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Renewal and preliminary study of expressed sequence tags database on human fetal liver aged 22 wk of gestation

Chinese Science Bulletin 2008年第20期53卷 3204-3210页

作者： CHEN TingGui WU SongFeng zhou gangqiao ZHU YunPing HE FuChu State Key Laboratory of Proteomics Beijing Proteome Research Center Beijing Institute of Radiation Medicine Beijing 102206 China Key Laboratory of Chemical Biology and Molecular Engineering of Ministry of Education Shanxi University Taiyuan 030006 China

With the developments of international human transcriptome data and our ESTs of human fetal liver aged 22 weeks (wk) of gestation (HFL22w), the former research must be renewed. In this work, the EST data were firstly clustered by blasting against the ESTs of HFL22w, UniGene, DoTS, MGC and Twinscan-predicted human transcriptome. Then, after EST assembly and gene identification, the known genes were classified by GO (gene ontology), and the unknown genes were predicted by Pfam and ScanProsite to clarify their functions. In the end, the relations of 5 tissues including fetal liver, adult liver, bone marrow, thymus and lymph node that possess hemopoiesis or can indicate fetal liver characteristics were analyzed by hierarchical clustering. The results show that: (i) By comparing the 5 newest human transcriptome databases, we can largely reduce the probability that the ESTs belonging to unconnected parts of one gene were probably divided into different clusters, so it is recommended to blast against the newest databases when clustering EST data; (ii) some previous unknown ESTs had been identified as function-known genes, and 1379 genes were identified as fully new sequences possessed in our lab; (iii) through GO classification, we got a rough understanding of HFL22w, and obtained 6 cell migration genes and 6 hemopoiesis genes; (iv) prediction of gene function had enabled us to obtain 277 profiles, among them, there are 5 categories distributed in more than 10 genes; (v) five tissue relations analyzed by hierarchical clustering are related to their functions; (vi) We have built the world's largest EST database on HFL22w. Renewal and preliminary analysis of EST database on HFL22w will help to understand hemopoiesis and cell migration mechanism, and promote future research on human fetal liver.

关键词：怀孕期胎儿肝脏表达序列基因存在论分级聚类

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RegVar:Tissue-specific Prioritization of Non-coding Regulatory Variants

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2023年第2期21卷 385-395页

作者： Hao Lu Luyu Ma Cheng Quan Lei Li Yiming Lu gangqiao zhou Chenggang Zhang Beijing Institute of Radiation Medicine State Key Laboratory of ProteomicsBeijing 100850China

Non-coding genomic variants constitute the majority of trait-associated genome variations;however,the identification of functional non-coding variants is still a challenge in human genetics,and a method for systematically assessing the impact of regulatory variants on gene expression and linking these regulatory variants to potential target genes is still ***,we introduce a deep neural network(DNN)-based computational framework,RegVar,which can accurately predict the tissue-specific impact of non-coding regulatory variants on target *** show that by robustly learning the genomic characteristics of massive variant-gene expression associations in a variety of human tissues,RegVar vastly surpasses all current non-coding variant prioritization methods in predicting regulatory variants under different *** unique features of RegVar make it an excellent framework for assessing the regulatory impact of any variant on its putative target genes in a variety of tissues.

关键词： Non-coding variant Variantprioritization Expressionregulation Expressionquantitative trait locus Deep neural network

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1,2-Propanediol Attenuates Radiation-Induced HaCaT Cell Injury by Inhibiting Oxidative Stress

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Biomedical and Environmental Sciences 2024年第12期37卷 1447-1452页

作者： Yun Liu Boyuan Ren Yubin Liu Qiang Li Jiayan Jin Chu-tse Wu gangqiao zhou Jide Jin Beijing Institute of Radiation Medicine Beijing 100850China

As the first barrier of the body,the skin is inevitably damaged by radiation during clinical radiotherapy(typically administered at 2-3 Gy per session,for a total of approximately 50-80 Gy to eradicate tumors)or nuclear ***,the primary clinical methods for protecting against radiation are limited,and some have serious side effects.1,2-Propanediol(PPD)is a low-toxicity small-molecule compound that is typically used as a humectant in drug solvents,food additives,pharmaceutical excipients,cosmetics,and electronic ***,PPD can also be used as a co-solvent to enhance drug penetration into the *** 1980,both PPD and cysteine were first described to protect against radiation[1].Correspondingly,in 2019,it was reported that PPD pretreatment effectively promoted hematopoietic stem cell recovery following irradiation[2].These studies suggest that PPD may be an effective radioprotective agent;however,its protective effect against radiation-induced skin damage has not been *** the present study,the protective effects of PPD against X-ray-induced radiation in human epidermal cells were assessed.

