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基于生物信息学的未分化甲状腺癌关键发病机制及其潜在干预靶点研究

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浙江大学学报（医学版） 2018年第2期47卷 187-193页

作者：潘宗富方琦璐张轶雯李莉黄萍浙江省肿瘤医院药剂科浙江杭州310022 浙江省淳安县第一人民医院药剂科浙江杭州311700

目的:阐明未分化型甲状腺癌(ATC)的分子病理状态,并挖掘其潜在的干预策略。方法:利用GEO数据库联合R语言分析ATC组织与正常甲状腺组织差异表达的基因;利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路数据库和基因本体(GO)数据库对差异表达的基... 详细信息

目的:阐明未分化型甲状腺癌(ATC)的分子病理状态,并挖掘其潜在的干预策略。方法:利用GEO数据库联合R语言分析ATC组织与正常甲状腺组织差异表达的基因;利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路数据库和基因本体(GO)数据库对差异表达的基因进行富集和功能注释;基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,分析其关键网络节点和基因簇;最后采用L1000CDS2数据库预测ATC的潜在治疗药物。结果:共获得2087个差异表达基因。与正常甲状腺组织相比,ATC组织细胞内信号通路及肿瘤微环境均发生显著改变,包括PI3K-Akt信号的持续激活、p53通路的激活、炎症反应、细胞外基质重塑等。蛋白质相互作用网络提示存在3个重要的基因簇和9个关键节点。将差异表达基因与L1000CDS2数据库进行比对后发现22个能够逆转ATC病理状态的潜在化合物。结论:本研究揭示了ATC发病机制中的关键节点,为ATC的治疗提供了潜在的靶点。

关键词：甲状腺肿瘤/病理生理学计算生物学基因表达信号传导蛋白质类基因调控网络

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缺血性脑损伤大鼠外周血动态共表达网络分析

浙江大学学报（医学版） 2019年第6期48卷 587-593页

作者：潘宗富胡晓平张轶雯李莉黄萍浙江省人民医院杭州医学院附属人民医院药学部浙江杭州310014 浙江省淳安县第一人民医院(浙江省人民医院淳安分院)药剂科浙江杭州311700

目的:研究大脑中动脉栓塞(MCAO)大鼠不同造模时程外周血的特异表达基因及特征共表达网络模块。方法:利用GEO数据库的基因表达谱芯片GSE119121联合R语言分析MCAO造模后不同时间点(0、1、2、3、6及24 h)外周血的差异表达基因。通过STEM工... 详细信息

目的:研究大脑中动脉栓塞(MCAO)大鼠不同造模时程外周血的特异表达基因及特征共表达网络模块。方法:利用GEO数据库的基因表达谱芯片GSE119121联合R语言分析MCAO造模后不同时间点(0、1、2、3、6及24 h)外周血的差异表达基因。通过STEM工具筛选不同造模时程基因表达模式。利用基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对差异表达的基因进行功能注释和通路富集。在R语言环境下利用CEMiTool包对基因表达谱矩阵进行共表达网络构建及模块分析,并将模块与不同造模时间点进行富集分析。结果:与造模0 h相比,造模后1、2、3、6及24 h差异表达基因数分别为163、502、527、550、75。共有38种基因表达模式被富集,其中模式65和模式34分别在2~6 h特异上调或下调,Hp、Nos2、P2ry10及Klf12为两种模式的代表性基因。共表达网络模块分析显示,造模急性期早期(1~6 h)基因状态与模块2正相关,造模1~3 h基因状态与模块3正相关,造模2~6 h基因变化与模块4正相关。基因模块6随着造模时间的迁移,与各时间点从正相关(0~2 h)逐渐转为负相关(3~24 h),模块6主要与病毒应答及固有免疫应答相关,其网络核心节点包括Mx1、Mx2、Rtp4等基因。结论:本研究初步筛选了缺血性脑卒中急性发病期大鼠外周血的特征基因及动态共表达网络模块,为探究缺血性脑卒中的病理生理变化规律提供了依据。

关键词：缺氧缺血,脑/血液卒中/血液基因表达基因调控网络

近断层脉冲型地震动作用下高层摩擦摆基础隔震结构的减震性能研究

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世界地震工程 2019年第3期35卷 45-55页

作者：颜桂云潘晨阳薛潘荣方艺文潘钦锋闽台合作土木工程技术福建省高校工程研究中心福建工程学院土木工程学院福建福州350118 福州大学土木工程学院福建福州350116

