鸡禽杆菌(Apg)与鸡源菌株的基因组差异,对3株鹅源Apg和4株鸡源Apg进行全基因重测序及基因组分析。全基因重测序结果显示7株菌株基因组片段大小为2.567 832~2.607 127 Mb, GC含量介于40.80%~40.93%之间。SNPs同源性分析结... 详细信息

为了分析鹅源副鸡禽杆菌(Apg)与鸡源菌株的基因组差异,对3株鹅源Apg和4株鸡源Apg进行全基因重测序及基因组分析。全基因重测序结果显示7株菌株基因组片段大小为2.567 832~2.607 127 Mb, GC含量介于40.80%~40.93%之间。SNPs同源性分析结果显示,3株鹅源菌株和鸡源C-AP3株聚集在p4chr1株的小分支上,另外3株鸡源菌株分布在其它国内菌株分支上。基因同源性分析结果显示鹅源菌株特有基因76个,鸡源菌株特有基因37个。对鹅适应性基因的筛查共聚类出79个基因,其中编码已知蛋白的基因有22个,其余编码假定蛋白;对鸡适应性基因的筛查聚类出39个基因,其中10个编码已知蛋白,29个编码假定基因。通过比较基因组学发现与Apg宿主适应性有关的基因为118个,为进一步阐释Apg跨物种感染的分子生物学机制奠定了基础。

关键词：副鸡禽杆菌比较基因组学全基因重测序跨物种传播

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一种基于条纹相位特征的PCB三维重建方法

光学学报 2024年

作者：吴福培彭俊龙叶玮琳郑志丹李昇平汕头大学工学院机械工程系

重建印刷电路板(PCB)表面元器件的三维形貌对确保其贴装质量具有重要意义。为提升PCB表面三维重建的精度和可靠性，论文提出一种基于条纹相位特征的PCB三维重建方法。首先，基于自适应权重法建立多曝光图像的融合规则，进而合成出高质... 详细信息

重建印刷电路板(PCB)表面元器件的三维形貌对确保其贴装质量具有重要意义。为提升PCB表面三维重建的精度和可靠性，论文提出一种基于条纹相位特征的PCB三维重建方法。首先，基于自适应权重法建立多曝光图像的融合规则，进而合成出高质量的条纹图像，并构建异步多频相移法以求解视场内各像素点相位值；其次，针对结构光三角立体模型因标定误差而影响PCB重建精度问题，由相机和结构光发生器视线映射关系建立高度重建模型；在此基础上，基于标准量块的测量值标定并拟合出最终的三维重建参数。实验结果表明，论文所提方法可有效提升高动态范围复杂表面的三维重建效果；在精度评价实验中，采用所提三维重建方法测量陶瓷标准球的平均直径误差为0.0188mm，且能准确可靠地恢复PCB表面元器件的三维形貌，进一步检验了论文所提方法的有效性。

关键词：三维重建条纹结构光印刷电路板参数标定图像融合

广东部分地区鸭疫里默氏杆菌的分离鉴定和耐药性分析

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中国畜牧兽医 2024年第7期51卷 3185-3194页

作者：陈亦杏张美琳李仕楷杨智灿李宛珈陈济铛朱婉君张济培佛山科学技术学院佛山528225 佛山万牧洲生物科技有限公司佛山528225

【目的】了解广东部分地区鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)的流行、耐药及耐药基因携带情况。【方法】本试验于2020-2022年从广东地区采集101份疑似RA感染病死鸭、鹅的肝脏、心脏、脑等组织,对采集的组织进行细菌分离,通... 详细信息