关键词： protective typically promoted

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CRISPR基因组编辑技术在传染病致病机理研究和防诊治中的应用

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遗传 2023年第11期45卷 950-962页

作者：杨臻嵘周钢桥中国科学技术大学生命科学学院生命科学与医学部合肥230022 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所医学蛋白质组全国重点实验室国家蛋白质科学中心北京100850

CRISPR基因组编辑技术在基因操作和传染病研究等方面展现出巨大的应用前景,对于有效控制和治愈传染病具有重要价值。通过其构建的细胞、类器官和动物疾病模型,为探索传染病相关分子机制提供了极大便利。CRISPR筛选技术使得高通量鉴定传... 详细信息

CRISPR基因组编辑技术在基因操作和传染病研究等方面展现出巨大的应用前景,对于有效控制和治愈传染病具有重要价值。通过其构建的细胞、类器官和动物疾病模型,为探索传染病相关分子机制提供了极大便利。CRISPR筛选技术使得高通量鉴定传染病相关风险因子成为可能。基于CRISPR的新型分子诊断工具为病原体的检测提供了更灵敏和快速的方法。利用CRISPR工具敲入抗性基因或破坏风险基因和病毒基因组,有望实现预防或治疗传染病。本综述讨论了CRISPR基因组编辑技术在疾病模型制备、传染病风险因子筛选、病原体诊断和传染病防治中的应用,以期为后续传染病的研究和防诊治提供参考。

关键词：传染病 CRISPR 致病机理诊断防治

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常见拷贝数变异与疾病的关联研究

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中华医学遗传学杂志 2016年第3期33卷 388-391页

作者：杨菲曹鹏博周钢桥中南大学生命科学学院国家重点遗传学实验室长沙410083 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京100850

基因组多态性主要包括单核苷酸变异（single nucleotide variation，SNV）、易位、插入以及拷贝数变异（copy number variation，CNV）等形式，其中CNV是结构变异的一种形式。人们按照CNV在人群中的发生频率将其分为常见CNV和罕见CNV。... 详细信息

基因组多态性主要包括单核苷酸变异（single nucleotide variation，SNV）、易位、插入以及拷贝数变异（copy number variation，CNV）等形式，其中CNV是结构变异的一种形式。人们按照CNV在人群中的发生频率将其分为常见CNV和罕见CNV。常见CNV已经逐渐成为疾病关联研究新的遗传标记。多项研究已经证明CNV与疾病的发生风险密切相关，例如神经发育类疾病、病毒感染疾病、慢性炎症性疾病和肿瘤等。随着高分辨率基因组分型芯片技术和全基因组测序技术的发展，人类基因组的CNV图谱逐渐被完善和细化。对于CNV的深入研究不仅有助于对人类基因组结构变异和遗传进化的进一步理解，还将使人们对个体间的遗传差异以及影响疾病的遗传因素产生新的认识。同时科技的进步也促使了CNV研究方法的多样化以及CNV相关疾病研究种类的多样化。本文就CNV的特点、作用机制、检测方法以及常见CNV与人类疾病发生的关联研究进行综述。

关键词：常见拷贝数变异疾病关联研究

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DNA甲基化驱动的转录表达特征作为肝癌预后预测标志物的价值

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遗传 2020年第8期42卷 775-787页

作者：骆红波曹鹏博周钢桥贵州大学医学院贵阳550025 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京100850

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是最常见的恶性肿瘤之一。DNA甲基化的异常是恶性肿瘤的特征之一,并被发现在肝癌等肿瘤的发生发展中发挥重要作用。为了能为肝癌患者提供新的临床预后预测标志物,本研究首先采用整合组学分... 详细信息

