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3D genome organization and its study in livestock breeding

Journal of Integrative Agriculture 2024年第1期23卷 39-58页

作者： Jie Cheng xiukai cao Shengxuan Wang Jiaqiang Zhang Binglin Yue Xiaoyan Zhang Yongzhen Huang Xianyong Lan Gang Ren Hong Chen Key Laboratory of Animal Genetics Breeding and Reproduction of Shaanxi ProvinceCollege of Animal Science and TechnologyNorthwest A&F UniversityYangling 712100China Joint International Research Laboratory of Agriculture and Agri-Product Safety of Ministry of Education of China Yangzhou UniversityYangzhou 225009China College of Animal Science Xinjiang Agricultural UniversityUrumqi 830052China

Eukaryotic genomes are hierarchically packaged into cell nucleus,affecting gene *** genome is organized into multiscale structural units,including chromosome territories,compartments,topologically associating domains(TADs),and DNA *** identification of these hierarchical structures has benefited from the development of experimental approaches,such as 3C-based methods(Hi-C,ChIA-PET,etc.),imaging tools(2D-FISH,3D-FISH,Cryo-FISH,etc.)and ligation-free methods(GAM,SPRITE,etc.).In recent two decades,numerous studies have shown that the 3D organization of genome plays essential roles in multiple cellular processes via various mechanisms,such as regulating enhancer activity and promoter-enhancer ***,there are relatively few studies about the 3D genome in livestock ***,studies for exploring the function of 3D genomes in livestock are urgently needed to provide a more comprehensive understanding of potential relationships between the genome and production *** this review,we summarize the recent advances of 3D genomics and its biological functions in human and mouse studies,drawing inspiration to explore the 3D genomics of livestock *** then mainly focus on the biological functions of 3D genome organization in muscle development and its implications in animal breeding.

关键词： 3D genome organization 3D genomic methodology regulatory mechanisms muscle development livestock breeding

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Dynamic chromatin architectures provide insights into the genetics of cattle myogenesis

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Journal of Animal Science and Biotechnology 2023年第4期14卷 1344-1362页

作者： Jie Cheng xiukai cao Xiaogang Wang Jian Wang Binglin Yue Wei Sun Yongzhen Huang Xianyong Lan Gang Ren Chuzhao Lei Hong Chen College of Animal Science and Technology Northwest A&F UniversityNo.22 Xinong RoadYangling districtYanglingShaanxi province 712100China Joint International Research Laboratory of Agriculture and Agri-Product Safety of Ministry of Education of China Yangzhou UniversityYangzhou 225009China Key Laboratory of Qinghai-Tibetan Plateau Animal Genetic Resource Reservation and Utilization Southwest Minzu UniversityChengdu 610225China College of Animal Science and Technology Yangzhou UniversityYangzhou 225009China College of Animal Science Xinjiang Agricultural UniversityUrumqi 830052China

Background Sharply increased beef consumption is propelling the genetic improvement projects of beef cattle in ***-dimensional genome structure is confirmed to be an important layer of transcription *** genome-wide interaction data of several livestock species have already been produced,the genome structure states and its regulatory rules in cattle muscle are still *** Here we present the first 3D genome data in Longissimus dorsi muscle of fetal and adult cattle(Bos taurus).We showed that compartments,topologically associating domains(TADs),and loop undergo re-organization and the structure dynamics were consistent with transcriptomic divergence during muscle ***,we annotated cis-regulatory elements in cattle genome during myogenesis and demonstrated the enrichments of promoter and enhancer in selection *** further validated the regulatory function of one HMGA2 intronic enhancer near a strong sweep region on primary bovine myoblast *** Our data provide key insights of the regulatory function of high order chromatin structure and cattle myogenic biology,which will benefit the progress of genetic improvement of beef cattle.