【目的】了解广东部分地区鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)的流行、耐药及耐药基因携带情况。【方法】本试验于2020-2022年从广东地区采集101份疑似RA感染病死鸭、鹅的肝脏、心脏、脑等组织,对采集的组织进行细菌分离,通过革兰染色、生化试验及PCR鉴定分离株。对分离鉴定为RA的菌株进行血清型鉴定,并使用K-B纸片扩散法和PCR对分离株进行药敏试验和相应的耐药基因检测,采用统计学软件SPSS 22.0对分离株的耐药表型及耐药基因型进行统计,分析其相关性。【结果】分离菌在含5%新生牛血清的TSA平板培养后可见圆形、稍突、表面有光泽、乳脂状小菌落,革兰染色镜检为阴性短小杆菌。生化鉴定结果显示,分离株不发酵碳水化合物,氧化酶阳性,硝酸盐还原、西蒙氏枸椽酸盐、蛋白胨水、MR试验、VP试验、H_(2)S阴性,部分菌株能液化明胶和产生尿素酶。经PCR鉴定ompA基因阳性,本试验共分离得到51株RA。对分离株进行血清型鉴定,共检测到5种血清型,分别为血清1、2、4、11、18型,分析不同宿主来源的分离株血清型发现,血清18型仅在鹅上检测到。药敏试验结果显示,选择的25种药物中,RA对氟苯尼考、氧氟沙星、多西环素、大观霉素、头孢噻呋和头孢拉定6种药物敏感;对β-内酰胺类、氨基糖苷类耐药性最为严重,其中,对β-内酰胺类大部分药物耐药率在50.0%以上,对氨基糖苷类药物耐药率在80.0%以上。多重耐药统计结果显示,三重及以上耐药性菌株高达96.08%。分析不同宿主来源耐药性发现,鹅源RA分离株对青霉素、阿莫西林、氨苄西林、头孢唑啉4种药物的耐药率高于鸭源,其余药物鸭源和鹅源差异不明显。对15种耐药基因进行检测,其中blaCTX-M、aph(3′)Ⅱa、qnrB、qnrS、floR、tetM、ermF基因检出率较高,检出率分别为70.59%、68.63%、76.47%、96.08%、88.24%、82.35%和96.08%。耐药表型与耐药基因的相关性分析结果表明,耐药基因aph(3′)Ⅱa与新霉素、链霉素耐药株的产生具有显著相关性(P广东地区制定RA感染的临床治疗用药方案提供参考。

关键词：鸭疫里默氏杆菌分离鉴定耐药性耐药基因

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基于增强型谐波游标效应的光纤温度传感器

光学精密工程 2024年第15期32卷 2344-2354页

作者：林子曦李雨婷杨玉强李依潼张钰颖广东海洋大学深圳研究院深圳518120 广东海洋大学广东省南海海洋牧场智能装备重点实验室广东湛江524088 广东海洋大学电子与信息工程学院广东湛江524088 广东海洋大学智慧海洋传感网及其装备工程技术研究中心广东湛江524088

提出一种基于增强型谐波游标效应增敏的光纤温度传感器,该传感器由光纤萨格奈克干涉计(Sagnac Interferometer,SI)和法布里-珀罗干涉计(Fabry-Perot Interferometer,FPI)级联构成。通过控制FPI的自由光谱范围为SI的自由光谱范围的整数... 详细信息

提出一种基于增强型谐波游标效应增敏的光纤温度传感器,该传感器由光纤萨格奈克干涉计(Sagnac Interferometer,SI)和法布里-珀罗干涉计(Fabry-Perot Interferometer,FPI)级联构成。通过控制FPI的自由光谱范围为SI的自由光谱范围的整数倍且两者具有相反的温度响应,实现增强型谐波游标效应。实验结果表明,增强型谐波游标效应和增强型普通游标效应具有几乎相同的温度灵敏度,分别为单个FPI和SI灵敏度的28.7倍和16.9倍,增强型谐波游标放大倍率分别为普通谐波游标放大倍率的3.4倍和1.8倍,但增强型谐波游标效应对应的熊猫光纤长度失谐量明显大于增强型普通游标效应,且阶数越高对应的失谐量越大,因此,增强型谐波游标放大倍率更容易控制和实现。该传感器在获取高灵敏度的同时,稳定性能好、制备成本低,具有非常好的应用前景。

