鹅源副鸡禽杆菌全基因组重测序及比较基因组学分析

作     者：苏文楠 刘佳琪 钟嘉诚 陈济铛 朱婉君 张溢珊 张济培 SU Wennan;LIU Jiaqi;ZHONG Jiacheng;CHEN Jidang;ZHU Wanjun;ZHANG Yishan;ZHANG Jipei

作者机构：佛山科学技术学院佛山528225 佛山天牧生物科技有限公司佛山528225 

出 版 物：《畜牧兽医学报》 (ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA)

年 卷 期：2024年第55卷第3期

页      面：1208-1216页

核心收录：

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：广东省普通高校科研项目重点领域专项(2020ZDZX1018) 横向课题(BKH20905901) 

主　　题：副鸡禽杆菌 比较基因组学 全基因重测序 跨物种传播 

摘      要：为了分析鹅源副鸡禽杆菌(Apg)与鸡源菌株的基因组差异,对3株鹅源Apg和4株鸡源Apg进行全基因重测序及基因组分析。全基因重测序结果显示7株菌株基因组片段大小为2.567 832~2.607 127 Mb, GC含量介于40.80%~40.93%之间。SNPs同源性分析结果显示,3株鹅源菌株和鸡源C-AP3株聚集在p4chr1株的小分支上,另外3株鸡源菌株分布在其它国内菌株分支上。基因同源性分析结果显示鹅源菌株特有基因76个,鸡源菌株特有基因37个。对鹅适应性基因的筛查共聚类出79个基因,其中编码已知蛋白的基因有22个,其余编码假定蛋白;对鸡适应性基因的筛查聚类出39个基因,其中10个编码已知蛋白,29个编码假定基因。通过比较基因组学发现与Apg宿主适应性有关的基因为118个,为进一步阐释Apg跨物种感染的分子生物学机制奠定了基础。