关键词： Cattle Cis-regulatory elements Muscle Selection sweep 3D genome

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An atlas of CNV maps in cattle, goat and sheep

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Science China(Life Sciences) 2021年第10期64卷 1747-1764页

作者： Yongzhen Huang Yunjia Li Xihong Wang Jiantao Yu Yudong Cai Zhuqing Zheng Ran Li Shunjin Zhang Ningbo Chen Hojjat Asadollahpour Nanaei Quratulain Hanif Qiuming Chen Weiwei Fu Chao Li xiukai cao Guangxian Zhou Shudong Liu Sangang He Wenrong Li Yulin Chen Hong Chen Chuzhao Lei Mingjun Liu Yu Jiang College of Animal Science and Technology Northwest A&F UniversityYangling 712100China College of Information Engineering Northwest A&F UniversityYangling 712100China Key Laboratory of Genetics Breeding and Reproduction of Grass feeding Livestock Ministry of AgricultureBiotechnology Research InstituteXinjiang Academy of Animal SciencesUrumqi 830026China National Institute for Biotechnology and Genetic Engineering(NIBGE) Faisalabad 577PunjabPakistan Pakistan Institute of Engineering&Applied Sciences(PIEAS) Nilore 45650IslamabadPakistan

Copy number variation(CNV)is the most prevalent type of genetic structural variation that has been recognized as an important source of phenotypic variation in humans,animals and ***,the mechanisms underlying the evolution of CNVs and their function in natural or artificial selection remain ***,we generated CNV region(CNVR)datasets which were diverged or shared among cattle,goat,and sheep,including 886 individuals from 171 diverse *** 9 environmental factors for genome-wide association study(GWAS),we identified a series of candidate CNVRs,including genes relating to immunity,tick resistance,multi-drug resistance,and muscle *** number of CNVRs shared between species is significantly higher than expected(P<0.00001),and these CNVRs may be more persist than the single nucleotide polymorphisms(SNPs)shared between *** also identified genomic regions under long-term balancing selection and uncovered the potential diversity of the selected CNVRs close to the important functional *** study provides the evidence that balancing selection might be more common in mammals than previously considered,and might play an important role in the daily activities of these ruminant species.

关键词： copy number variation species-shared balancing selection ruminant livestock

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环氧树脂基泡沫复合材料的制备及性能研究

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现代塑料加工应用 2016年第3期28卷 16-19页

作者：张响张春祥黄泽慧曹秀开景双飞南京工程学院材料工程学院江苏南京211167

以环氧树脂E-44、固化剂聚酰胺650、空心玻璃微珠和偶联剂为主要原料,通过真空固化工艺,制备环氧树脂基泡沫复合材料。通过差示扫描量热分析、差热分析,对环氧树脂E-44/聚酰胺650体系的固化行为、玻璃化温度等固化工艺进行了研究,获得... 详细信息

以环氧树脂E-44、固化剂聚酰胺650、空心玻璃微珠和偶联剂为主要原料,通过真空固化工艺,制备环氧树脂基泡沫复合材料。通过差示扫描量热分析、差热分析,对环氧树脂E-44/聚酰胺650体系的固化行为、玻璃化温度等固化工艺进行了研究,获得了优化的固化工艺。结果表明,空心玻璃微珠的含量对环氧树脂泡沫复合材料的性能具有较大影响,随着质量分数的增大,复合材料的密度、压缩强度呈下降趋势,而吸水率不断增大。微珠质量分数为20%时,泡沫复合材料的密度降为0.75g/cm^3,压缩强度降为45.96 MPa,而吸水率仅为0.24%。

关键词：泡沫复合材料环氧树脂固化剂空心玻璃微珠

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PI3K/Akt信号通路相关的生物学调控机制研究进展

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基因组学与应用生物学 2019年第1期38卷 143-147页

作者：钟佳琳郑立贺花王健何盼宋成创徐天扬张禹曹修凯雷初朝陈宏黄永震西北农林科技大学动物科技学院杨凌712100 河南牧业经济学院动物科技学院郑州450046 西北农林科技大学动物医学学院杨凌712100

PI3K/Akt信号通路是由酶联受体介导的信号转导通路,该通路不仅参与多种生长因子、细胞因子和细胞外基质等的信号转导,同时还参与细胞增殖、分化、凋亡和葡萄糖转运等多种细胞功能的调节,特别是在细胞凋亡、细胞存活以及调控细胞糖代谢... 详细信息

