绵羊肝脏、肺脏细粒棘球蚴原头节miRNA表达特征分析

作     者：付世强 樊海宁 王海久 周瀛 曹得萍 李衍飞 王志鑫 任利 FU Shi-qiang;FAN Hai-ning;WANG Hai-jiu;ZHOU Ying;CAO De-ping;LI Yan-fei;WANG Zhi-xin;REN Li

作者机构：青海大学附属医院肝胆胰外科西宁810000 青海大学医学院西宁810000 青海省包虫病研究重点实验室西宁810000 

出 版 物：《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 (Chinese Journal of Parasitology and Parasitic Diseases)

年 卷 期：2019年第37卷第2期

页      面：137-143页

核心收录：

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：青海省科技厅项目(No.2015-ZJ-743)~~ 

主　　题：细粒棘球绦虫 miRNA 表达特征分析 

摘      要：目的分析绵羊肝脏及肺脏分离的细粒棘球蚴原头节(HPSC、 LPSC)的微小RNA (miRNA)表达情况,筛选出寄生部位特异性miRNA,为后续miRNA生物信息学分析提供依据。方法从西宁市郊屠宰场采集带有包囊的新鲜绵羊肝脏、肺脏,经分离、过滤、沉淀获得棘球蚴原头节。用TRIzol法提取原头节总RNA,构建HPSC、 LPSC小片段RNA (sRNA)文库,采用高通量测序技术进行深度测序,将测序获得的原始数据与miRBase、 Pre-miRNA、 RFam、 Repbase等4个公共数据库进行比对,获得已知miRNA的注释信息。利用mfold软件预测未比对上任何注释信息的miRNA的二级结构。比较HPSC、 LPSC中miRNA表达量的差异。结果 HPSC和LPSC文库分别获得10 182 508条和11 133 735条有效序列,大部分序列长18～22 nt。其中22 nt的序列最多,分别占20.9%(2 128 728/10 182 508)和24.6%(2 737 570/11 133 735); 19 nt及21 nt次之,分别占14.0%(1 429 846/10 182 508)、18.5%(1 880 607/10 182 508)和16.9%(1 875 698/11 133 735)、 16.9%(1 885 560/11 133 735)。在HPSC和LPSC文库中,细粒棘球蚴原头节已知miRNA分别有87条和79条,新miRNA分别占341条和339条,与其他寄生虫(日本血吸虫、曼氏血吸虫、扁虫及三代虫等)保守的miRNA分别有58条和62条。在细粒棘球蚴原头节已知miRNA中,除egr-miR-36a-3p、 egr-miR-36b-3p、 egr-miR-10229a-5p、 egr-miR-10233-5p、 egr-miR-10240-3p、 egr-miR-10243-5p、 egr-mir-10252-5p、 egr-mir-10287-5p等8个miRNA在HPSC中特异表达外,其余miRNA在2个文库均表达且表达量一致;在与其他寄生虫保守的miRNA中,有50条在HPSC和LPSC中均表达,有8条和12条分别在2个文库中特异表达。在新的miRNA中,在HPSC和LPSC文库特异表达的分别为78和76条。HPSC和LPSC文库共筛选出miRNA 574条,其中392条miRNA在2个文库中均表达,表达量居前10位的为egr-miR-1-5p、 egrmiR-2a-3p、 egr-miR-2c-3p、 egr-miR-2b-3p、 egr-miR-7-5p、 egr-let-7-5p、 egr-miR-7b-5p、 egr-miR-9-5p、 egrmiR-9-3p、 egr-miR-10a-5p。LPSC与HPSC文库相比较, LPSC有124条miRNA上调2倍以上, 30条miRNA下调0.5倍以下。在筛选出的miRNA中, HPSC和LPSC中分别有94条和88条特异表达。结论本研究发现HPSC及LPSC中存在特异表达miRNA。