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可变剪接在雄性生殖细胞同源染色体配对和联会中的功能研究

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科学通报 2023年第20期68卷 2572-2574页

作者：丁德强同济大学生命科学与技术学院上海200092

哺乳动物的精子发生在睾丸的生精小管中进行,是一个高度复杂的细胞增殖和分化的过程.精子发生包括精原细胞的有丝分裂、精母细胞的减数分裂和单倍体精细胞的精子形成3个阶段.精子发生涉及错综复杂的基因表达调控过程,包括转录调控和转... 详细信息

哺乳动物的精子发生在睾丸的生精小管中进行,是一个高度复杂的细胞增殖和分化的过程.精子发生包括精原细胞的有丝分裂、精母细胞的减数分裂和单倍体精细胞的精子形成3个阶段.精子发生涉及错综复杂的基因表达调控过程,包括转录调控和转录后水平的调控,其中任何一个环节出现问题都会导致雄性不育[1~3].

关键词：精子发生基因表达调控可变剪接精子形成精母细胞减数分裂生精小管转录调控

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可变剪接与肿瘤

中华病理学杂志 2017年第8期46卷 585-589页

作者：刘源张红河徐恩萍浙江大学医学院基础医学系分子病理实验室杭州310058

可变剪接,又称选择性剪接（alternative splicing）,1978年Gilbert[1]在对Adenovirus hexon基因的研究中发现并提出可变剪接现象,他认为一个基因的不同编码区可以拼接在一起被剪接下来,产生功能不同的mRNA.20世纪80年代初,人们在哺乳动... 详细信息

可变剪接,又称选择性剪接（alternative splicing）,1978年Gilbert[1]在对Adenovirus hexon基因的研究中发现并提出可变剪接现象,他认为一个基因的不同编码区可以拼接在一起被剪接下来,产生功能不同的mRNA.20世纪80年代初,人们在哺乳动物编码荷尔蒙降血钙素的基因中发现可变剪接现象[2],在编码免疫球蛋白的基因中也发现了可变剪接[3].此后,越来越多的研究证实可变剪接广泛存在于真核生物中[4].在哺乳动物中,可变剪接与mRNA的加工紧密相关,是增加mRNA复杂性和蛋白质多样性的原因之一.最新的mRNA测序技术和表达序列标签技术检测到大约95%的人类基因与多个外显子进行可变剪接,异常可变剪接可能导致肿瘤的发生[5-6].

关键词：可变剪接肿瘤 mRNA 表达序列标签哺乳动物选择性剪接免疫球蛋白 n基因

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适合可变剪接研究的转录组序列分析策略

国防科技大学学报 2006年第4期28卷 37-42页

作者：王正志李稚锋杭兴宜毛逸清骆志刚赵东升张成岗国防科技大学机电工程与自动化学院湖南长沙410073 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所北京100850 国防科技大学并行与分布处理国防科技重点实验室湖南长沙410073

规模化基因表达实验所产生的大量与生物组织特定时空状态相关的cDNA和表达序列标签(EST)等信息可用于新基因的发现、基因表达模式分析和基因组的注释,从而可为转录组研究提供实验设计和结果分析的参考标准。真核基因可变剪接的普遍性及... 详细信息

规模化基因表达实验所产生的大量与生物组织特定时空状态相关的cDNA和表达序列标签(EST)等信息可用于新基因的发现、基因表达模式分析和基因组的注释,从而可为转录组研究提供实验设计和结果分析的参考标准。真核基因可变剪接的普遍性及其在机体生理与病理过程中的重要作用,使得可变剪接的系统分析已成为功能基因组研究中的热点之一。在面临海量表达数据的指数增长和不断有新的基因组获得测序的情况下,实现转录组序列分析的规模化、自动化计算迫在眉睫。讨论不同转录组分析系统中的数据分析算法及其计算需求,并提出适用于大规模可变剪接分析的策略。

关键词：转录组 EST聚类 EST装配可变剪接高性能计算

糖原合酶激酶-3β调节9G8介导的tau外显子10的可变剪接

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生物化学与生物物理进展 2010年第2期37卷 161-166页

