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GenoDrawing:An Autoencoder Framework for Image Prediction from SNP Markers

Plant Phenomics 2023年第4期5卷 816-824页

作者： Federico Jurado-Ruiz David Rousseau juan A.Botía Maria José Aranzana Center for Research in Agricultural Genomics(CRAG) 08193 BarcelonaCerdanyolaSpain Universitéd'Angers LARISINRAe UMR IRHS49000 AngersFrance Department of Information and Communication Engineering University of Murcia30071 MurciaSpain IRTA(Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) BarcelonaSpain

Advancements in genome sequencing have facilitated whole-genome characterization of numerous plant species,providing an abundance of genotypic data for genomic analysis.Genomic selection and neural networks(NNs),particularly deep learning,have been developed to predict complex traits from dense genotypic data.Autoencoders,an NN model to extract features from images in an unsupervised manner,has proven to be useful for plant phenotyping.This study introduces an autoencoder framework,GenoDrawing,for predicting and retrieving apple images from a low-depth single-nucleotide polymorphism(SNP)array,potentially useful in predicting traits that are difficult to define.GenoDrawing demonstrates proficiency in its task using a small dataset of shape-related SNPs.Results indicate that the use of SNPs associated with visual traits has substantial impact on the generated images,consistent with biological interpretation.While using substantial SNPs is crucial,incorporating additional,unrelated SNPs results in performance degradation for simple NN architectures that cannot easily identify the most important inputs.The proposed GenoDrawing method is a practical framework for exploring genomic prediction in fruit tree phenotyping,particularly beneficial for small to medium breeding companies to predict economically substantial heritable traits.Although GenoDrawing has limitations,it sets the groundwork for future research in image prediction from genomic markers.Future studies should focus on using stronger models for image reproduction,SNP information extraction,and dataset balance in terms of phenotypes for more precise outcomes.

关键词： Auto Drawing prediction

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国内不同大型语言模型对前列腺癌围术期护理与健康教育相关问题的查询响应与效果评价

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中华男科学杂志 2024年第2期30卷 151-156页

作者：谭晓文陈文芳王娜娜李惠玉李娟曹毓美朱梦琪李坤张廷玲傅点东部战区总医院泌尿外科江苏南京210002

目的:评估国内4种拥有庞大用户基础和显著社会关注度的大型语言模型(文心一言、智谱清言、讯飞星火、通义千问)在对前列腺癌围术期护理与健康教育相关问题咨询响应的有效性。方法:编制一份包括前列腺癌根治术患者普遍关心的15个问题与2... 详细信息

目的:评估国内4种拥有庞大用户基础和显著社会关注度的大型语言模型(文心一言、智谱清言、讯飞星火、通义千问)在对前列腺癌围术期护理与健康教育相关问题咨询响应的有效性。方法:编制一份包括前列腺癌根治术患者普遍关心的15个问题与2个常见护理个案的问卷,分别将问题输入4种模型进行模拟咨询,由3位护理专家根据预先设计的Likert 5级量表,从准确性、全面性、易理解性、人文关怀和案例分析等方面对模型反应进行评估,并采用可视化工具和统计分析对4种模型进行比较并评价其性能。结果:所有模型生成的文本质量良好,未发现误导性信息,都产生了令人满意的表现。通义千问各方面得分最高,且与智谱清言在多个测试中输出相对稳定;讯飞星火在易理解性方面表现较好,但在全面性和人文关怀上存在不足;智谱清言与通义千问在案例分析中均发挥了出色的表现;文心一言整体表现略逊一筹。综上所述,通义千问在前列腺癌围术期护理与健康教育咨询方面表现最好。结论:在前列腺癌围术期护理中,以通义千问为代表的大型语言模型有望成为一个强大的辅助工具,为患者提供更多的医学专业知识和信息支持,从而显著提高患者的依从性,改善临床诊疗护理质量。

关键词：前列腺癌大型语言模型人工智能健康教育

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Effect of Noisy Fitness in Real-Time Strategy Games Player Behaviour Optimisation Using Evolutionary Algorithms

