缺氧相关长链非编码RNA作为肝癌预后预测标志物的潜在价值

作     者：程敏 张静 曹鹏博 周钢桥 Min Cheng;Jing Zhang;Pengbo Cao;Gangqiao Zhou

作者机构：南京医科大学公共卫生学院流行病学系南京211166 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心北京100850 南京医科大学全球健康中心南京211166 河北大学生命科学学院保定071002 

出 版 物：《遗传》 (Hereditas（Beijing))

年 卷 期：2022年第44卷第2期

页      面：153-167,I0002-I0007页

核心收录：

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：国家重点研发计划(编号:2017YFA0504301) 国家自然科学基金重大研究计划重点项目(编号:91440206)资助 

主　　题：肝细胞癌 缺氧 长链非编码RNA 预后模型 

摘      要：肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是一种常见的恶性肿瘤。缺氧是肝癌等实体肿瘤的一个重要特征,同时也是诱导肿瘤恶性进展的重要因素。然而,肝癌缺氧相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的鉴定及其在临床生存预后等方面的价值仍未得到系统的研究。本研究旨在通过肝癌转录组的整合分析鉴定肝癌缺氧相关的lncRNA,并评估其在肝癌预后中的价值。基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划的肝癌转录组数据的整合分析,初步鉴定到233个缺氧相关的候选lncRNA。进一步筛选具有预后价值的候选者,基于其中12个缺氧相关lncRNA(AC012676.1、PRR7-AS1、AC020915.2、AC008622.2、AC026401.3、MAPKAPK5-AS1、MYG1-AS1、AC015908.3、AC009275.1、MIR210HG、CYTOR和SNHG3)建立了肝癌预后风险模型。Cox比例风险回归分析显示,基于该模型计算的缺氧风险评分作为肝癌患者新的独立预后预测指标,优于传统的临床病理因素。基因集富集分析显示,缺氧风险评分反映了细胞增殖相关通路的活化和脂代谢过程的失活。综上所述,本研究构建了一个基于缺氧相关lncRNA的风险评分模型,可以作为肝癌患者预后预测的候选指标,并初步提示了这些缺氧相关的lncRNA在肝癌防治中的重要作用。