作者：丁绍红尹晓敏施建华钱慰刘飞南通大学江苏省神经再生重点实验室南通226001 南通大学公共卫生学院南通226007 南通大学医学院生物化学与分子生物学教研室南通226001

Tau外显子10的可变剪接产生含3个微管结合片段或4个微管结合片段的tau蛋白变异体(3R-tau和4R-tau).正常成年人脑中,3R-tau和4R-tau的表达水平相近,这种比例对于维持正常脑功能非常重要.9G8是剪接因子SR蛋白家族中的成员之一,参与多种基... 详细信息

Tau外显子10的可变剪接产生含3个微管结合片段或4个微管结合片段的tau蛋白变异体(3R-tau和4R-tau).正常成年人脑中,3R-tau和4R-tau的表达水平相近,这种比例对于维持正常脑功能非常重要.9G8是剪接因子SR蛋白家族中的成员之一,参与多种基因转录产物的剪接调控,它的功能和活性受磷酸化高度调节.糖原合酶激酶(GSK)-3β是体内重要的蛋白激酶,已有研究显示它参与调节tau外显子10的可变剪接.利用微型tau基因研究了9G8在不同细胞系中对tau外显子10可变剪接的作用以及GSK-3β对9G8介导的tau外显子10可变剪接的影响.结果显示,过表达9G8抑制tau外显子10的表达,GSK-3β在体外可催化9G8的磷酸化,GSK-3β可以被9G8从大鼠脑匀浆中沉降(pull-down),提示它们之间可能存在相互作用,在培养的细胞中,GSK-3β与9G8之间存在共定位,过表达GSK-3β抑制9G8对外显子10可变剪接的作用,有利于4R-tau的产生.这些结果显示GSK-3β影响9G8介导的tau外显子10的剪接.

关键词： 9G8 糖原合酶激酶3β(GSK-3β) tau 可变剪接

一种面向生物基因组可变剪接问题的网络并行求解方案

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计算机研究与发展 2007年第10期44卷 1682-1687页

作者：徐国市鲁发凯许卓群余华山丁文魁北京大学信息科学技术学院北京100871

生物基因的可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制,具有重要的生物学意义.随着生物数据的快速增长,单机计算环境难以满足可变剪接研究所需要的超大计算能力.为了解决这一问题,提出了一种面向生物基因组可变剪接问题的... 详细信息

生物基因的可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制,具有重要的生物学意义.随着生物数据的快速增长,单机计算环境难以满足可变剪接研究所需要的超大计算能力.为了解决这一问题,提出了一种面向生物基因组可变剪接问题的网络并行求解方案.它充分考虑了可变剪接问题的挑战,设计了面向服务的网络资源虚拟化方案,提供了对网络资源一致的选择、访问、监控接口.通过一组API提供了面向用户的应用层支持,屏蔽了访问网络资源的细节,支持用户快速有效的开发应用程序.

关键词：并行计算网络计算可变剪接资源虚拟化面向服务的体系结构

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可变剪接调控植物开花的作用机制进展

生物工程学报 2021年第9期37卷 2991-3004页

作者：卢欢欢邓琴霖吴梦丹王志敏魏大勇王鹤冰向华丰张洪成汤青林西南大学园艺园林学院重庆400715 重庆市农业科学研究院重庆401329

开花是植物生长发育的关键转折,与种子生产和作物产量密切相关。开花转变受到复杂的基因网络调控,许多开花相关基因通过可变剪接产生多种转录本,调控开花时间。文中从多个角度系统地综述了可变剪接调控植物开花的分子机制,并对将来的研... 详细信息

开花是植物生长发育的关键转折,与种子生产和作物产量密切相关。开花转变受到复杂的基因网络调控,许多开花相关基因通过可变剪接产生多种转录本,调控开花时间。文中从多个角度系统地综述了可变剪接调控植物开花的分子机制,并对将来的研究进行了展望。

关键词：可变剪接开花剪接因子表观调控

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神经胶质瘤中前体mRNA可变剪接研究进展

生物化学与生物物理进展 2007年第10期34卷 1025-1032页

作者：彭正羽张薇陈献华徐平复旦大学医学院医学神经生物学国家重点实验室上海200032 浙江大学城市学院药学系杭州310015

胶质瘤是最常见的脑肿瘤,前体mRNA可变剪接可能在不同类型胶质瘤的发生、恶化以及侵入中发挥作用.参与调控胶质瘤中前体mRNA可变剪接的因素包括顺式元件如内含子剪接抑制序列(ISS)、外显子剪接抑制序列(ESS)等,反式因子包括SRp55、SC35... 详细信息

