生物信息分析细粒棘球绦虫EgA31蛋白T细胞及B细胞的优势抗原表位

作     者：赵骁 张峰波 王红英 闫芳 安梦婷 李玉娇 庞楠楠 丁剑冰 Zhao Xiao;Zhang Fengbo;Wang Hongying;Yan Fang;An Mengting;Li Yujiao;Pang Nannan;Ding Jianbing

作者机构：新疆医科大学基础医学院新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市830011 新疆医科大学第一附属医院检验科新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市830054 新疆医科大学第一附属医院呼吸科新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市830054 新疆医科大学第一附属医院血液科新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市830054 

出 版 物：《中国组织工程研究》 (Chinese Journal of Tissue Engineering Research)

年 卷 期：2019年第23卷第7期

页      面：1078-1083页

学科分类：0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 08[工学] 1010[医学-医学技术（可授医学、理学学位）] 0836[工学-生物工程] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(81460307) 项目负责人:丁剑冰 国家自然科学基金(31560262) 新疆维吾尔自治区包虫病重点实验室基金项目(XJDX0202-2010-04)~~ 

主　　题：细粒棘球蚴 包虫病 EgA31 生物信息技术 T细胞表位 B细胞表位 蛋白质二级结构 蛋白质三级结构 疫苗 优势抗原表位 组织构建 棘球蚴病 T淋巴细胞 B淋巴细胞 表位 蛋白质结构,二级 蛋白质结构,三级 组织工程 

摘      要：背景:EgA 31蛋白是参与成虫吸盘肌收缩的一类蛋白,是细粒棘球蚴绦虫保护性免疫中重要的候选疫苗分子。目的:应用生物信息学方法对细粒棘球绦虫EgA31蛋白进行分析,预测其可能的T细胞及B细胞优势抗原表位。方法:从GenB ank中获取EgA31蛋白的氨基酸序列(GenB ank登记号为AAC21558.1),利用ProtParam在线程序分析EgA31蛋白的分子质量、理论等电点、氨基酸组成、原子组成、消光系数、不稳定系数和总平均疏水性,DNAstar Protein模块、SOPMA在线服务器分析蛋白二级结构,Phyre的同源建模服务器预测其蛋白质三级结构,最后通过ABCpred、BepiPred、SYFPEITHI、IDBE等软件联合预测细粒棘球绦虫EGA31蛋白的T细胞及B细胞的优势抗原表位。结果与结论:(1)EgA31蛋白由601个氨基酸组成,其中含有112个强碱性氨基酸,121个强酸性氨基酸,归类为不稳定且亲水性蛋白;(2)在线分析发现,EgA31蛋白的二级结构中α-螺旋约占82.36%,延长链约占4.16%,β-转角约占3.16%,无规则卷曲约占10.32%;(3)通过ABCpred、Bepi Pred、SYFPEITHI、IDBE等软件联合分析后预测了4段优势T细胞抗原、6段优势B细胞抗原以及1段T-B细胞联合表位;(4)生物学信息方法能较为全面地预测细粒棘球绦虫EgA31蛋白的优势T细胞及B细胞抗原表位,为进一步研制疫苗和检测试剂奠定了基础。