独立成分方法预测TAP分子的结合肽

作     者：贾舒 

作者单位：大连理工大学 

学位级别：硕士

导师姓名：刘伟

授予年度：2019年

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100102[医学-免疫学] 10[医学] 

主      题：TAP分子 抗原肽 MHC分子 独立成分分析 

摘      要：在适应性免疫应答中,主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)I类分子能够呈递抗原肽,主要依赖与抗原加工相关的转运蛋白(transporter associated with antigen processing,TAP)分子能够将抗原肽从胞质溶胶转运到内质网(endoplasmic reticulum,ER)中。TAP是TAP1与TAP2的异二聚体,每个亚基由疏水性跨膜结构域TMD和细胞质核苷酸结合结构域NBD组成,其中核心TMD内含有肽结合位点。TAP转运抗原肽至少包含两个过程:肽与TAP的初始结合以及肽在ATP水解作用下的易位。随后MHC I类分子与抗原肽结合的复合物被呈递至细胞表面供CD8+T细胞特异性识别,从而启动免疫应答。采用基于负熵最大化的独立成分分析方法建立TAP分子与抗原肽相互作用的定量构效关系模型,可以减少样本数据之间的相关性,最大化满足统计独立。从数据库中提取613个九肽数据集作为实验样本,分别采用代表氨基酸理化性质(亲疏水性、空间特性及带电性等)的3z、5z编码以及氨基酸的稀疏编码三种方式对氨基酸编码。计算结果得出预测模型的AUC值为0.88,且TAP分子与抗原肽结合的特异性主要体现在P1、P2、P3和P9位置,P7位置的氨基酸也有一定的影响。