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基于蛋白质相互作用网络对滑膜肉瘤生物学通路探索

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中华肿瘤防治杂志 2017年第10期24卷 674-679页

作者：魏峻玉周超刘丽娟刘恭喜孙铮迪孙长岗潍坊医学院临床医学院山东潍坊261053 潍坊市中医院肿瘤中心山东潍坊261041 山东中医药大学研究生院山东济南250355

目的滑膜肉瘤(synovial sarcoma,SS)是一种来源不明的软组织恶性肿瘤,临床上较少见。随着分子生物学的不断发展,从分子层面了解滑膜肉瘤并发现其相关生物学通路,以此寻找其治疗靶点成为目前研究的热点。本研究通过建立蛋白质相互作用网... 详细信息

目的滑膜肉瘤(synovial sarcoma,SS)是一种来源不明的软组织恶性肿瘤,临床上较少见。随着分子生物学的不断发展,从分子层面了解滑膜肉瘤并发现其相关生物学通路,以此寻找其治疗靶点成为目前研究的热点。本研究通过建立蛋白质相互作用网络预测滑膜肉瘤的生物学通路,以期发现其相关作用靶点。方法通过在线人类孟德尔遗传数据库筛选出滑膜肉瘤相关基因,采用Cytoscape软件和插件Agilent Literature Search进行文本挖掘并建立滑膜肉瘤的蛋白质相互作用网络;采用插件Clusterviz,发现网络中可能包含的分子复合物;基于david富集分子复合物的生物学通路。结果通过人类孟德尔遗传数据库筛选出滑膜肉瘤相关基因有67个;采用Cytoscape软件挖掘出滑膜肉瘤相关蛋白质相互作用网络包含489个节点(蛋白质)和1 414条边(相互作用关系);Clusterviz插件发现其可能包含6个分子复合物;通过david对这6个分子复合物进行富集,获得其相关生物学通路,以错误发现率(false discovery rate,FDR)1,差异无统计学意义。结论分子复合物1主要与p53信号通路及细胞因子调节有关,且与膀胱癌有相关性;分子复合物2涉及通路较多,说明滑膜肉瘤的发生是一个受多种细胞通路、多基因构成的网络协同调控的复杂过程。

关键词：滑膜肉瘤分子生物学在线人类孟德尔遗传数据库分子复合物通路

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食用菌与人类健康(三)

食药用菌 2015年第4期23卷 225-230页

作者： Mary Jo Feeney Johanna Dwyer Clare M.Hasler-Lewis John A.Milner Manny Noakes Sylvia Rowe Mark Wach Robert B.Beelman Joe Caldwell Margherita T.Cantorna Lisa A.Castlebury Shu-Ting chang Lawrence J.Cheskin Roger Clemens Greg Drescher Victor L.Fulgoni Ⅲ david B.Haytowitz Van S.Hubbard david Law Amy Myrdal Miller Bart Minor Susan S.Percival Gabriela Riscuta Barbara Schneeman Suzanne Thornsbury Cheryl D.Toner Catherine E.Woteki Dayong Wu

8 消费者喜好与食用菌感官性状2011年，美国人均消费1．8千克食用菌，其中鲜菇为1．3千克。一项对12618名美国消费者进行的全国抽样调查结果显示，2012年，有41％的家庭购买过食用菌，至少消费5．53亿美元。其中，有三分之二的户主年龄... 详细信息

8 消费者喜好与食用菌感官性状2011年，美国人均消费1．8千克食用菌，其中鲜菇为1．3千克。一项对12618名美国消费者进行的全国抽样调查结果显示，2012年，有41％的家庭购买过食用菌，至少消费5．53亿美元。其中，有三分之二的户主年龄小于45岁，31％是有孩子的家庭，而59％是二人家庭；80％是白人，