近断层地震动中长周期、短持时和高能量的加速度脉冲将对高层摩擦摆基础隔震结构的减震性能产生不利影响,考虑土-结构相互作用(SSI效应)后的隔震结构将产生动力耦合效应,可能进一步放大隔震结构地震响应。为此,通过一幢框架-核心筒高层... 详细信息

近断层地震动中长周期、短持时和高能量的加速度脉冲将对高层摩擦摆基础隔震结构的减震性能产生不利影响,考虑土-结构相互作用(SSI效应)后的隔震结构将产生动力耦合效应,可能进一步放大隔震结构地震响应。为此,通过一幢框架-核心筒高层摩擦摆基础隔震结构的非线性地震响应分析,考察近断层脉冲型地震动作用下框架-核心筒摩擦摆基础隔震结构的层间位移角、楼层加速度和隔震层变形等响应规律,揭示隔震体系的损伤机理。基于集总参数SR(sway-rocking)模型,分析不同场地类别与不同地震动类型对隔震体系动力响应影响规律。结果表明:高层摩擦摆基础隔震结构在近断层脉冲型地震动作用下的减震效果相比普通地震动减震效果变差,楼层剪力、层间位移角和隔震层变形等超越普通地震动作用下的1.5倍;对于Ⅲ和Ⅳ类场地类别,考虑SSI效应使隔震结构的地震响应进一步放大,弹塑性层间位移角随着土质变软增大尤为明显。

关键词：近断层脉冲型地震动高层结构摩擦摆隔震土-结构相互作用减震性能

远场长周期地震动下高层摩擦摆基础隔震结构的减震性能

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地震工程与工程振动 2019年第2期39卷 99-110页

作者：颜桂云肖晓菲潘钦锋方艺文闽台合作土木工程技术福建省高校工程研究中心福建工程学院土木工程学院福建福州350118 福州大学土木工程学院福建福州350116

高层摩擦摆基础隔震结构在远场长周期地震动长持时的长周期成份作用下,尤其是类谐波成份作用下,隔震层上部结构的减震性能将可能无法得到保证,且摩擦摆支座亦可能产生超限变形。为此,远场长周期地震动作用下高层摩擦摆基础隔震结构的减... 详细信息

高层摩擦摆基础隔震结构在远场长周期地震动长持时的长周期成份作用下,尤其是类谐波成份作用下,隔震层上部结构的减震性能将可能无法得到保证,且摩擦摆支座亦可能产生超限变形。为此,远场长周期地震动作用下高层摩擦摆基础隔震结构的减震性能需进一步探讨。通过一幢框架-核心筒高层摩擦摆基础隔震结构的非线性地震响应分析,揭示远场长周期地震动,尤其是在类谐和长周期地震动下框架-核心筒高层摩擦摆基础隔震结构的地震响应规律。提出在隔震层增设黏滞阻尼器对结构的地震响应进行控制。结果表明:摩擦摆隔震不能满足结构在远场类谐和长周期地震动作用的减震要求,而且还将放大其作用下结构的非线性响应;组合隔震结构能较有效地控制长周期地震动、特别是远场类谐和长周期地震作用下隔震层上部结构以及隔震层的弹塑性地震响应,尤其可显著减小隔震支座的最大变形,使其不超越隔震支座的容许变形值。

关键词：远场长周期地震动类谐波成份摩擦摆隔震高层结构减震性能

在线固相萃取-高效液相色谱法测定兰索拉唑中7种氮氧化物基因毒性杂质

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中国医药工业杂志 2022年第1期53卷 101-107页

作者：赵建辉马壹文李士桥潘红娟中国医药工业研究总院上海201203 蚌埠丰原医药科技发展有限公司安徽蚌埠233010

建立了在线固相萃取-高效液相色谱-二极管阵列检测法测定兰索拉唑(1)原料药及其制剂中7种氮氧化物基因毒性杂质[兰索拉唑氮氧化物(2)、兰索拉唑氮氧砜(3)、兰索拉唑氮氧硫醚(4)、兰索拉唑杂质G(5)、2,3-二甲基-4-(2,2,2-三氟乙基)吡啶-N... 详细信息

