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简单重复序列区间(ISSR)引物反应条件优化与筛选

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热带亚热带植物学报 2003年第1期11卷 15-19页

作者：余艳陈海山葛学军中国科学院华南植物研究所广东广州510650

以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的... 详细信息

以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的PCR反应条件。用100个ISSR引物进行了PCR扩增,筛选出效果较好的15个引物,得到121个位点,其中43个多态位点,多态位点比例为36%。

关键词：简单重复序列基因组豆科 ISSR 引物筛选沙冬青

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拟南芥与水稻之间简单重复序列的比较分析

Acta Botanica Sinica 2004年第5期46卷 603-609页

作者：李璨韩斌中国科学院国家基因研究中心，上海200233

利用Perl，C++语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序，在全基因组水平上分析了拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)简单重复序列的分布及简单重复序列和基因的关系。共发现5652个简单重复序列(≥20bp)，大约每20．6kb有1个简单重... 详细信息

利用Perl，C++语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序，在全基因组水平上分析了拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)简单重复序列的分布及简单重复序列和基因的关系。共发现5652个简单重复序列(≥20bp)，大约每20．6kb有1个简单重复序列。拟南芥各染色体之间简单重复序列的密度基本一致。拟南芥的27480条编码序列中，只有677条编码序列含有。725个简单重复序列，其中的3碱基简单重复序列多数对应的是小的亲水性的氨基酸。在拟南芥和水稻(Dryza saaiva L.)第4号染色体的高度保守的基因中，简单重复序列却并不保守。通过比较拟南芥和水稻之间简单重复序列的差异，推论出：水稻的全基因组和基因中简单重复序列的密度都比拟南芥大，这可能是水稻基因组序列比拟南芥大的原因之一，水稻基因组中0．21％来自简单重复序列，而拟南芥中只有0．13％；不但不同物种的基因组对简单重复序列的偏好性不同，而且不同物种的基因对简单重复序列的偏好性也不同。在水稻和拟南芥中都发现了一些嵌套性的卫星序列。

关键词：拟南芥水稻简单重复序列基因组

核盘菌和灰葡萄孢基因组中的简单重复序列分析

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遗传 2007年第9期29卷 1154-1160页

作者：李伟陈怀谷张爱香陈丽华姜伟丽江苏省农业科学院植物保护研究所南京210014

利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magna... 详细信息

利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)和黑粉菌(Ustilago maydis)等几种植物病原真菌基因组中的SSRs进行了比较。结果表明:核盘菌和灰葡萄孢基因组中的SSRs非常丰富,分别为6539和8627个,并且在结构类型和分布规律上具有一定的相似性;与其他几种病原真菌相比,核盘菌和灰葡萄孢基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,从而使得这两种真菌具有更高的变异性。同时,我们发现真菌基因组中SSRs的丰度与基因组的大小及GC含量没有必然的关系。文章对核盘菌和灰葡萄孢基因组中SSRs的丰度、出现频率及最长基序的分析为快速、便捷地设计多态性丰富的SSRs引物提供了有益的信息。

关键词：核盘菌灰葡萄孢简单重复序列群体遗传学

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大花蕙兰种质资源的简单重复序列标记分析

浙江大学学报（农业与生命科学版） 2022年第1期48卷 21-28页

作者：沈竑哲李春楠傅巧娟崔海瑞浙江大学农业与生物技术学院原子核农业科学研究所杭州310058 杭州市农业科学研究院园艺研究所杭州310024

利用蕙兰(Cymbidium faberi)转录组数据设计了68对微卫星即简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)标记引物,从中筛选25对扩增稳定、多态性好的引物,并对41个大花蕙兰(C. hybridum)品种的遗传多样性进行了分析。结果显示:试验共扩增... 详细信息

