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Comprehensive identification of lysine 2-hydroxyisobutyrylated proteins in Ustilaginoidea virens reveals the involvement of lysine 2-hydroxyisobutyrylation in fungal virulence

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Journal of Integrative Plant Biology 2021年第2期63卷 409-425页

作者： Xiaoyang Chen Xiabing Li Pingping Li Xiaolin Chen Hao Liu Junbin Huang Chaoxi Luo tom hsiang Lu Zheng Hubei Key Laboratory of Plant Pathology Huazhong Agricultural UniversityWuhan 430070China School of Environmental Sciences University of GuelphGuelphOntarioN1G 2W1Canada

Lysine 2-hydroxyisobutyrylation(Khib) is a newly identified post-translational modification(PTM) that plays important roles in transcription and cell proliferation in eukaryotes. However, its function remains unknown in phytopathogenic fungi. Here,we performed a comprehensive assessment of Khibin the rice false smut fungus Ustilaginoidea virens, using Tandem Mass Tag(TMT)-based quantitative proteomics approach. A total of 3 426 Khibsites were identified in 977 proteins, sugg esting that Khibis a common and complex PTM in U. virens. Our data demonstrated that the2-hydroxyisobutyrylated proteins are involved in diverse biological processes. Network analysis of the modified proteins revealed a highly interconnected protein network that included many well-studied virulence factors. We confirmed that the Zn-binding reduced potassium dependency3-type histone deacetylase(UvRpd3) is a major enzyme that removes 2-hydroxyisobutyrylation and acetylation in U. virens. Notably, mutations of Khib sites in the mitogen-activated protein kinase(MAPK)UvSlt2 significantly reduced fungal virulence and decreased the enzymatic activity of UvSlt2. Molecular dynamics simulations demonstrated that 2-hydroxyisobutyrylation in UvSlt2 increased the hydrophobic solvent-accessible surface area and thereby affected binding between the UvSlt2 enzyme and its substrates. Our findings thus establish Khibas a major post-translational modification in U. virens and point to an important role for Khibin the virulence of this phytopathogenic fungus.

关键词： Khib Ustilaginoidea virens virulence

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First Report of Nigrospora Blight of Poa *** in Northeast China

First Report of Nigrospora Blight of Poa *** in Northeast Ch...

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中国菌物学会2009学术年会

作者： tom hsiang Department of Environmental Biology University of GuelphGuelphONN1G 2W1Canada

＜正＞A survey was conducted from 2005 to 2007 on the occurrence of turfgrass diseases in Dalian,Liaoning Province,in northeastern *** several diseases observed,Nigrospora blight found for the first time in Northeast ...

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Comparative Genomics to Assess Gene Age and Horizontal Gene Transfer in Fungi

Comparative Genomics to Assess Gene Age and Horizontal Gene ...

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中国植物病理学会2008年学术年会

作者： tom hsiang Department of Environmental Biology University of Guelph GuelphOntarioCanada

Just over half of the genes in baker’s yeast (Saccharomyces cerevisiae) have a homolog in 12 other fungi. Almost 1000 of these common fungal genes have homologs in plants, animals and bacteria. These 1000 genes may have originated before the origin of eukaryotes over 2 billion years ago, if we omit the possibility of horizontal gene transfer. Preliminary evidence of horizontal gene transfer to fungi from plants will also be presented, examining the possible transfer of genes from rice to Magnaporthe grisea, and from mycorrhizal plants hosts to Laccaria bicolor.