关键词：食用菌人类健康消费者感官性状人均消费调查结果家庭美国

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基于转录组测序的谷红注射液抗脑缺血分析

中国实验方剂学杂志 2020年第7期26卷 195-203页

作者：周瑞项昌培高金环张毅张晶晶杨洪军云南中医药大学昆明650500 中国中医科学院中药研究所北京100700

目的:在确定谷红注射液保护脑缺血的基础上,采用RNA-Seq转录组测序与生物信息分析的方法探究谷红注射液抗脑缺血的分子机制。方法:采用线栓法制备大脑中动脉栓塞(MCAO)模型,设置假手术组,模型组,谷红注射液低、中剂量组(0.625,2.5 m L·... 详细信息

目的:在确定谷红注射液保护脑缺血的基础上,采用RNA-Seq转录组测序与生物信息分析的方法探究谷红注射液抗脑缺血的分子机制。方法:采用线栓法制备大脑中动脉栓塞(MCAO)模型,设置假手术组,模型组,谷红注射液低、中剂量组(0.625,2.5 m L·kg^-1·d^-1),阳性药组(金纳多注射液,8 m L·kg^-1·d^-1),通过Ludmila Belayev 12分评分法进行药效学评价,并采用RNA-Seq技术检测药物干预前后的差异基因,使用david,String及The Human Phenotype Ontology等数据库,进行富集分析、聚类分析、以及与脑缺血疾病靶标的关联分析,通过Cytoscape3.4.0构建相关的调控网络。结果:与假手术组相比,模型组大鼠可见明显神经功能缺损(Pk)信号通路等生物学过程干预脑缺血。此外,谷红液射液干预脑缺血的差异基因关联到20个脑缺血疾病相关的靶标,且关联到64个MAPk信号通路相关的基因,其中23个基因参与凋亡与炎症等过程。结论:谷红注射液通过多条途径发挥抗脑缺血作用,其中MAPk信号通路是其发挥抗凋亡及炎症作用的重要途径。

关键词：谷红注射液脑缺血 RNA-Seq 丝裂原激活的蛋白激酶(MAPk)

基于网络药理学和分子对接技术探析通痹健骨方治疗膝骨关节炎的作用机制

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中国实验方剂学杂志 2022年第3期28卷 180-186页

作者：王雷李盛华周明旺王晓萍徐斌魏长浩甘肃中医药大学兰州730000 甘肃省中医院兰州730050

目的:基于网络药理学和分子对接技术探析通痹健骨方治疗膝骨关节炎(kOA)的作用机制,并进一步运用细胞实验进行验证。方法:依据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出通痹健骨方活性成分及其对应的靶点;通过检索GeneCards数据库,... 详细信息

目的:基于网络药理学和分子对接技术探析通痹健骨方治疗膝骨关节炎(kOA)的作用机制,并进一步运用细胞实验进行验证。方法:依据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出通痹健骨方活性成分及其对应的靶点;通过检索GeneCards数据库,在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)及DrugBank数据库获取kOA靶点;将通痹健骨方活性成分靶点与kOA靶点取交集,所得靶点即为通痹健骨方治疗kOA靶点。采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用STRING数据库进行PPI网络分析;运用david数据分析平台进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(kEGG)富集分析;选取关键靶点及核心活性成分,使用AutoDock软件进行分子对接。细胞实验验证网络药理学结果并进行药效学观察。结果:网络药理学预测显示通痹健骨方治疗kOA活性成分有111个,核心活性成分为槲皮素,山柰酚,β-谷甾醇,关键靶点为白细胞介素-1β(IL-1β),基质金属蛋白酶-3(MMP-3),肿瘤坏死因子-α(TNF-α)。GO分析中生物过程(BP)主要涉及到炎症反应、对脂多糖的反应、凋亡信号通路和DNA结合转录因子活性的调节等生物过程。细胞组成(CC)则包括了质膜蛋白复合物,RNA聚合酶Ⅱ转录因子复合物,膜筏,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物等方面。分子功能(MF)主要富集在细胞因子受体结合、核受体活性、蛋白质结构域特异性结合、丝氨酸水解酶活性、趋化因子受体结合、一氧化氮合酶调节剂的活性等方面。kEGG分析获取相关信号通路为核转录因子(NF)-κB,两面神激酶(JAk)/信号传导及转录激活蛋白(STAT)及Wnt信号通路;分子对接结果显示,核心活性成分与关键靶点具有较好的结合活性。实验验证结果表明,通痹健骨方能够下调IL-1β,MMP-3,TNF-α,NF-κB p65表达水平(PkOA的作用机制在于应用槲皮素,山柰酚,β-谷甾醇等活性成分,以IL-1β,MMP-3及TNF-α为关键靶点,通过NF-κB,JAk/STAT及Wnt信号通路发挥治疗膝骨关节炎的作用。