建立了在线固相萃取-高效液相色谱-二极管阵列检测法测定兰索拉唑(1)原料药及其制剂中7种氮氧化物基因毒性杂质[兰索拉唑氮氧化物(2)、兰索拉唑氮氧砜(3)、兰索拉唑氮氧硫醚(4)、兰索拉唑杂质G(5)、2,3-二甲基-4-(2,2,2-三氟乙基)吡啶-N-氧化物(6)、2,3-二甲基-4-硝基吡啶-N-氧化物(7)和2,3-二甲基吡啶-N-氧化物(8)]。在线固相萃取柱采用XB-C_(18)柱(4.6 mm×50 mm,4.6μm),分析柱为XB-C_(18)柱(4.6 mm×250 mm,4.6μm),通过六通阀切换实现样品的去除。流动相A为15 mmol/L磷酸氢二钾溶液,B为甲醇,梯度洗脱。采用多波长对7个杂质进行分析(2、3、4、5为285 nm,6和8为260 nm,7为310 nm)。结果显示,7种杂质之间分离度均符合要求,并在相应浓度范围内线性关系良好。7种杂质的定量限和检测限分别为4和2μg/g。本法重复性与准确度良好,为1原料药及其制剂的质量控制提供了参考。

关键词：兰索拉唑氮氧化物基因毒性杂质在线固相萃取高效液相色谱

基于SVM的多核学习飞秒激光烧蚀光斑图像分类

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激光杂志 2020年第4期41卷 86-91页

作者：王福斌潘兴辰王宜文华北理工大学电气工程学院河北唐山063210

在利用飞秒激光加工单晶硅材料的过程中,会出现等离子体发光现象。随着飞秒激光烧蚀功率的变化,烧蚀过程中单晶硅材料表面溢出的等离子体光斑轮廓特征也大不相同。针对不同烧蚀功率下的光斑图像在分类过程中准确率不高的问题,提出了一... 详细信息

在利用飞秒激光加工单晶硅材料的过程中,会出现等离子体发光现象。随着飞秒激光烧蚀功率的变化,烧蚀过程中单晶硅材料表面溢出的等离子体光斑轮廓特征也大不相同。针对不同烧蚀功率下的光斑图像在分类过程中准确率不高的问题,提出了一种基于SVM的多核学习方法。首先,选取大量不同烧蚀功率下的光斑图像,对其进行预处理后提取光斑边缘轮廓信息,使用Hu不变矩和傅里叶描述子分别对图像轮廓特征进行描述。其次,建立光斑图像样本库,选取最合适的复合核函数以及核参数对分类模型进行训练。最后,使用高斯核函数与Sigmoid核函数的复合函数对光斑图像进行分类识别,实验研究表明:基于SVM的多核学习有效提高了光斑烧蚀功率的分类准确率。

关键词：飞秒激光多核学习支持向量机光斑图像分类

MiR-497对角膜新生血管的抑制作用及其靶向STAT3调控机制

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中华实验眼科杂志 2023年第3期41卷 206-216页

作者：王杨杨燕宁潘玉苗黄钰清周奕文武汉大学人民医院眼科中心武汉430060

目的探讨miR-497在碱烧伤诱导的角膜新生血管(CNV)形成过程中的作用及其机制。方法选用健康清洁级6~8周龄野生型(WT)C57BL/6小鼠42只以及成功鉴定为CRISPR/Cas9介导的miR-497敲除(KO)和过表达转基因(TG)小鼠各42只,分别作为WT组、KO组... 详细信息