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是最常见的恶性肿瘤之一。DNA甲基化的异常是恶性肿瘤的特征之一,并被发现在肝癌等肿瘤的发生发展中发挥重要作用。为了能为肝癌患者提供新的临床预后预测标志物,本研究首先采用整合组学分析策略在全基因组范围内鉴定与肝癌患者预后相关的DNA甲基化驱动的差异表达基因;然后,采用LASSO(least absolute shrinkage and selection operator)分析建立了10个最优基因组合的预后预测模型。Cox比例风险回归分析显示,在校正临床特征参数后,此预测模型高风险评分与患者不良预后显著相关,表明该模型具有潜在的独立预后价值。受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析显示该风险评分模型在预测患者短期和长期预后方面优于其他已被报道的肝癌预后预测模型。基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)表明,高风险评分与细胞周期和DNA损伤修复通路相关。以上结果表明,本研究构建了一个基于10个DNA甲基化驱动基因的预后风险评分模型,该模型可作为肝癌患者的潜在预后生物标志物,有助于肝癌患者的生存预后评估和治疗策略的指导。

关键词：肝癌转录组表观基因组预后模型

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缺氧相关长链非编码RNA作为肝癌预后预测标志物的潜在价值

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遗传 2022年第2期44卷 153-167,I0002-I0007页

作者：程敏张静曹鹏博周钢桥南京医科大学公共卫生学院流行病学系南京211166 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心北京100850 南京医科大学全球健康中心南京211166 河北大学生命科学学院保定071002

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是一种常见的恶性肿瘤。缺氧是肝癌等实体肿瘤的一个重要特征,同时也是诱导肿瘤恶性进展的重要因素。然而,肝癌缺氧相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的鉴定及其在临床生存... 详细信息

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是一种常见的恶性肿瘤。缺氧是肝癌等实体肿瘤的一个重要特征,同时也是诱导肿瘤恶性进展的重要因素。然而,肝癌缺氧相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的鉴定及其在临床生存预后等方面的价值仍未得到系统的研究。本研究旨在通过肝癌转录组的整合分析鉴定肝癌缺氧相关的lncRNA,并评估其在肝癌预后中的价值。基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划的肝癌转录组数据的整合分析,初步鉴定到233个缺氧相关的候选lncRNA。进一步筛选具有预后价值的候选者,基于其中12个缺氧相关lncRNA(AC012676.1、PRR7-AS1、AC020915.2、AC008622.2、AC026401.3、MAPKAPK5-AS1、MYG1-AS1、AC015908.3、AC009275.1、MIR210HG、CYTOR和SNHG3)建立了肝癌预后风险模型。Cox比例风险回归分析显示,基于该模型计算的缺氧风险评分作为肝癌患者新的独立预后预测指标,优于传统的临床病理因素。基因集富集分析显示,缺氧风险评分反映了细胞增殖相关通路的活化和脂代谢过程的失活。综上所述,本研究构建了一个基于缺氧相关lncRNA的风险评分模型,可以作为肝癌患者预后预测的候选指标,并初步提示了这些缺氧相关的lncRNA在肝癌防治中的重要作用。

关键词：肝细胞癌缺氧长链非编码RNA 预后模型

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复杂疾病的遗传易感基因区域的精细定位

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遗传 2014年第1期36卷 2-10页

作者：宋庆峰张红星马亦龙周钢桥广西医科大学附属肿瘤医院介入治疗科南宁530021 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组学研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 国家蛋白质科学中心(北京) 北京102206

以单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)为遗传标记,采用全基因组关联研究(Genome-wide association studies,GWAS)的策略,已经在660多种疾病(或性状)中发现了3800多个遗传易感基因区域。但是,其中最显著关联的遗传变异... 详细信息

以单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)为遗传标记,采用全基因组关联研究(Genome-wide association studies,GWAS)的策略,已经在660多种疾病(或性状)中发现了3800多个遗传易感基因区域。但是,其中最显著关联的遗传变异或致病性的遗传变异位点及其生物学功能并不完全清楚。这些位点的鉴定有助于阐明复杂疾病的生物学机制,以及发现新的疾病标记物。后GWAS时代的主要任务之一就是通过精细定位研究找到复杂疾病易感基因区域内最显著关联的易感位点或致病性的易感位点并阐明其生物学功能。针对常见变异,可通过推断或重测序增加SNP密度,寻找最显著关联的SNP位点,并通过功能元件分析、表达数量性状位点(Expression quantitative trait locus,eQTL)分析和单体型分析等方法寻找功能性的SNP位点和易感基因。针对罕见变异,则可采用重测序、罕见单体型分析、家系分析和负荷检验等方法进行精细定位。文章对这些策略和所面临的问题进行了综述。

