适合可变剪接研究的转录组序列分析策略

作     者：王正志 李稚锋 杭兴宜 毛逸清 骆志刚 赵东升 张成岗 WANG Zheng-zhi;LI Zhi-feng;HANG Xing-yi;MAO Yi-qing;LUO Zhi-gang;ZHAO Dong-sheng;ZHANG Cheng-gang

作者机构：国防科技大学机电工程与自动化学院湖南长沙410073 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所北京100850 国防科技大学并行与分布处理国防科技重点实验室湖南长沙410073 

出 版 物：《国防科技大学学报》 (Journal of National University of Defense Technology)

年 卷 期：2006年第28卷第4期

页      面：37-42页

核心收录：

学科分类：12[管理学] 1201[管理学-管理科学与工程(可授管理学、工学学位)] 08[工学] 081201[工学-计算机系统结构] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：国家并行与分布处理国防重点实验室基金资助项目(51484050304JB4401) 军事医学科学院科技创新启动基金资助项目(04010010402013) 

主　　题：转录组 EST聚类 EST装配 可变剪接 高性能计算 

摘      要：规模化基因表达实验所产生的大量与生物组织特定时空状态相关的cDNA和表达序列标签(EST)等信息可用于新基因的发现、基因表达模式分析和基因组的注释,从而可为转录组研究提供实验设计和结果分析的参考标准。真核基因可变剪接的普遍性及其在机体生理与病理过程中的重要作用,使得可变剪接的系统分析已成为功能基因组研究中的热点之一。在面临海量表达数据的指数增长和不断有新的基因组获得测序的情况下,实现转录组序列分析的规模化、自动化计算迫在眉睫。讨论不同转录组分析系统中的数据分析算法及其计算需求,并提出适用于大规模可变剪接分析的策略。