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Journal of Computer Science & Technology 2012年第5期27卷 1007-1023页

作者： Antonio M. Mora Antonio Fernndez-Ares juan J. Merelo Pablo García-Snchez Carlos M. Fernandes Computer Architecture and Technology Department University of Granada Institute for Systems and Robotics Technical University of Lisbon

This paper investigates the performance and the results of an evolutionary algorithm （EA） specifically designed for evolving the decision engine of a program （which, in this context, is called bot） that plays Planet Wars. This game, which was chosen for the Google Artificial Intelligence Challenge in 2010, requires the bot to deal with multiple target planets, while achieving a certain degree of adaptability in order to defeat different opponents in different scenarios. The decision engine of the bot is initially based on a set of rules that have been defined after an empirical study, and a genetic algorithm （GA） is used for tuning the set of constants, weights and probabilities that those rules include, and therefore, the general behaviour of the bot. Then, the bot is supplied with the evolved decision engine and the results obtained when competing with other bots （a.bot offered by Google as a sparring partner, and a scripted bot with a pre-established behaviour） are thoroughly analysed. The evaluation of the candidate solutions is based on the result of non-deterministic battles （and environmental interactions） against other bots, whose outcome depends on random draws as well as on the opponents＇ actions. Therefore, the proposed GA is dealing with a noisy fitness function. After analysing the effects of the noisy fitness, we conclude that tackling randomness via repeated combats and reevaluations reduces this effect and makes the GA a highly valuable approach for solving this problem.

关键词： real-time strategy game genetic algorithm noisy fitness player behaviour optimisation parameter adaptation

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CRISPR/Cas9 editing of the polygalacturonase FaPG1 gene improves strawberry fruit firmness

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Horticulture Research 2023年第3期10卷 201-210页

作者： Gloria López-Casado Cristina Sánchez-Raya Pablo D.Ric-Varas Candelas Paniagua Rosario Blanco-Portales juan Muñoz-Blanco Sara Pose Antonio J.Matas Jose A.Mercado Departamento de botánica y Fisiología Vegetal Instituto de Hortofruticultura Subtropical y Mediterránea‘La Mayora’(IHSM-UMA-CSIC)Universidad de Málaga29071 MálagaSpain Departamento de Bioquímica y Biología Molecular Universidad de Córdoba14071CórdobaSpain

Firmness is one of the most important fruit quality traits in strawberries.The postharvest shelf life of this soft fruit is highly limited by the loss of firmness,where cell wall disassembly plays an important role.Previous studies demonstrated that the polygalacturonase FaPG1 has a key role in remodelling pectins during strawberry softening.In this study,FaPG1 knockout strawberry plants have been generated using the CRISPR/Cas9 system delivered via Agrobacterium tumefaciens.Ten independent lines,cv.“Chandler”,were obtained,and all of them were successfully edited as determined by PCR amplification and T7 endonuclease assay.The targeted mutagenesis insertion and deletion rates were analyzed using targeted deep sequencing.The percentage of edited sequences varied from 47%up to almost 100%,being higher than 95%for seven of the selected lines.Phenotypic analyses showed that 7 out of the eight lines analyzed produced fruits significantly firmer than the control,ranging from 33 to 70%increase in firmness.There was a positive relationship between the degree of FaPG1 editing and the rise in fruit firmness.Minor changes were observed in other fruit quality traits,such as colour,soluble solids,titratable acidity or anthocyanin content.Edited fruits showed a reduced softening rate during postharvest,displayed a reduced transpirational water loss,and were less damaged by botrytis cinerea inoculation.The analysis of four potential off-target sites revealed no mutation events.In conclusion,editing the FaPG1 gene using the CRISPR/Cas9 system is an efficient method for improving strawberry fruit firmness and shelf life.

