真菌基因组de novo测序组装的方法与实践

作     者：李丽翠 曲积彬 曾昭清 Tom Hsiang 余知和 Li Licui;Qu Jibin;Zeng Zhaoqing;Hsiang Tom;Yu Zhihe

作者机构：长江大学生命科学学院荆州434025 中国农业科学院农业资源与农业区划研究所北京100081 中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室北京100101 圭尔夫大学环境科学学院加拿大圭尔夫NIG 2W1 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2020年第39卷第1期

页      面：173-180页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：国家自然科学基金面上项目(31570022)资助 

主　　题：基因组 N50 K-mer 生物信息学软件 Ubuntu Linux 组装 

摘      要：真菌基因组较其他真核生物基因组结构简单,长度短,易于测序、组装与注释,因此真菌基因组是研究真核生物基因组的模型。为研究真菌基因组组装策略,本研究基于Illumina HiSeq测序平台对烟曲霉菌株An16007基因组测序,分别使用5种de novo组装软件ABySS、SOAP-denovo、Velvet、MaSuRCA和IDBA-UD组装基因组,然后通过Augustus软件进行基因预测,BUSCO软件评估组装结果。研究发现,5种组装软件对基因组组装结果不同,ABySS组装的基因组较其他4种组装软件具有更高的完整性和准确性,且预测的基因数量较高,因此,ABySS更适合本研究基因组的组装。本研究提供了真菌de novo测序、组装及组装质量评估的技术流程,为基因组100 Mb的真菌或其他生物基因组的研究提供参考。