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系统生物学:面向系统的生物学研究

系统工程理论与实践 2005年第2期25卷 47-55页

作者：资治科孙之荣清华大学生物系生物信息学与系统生物学研究所北京100084

论文介绍了什么是系统生物学、系统生物学的简史、系统生物学的结构、内容、研究方法以及药物开发应用的前景.生物学研究正从分子生物学走向系统生物学,由精细的分解研究转向系统的整体研究.系统生物学研究整合各种生物信息的实验数据... 详细信息

论文介绍了什么是系统生物学、系统生物学的简史、系统生物学的结构、内容、研究方法以及药物开发应用的前景.生物学研究正从分子生物学走向系统生物学,由精细的分解研究转向系统的整体研究.系统生物学研究整合各种生物信息的实验数据、建立数学模型,并通过实验验证、完善模型,最终预测生物的系统的行为.

关键词：系统生物学系统建模细胞信号转导药物开发

蛋白质中较频繁发生的β发夹结构（β—Hairpins）模式──蛋白质超二级结构（MOTIF）研究（Ⅲ）

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生物物理学报 1994年第4期10卷 665-670页

作者：孙之荣清华大学生物科学与技术系

分析了２４０个分辨率在２．５Ａ以上的高精度蛋白结构，研究了α螺旋和β折叠的连接短肽中的β发夹结构模式。首先对较频繁发生的超二级结构组中的Ｅ—ｌｏｏｐ—Ｅ［１］（即β回折结构－βＴｕｒｎ）进行了分析，对每一种β回折结构... 详细信息

分析了２４０个分辨率在２．５Ａ以上的高精度蛋白结构，研究了α螺旋和β折叠的连接短肽中的β发夹结构模式。首先对较频繁发生的超二级结构组中的Ｅ—ｌｏｏｐ—Ｅ［１］（即β回折结构－βＴｕｒｎ）进行了分析，对每一种β回折结构的氢键长度进行了计算，然后将其模型化。在对β发夹模型化的分析中，同时考虑了连接短肽的长度和氢键模式两个因素。找出了在２４０个蛋白样本库中较常发生的β发夹结构的模式。该结果对结构比较模型、Ｘ衍射晶体结构的解析，以及β发夹结构的预测有一定意义。

关键词：连裂短肽 α螺旋 β折叠 β发夹结构蛋白

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蛋白质α螺旋和β折叠连接多肽的分类

清华大学学报（自然科学版） 1994年第6期34卷 58-62页

作者：孙之荣清华大学生物科学与技术系

α螺旋和β折叠连接多肽在蛋白结构中起着十分重要的作用。本文对２４０个分辨率在０．２５ｎｍ以上较高精度结构的蛋白中α螺旋和β折叠的连接多肽进行了分类研究。在杂乱无序的连接多肽中识别出普遍发生的类型，并对它们的特征进行了... 详细信息

α螺旋和β折叠连接多肽在蛋白结构中起着十分重要的作用。本文对２４０个分辨率在０．２５ｎｍ以上较高精度结构的蛋白中α螺旋和β折叠的连接多肽进行了分类研究。在杂乱无序的连接多肽中识别出普遍发生的类型，并对它们的特征进行了系统研究，分析了它们的结构作用。本文的结果，对蛋白质结构预测和结构比较模型有一定价值，对蛋白质工程定位诱变区规律的探索有一定意义。

关键词：连结多肽 α螺旋 β折叠蛋白质

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蛋白质中频繁发生的超二级结构模式

科学通报 1994年第24期39卷 2260-2263页

作者：孙之荣清华大学生物科学与技术系北京100084

近年来,高分辨X射线衍射的蛋白构象分析表明,超二级结构的构象类型是有限的.本文对240个分辨率在0.25nm以上的较高精度蛋白结构中的超二级结构进行了系统分析,识别出频繁发生的超二级结构模式.最普遍发生的共11种超二级结构.依其在蛋白... 详细信息

近年来,高分辨X射线衍射的蛋白构象分析表明,超二级结构的构象类型是有限的.本文对240个分辨率在0.25nm以上的较高精度蛋白结构中的超二级结构进行了系统分析,识别出频繁发生的超二级结构模式.最普遍发生的共11种超二级结构.依其在蛋白结构中的作用,它们属于4类.研究表明超二级结构模式与α螺旋和β折叠之间的连接短肽(Loop)的长度、与连接短肽残基的构象、与连接短肽所连接的二级结构元件的类型有关;

关键词：连接短肽超二级结构蛋白质数据库

蛋白质中原子与基团的可及性的一种新计算方法及其应用

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生物物理学报 1996年第3期12卷 471-476页

作者：孙之荣郭青清华大学

实现了一种新的蛋白质中原子层次可及面积的计算方法－Ｍｏｎｔｅ－Ｃａｒｌｏ模拟方法。计算了溶菌酶各个原子与功能基团的可及性，并应用于蛋白质结构和功能的研究中。使得对蛋白质性能的预测更准确，提供了一种对蛋白质结构和功能研... 详细信息