关键词：通痹健骨方网络药理学膝骨关节炎分子对接作用机制

david Ⅰ与david Ⅱ手术治疗急性Stanford A型主动脉夹层的中期疗效对比

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中华胸心血管外科杂志 2021年第7期37卷 422-426页

作者：钱向阳郑哲孙境于存涛孙晓刚郭宏伟常谦北京协和医学院国家心血管病中心中国医学科学院阜外医院血管外科中心100037

目的:比较再植技术(reimplantation;david Ⅰ)与重塑技术(remodeling;david Ⅱ)两种不同的保留主动脉瓣的主动脉根部置换技术在急性Stanford A型主动脉夹层中的中期疗效。方法:回顾性分析2009年3月至2019年12月,41例接受保留主动脉瓣的... 详细信息

目的:比较再植技术(reimplantation;david Ⅰ)与重塑技术(remodeling;david Ⅱ)两种不同的保留主动脉瓣的主动脉根部置换技术在急性Stanford A型主动脉夹层中的中期疗效。方法:回顾性分析2009年3月至2019年12月,41例接受保留主动脉瓣的主动脉根部置换术的急性Stanford A型主动脉夹层患者,平均年龄(44.63±11.34)岁,男36例,女5例。5例采用david Ⅱ技术,36例采用david Ⅰ技术。比较两组患者围术期相关指标、术后的主动脉瓣反流情况以及术后生存情况。结果:住院死亡占4.9%,两组各死亡1例,差异无统计学意义。david Ⅱ组在血液制品(红细胞、血浆及血小板)应用量、术后机械通气时间、二次开胸止血、急性肾功能衰竭需要床旁血液滤过等方面明显劣于david Ⅰ组,差异有统计学差异。39例出院生存患者中位随访时间为34.56(3~121)个月,随访率100%。两组均无随访死亡患者,无出血及血栓事件发生,无心血管再干预手术。术后出现主动脉瓣2级或以上反流方面,david Ⅱ组明显高于david Ⅰ组( P=0.02)。应用 Cox回归分析术后主动脉瓣反流的危险因素发现david Ⅱ手术是术后出现主动脉瓣反流的独立危险因素。结论:在急性A型主动脉夹层患者中,与david Ⅱ手术相比,david Ⅰ手术具有更好的围术期及中期结果,二次开胸止血及血制品应用率、术后发生主动脉瓣反流概率明显降低,远期结果尚待进一步随访。

关键词：主动脉夹层主动脉根部保留主动脉瓣的主动脉根部置换术主动脉瓣反流

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决明子抗氧化作用机制的网络药理学分析

浙江农业学报 2020年第10期32卷 1855-1865页

作者：李磊赵花金伍子焘李升和姜锦鹏刘畅安徽科技学院动物科学学院农业农村部猪肉质量安全控制重点实验室动物营养调控与健康安徽省重点实验室安徽凤阳233100

中药决明子抗氧化作用显著但作用机制仍不清楚,本文旨在运用网络药理学研究方法,阐释决明子的抗氧化作用机制。通过文献和中药系统数据库TCMSP获取决明子的所有化学成分,再根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-li... 详细信息