关键词：全基因组关联研究精细定位遗传易感性单核苷酸多态性

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DNMT1基因多态性与HBV感染慢性化的关联研究

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安徽医科大学学报 2013年第9期48卷 1079-1082页

作者：任倩张红星周钢桥安徽医科大学研究生院合肥230032 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组学研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 国家蛋白质科学中心(北京) 北京102206

目的探讨中国广西汉族人群中DNMT1多态性与乙型肝炎病毒(HBV)感染慢性化易感性的相关性。方法在广西分别收集1 010例HBV感染慢性化患者(病例组)和1 032例自限恢复者(对照组),应用Sequenom MassArray质谱阵列技术对DNMT1基因的单核苷酸... 详细信息

目的探讨中国广西汉族人群中DNMT1多态性与乙型肝炎病毒(HBV)感染慢性化易感性的相关性。方法在广西分别收集1 010例HBV感染慢性化患者(病例组)和1 032例自限恢复者(对照组),应用Sequenom MassArray质谱阵列技术对DNMT1基因的单核苷酸多态性位点rs4804490进行基因分型,用Logistic回归分析计算OR和95%CI,并校正性别和年龄。结果 rs4804490与HBV感染慢性化易感性无显著相关性(OR=1.13,95%CI=0.95～1.36,P=0.16)。对人群进行性别、年龄分层分析仍未发现显著相关性。结论 DNMT1基因单核苷酸多态性位点rs4804490可能与中国广西汉族人群HBV感染慢性化的易感性无关。

关键词： DNMT1基因 HBV感染慢性化单核苷酸多态性遗传易感性

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METTL16对肝癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响及其作用机制

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安徽医科大学学报 2022年第12期57卷 1849-1857页

作者：胡磊陈红霞周钢桥安徽医科大学生命科学学院合肥230032 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心北京100850

目的探究甲基转移酶样蛋白16(METTL16)对肝癌细胞(HCC)增殖、迁移和侵袭的影响及其潜在的作用机制。方法在HepG2和HCC-LM3细胞中转染METTL16过表达载体及干扰载体,用嘌呤霉素筛选稳定转染细胞,Western blot和实时定量PCR实验评估过表达... 详细信息

目的探究甲基转移酶样蛋白16(METTL16)对肝癌细胞(HCC)增殖、迁移和侵袭的影响及其潜在的作用机制。方法在HepG2和HCC-LM3细胞中转染METTL16过表达载体及干扰载体,用嘌呤霉素筛选稳定转染细胞,Western blot和实时定量PCR实验评估过表达以及干扰效果;采用CCK-8与Transwell实验检测METTL16对HCC增殖、迁移及侵袭的影响;采用流式细胞术检测METTL16对HCC细胞周期的影响;采用Western blot实验检测扰动METTL16后对肝癌细胞VEGFA-VEGFR2通路相关蛋白表达的影响;采用高通量基因表达数据库(GEO)分析METTL16在人肝癌组织与癌旁组织中的表达水平,通过Log-rank检验比较METTL16高表达和低表达肝癌患者生存期的差异。结果Western blot和实时定量PCR实验显示,在HepG2和HCC-LM3细胞中,METTL16过表达细胞株和干扰细胞株构建成功。CCK-8、Transwell和流式细胞术结果显示,过表达METTL16后,增殖、迁移和侵袭的细胞数目减少,处于G 2/M期的细胞比例上升。敲低METTL16后,增殖、迁移和侵袭的细胞数目增加,处于G 2/M期的细胞比例降低。Western blot检测结果显示过表达METTL16可抑制HepG2细胞中VEGFA-VEGFR2通路相关蛋白VEGFR2、p-AKT、Cyclin B、CDK1的表达,但敲低METTL16后可逆转对上述蛋白的抑制作用。METTL16在人肝癌组织中的表达水平低于癌旁组织,并且METTL16与肝癌患者的生存预后无相关性。结论METTL16可能通过抑制VEGFR2通路抑制肝癌细胞的增殖、迁移和侵袭。

关键词：肝细胞癌 METTL16 细胞增殖细胞迁移细胞侵袭

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