实现了一种新的蛋白质中原子层次可及面积的计算方法－Ｍｏｎｔｅ－Ｃａｒｌｏ模拟方法。计算了溶菌酶各个原子与功能基团的可及性，并应用于蛋白质结构和功能的研究中。使得对蛋白质性能的预测更准确，提供了一种对蛋白质结构和功能研究的新思路。

关键词：蛋白可及性结构原子计算

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探索基因组学、蛋白质组学和生物信息学 4

Isomap在基因表达谱数据聚类分析中的应用

2004年

作者：（美）A.马尔科姆·坎贝尔（A.Malcolm Campbell）（美）劳里 J.海尔（Laurie J.Heyer）孙之荣主译

本书围绕对基因组学、蛋白质组学和生物信息学的介绍展开，介绍了近年来生物学及医学生物学研究方法中的发展。

ISBN: (纸本)7030129210

本书围绕对基因组学、蛋白质组学和生物信息学的介绍展开，介绍了近年来生物学及医学生物学研究方法中的发展。

关键词：蛋白质研究生物信息论基因组

来源：畅想之星图书光盘版（南... 评论

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清华大学学报（自然科学版） 2004年第9期44卷 1286-1289页

作者：袁远季星来孙之荣李衍达清华大学生物信息学教育部重点实验室

基因表达谱数据的聚类分析对于研究基因功能和基因调控机制有重要意义。基于非线性降维算法等容特征映射 ,提出了一种新的大规模基因表达谱数据聚类算法 ,该方法改进了样本向量之间的距离度量 ,用测地距离代替传统的欧式距离 ,有助于挖... 详细信息

基因表达谱数据的聚类分析对于研究基因功能和基因调控机制有重要意义。基于非线性降维算法等容特征映射 ,提出了一种新的大规模基因表达谱数据聚类算法 ,该方法改进了样本向量之间的距离度量 ,用测地距离代替传统的欧式距离 ,有助于挖掘高维数据内在的几何结构。将该算法应用于两个公开的基因表达数据集 ,并用一种新的评价方法Normalized Cut将聚类结果与其他聚类方法的结果进行了比较。结果表明 ,该文的聚类算法优于其他聚类算法 ,聚类结果具有明显的生物学意义。

关键词：基因表达谱等容特征映射 k均值算法聚类算法

锌指结构域序列的进化生成模拟——遗传算法在蛋白质结构研究中的应用

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科学通报 1997年第17期42卷 1871-1874页

作者：孙之荣韩浩清华大学生物科学与技术系生物膜与膜工程国家重点实验室北京100084

遗传算法(Genetic algorithms, GA)是具有高频率的搜索机制的算法.遗传算法不仅为蛋白质结构研究提供了一种全局自适应搜索算法,使能量最低状态(按热力学假说,蛋白质的天然状态的能量最低)的搜索更加方便,而且为我们提供了一种新的想法... 详细信息

遗传算法(Genetic algorithms, GA)是具有高频率的搜索机制的算法.遗传算法不仅为蛋白质结构研究提供了一种全局自适应搜索算法,使能量最低状态(按热力学假说,蛋白质的天然状态的能量最低)的搜索更加方便,而且为我们提供了一种新的想法和研究思路.通过应用遗传算法对锌指结构域序列进行进化模拟,成功地从随机产生的氨基酸序列中,进化生成了一些潜在的锌指结构域序列,不仅在一定意义上证明了氨基酸序列起源的随机性,而且对遗传算法在大规模解空间的搜索能力进行了测试.

关键词：遗传算法锌指结构域进化模拟蛋白质结构

药物活性谱与基因表达谱在细胞子集中秩相关性的鉴定

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东北林业大学学报 2003年第1期31卷 29-30页

作者：包雷孙之荣清华大学北京100084

为寻找药物和基因之间具有生物学意义的关联 ,提出了一种判别药物活性谱与基因表达谱在细胞系子集中的局部相关性的策略。细胞子集的划分采用多尺度聚类算法 ,在细胞子集上相关的统计显著性判别采用Spearman秩相关系数的检验。实验表明... 详细信息

为寻找药物和基因之间具有生物学意义的关联 ,提出了一种判别药物活性谱与基因表达谱在细胞系子集中的局部相关性的策略。细胞子集的划分采用多尺度聚类算法 ,在细胞子集上相关的统计显著性判别采用Spearman秩相关系数的检验。实验表明该方法具有更好的从中发现有用信息的能力。

关键词：药物活性谱基因表达谱细胞子集药物基因对局部相关秩相关检验分子药理学