关键词： fir straw PG1

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bot模式城市隧道项目中期评估方法的研究

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隧道建设（中英文） 2021年第5期41卷 789-794页

作者：吴涛陈勇姜娟上海市建筑科学研究院有限公司上海200032 上海沪杭路桥实业有限公司上海201600

bot模式项目宜每2年进行1次中期评估,而国内针对bot模式大型桥隧设施的中期评估大多以政府监管部门主观考核的方式进行,随意性大且无法全面反映项目中存在的问题,故提出一种针对bot模式城市隧道的中期评估方法,以杭州市庆春路过江隧道为... 详细信息

bot模式项目宜每2年进行1次中期评估,而国内针对bot模式大型桥隧设施的中期评估大多以政府监管部门主观考核的方式进行,随意性大且无法全面反映项目中存在的问题,故提出一种针对bot模式城市隧道的中期评估方法,以杭州市庆春路过江隧道为例,将bot模式城市隧道项目评估体系分为bot协议评估、bot企业评估、隧道设施运营状况评估、政府监管评估4个一级指标,每个一级指标又分为若干个二级指标,建立该bot模式评估体系的层级结构,并运用模糊综合评估法对该bot模式隧道进行评级。运用该方法对bot模式城市隧道的评估得出的结果客观合理,可为类似的bot项目评估提供参考和指导。

关键词： bot模式城市隧道中期评估指标体系权重

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XAANTAL2 （AGL14） Is an Important Component of the Complex Gene Regulatory Network that Underlies Arabidopsis Shoot Apical Meristem Transitions

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Molecular Plant 2015年第5期8卷 796-813页

作者： Rigoberto V. Perez-R.u.iz Berenice Garcia-Ponce Nayelli Marsch-Martinez Yamel Ugartechea-Chirino Mitzi Villajuana-Bonequi Stefan de Folter Eugenio Azpeitia Jose Davila-Velderrain David Cruz-Sanchez Adriana Garay-Arroyo Maria de la Paz Sanchez juan M. Estevez-Palmas Elena R. Alvarez-Buylla Instituto de Ecologia Universidad Nacionat Autonoma de Moxico 3er Circuito Exterior s/no Junto al Jardin Bot~nico and Centro de Ciencias de la ComplejidadCiudad Universitaria Coyoacan 04510 Mexico D.F. Mexico Laboratorio Nacional de Genemica para la Biodiversidad (Langebio) Centro de Investigaci6n y de Estudios Avanzados del Instituto Polit~cnico Nacional(CINVESTAV-IPN) Km. 9.6 Carretera Irapuato - Leen AP 629 36821 Irapuato Guanajuato Mexico University of California 431 Koshland Hall Berkeley CA 94720 USA These authors contributed equally to this article. present address: Departamento de Biotecnologia y Biquimica Centro de )nvestigaci6n y de Estudios Avanzados del Instituto Polit6cnico Nacional(CINVESTAV-IPN) Km. 9.6 Libramiento Norte Carr. Irapuato-Leen 36821 Irapuato Guanajuato Mexico present address: Max Planck Institute for Plant Breeding Research D-50829 Cologne Germany Present address: INRIA Project-Team Virtual Plants/CIRAD/INRA UMR AGAP Campus St Priest - BAT 5 CC 05018 860 rue de St Priest 34095 Montpellier Cedex5 France

In Arabidopsis thaliana, multiple genes involved in shoot apical meristem （SAM） transitions have been char- acterized, but the mechanisms required for the dynamic attainment of vegetative, inflorescence, and floral meristem （VM, IM, FM） cell fates during SAM transitions are not well understood. Here we show that a MADS-box gene, XAANTAL2 （XAL2/AGL14）, is necessary and sufficient to induce flowering, and its regula- tion is important in FM maintenance and determinacy, xal2 mutants are late flowering, particularly under short-day （SD） condition, while XAL2 overexpressing plants are early flowering, but their flowers have vege- tative traits. Interestingly, inflorescences of the latter plants have higher expression levels of LFY, AP1, and TFL1 than wild-type plants. In addition we found that XAL2 is able to bind the TFL1 regulatory regions. On the other hand, the basipetal carpels of the 35S：：XAL2 lines lose determinacy and maintain high levels of WUS expression under SD condition. To provide a mechanistic explanation for the complex roles of XAL2 in SAM transitions and the apparently paradoxical phenotypes of XAL2 and other MADS-box （SOCl, AGL24） over- expressors, we conducted dynamic gene regulatory network （GRN） and epigenetic landscape modeling. We uncovered a GRN module that underlies VM, IM, and FM gene configurations and transition patterns in wild- type plants as well as loss and gain of function lines characterized here and previously. Our approach thus provides a novel mechanistic framework for understanding the complex basis of SAM development.