利用蕙兰(Cymbidium faberi)转录组数据设计了68对微卫星即简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)标记引物,从中筛选25对扩增稳定、多态性好的引物,并对41个大花蕙兰(C. hybridum)品种的遗传多样性进行了分析。结果显示:试验共扩增出187个条带,其中171条(占91.44%)为多态性条带,平均每对引物扩增多态性条带6.84条;平均每对SSR标记显示的多态性信息含量值和基因型数分别为0.770 3和12.88。41份大花蕙兰种质资源之间的遗传相似系数为0.57~0.99,平均值为0.72。利用非加权成对算术平均法建立了聚类图,在遗传相似系数0.71处可将供试材料分为5类,分类结果与植株大小、花枝类型及花色等性状相关。上述分析结果较好地揭示了大花蕙兰品种间的遗传多样性与亲缘关系,这些新开发的SSR标记可为大花蕙兰分子育种提供有用的工具。

关键词：大花蕙兰简单重复序列遗传多样性聚类分析

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中国李简单重复序列(SSR)反应体系的建立

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植物生理学通讯 2004年第1期40卷 83-86页

作者：乔玉山章镇沈志军房经贵郭洪南京农业大学园艺学院南京210095 江苏省农业科学院园艺研究所南京210014

探讨中国李品种美丽李(Prunus salicina ‘Beauty’)简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)反应体系中5种主要成分浓度对反应产物的影响。结果表明，引物对中国李有通用性，25μ LSSR反应体系中，Taq DNA酶、Mg^2+、每个引物、模板... 详细信息

探讨中国李品种美丽李(Prunus salicina ‘Beauty’)简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)反应体系中5种主要成分浓度对反应产物的影响。结果表明，引物对中国李有通用性，25μ LSSR反应体系中，Taq DNA酶、Mg^2+、每个引物、模板DNA和dNTPs等5种成分的适宜浓度分别是：1．5U、2．0mmol·L^-1、0．8μmol·L^-1、30～40ng和0．16～0．24mmol·L^-1。

关键词：中国李 SSR 反应体系简单重复序列

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基因组中的简单重复序列

陕西师范大学学报（自然科学版） 2004年第S2期32卷 16-20页

作者：陈茹冰黄原陕西师范大学生命科学学院陕西西安710062

简单重复序列广泛分布于原核和真核基因组.目前认为SSR主要由DNA复制时聚合酶滑动导致链错配而形成.SSR在基因组中有其特定作用.某些细菌利用SSR获得"应急基因",以适应环境变化.而在真核基因组中,SSR被发现可作为功能性的编码和调控元... 详细信息

简单重复序列广泛分布于原核和真核基因组.目前认为SSR主要由DNA复制时聚合酶滑动导致链错配而形成.SSR在基因组中有其特定作用.某些细菌利用SSR获得"应急基因",以适应环境变化.而在真核基因组中,SSR被发现可作为功能性的编码和调控元件.启动子区域的SSR在其基因表达中起增强子作用.由于SSR具有高度多态性,所以可作为一种良好的分子标记应用于各个领域.目前已对果蝇、线虫、酵母等模式生物做了全基因组范围的SSR探查.这些工作提供了大量的SSR分子标记,为其更细致广泛的应用奠定了基础.该文就SSR的特征、组成、进化机制以及功能和应用做了介绍和探讨.

关键词：简单重复序列基因组 SSR 分子标记

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水稻白叶枯病菌基因组简单重复序列分析

安徽农业科学 2009年第20期37卷 9387-9390页

作者：樊颖伦吕山花刘立科聊城大学农学院山东聊城252000 聊城大学生命科学院山东聊城252000

［目的］分析水稻白叶枯病菌基因组中的串联简单重复序列（simple sequence repeats，SSRs），为其在白叶枯病菌基因组分析和遗传多样性研究提供标记信息。［方法］利用开放的基因组数据库资源，对已完成测序的3个白叶枯病菌菌株KACC10... 详细信息