PI3K/Akt信号通路是由酶联受体介导的信号转导通路,该通路不仅参与多种生长因子、细胞因子和细胞外基质等的信号转导,同时还参与细胞增殖、分化、凋亡和葡萄糖转运等多种细胞功能的调节,特别是在细胞凋亡、细胞存活以及调控细胞糖代谢等方面具有重要作用。本研究综述了PI3K-Akt信号通路的结构组成、通路活化、通信过程、调控机制及其生物学功能等方面的研究进展,为进一步研究PI3K/Akt信号通路的生物学调控作用机制提供启示。

关键词： PI3K/Akt信号通路表观调节细胞增殖细胞分化细胞凋亡

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基于情感时序距离和转折同化的文本情感分类

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计算机工程与应用 2018年第14期54卷 158-162页

作者：郑诚谈小雨于秀开曹杨安徽大学计算机科学与技术学院合肥230601

考虑到中文评价文本的整体情感倾向性与其表达的情感顺序有很大关系,且在具有情感倾向的中文文本中,越是靠近文本最后所表达的情感倾向,对于整个文本的情感分类影响越大。因此对于情感倾向表达不明显或者表达不单一的短文本,通过考虑文... 详细信息

考虑到中文评价文本的整体情感倾向性与其表达的情感顺序有很大关系,且在具有情感倾向的中文文本中,越是靠近文本最后所表达的情感倾向,对于整个文本的情感分类影响越大。因此对于情感倾向表达不明显或者表达不单一的短文本,通过考虑文本中情感节点出现的顺序以及情感转折同化来对文本进行情感分类。在来自某购物网站爬取的中评评价文本数据集上的实验结果显示,提出的分类方法明显高于单纯基于词特征的支持向量机(SVM)分类器。

关键词：文本情感分类支持向量机情感距离转折同化

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钎料Zr含量对Ti–13Nb–13Zr/ZrO_(2)钎焊接头界面组织及性能的影响

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硅酸盐学报 2023年第12期51卷 3169-3176页

作者：曹云飞陈修凯卞红宋晓国雷玉珍董其娟陈辰孟昊哈尔滨工业大学先进焊接与连接国家重点实验室哈尔滨150001 哈尔滨工业大学(威海) 山东省特种焊接技术重点实验室山东威海264209 山东省先进铝基材料与技术重点实验室山东滨州256606

实现钛合金与Zr O_(2)陶瓷的生物相容性连接对于扩展其在生物医学领域的应用具有重要意义。采用Sn–Zr钎料成功实现了Ti–13Nb–13Zr合金和Zr O_(2)陶瓷的连接。运用SEM、EDS、XRD分析了TNZ/Zr O_(2)接头的界面组织与反应产物,通过剪切... 详细信息

实现钛合金与Zr O_(2)陶瓷的生物相容性连接对于扩展其在生物医学领域的应用具有重要意义。采用Sn–Zr钎料成功实现了Ti–13Nb–13Zr合金和Zr O_(2)陶瓷的连接。运用SEM、EDS、XRD分析了TNZ/Zr O_(2)接头的界面组织与反应产物,通过剪切试验测试了接头的力学性能,并研究了Zr含量对钎焊接头的界面组织和性能的影响。研究表明,TNZ/Zr O_(2)接头典型界面微观组织为TNZ/Ti_(6)Sn_(5)/β-Sn+Zr(s,s)+Zr Sn_(2)/m-Zr O_(2)/Zr O_(2),其中m-Zr O_(2)可以促进陶瓷与钎缝的冶金结合。随着Zr含量的增加,钎缝中Zr(s,s)含量逐渐增多,体积逐渐增大,Zr Sn_(2)相含量也相应增加,而β-Sn在钎缝中的占比逐渐减小。剪切试验表明,当Zr含量为6%(摩尔分数)时,钎焊接头的剪切强度达到最高,为25.6 MPa。接头的断裂路径分析表明,此时接头的裂纹主要沿着钎缝中β-Sn基体扩展。

关键词：钛铌锆合金氧化锆陶瓷钎焊界面组织力学性能

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钎焊温度对316L/AuSi/NiTi接头界面组织与力学性能的影响

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焊接学报 2023年第7期44卷 9-15,I0003页

