柑橘衰退病毒基因组的简单重复序列分布分析

作     者：赵哲 谭钟扬 李世访 王红清 ZHAO Zhe;TAN Zhong-yang;LI Shi-fang;WANG Hong-qing

作者机构：中国农业大学农学与生物技术学院果树系北京100193 中国农业科学院植物保护研究所 植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193 湖南大学湖南长沙410082 

出 版 物：《生物信息学》 (Chinese Journal of Bioinformatics)

年 卷 期：2013年第11卷第3期

页      面：237-242页

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 

主　　题：柑橘衰退病毒 简单重复序列 植物病毒 

摘      要：柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)属于长线性病毒科(Closteroviridae),是目前已知植物病毒中基因组最大的病毒,其引起的柑橘衰退病对全世界的柑橘产业造成着严重影响。本文以在GenBank登录的32条全长CTV基因组序列为材料,分析简单重复序列(Simple Sequence Repeats,SSRs)在其基因组序列中的分布情况。研究结果显示,在所有的CTV基因组中均有SSRs的分布,SSRs重复次数较少,二型SSRs占主导地位,未在CTV基因组序列中发现五型和六型SSRs。在32条基因组全长序列中仅在5条序列中发现四型SSRs。这是首次以柑橘病毒为材料进行的SSRs分析研究。