中药决明子抗氧化作用显著但作用机制仍不清楚,本文旨在运用网络药理学研究方法,阐释决明子的抗氧化作用机制。通过文献和中药系统数据库TCMSP获取决明子的所有化学成分,再根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)筛选出其活性成分及其对应靶点。通过GeneCards数据库查找并预测决明子抗氧化作用靶点,将靶点导入STRING数据库构建靶点间蛋白互作关系,并使用Cytoscape软件进行可视化处理。通过david数据库对靶点进行GO功能富集和kEGG通路富集分析。利用AutoDock软件对预测结果进行分子对接验证。最终共筛选出决明子抗氧化作用活性成分11个,抗氧化作用靶点34个,这些靶点主要富集于氧化还原过程(oxidation-reduction process)、正调控活性氧代谢过程(positive regulation of reactive oxygen species metabolic process)等51个生物过程,参与了乙型肝炎相关通路(hepatitis B)、p53信号通路(p53 signaling pathway)、肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)、非酒精性脂肪肝(non-alcoholic fatty liver disease)和癌症信号通路(pathway in cancer)等154条信号通路。分子对接证实芦荟大黄素、决明内酯等成分可与对应靶点结合,进一步验证了网络药理学预测的可靠性。本研究发现决明子可通过大黄酸、芦荟大黄素、豆甾醇、决明内酯等11种成分作用于TP53、MYC、CASP3、ESR1、JUN等34个靶点发挥抗氧化作用,反映了决明子经多靶点、多途径发挥抗氧化作用的特点,为深入研究决明子抗氧化作用机制提供了参考。

关键词：决明子网络药理学抗氧化蛋白互作网络

基于网络药理学和实验验证探究白藜芦醇治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

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现代药物与临床 2022年第5期37卷 942-951页

作者：焦军杰常昆姚文艳张前辉李晓鹏新乡医学院第三附属医院眼科河南新乡453000

目的采用网络药理学的方法探讨白藜芦醇在糖尿病视网膜病变治疗中的潜在机制,为白藜芦醇防治糖尿病视网膜病变提供理论依据。方法使用CTD、DGIdb、Drugbank、Swiss Target Prediction、TCMSP数据库获得白藜芦醇的作用靶点。从GeneCard、... 详细信息

目的采用网络药理学的方法探讨白藜芦醇在糖尿病视网膜病变治疗中的潜在机制,为白藜芦醇防治糖尿病视网膜病变提供理论依据。方法使用CTD、DGIdb、Drugbank、Swiss Target Prediction、TCMSP数据库获得白藜芦醇的作用靶点。从GeneCard、DisGeNET、OMIM、DrugBank数据库获得糖尿病视网膜病变疾病相关靶点。使用Venn图取交集即为白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变作用靶点。将白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点蛋白上传至String数据库,将所得数据导入Cytoscape 3.7.1,构建白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点蛋白的蛋白互作(PPI)网络,并筛选出核心作用靶点。使用david数据库对白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(kEGG)通路富集分析。对核心作用靶点与白藜芦醇结合力进行分子对接验证。利用细胞活力实验观察白藜芦醇对高糖作用下的人视网膜血管内皮细胞(HRCECs)细胞增殖的影响;检测不同浓度(40、80、160μmol/L)白藜芦醇对高糖作用下HRCECs细胞STAT3、VEGFA、TNF mRNA表达的影响。结果共获得白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变作用靶点130个,并筛选出核心靶基因10个。kEGG途径分析富集的信号通路包括TNF信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路等。分子对接显示,核心靶基因AkT1、IL-6、TNF、VEGFA、IL-1B、MAPk3、EGFR、JUN、STAT3及CASP3与白藜芦醇亲和力较好,尤其与STAT3、VEGFA和TNF具有强烈的结合活性。细胞实验显示,与模型组相比,白藜芦醇能明显抑制高糖作用下HRCECs的细胞增殖能力(PkT1、CASP3、IL-6、STAT3、EGFR、TNF、和MAPk3等核心靶点基因,影响TNF信号通路和HIF信号通路等发挥对糖尿病视网膜病变的治疗作用。