作者：陈修凯曹云飞卞红宋晓国姜楠李明哈尔滨工业大学先进焊接与连接国家重点实验室哈尔滨150001 哈尔滨工业大学(威海) 山东省特种焊接技术重点实验室威海264209

采用AuSi共晶钎料成功实现了316L不锈钢和NiTi形状记忆合金的连接.使用扫描电子显微镜和能谱仪等分析测试手段对不同钎焊温度下获得的接头界面组织进行了分析.结果表明,316L/AuSi/NiTi接头典型界面微观组织为316L/(Fe,Cr)_(5)Si_(3)/Au(... 详细信息

采用AuSi共晶钎料成功实现了316L不锈钢和NiTi形状记忆合金的连接.使用扫描电子显微镜和能谱仪等分析测试手段对不同钎焊温度下获得的接头界面组织进行了分析.结果表明,316L/AuSi/NiTi接头典型界面微观组织为316L/(Fe,Cr)_(5)Si_(3)/Au(s,s)+Ti_(14)Ni_(49)Si_(37)(+Si)/Ni_(4)Si_(7)Ti_(4)+NiSiTi/NiTi.随着钎焊温度的升高,316L不锈钢侧(Fe,Cr)_(5)Si_(3)层逐渐形成并变厚,NiTi合金侧的NiSiTi层先增厚后减薄,钎缝中的硅含量逐渐减少.剪切试验表明,当钎焊温度为600℃、保温时间为30 min时,钎焊接头的抗剪强度最高为34 MPa.接头的断裂路径分析表明,接头沿钎缝中的固溶体发生断裂.创新点:(1)采用AuSi共晶钎料在低温下实现了316L不锈钢和NiTi形状记忆合金的钎焊连接.(2)探究了钎焊温度对316L/AuSi/NiTi接头界面组织与抗剪强度的影响规律.

关键词：镍钛形状记忆合金不锈钢钎焊界面组织力学性能

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A case of lethal hemolytic anemia associated with severe pneumonia caused by Mycoplasma pneumoniae

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Chinese Medical Journal 2014年第21期127卷 3839-3839页

作者： Gu Li Chen xiukai Li Huiqiao Qu Jiuxin Miao Miao Zhou Fei Zhu Yanyan Wang Xu Wang Chunlei Liu Yingmei Li Wenxiong cao Bin Department of Infectious Diseases and Clinical Microbiology Beijing Chao-Yang Hospital Beijing Institute of Respiratory Medicine Capital Medical University Beijing 100020 China Department of Surgical Intensive Care Unit Beijing Chao-Yang Hospital Beijing Institute of Respiratory Medicine Capital Medical University Beijing 100020 China

To the editor： A 31-year-old previous healthy male patient was admitted to the hospital with fever （Tmax 41℃） and non-productive cough for seven days and dyspnea for three days. On day 4 after disease onset, his chest X-ray showed right upper lung small opacity and left lung large opacity （Figure 1A）. The patient has been administrated levofloxacin for two days before he came into our hospital. Upon physical examination, blood pressure was 76/45 mmHg, pulse rate was 110/minute, respiratory rate was 35 breaths/rain and temperature was 39.0℃. Chest examination showed bilateral fine moist rales and sporadic dry tales.

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掘进工作面综合防突技术

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中州煤炭 2011年第10期 113-115,119页

作者：曹鹏伟石修凯李春亮吕许培平煤股份九矿河南平顶山467000

综合防突技术是现代化矿井防治煤与瓦斯突出的根本,根据《防治煤与瓦斯突出规定》进行了突出危险等级划分,平煤九矿己15-22021回风巷掘进面按突出危险进行装备管理。目前九矿严格执行"区域防突措施先行,局部防突措施补充"的综合防突技术... 详细信息

综合防突技术是现代化矿井防治煤与瓦斯突出的根本,根据《防治煤与瓦斯突出规定》进行了突出危险等级划分,平煤九矿己15-22021回风巷掘进面按突出危险进行装备管理。目前九矿严格执行"区域防突措施先行,局部防突措施补充"的综合防突技术,实现了突出煤层快速掘进的目的,取得了良好的效果。

关键词：掘进工作面综合防突区域防突措施

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