检索结果-南通市图书馆

动物体内microRNAs与转录因子及剪接因子之间的相互调控

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生物化学与生物物理进展 2009年第2期36卷 151-156页

作者：庞剑会任长虹李稚锋刘虎岐张成岗西北农林科技大学生命科学学院杨凌712100 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室北京100850

microRNA(miRNA)是一类长约22nt的非编码RNA,能通过与靶mRNA3′UTR结合而调控基因表达.动物体内的miRNA介导了一种新的基因表达调控模式,可在基因转录后水平负调控靶mRNA的转录或翻译.动物体内至少将近30%的基因表达受miRNA调节.随着对m... 详细信息

microRNA(miRNA)是一类长约22nt的非编码RNA,能通过与靶mRNA3′UTR结合而调控基因表达.动物体内的miRNA介导了一种新的基因表达调控模式,可在基因转录后水平负调控靶mRNA的转录或翻译.动物体内至少将近30%的基因表达受miRNA调节.随着对miRNA功能研究的逐渐深入,发现转录因子(transcription factor,TF)和剪接因子(splicing factor,SF)这两种基因表达的重要调节因子与miRNA之间存在着直接或间接的相互调控作用,为人们了解miRNA参与的复杂基因调控网络提供了新内容,同时也可为miRNA相关疾病的治疗提供重要线索.

关键词： miRNA 剪接因子转录因子

口服地衣芽孢杆菌对肠型放射病小鼠存活的影响

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中华放射医学与防护杂志 2008年第6期28卷 644-645页

作者：侯冰刘铖李稚锋徐志伟杨超文高艳张成岗军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室北京100850

大剂量意外全身照射或腹部局部放疗均可导致肠型放射病的发生。此类病例常因严重腹泻和继发感染而死亡，因此，控制肠源性感染已成为治疗肠型放射病的常规措施之一。然而，研究发现，肠管免疫的稳定有赖于其内天然存在的益生菌，口服广... 详细信息

大剂量意外全身照射或腹部局部放疗均可导致肠型放射病的发生。此类病例常因严重腹泻和继发感染而死亡，因此，控制肠源性感染已成为治疗肠型放射病的常规措施之一。然而，研究发现，肠管免疫的稳定有赖于其内天然存在的益生菌，口服广谱抗生素清除肠管益生菌反而会缩短肠型放射病动物的存活时间。

关键词：肠型放射病存活时间地衣芽孢杆菌口服小鼠肠源性感染广谱抗生素局部放疗

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适合可变剪接研究的转录组序列分析策略

国防科技大学学报 2006年第4期28卷 37-42页

作者：王正志李稚锋杭兴宜毛逸清骆志刚赵东升张成岗国防科技大学机电工程与自动化学院湖南长沙410073 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所北京100850 国防科技大学并行与分布处理国防科技重点实验室湖南长沙410073

规模化基因表达实验所产生的大量与生物组织特定时空状态相关的cDNA和表达序列标签(EST)等信息可用于新基因的发现、基因表达模式分析和基因组的注释,从而可为转录组研究提供实验设计和结果分析的参考标准。真核基因可变剪接的普遍性及... 详细信息

规模化基因表达实验所产生的大量与生物组织特定时空状态相关的cDNA和表达序列标签(EST)等信息可用于新基因的发现、基因表达模式分析和基因组的注释,从而可为转录组研究提供实验设计和结果分析的参考标准。真核基因可变剪接的普遍性及其在机体生理与病理过程中的重要作用,使得可变剪接的系统分析已成为功能基因组研究中的热点之一。在面临海量表达数据的指数增长和不断有新的基因组获得测序的情况下,实现转录组序列分析的规模化、自动化计算迫在眉睫。讨论不同转录组分析系统中的数据分析算法及其计算需求,并提出适用于大规模可变剪接分析的策略。

关键词：转录组 EST聚类 EST装配可变剪接高性能计算

军事医学科学院生物医学超级计算中心的计算资源与应用

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军事医学科学院院刊 2005年第4期29卷 363-367页

作者：赵东升杭兴宜李稚锋张成岗军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所北京100850 军事医学科学院放射医学研究所北京100850

生物信息学是生命科学和信息科学的有机结合,其发展和应用离不开高性能计算资源、技术和方法的支持。本文介绍了我院生物医学超级计算中心的主要计算资源———星盈万亿次超级刀片计算机、支撑软件和生物信息学应用软件,以及我们利用该... 详细信息

生物信息学是生命科学和信息科学的有机结合,其发展和应用离不开高性能计算资源、技术和方法的支持。本文介绍了我院生物医学超级计算中心的主要计算资源———星盈万亿次超级刀片计算机、支撑软件和生物信息学应用软件,以及我们利用该系统进行大规模生物信息学数据分析的实际计算效果,旨在探讨如何充分挖掘我院生物医学计算资源的潜力,为深入规划我院生物医学研究需要的高性能计算方向提供重要参考。

关键词：生物信息学超级刀片计算机计算资源管理转录组分析蛋白质结构预测计算生物学

超级刀片计算机上任务并行生物计算程序的效率优化

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军事医学科学院院刊 2005年第6期29卷 550-553页

作者：杭兴宜赵东升李稚锋翁景然张成岗军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所北京100850

在后基因组时代,基因结构、功能及其与疾病的关系已成为生物医学的研究热点。在各种实验技术飞速发展的促进下,高复杂度、多元化、海量的生物数据正以指数级的速度不断增长,关于这些数据的存储、计算、分析等已成为严峻挑战。以超级计... 详细信息