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Expanding catalytic promiscuity of a bifunctional terpene synthase through a single mutation-induced change in hydrogen-bond network within the catalytic pocket

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Synthetic and Systems Biotechnology 2024年第2期9卷 380-387页

作者： Xinye Wang Yiyi Huang Weiyan Zhang Kangjie Lv Xiaoying Li Zhixin Wang Li Zhang tom hsiang Lixin Zhang Liming Ouyang Xueting Liu State Key Laboratory of Bioreactor Engineering East China University of Science and TechnologyShanghai200237China Department of Chemistry Boston UniversityBostonMAUSA School of Environmental Sciences University of Guelph50 Stone Road EastGuelphOntarioN1G 2W1Canada

Fungal bifunctional terpene synthases(BFTSs)catalyze the formation of numerous di-/sester-/tri-terpenes ***,the mechanism in controlling the cyclization pattern of terpene scaffolds is rarely deciphered for further application of tuning the catalytic promiscuity of terpene synthases for expanding the chemical *** this study,we expanded the catalytic promiscuity of Fusarium oxysporum fusoxypene synthase(FoFS)by a single mutation at L89,leading to the production of three new *** computational analysis revealed that the reconstitution of the hydrogen-bond(H-bond)network of second-shell residues around the active site of FoFS influences the orientation of the aromatic residue W69 within the first-shell catalytic ***,the dynamic orientation of W69 alters the carbocation transport,leading to the production of diverse ring system *** findings enhance our knowledge on understanding the molecular mechanisms,which could be applied on protein engineering terpene synthases on regulating the terpene skeletons.

关键词： Bifunctional terpene synthase Sesterterpene Carbocation transportation Density functional theory calculations Molecular dynamics simulations

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构巢曲霉与30种丝状子囊菌的基因组比较

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遗传 2010年第11期32卷 1195-1202页

作者：曾昭清赵福永 tom hsiang 余知和长江大学生命科学学院荆州434025 Guelph大学环境生物学系

为探讨丝状子囊菌的序列同源性,文章利用公开发表的真菌基因组序列构建本地基因组数据库,设置E值统计阈值为0.1,将构巢曲霉(Aspergillus nidulans)基因组的10560个注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较。结果表明,同源匹配基因数量... 详细信息

为探讨丝状子囊菌的序列同源性,文章利用公开发表的真菌基因组序列构建本地基因组数据库,设置E值统计阈值为0.1,将构巢曲霉(Aspergillus nidulans)基因组的10560个注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较。结果表明,同源匹配基因数量的多少可反映子囊菌之间的进化关系。构巢曲霉基因组的924个基因与这30种子囊菌基因组同时存在匹配序列,其中E值在10-5～0.1、10-30～10-5、10-100～10-30、0～10-100范围内都存在匹配序列的基因分别为6个、3个、6个和6个。ClustalX多序列比对分析显示,E值10-5～0.1的6组序列和E值10-30～10-5的3组序列均显示变异性过大而E值0～10-100的6组序列过于保守,E值介于10-100～10-30之间的6组同源序列可用于本研究的31种子囊菌系统学分析。

关键词： Standalone Blast E值真菌基因组:同源性

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Two novel aliphatic unsaturated alcohols isolated from a pathogenic fungus Fusarium proliferatum

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Synthetic and Systems Biotechnology 2021年第4期6卷 446-451页

作者： Wanying Lu Guoliang Zhu Weize Yuan Zhaoxi Han Huanqin Dai Mostafa Basiony Lixin Zhang Xueting Liu tom hsiang Jingyu Zhang State Key Laboratory of Bioreactor Engineering East China University of Science and TechnologyShanghai200237China The State Key Laboratory of Mycology(SKLM) Institute of MicrobiologyChinese Academy of SciencesBeijing100101China School of Environmental Sciences University of Guelph50 Stone Road EastGuelphOntarioN1G 2W1Canada

Phytopathogenic fungi have attracted great attention as a promising source for new drug *** the progress of our ongoing study for bioactive natural products from an in-house phytopathogenic fungi library,a pathogenic fungus,Fusarium proliferatum strain 13294(FP13294),was selected for chemical *** novel aliphatic unsaturated alcohols named fusariumnols A and B(1 and 2),together with one previously characterized sesquiterpenoid lignoren(3)were *** of 1-3 were assigned by mass spectrometry and NMR *** bioactivities were assessed against Staphylococcus epidermidis,***,and Methicillin-resistant ***(MRSA).Compounds 1 and 2 exhibited weak antibacterial activity against ***(MIC=100μM).