关键词：光纤传感器法布里-珀罗干涉计萨格奈克干涉计增强型游标效应谐波游标效应温度传感器

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植物生长调节剂与氮肥对盐胁迫下水稻幼苗生理特性的影响

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核农学报 2024年第3期38卷 561-573页

作者：王亚新冯乃杰赵黎明郑殿峰沈雪峰刘美玲杜有为广东海洋大学滨海农业学院广东湛江524088 国家耐盐碱水稻技术创新中心华南中心广东湛江524088 广东海洋大学深圳研究院广东深圳518108

为探讨植物生长调节剂(PGRs)和氮肥对水稻(Oryza sativa L.)幼苗生长和耐盐性的影响,以常规水稻品种黄华占为试验材料,在盆栽条件下,设置施氮及盐胁迫处理:N1(0.1 g N/盆)、N2(0.15 g N/盆)、N1S(N1+0.3%NaCl)、N_(2)S(N_(2)+0.3%NaCl)... 详细信息

为探讨植物生长调节剂(PGRs)和氮肥对水稻(Oryza sativa L.)幼苗生长和耐盐性的影响,以常规水稻品种黄华占为试验材料,在盆栽条件下,设置施氮及盐胁迫处理:N1(0.1 g N/盆)、N2(0.15 g N/盆)、N1S(N1+0.3%NaCl)、N_(2)S(N_(2)+0.3%NaCl),以及调节剂效应处理:N1A[N1+40 mg·L^(-1)5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)]、N1D[N1+30 mg·L^(-1)乙酸二乙基氨基乙酯(DTA-6)]、N1AS[N1+40 mg·L^(-1)5-ALA+0.3%NaCl]和N1DS[N1+30 mg·L^(-1)DTA-6+0.3%NaCl],于三叶一心期叶喷DTA-6和5-ALA,24 h后按土量进行0.3%NaCl(盐的质量/土的质量,W/W)处理,测定各处理幼苗形态、抗氧化酶活性以及丙二醛、过氧化氢和光合色素含量。结果表明,与N1相比,N_(2)、N1A和N1D处理均能促进幼苗生长,增加光合色素含量、抗氧化酶活性、可溶性蛋白含量并促进还原型谷胱甘肽(GSH)合成。以N1A处理效果最显著,N1A处理的地上干重、壮苗指数较N1处理增幅分别为15.37%~41.02%和29.17%~69.31%,过氧化氢(H_(2)O_(2))和丙二醛(MDA)含量较N1处理分别显著降低25.90%~51.61%和4.10%~14.45%。与N1相比,盐胁迫N1S显著抑制了幼苗生长,N_(2)S、N1AS和N1DS均可缓解盐胁迫N1S处理对幼苗形态和生理的损伤。其中N1AS处理效果最佳,改善了幼苗的形态,增加了抗氧化酶活性、光合色素、可溶性蛋白和GSH含量,与N1S处理相比,N1AS处理的地上干重和总叶绿素含量增幅分别为31.08%~78.95%和15.90%~69.35%,MDA和H_(2)O_(2)含量分别显著降低37.38%~50.29%和6.43%~20.95%。综上所述,在盐与非盐胁迫下,叶面喷施5-ALA、DTA-6和增施氮肥均能促进水稻幼苗生长,提高叶片抗氧化酶活性,减少叶片活性氧H2O2和MDA含量,提高幼苗耐盐性,且叶面喷施5-ALA和DTA-6调节剂与增施定量氮肥(N_(2)和N_(2)S)处理效果相当。本研究结果为农业生产上实现氮肥减施增效提供了依据。

关键词：水稻盐胁迫 PGRs 增施氮肥生理特性

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基于输入饱和的欠驱动水面舰艇预定义时间跟踪控制

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中国舰船研究 2024年第1期19卷 98-110页

作者：黄秀颖刘海涛田雪虹广东海洋大学机械工程学院广东湛江524088 广东海洋大学深圳研究院广东深圳518120

[目的]为解决欠驱动水面舰艇(USV)在模型不确定性、强耦合特性和控制器输入饱和情况下的轨迹跟踪问题,提出基于输入饱和的USV预定义时间跟踪控制方法。[方法]针对USV模型具有非零对角项和强耦合特性问题,引入坐标变换,将系统模型转变为... 详细信息