关键词： XAL2/AGL14 MADS-box TFL1 SAM transitions floral reversion gene regulatory networks,epigenetic landscape modeling

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国际bot项目风险管理初探

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山西建筑 2010年第1期36卷 243-245页

作者：陈娟娟中国山西国际经济技术合作公司

探讨了bot承包模式在国际工程中的应用,引入风险管理方法,即风管系统,分析并管理bot项目风险,通过结构化、系统化思考方式,从而有效控制bot项目风险,争取更大收益。

关键词：国际bot 项目融资风险管理系统

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激光熔覆修复工艺在液压支架油缸缸筒内壁损伤中的应用

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模具制造 2023年第6期23卷 178-180页

作者：胡娟王彩燕高海元国家能源集团神东煤炭公司陕西榆林719315

煤炭是重要的资源类型,关系到社会的发展和进步,对每个人的影响都是非常大的,尤其是综采面出现液压油缸支架底缸、中缸的锈蚀问题,或者结构表面划伤,影响正常使用,最终造成液压支架提前报废。本文重点探讨激光熔覆修复工艺在液压支架油... 详细信息

煤炭是重要的资源类型,关系到社会的发展和进步,对每个人的影响都是非常大的,尤其是综采面出现液压油缸支架底缸、中缸的锈蚀问题,或者结构表面划伤,影响正常使用,最终造成液压支架提前报废。本文重点探讨激光熔覆修复工艺在液压支架油缸缸筒内壁磨损中的应用,从而可以更好地恢复运行效果,保证煤矿开采作业顺利实施。

关键词：液压支架油缸缸筒激光熔覆

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bot模式下高职院校学生食堂食品安全管理措施研究

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食品安全导刊 2022年第32期 10-12页

作者：李琳娜宋飞科张娟咸阳职业技术学院陕西咸阳712000

本文对高职院校学生食堂中bot模式下的食品安全管理措施进行梳理,以咸阳职业技术学院第二学生食堂食品安全管理工作为对象进行研究分析,找出普遍存在的问题,提出一些具体的对策,为高职院校学生食堂中bot模式下的食品安全管理提供有效参... 详细信息

本文对高职院校学生食堂中bot模式下的食品安全管理措施进行梳理,以咸阳职业技术学院第二学生食堂食品安全管理工作为对象进行研究分析,找出普遍存在的问题,提出一些具体的对策,为高职院校学生食堂中bot模式下的食品安全管理提供有效参考依据。

关键词：高校学生食堂食品安全管理措施

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种群遗传研究中微卫星数据的分析方法

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安徽农业科学 2012年第10期40卷 5789-5791页

作者：杨娟广西大学农学院广西南宁540003

[目的]探讨种群遗传研究中微卫星数据分析方法。[方法]详细阐述了4个微卫星数据处理常用软件FSTAT、ARLEQUIN、bot-TLENECK和STRUCTURE的原理、功能和使用方法。并介绍了3个数据转换软件,指出其可与上述分析软件进行数据文件的转换,便... 详细信息

[目的]探讨种群遗传研究中微卫星数据分析方法。[方法]详细阐述了4个微卫星数据处理常用软件FSTAT、ARLEQUIN、bot-TLENECK和STRUCTURE的原理、功能和使用方法。并介绍了3个数据转换软件,指出其可与上述分析软件进行数据文件的转换,便于研究种群遗传和入侵生态的相关人员进行数据分析。[结果]这些分析软件可便捷、科学地揭示种群遗传变异和分化、影响种群遗传的因素以及解决种群来源和进化等关键问题。[结论]该研究为快速简便地进行种群遗传研究的微卫星数据分析提供了方法。

关键词：微卫星 FSTAT ARLEQUIN botTLENECK STRUCTURE

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