关键词： Pathogenic fungus Aliphatic unsaturated alcohols Antibacterial Natural products

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小兴安岭两种林地的黏菌物种多样性

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生物多样性 2019年第8期27卷 896-902页

作者：赵凤云李玉 tom hsiang 刘淑艳吉林农业大学食药用菌教育部工程研究中心中国长春130118 Environmental Sciences University of GuelphGuelph N1G2W1OntarioCanada

黏菌广泛分布于森林生态系统中,并在生态系统的物质循环过程中发挥重要的功能。为了探讨黏菌在小兴安岭森林中的物种多样性及其分布,本文对该地区的汤旺河兴安石林森林公园和胜山国家级自然保护区系统开展黏菌多样性调查研究。在2个地... 详细信息

黏菌广泛分布于森林生态系统中,并在生态系统的物质循环过程中发挥重要的功能。为了探讨黏菌在小兴安岭森林中的物种多样性及其分布,本文对该地区的汤旺河兴安石林森林公园和胜山国家级自然保护区系统开展黏菌多样性调查研究。在2个地区共采集黏菌标本248份,基于形态学特征共鉴定出4目8科17属44种黏菌,其中Craterium dictyosporum、垂头绒泡菌(Physarum album)和Reticularia splendens var. jurana等10个种为黑龙江省首次报道。多样性分析结果显示,汤旺河兴安石林森林公园针阔混交林的黏菌物种多样性(36种)高于胜山国家级自然保护区红松(Pinuskoraiensis)林内的黏菌物种多样性(25种),其中两地间共有的黏菌有17种,黏菌物种组成的相似性(CS)为55.7%。绿绒泡菌(Physarum viride)是针阔混交林内的优势种,蛇形半网菌(Hemitrichia serpula)是红松林内的优势种。研究结果表明植被类型对黏菌的物种组成和多样性有着重要的影响。

关键词：黏菌纲绒泡菌目新记录分类学

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吉林望天鹅自然保护区大型真菌多样性

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菌物学报 2023年第9期42卷 1876-1888页

作者：辛琪 tom hsiang 李玉朱兆香刘淑艳吉林农业大学食药用菌教育部工程研究中心吉林长春1301182 Department of Environmental Sciences University of GuelphGuelph N1G 2W1OntarioCanada

望天鹅自然保护区位于长白山南坡,孕育了极为丰富的生物资源。本研究对望天鹅自然保护区中的大型真菌资源进行了详细调查,作者于2019-2021年在该保护区内共采集大型真菌1425份。结合形态学及分子系统学方法鉴定出大型真菌161种,隶属于2... 详细信息

望天鹅自然保护区位于长白山南坡,孕育了极为丰富的生物资源。本研究对望天鹅自然保护区中的大型真菌资源进行了详细调查,作者于2019-2021年在该保护区内共采集大型真菌1425份。结合形态学及分子系统学方法鉴定出大型真菌161种,隶属于2门7纲17目48科101属,其中包含1个中国新记录种帝王鹅膏Amanita regalis。该保护区内的大型真菌优势科(物种数≥10)为4个,轴腹菌科Hydnangiaceae、红菇科Russulaceae、小菇科Mycenaceae和多孔菌科Polyporaceae,含48种,占该保护区物种总数的29.81%。优势属(物种数≥5)为5个,分别是小菇属Mycena、乳菇属Lactarius、红菇属Russula、靴耳属Crepidotus和湿伞属Hygrocybe,含31种,占该保护区物种总数的19.25%。对不同生态类型的大型真菌进行统计,发现针阔混交林型特有种为65种,阔叶林特有种15种,针叶林特有种20种,3种林型共有种为25种。α多样性指数显示在所调查的3种林型中,针阔混交林型的物种丰富度和物种多样性指数最高,针叶林型物种分布最均匀。大型真菌资源利用价值评估表明,保护区内有食用菌59种,药用菌42种,食药兼用菌26种,毒菌27种。以上研究结果将为该地区大型真菌资源的保护、合理开发和利用提供理论依据。