［目的］分析水稻白叶枯病菌基因组中的串联简单重复序列（simple sequence repeats，SSRs），为其在白叶枯病菌基因组分析和遗传多样性研究提供标记信息。［方法］利用开放的基因组数据库资源，对已完成测序的3个白叶枯病菌菌株KACC10331、MAFF311018和PXO99^A进行系统的比较分析，包括基因组中SSR的结构类型、分布、丰度等;并以实例解读了在应用中可能遇到的问题。［结果］在这3个白叶枯病菌菌株的基因组中，由1～6个核苷酸为基序的SSR序列分别有940、926和1 035个;平均每隔5.26、5.34和5.06 kb的距离就有1个大于15 bp的SSR序列。在1～6个核苷酸为基序的SSR序列中，数量最多的是6碱基重复，其次分别是3、5、4、2碱基重复序列，而单碱基重复数目极少。在这3个菌株的基因组中，种类丰富、变异性高的是4、5、6个核苷酸的重复基序，但等位序列上3种菌株间的基序可能不同。［结论］3种白叶枯病菌菌株的SSR在结构类型和分布规律上均具有一定的相似性。

关键词：水稻白叶枯病菌基因组简单重复序列

甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测

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南京医科大学学报（自然科学版） 2013年第1期33卷 42-47页

作者：吴静丁勇刘成友南京医科大学数学与计算机教研室江苏南京210029 南京医科大学生物医学工程系江苏南京210029

目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970～2... 详细信息

目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970～2007年38条同源性相对较高的甲流H1N1流感病毒HA核苷酸序列中SSRs的相对丰度和相对密度进行拟合,建立时间序列模型,用模型对2008～2010年SSRs的相对丰度和相对密度进行预测,并用实际数据评估模型预测效果,进而预测2011年数据。结果:ARIMA模型较好地拟合了既往相对丰度和相对密度的实际序列,对2008～2010年的相对丰度和相对密度的预测也获得了较好的预测效果。结论:ARIMA模型能较好地模拟甲型H1N1流感病毒HA基因中SSRs的相对丰度和相对密度的变动趋势,可用于SSRs相对丰度和相对密度值的短期预测和动态分析。

关键词：时间序列 ARIMA模型简单重复序列甲型H1N1流感病毒预测

利用简单重复序列分子标记分析我国侧耳栽培菌株的遗传多样性(英文)

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食用菌学报 2012年第2期19卷 15-25页

作者：吴丹丹张震张瑞颖胡丹丹顾金刚胡清秀左雪梅安徽农业大学生命科学学院安徽合肥230036 农业部农业微生物资源收集与保藏重点实验室中国农业科学院农业资源与农业区划研究所北京100081 北京市科学技术研究院北京100089

采用FIASCO方法,从糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)菌株ACCC 50838分离简单重复序列分子标记(Simple sequence repeat,SSR),所得标记用于分析我国52个侧耳(平菇)栽培菌株多样性,对于SSR标记相同的菌株再进行ISSR PCR分析。结果表明:18个... 详细信息

采用FIASCO方法,从糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)菌株ACCC 50838分离简单重复序列分子标记(Simple sequence repeat,SSR),所得标记用于分析我国52个侧耳(平菇)栽培菌株多样性,对于SSR标记相同的菌株再进行ISSR PCR分析。结果表明:18个SSR标记在供试菌株中的等位基因的数量为3～12个,多态性指数(PIC)为0.34～0.84;除了2组(ACCC50618,ACCC 50866和ACCC 50915;ACCC 50249和ACCC50476)共5个菌株之外,其他47个菌株都能利用这18个SSR标记进行有效的鉴别。SSR标记相同的的菌株,其ISSR、体细胞不亲合性和出菇性状(温型、菌盖颜色)也相同,这些菌株可能是同物异名。利用这18个SSR标记分析52个菌株的遗传多样性,相似性指数为0.755～0.9995。根据相似性指数进行聚类分析,52个菌株分成两个大的类群,分别为糙皮侧耳(***)和肺形侧耳(***)。结合这些栽培菌株的农艺性状和SSR分子标记的聚类分析结果,我国平菇栽培菌株的遗传多样性非常丰富。研究表明SSR分子标记技术在平菇遗传多样性和菌株鉴别中具有广泛的应用前景。

关键词：简单重复序列平菇类糙皮侧耳肺形侧耳遗传多样性鉴别