[目的]为解决欠驱动水面舰艇(USV)在模型不确定性、强耦合特性和控制器输入饱和情况下的轨迹跟踪问题,提出基于输入饱和的USV预定义时间跟踪控制方法。[方法]针对USV模型具有非零对角项和强耦合特性问题,引入坐标变换,将系统模型转变为斜对角形式;将预定义时间性能函数与障碍Lyapunov函数(BLF)结合,保证瞬态和稳态的跟踪性能;利用自组织神经网络(SSNN)降低未知外部环境扰动和复杂的连续未知非线性项以及输入饱和产生的影响,以保证控制系统的跟踪精度,并且在线调整优化SSNN的神经元数目,减少控制系统的计算负担。[结果]基于Lyapunov稳定性理论,证明了闭环系统在预定义时间内是有界稳定的,跟踪误差始终保持在约束范围内。[结论]仿真结果表明,所提控制策略是有效的,其具有良好的跟踪性能。

关键词：欠驱动水面舰艇预定义时间性能函数障碍Lyapunov函数自组织神经网络输入饱和预定义时间控制

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一种求解?正则化问题的积极集Barzilai-Borwein算法

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系统科学与数学 2024年

作者：李凯林彭壮汉胡子健程万友东莞理工学院计算机科学与技术学院

Barzilai-Borwein（BB）型算法是一种被广泛应用于求解无约束优化问题的有效方法,其具有存储量小、迭代简单等优点,而积极集识别技术具有准确识别最优解附近的零分量的强大能力,该技术可以将每个迭代点区分成零分量和非零分量两部分.本... 详细信息

Barzilai-Borwein（BB）型算法是一种被广泛应用于求解无约束优化问题的有效方法,其具有存储量小、迭代简单等优点,而积极集识别技术具有准确识别最优解附近的零分量的强大能力,该技术可以将每个迭代点区分成零分量和非零分量两部分.本文提出了一种求解大规模?1正则化问题的子空间Barzilai-Borwein（BB）方法,通过积极集识别技术,结合非单调线搜索技术和合适的BB步长,在适当的条件下,我们证明了所提出算法的收敛性.通过数值实验与现有的算法进行比较,证明了所提出算法运行的CPU时间更短、迭代次数更少,数值性能上更优.

关键词：稀疏优化子空间 BB步长收敛性

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基于自适应窗的动态权值代价聚合立体匹配

光子学报 2024年第8期53卷 272-286页

作者：吴福培刘宇豪王瑞李昇平汕头大学工学院机械工程系汕头515063

传统局部匹配算法通常在不同聚合窗口下采用单一权值进行代价聚集,而忽略了不同区域像素点之间的差异性,易导致基于双目视觉测量的立体匹配精度不稳定。为此,提出一种基于自适应窗的动态权值代价聚合立体匹配算法。首先,以梯度信息表征... 详细信息

传统局部匹配算法通常在不同聚合窗口下采用单一权值进行代价聚集,而忽略了不同区域像素点之间的差异性,易导致基于双目视觉测量的立体匹配精度不稳定。为此,提出一种基于自适应窗的动态权值代价聚合立体匹配算法。首先,以梯度信息表征模型为约束条件,构建代价聚合自适应十字交叉窗口。其次,分析视差不连续区域与弱纹理区域的像素特征,建立基于像素距离与色差双阈值权重的代价聚集模型,进而计算各窗口的动态权重影响因子。最后,基于线性迭代聚类法分割视差图区域,剔除奇异的视差值以提高算法匹配精度。实验结果表明,在Middlebury数据集的测试中,所提算法的平均非遮挡区域和全部区域的误匹配率分别为4.11%和5.65%,优于传统匹配算法;4组测量样品的全局长度测量平均相对误差小于1.2%,全局高度测量平均相对误差小于2.7%。实验结果检验了所提算法的有效性和可靠性。

关键词：机器视觉立体匹配自适应十字交叉聚合窗口动态权值超像素分割