目的探讨miR-497在碱烧伤诱导的角膜新生血管(CNV)形成过程中的作用及其机制。方法选用健康清洁级6~8周龄野生型(WT)C57BL/6小鼠42只以及成功鉴定为CRISPR/Cas9介导的miR-497敲除(KO)和过表达转基因(TG)小鼠各42只,分别作为WT组、KO组和TG组。构建角膜碱烧伤模型,分别于造模后第3、7、14、21天行裂隙灯显微镜检查并进行角膜上皮损伤评分和角膜基质混浊评分,测量CNV面积;采用组织病理染色法观察角膜结构变化和炎症细胞的表达;采用免疫组织化学染色法检测角膜组织中CD31的表达;采用荧光素酶报告基因检测miR-497与信号转导及转录激活蛋白3(STAT3)之间的靶向结合关系;采用实时荧光定量PCR法检测各时间点小鼠角膜组织中miR-497以及血管内皮生长因子A(VEGFA)、肿瘤坏死因子(TNF)-α、白细胞介素(IL)-6、IL-1β、单核细胞趋化蛋白(MCP)-1 mRNA的相对表达量变化;采用Western blot法检测各组造模后14 d角膜组织中STAT3、p-STAT3蛋白的表达。结果小鼠角膜碱烧伤后出现角膜损伤和炎症细胞浸润,同时出现CNV。角膜上皮损伤评分、角膜基质混浊评分和CNV面积呈现先升高后降低的趋势,并在造模后第14天时达峰值。各组造模后不同时间点角膜上皮损伤评分、角膜基质混浊评分、CNV面积和CD31阳性细胞数总体比较差异均有统计学意义(F_(分组)=49.19、34.56、44.56、77.56,均P<0.01;F_(时间)=51.62、65.62、71.32、46.12,均P<0.01);其中KO组各时间点角膜上皮损伤评分、角膜基质混浊评分、CNV面积和CD31阳性细胞数均高于WT组和TG组,TG组各指标均低于WT组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。在野生型STAT3共转染细胞中,miR-497组荧光素酶活性明显低于miR-阴性对照组和正常对照组,差异有统计学意义(均P<0.05);在突变型STAT3转染细胞中,各组间荧光素酶活性比较,差异无统计学意义(F=0.69,P=0.56)。WT组、KO组、TG组造模后14 d角膜组织中miR-497的相对表达量分别为0.68±0.11、0.41±0.06、1.05±0.14,均明显低于造模前的1.00±0.04、0.56±0.07、1.34±0.11,差异均有统计学意义(均P<0.01)。造模后第14天,KO组STAT3及p-STAT3蛋白相对表达量均明显高于WT组和TG组,TG组各蛋白相对表达量低于WT组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。各组造模后各时间点VEGFA、TNF-α、IL-6、IL-1β和MCP-1 mRNA相对表达量均明显高于造模前,KO组各mRNA相对表达量明显高于同时间点WT组和TG组,TG组各mRNA相对表达量明显低于同时间点WT组,差异均有统计学意义(均P<0.01)。结论MiR-497可抑制碱烧伤诱导的角膜炎症反应及CNV形成,其可能通过靶向STAT3抑制炎症信号通路的激活。

关键词：角膜新生血管微小RNA 炎症因子 STAT3 碱烧伤

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基于GEO芯片数据的肝癌特征基因生物信息学及预后关联性分析

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中国现代应用药学 2019年第17期36卷 2177-2182页

作者：郁乐张轶雯辛文秀潘宗富钟里科黄萍浙江中医药大学药学院杭州310053 杭州市西溪医院杭州310023 浙江省肿瘤医院药剂科杭州310022

目的通过生物信息学方法利用GEO芯片数据分析肝癌组织中的特征基因及预后的相关性。方法在GEO数据库中获取肝癌芯片数据,并利用GEO2R工具分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行富集... 详细信息

目的通过生物信息学方法利用GEO芯片数据分析肝癌组织中的特征基因及预后的相关性。方法在GEO数据库中获取肝癌芯片数据,并利用GEO2R工具分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行富集和功能注释;基于STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络(protein-protein interaction,PPI),分析其关键基因;用在线工具Kaplan Meier-Plotter对这些关键基因进行生存分析;用The Human Protein Atlas数据库对这些关键基因在肝癌组织中的蛋白质表达进行免疫组化分析。结果共鉴定出338个差异表达基因,其中97个为上调基因,241个为下调基因。其中上调的差异表达基因显著富集在细胞核有丝分裂、细胞分裂、有丝分裂成对染色单体分离、成对染色单体凝聚等生物过程;下调的差异表达基因显著富集在环氧化酶P450途径、氧化还原过程、外源性药物分解代谢过程等生物过程。根据PPI网络,对关键模块的24个关键基因进行鉴定,发现这些关键基因的高表达与肝癌患者的生存率低有相关性,并截取关键差异表达基因免疫染色代表性图像。结论本研究发现的关键差异基因有助于更全面地了解肝癌发生的分子机制,可作为肝癌预后的生物标志物以及潜在的肝癌治疗分子靶点。

关键词：肝癌差异表达基因生物信息学分析关键基因

Alpha/beta-hydrolase domain-containing 6（ABHD6） negatively regulates the surface delivery and synaptic function of AMPA receptors

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Alpha/beta-hydrolase domain-containing 6（ABHD6） negatively...