在后基因组时代,基因结构、功能及其与疾病的关系已成为生物医学的研究热点。在各种实验技术飞速发展的促进下,高复杂度、多元化、海量的生物数据正以指数级的速度不断增长,关于这些数据的存储、计算、分析等已成为严峻挑战。以超级计算机为平台的高性能计算是解决此类难题的有效方法之一。根据对本院超级刀片计算机的使用情况,本文从数据存储、通讯优化、计算效率、资源分配等角度,分析和总结提高任务并行的生物计算程序效率的技术策略,并进一步展望其在生物医学中的应用前景。这些技术策略对于使用同类高性能计算机具有重要的参考价值。

关键词：计算生物学生物医学研究超级刀片计算机节点计算资源软件

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神经系统特异性剪接因子NOVA研究进展

军事医学科学院院刊 2008年第6期32卷 571-574页

作者：韩冷李稚锋任长虹孟祥勋张成岗军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室北京100850 苏州大学生命科学学院苏州215123

神经-肿瘤腹侧抗原(NOVA)是第一个在哺乳动物中发现的组织特异性剪接因子,广泛分布于中枢神经系统,通过其KH结构域(KH domain)与靶基因mRNA前体中的YCAY基序(YCAY motif)结合,调控可变剪接过程。根据其与靶标结合位置的不同,NOVA作为剪... 详细信息

神经-肿瘤腹侧抗原(NOVA)是第一个在哺乳动物中发现的组织特异性剪接因子,广泛分布于中枢神经系统,通过其KH结构域(KH domain)与靶基因mRNA前体中的YCAY基序(YCAY motif)结合,调控可变剪接过程。根据其与靶标结合位置的不同,NOVA作为剪接调节因子具有双重作用,既可以增强剪接,也可以抑制剪接。NOVA作为剪接因子特异性地调控了神经突触中一组功能密切相关的基因。

关键词：神经系统突触基因表达神经-肿瘤腹侧抗原 KH结构域 YCAY基序剪接因子可变剪接

TPM:基于Taverna的PCR引物设计与评估工作流系统

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四川大学学报（自然科学版） 2009年第6期46卷 1685-1690页

作者：屈武斌杭兴宜申志勇李稚锋张成岗杨毅四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室北京100850

PCR引物设计是PCR实验中关键而重要的一步,而引物的特异性情况直接影响着PCR实验的成败.首先,设计了基于多因素(序列相似性,引物3′末端自由能,Tm等)的PCR引物特异性评估工具-MFEprimer;其次,在MFEprimer的基础上,结合引物设计软件prime... 详细信息

PCR引物设计是PCR实验中关键而重要的一步,而引物的特异性情况直接影响着PCR实验的成败.首先,设计了基于多因素(序列相似性,引物3′末端自由能,Tm等)的PCR引物特异性评估工具-MFEprimer;其次,在MFEprimer的基础上,结合引物设计软件primer3,在Taverna工作流平台上构建了PCR引物设计(primer3)与评估(MFEprimer)一体的工作流系统-TPM(Taverna-Primer3-MFEprimer),实现了从引物设计到评估的自动化分析流程,使用简单方便.

关键词： TPM PCR引物设计评估工具工作流系统 evaluation design 特异性序列相似性工作流平台 successful 直接影响实验设计软件分析流程 workflow 自由能自动化多因素性情基础

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真核基因可变剪接研究现状与展望

生物信息学 2004年第2期2卷 35-38页

作者：李稚锋王正志张成岗军事医学科学院放射医学研究所国防科技大学机电工程与自动化学院长沙410073

mRNA前体(pre-mRNA)的可变剪接是控制基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制,是功能基因组时代的研究重点之一。生物信息学在识别可变剪接基因及其结构、分析可变剪接的功能和调控方式等方面具有重要作用。除了耗时的实验研究,识别可变... 详细信息

mRNA前体(pre-mRNA)的可变剪接是控制基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制,是功能基因组时代的研究重点之一。生物信息学在识别可变剪接基因及其结构、分析可变剪接的功能和调控方式等方面具有重要作用。除了耗时的实验研究,识别可变剪接基因及其结构主要通过EST、mRNA等转录数据与基因组序列进行比对,获得同一基因的不同结构方式。分析蛋白质产物可对可变剪接的功能进行预测;潜在调控元件的统计分析则可为可变剪接调控机制的研究提供必要的数据。转录数据的时空信息以及比较基因组学对理解可变剪接信息的精确调控将提供重要资料。可变剪接及其调控机制的深入研究将为基因组和蛋白质组之间的对接提供重要的桥梁。

关键词：可变剪接生物信息学功能基因组

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大规模EST序列聚类的并行算法研究进展

军事医学科学院院刊 2006年第6期30卷 591-595页

作者：毛逸清赵东升李稚锋杭兴宜骆志刚张成岗军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所北京100850 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 国防科技大学并行与分布处理国防科技重点实验室长沙410073

EST是携带有表达基因部分遗传信息的cDNA片段,EST聚类是将来自同一个基因的具有重叠部分的EST整合到单一的类中,是进行后续基因表达数据分析的必要步骤。传统的串行聚类方法的计算复杂度高,对内存要求大,不适于进行大规模聚类计算。本... 详细信息

EST是携带有表达基因部分遗传信息的cDNA片段,EST聚类是将来自同一个基因的具有重叠部分的EST整合到单一的类中,是进行后续基因表达数据分析的必要步骤。传统的串行聚类方法的计算复杂度高,对内存要求大,不适于进行大规模聚类计算。本文主要介绍了EST聚类的并行处理方式、软硬件支持环境,适用于大规模EST聚类的并行算法和软件,比较了几种现有软件的算法、计算速度和内存要求等,并讨论了现有大规模聚类算法的优缺点。

关键词： EST序列聚类分析高性能计算并行算法