关键词：白藜芦醇糖尿病视网膜病变网络药理学分子对接 TNF信号通路 HIF-1信号通路

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通过GEO数据库筛选宫颈癌发生的相关基因

河南医学研究 2023年第6期32卷 961-965页

作者：常爱民任静静石瑛郑州大学第三附属医院检验科河南郑州450052

目的利用数据库筛选宫颈癌致病的关键基因,探讨宫颈癌的发病机制。方法从高通量基因表达数据库(GEO)下载宫颈癌相关的芯片数据GSE89657、GSE63678和GSE29570,利用GEO2R在线分析软件筛选出宫颈癌差异基因748个,分别对差异基因进行基因本... 详细信息

目的利用数据库筛选宫颈癌致病的关键基因,探讨宫颈癌的发病机制。方法从高通量基因表达数据库(GEO)下载宫颈癌相关的芯片数据GSE89657、GSE63678和GSE29570,利用GEO2R在线分析软件筛选出宫颈癌差异基因748个,分别对差异基因进行基因本体富集分析(GO)、京都基因和基因组百科全书(kEGG)通路分析以及蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析。结果3个数据库共呈现32个共同差异基因,分别为15个上调基因,17个下调基因。差异基因导入david数据库发现与宫颈癌细胞凋亡和基因表达负调控、癌症通路有关。发现10个差异基因成为PPI网络复合体中的中枢基因,其表达水平的改变与宫颈癌的不良预后有关。其中拓扑异构体酶Ⅱa(TOP2A)在宫颈癌的诊断中最为重要。结论通过GEO数据库分析宫颈癌的基因芯片数据,获取与其预后密切相关的基因,为疾病的早期诊断提供分子水平上的参考依据。

关键词：宫颈癌 GEO数据库差异表达基因生物信息学

小鼠脂肪组织中lncRNA的差异表达及lncRNA Gm15290对脂肪生成的调控作用

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山西医科大学学报 2020年第2期51卷 147-152页

作者：刘伟华尹春燕常明西安市第一医院儿科西安710004 西安交通大学第二附属医院儿科安康市人民医院儿科

目的分析小鼠脂肪组织中的长链非编码RNA(lncRNA)差异表达谱,探讨lncRNA Gm15290在脂肪生成中的调控作用。方法采用lncRNA微阵列分析WT和ob/ob小鼠脂肪组织中lncRNA的差异表达,通过Gene Ontology和david数据库进行GO生物功能和基于kEGG... 详细信息

目的分析小鼠脂肪组织中的长链非编码RNA(lncRNA)差异表达谱,探讨lncRNA Gm15290在脂肪生成中的调控作用。方法采用lncRNA微阵列分析WT和ob/ob小鼠脂肪组织中lncRNA的差异表达,通过Gene Ontology和david数据库进行GO生物功能和基于kEGG的pathway富集分析。分离培养原代前脂肪细胞并用鸡尾酒法诱导分化脂肪细胞,采用pAd-Gm15290过表达或Gm 15290 siRNA转染脂肪细胞,Western blot检测成脂分子PPARγ、aP2及C/EBPα蛋白表达。结果lncRNA芯片检测显示,WT小鼠与ob/ob小鼠存在2246个差异表达lncRNA,其中53.6%(1204个)为外显子lncRNA,19.4%(436个)为内含子lncRNA,27.0%(606个)为反义lncRNA。采用GO和kEGG分析结果提示,lncRNA Gm15290与代谢和细胞生物合成过程有关。Gm15290过表达可以显著促进脂肪细胞分化,而Gm15290基因干扰明显抑制脂肪细胞分化,lncRNA Gm15290上调PPARγ、C/EBPα和aP2蛋白的表达水平。结论WT小鼠和ob/ob小鼠脂肪组织中的lncRNA表达谱不同,lncRNA Gm15290通过上调PPARγ、C/EBPα和aP2蛋白的表达来调节脂肪的生成。

关键词：长链非编码RNA 脂肪细胞肥胖