胶质瘤是最常见的脑肿瘤,前体mRNA可变剪接可能在不同类型胶质瘤的发生、恶化以及侵入中发挥作用.参与调控胶质瘤中前体mRNA可变剪接的因素包括顺式元件如内含子剪接抑制序列(ISS)、外显子剪接抑制序列(ESS)等,反式因子包括SRp55、SC35、SF2/ASF、PTB等剪接调节因子.近期的研究进展发现,有多种与胶质瘤相关的基因受到可变剪接的调控,包括肿瘤抑制因子、肿瘤促进因子、酶、受体、离子通道等.因此,研究胶质瘤中的前体mRNA可变剪接将有利于深入了解胶质瘤发生的分子机制、有利于为胶质瘤的早期诊断和治疗提供新的潜在靶点.

关键词：胶质瘤前体mRNA 可变剪接顺式元件反式因子

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可变剪接在植物响应胁迫中的作用

植物生理学报 2020年第6期56卷 1201-1211页

作者：宋凝曦张晓敬陆佳岚李霞谢寅峰南京林业大学生物与环境学院南京210037 江苏省农业科学院粮食作物研究所/江苏省优质水稻工程技术研究中心/国家水稻改良中心南京分中心南京210014 江苏省粮食作物现代产业技术协同创新中心江苏扬州225009 南京师范大学生命科学学院南京210023 南京师范大学金陵女子学院南京210023

可变剪接(alternative splicing,AS)是一种生物体基因转录调控的新方式,在植物中的许多基因均被发现存在,其在植物生长发育中的作用已有总结。本文进一步总结了AS在植物响应生物和非生物逆境中的作用及其调节机制,旨在加深可变剪接参与... 详细信息

可变剪接(alternative splicing,AS)是一种生物体基因转录调控的新方式,在植物中的许多基因均被发现存在,其在植物生长发育中的作用已有总结。本文进一步总结了AS在植物响应生物和非生物逆境中的作用及其调节机制,旨在加深可变剪接参与植物重要生命过程的认识,并展望了相关研究未来的研究方向。

关键词：可变剪接逆境胁迫生长发育植物

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基于可变剪接紊乱的乳腺癌亚型预测分析

电子与信息学报 2020年第6期42卷 1348-1354页

作者：许鹏王兵方刚石晓龙刘文斌广州大学计算科技研究院广州510006 温州大学计算机与人工智能学院温州325035 黔南民族师范学院计算机与信息学院都匀558000

可变剪接与多种复杂疾病的发生、发展存在密切的联系,包括肿瘤在内的多种疾病的产生往往伴随着可变剪接的紊乱发生。现有的乳腺癌亚型分析主要是基于单个剪接异构体出发,缺少考虑亚型之间由于可变剪接紊乱造成剪接异构体在整体分布上的... 详细信息

可变剪接与多种复杂疾病的发生、发展存在密切的联系,包括肿瘤在内的多种疾病的产生往往伴随着可变剪接的紊乱发生。现有的乳腺癌亚型分析主要是基于单个剪接异构体出发,缺少考虑亚型之间由于可变剪接紊乱造成剪接异构体在整体分布上的差异。因此该文提出了基于可变剪接紊乱的乳腺癌亚型预测方法,主要使用Jensen-Shannon(JS)散度来找寻亚型之间的可变剪接紊乱差异较大的基因,并构建反向传播(BP)神经网络模型对乳腺癌亚型进行分类。结果表明,该方法不仅能有效发现肿瘤异质性分子,在乳腺癌亚型分类方面也有较好的识别结果,其平均F1值达到0.89,且能为患者提供个性化乳腺癌亚型药物推荐。该文的研究将有效促进基于可变剪接紊乱的乳腺癌亚型研究的发展。

关键词：乳腺癌亚型预测可变剪接 Jensen-Shannon散度反向传播神经网络药物推荐