关键词：物种多样性优势科属应用价值 α多样性分析新记录种

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真菌基因组de novo测序组装的方法与实践

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基因组学与应用生物学 2020年第1期39卷 173-180页

作者：李丽翠曲积彬曾昭清 tom hsiang 余知和长江大学生命科学学院荆州434025 中国农业科学院农业资源与农业区划研究所北京100081 中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室北京100101 圭尔夫大学环境科学学院加拿大圭尔夫NIG 2W1

真菌基因组较其他真核生物基因组结构简单,长度短,易于测序、组装与注释,因此真菌基因组是研究真核生物基因组的模型。为研究真菌基因组组装策略,本研究基于Illumina HiSeq测序平台对烟曲霉菌株An16007基因组测序,分别使用5种de novo组... 详细信息

真菌基因组较其他真核生物基因组结构简单,长度短,易于测序、组装与注释,因此真菌基因组是研究真核生物基因组的模型。为研究真菌基因组组装策略,本研究基于Illumina HiSeq测序平台对烟曲霉菌株An16007基因组测序,分别使用5种de novo组装软件ABySS、SOAP-denovo、Velvet、MaSuRCA和IDBA-UD组装基因组,然后通过Augustus软件进行基因预测,BUSCO软件评估组装结果。研究发现,5种组装软件对基因组组装结果不同,ABySS组装的基因组较其他4种组装软件具有更高的完整性和准确性,且预测的基因数量较高,因此,ABySS更适合本研究基因组的组装。本研究提供了真菌de novo测序、组装及组装质量评估的技术流程,为基因组<100 Mb的真菌或其他生物基因组的研究提供参考。

关键词：基因组 N50 K-mer 生物信息学软件 Ubuntu Linux 组装

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Brocaeloid D,a novel compound isolated from a wheat pathogenic fungus, Microdochium majus 99049

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Synthetic and Systems Biotechnology 2019年第4期4卷 173-179页

作者： Jingyu Zhang Zhenzhen Wang Zhijun Song Loganathan Karthik Chengjian Hou Guoliang Zhu Lan Jiang Jianying Han Rong Ma Li Li Lixin Zhang Xueting Liu tom hsiang State Key Laboratory of Bioreactor Engineering East China University of Science and TechnologyShanghai200237China Key Laboratory of Pathogenic Microbiology and Immunology Institute of MicrobiologyChinese Academy of SciencesBeijing100101China Department of Medicinal Chemistry Institute of Materia MedicaChinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical CollegeBeijing100050China School of Environmental Sciences University of Guelph50 Stone Road EastGuelphOntarioN1G 2W1Canada University of Chinese Academy of Sciences Beijing100049China

Microbes serve as the most important resource for drug *** our screening for bioactive compounds from our natural products library,a pathogenic fungus,Microdochium majus strain 99049,from wheat was selected for further investigation.A new alkaloid named brocaeloid D(1),together with six previously characterized compounds(2–7)were *** 1 belongs to 4-oxoquinoline with C-2 reversed prenylation and a succinimide *** the structures of these newly isolated compounds were determined by different means in spectroscopic *** absolute configurations of 1 was further deduced from comparison of its CD spectrum with that of known compound *** bioactivities of these identified compounds were evaluated against several pathogenic microorganisms and cancer cell *** 1–5 showed activity against HUH-7 human hepatoma cells with IC50 values of 80μg/*** 6 showed mild activity against HeLa cells(IC50=51.9μg/mL),weak anti-MTB activity(MIC=80μg/mL),and moderate anti-MRSA activity(MIC=25μg/mL),and compound 7 showed weak anti-MRSA activity(MIC=100μg/mL).

关键词： Wheat pathogenic fungus Anticancer Antibacterial Natural product

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