检索结果-南通市图书馆

维普期刊数据库博看期刊

人体疟原虫乳酸脱氢酶基因多态性及b细胞表位预测

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国血吸虫病防治杂志 2022年第1期34卷 28-35页

作者：黄和荣董莹邓艳徐艳春陈梦妮刘言张苍林安徽医科大学临床医学院基础医学部安徽合肥230031 云南省寄生虫病防治所、云南省疟疾研究中心、云南省虫媒传染病防控研究重点实验室云南普洱665000

目的分析4种人体疟原虫乳酸脱氢酶(Plasmodium lactate dehydrogenase,pLDH)基因多态性并预测pLDH肽链b细胞抗原表位。方法收集传染病报告信息管理系统中登记的云南省疟疾病例血样和流行病学等信息。采用巢式PCR技术扩增4种人体疟原虫p... 详细信息

目的分析4种人体疟原虫乳酸脱氢酶(Plasmodium lactate dehydrogenase,pLDH)基因多态性并预测pLDH肽链b细胞抗原表位。方法收集传染病报告信息管理系统中登记的云南省疟疾病例血样和流行病学等信息。采用巢式PCR技术扩增4种人体疟原虫pLDH基因并测序,应用MEGA 7.0.26和DnaSP 5.10软件分析4种人体疟原虫p LDH基因DNA序列多态性,并采用免疫表位数据库(IEDb)预测pLDH肽链b细胞抗原表位。结果分别从153份间日疟、29份恶性疟、17份卵形疟和11份三日疟患者血样中获得间日疟原虫LDH(PvLDH)、恶性疟原虫LDH(PfLDH)、卵形疟原虫LDH(PoLDH)、三日疟原虫LDH(PmLDH)基因测序序列,分别定义15、2、4、2种单倍型,核苷酸多样性指数(π)为0.104。Po LDH基因种内分化程度较高,π为0.012;PvLDH、PfLDH和PmLDH基因π值均b细胞抗原活性区,活性得分约0.430;其中活性区短肽"86-PGKSDKEWNRD-96"为4种人体疟原虫共有的b细胞抗原表位,"266-GQYGHS(T)-271"仅出现在PvLDH和PoLDH肽链,PvLDH、PfLDH肽链特有的b细胞抗原表位分别是"212-EEVEGIFDR-220"和"208-LISDAE-213"。结论PoLDH基因多态性可能来自微弱的负向纯化选择,PvLDH、PfLDH、PmLDH基因则可能维持了相对保守状态。p LDH肽链近C端可能存在可区分间日疟、恶性疟原虫感染的b细胞抗原表位"212-EEVEGIFDR-220"和"208-LISDAE-213"。

关键词：人体疟原虫乳酸脱氢酶基因多态性 b细胞表位表位预测

维普期刊数据库

乳房链球菌GapC蛋白的表达及其b细胞抗原表位的预测与鉴定

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物工程学报 2022年第1期38卷 148-159页

作者：王汉青张雪静张欢陈晓萌张宝江苏艳新疆农业大学动物医学学院新疆乌鲁木齐830052

乳房链球菌Streptococcus uberis的GapC蛋白是一种位于该菌表面的具有甘油醛-3-磷酸脱氢酶活性的蛋白,其参与细胞活动,表现出多种生物学活性,此外还具有良好的抗原性。文中旨在对乳房链球菌GapC蛋白可能的b细胞抗原表位进行预测,分析和... 详细信息

乳房链球菌Streptococcus uberis的GapC蛋白是一种位于该菌表面的具有甘油醛-3-磷酸脱氢酶活性的蛋白,其参与细胞活动,表现出多种生物学活性,此外还具有良好的抗原性。文中旨在对乳房链球菌GapC蛋白可能的b细胞抗原表位进行预测,分析和验证候选表位肽的免疫原性。利用S. uberis分离株RF5-1克隆gapC基因,构建重组表达质粒pET-28a-GapC,诱导表达GapC重组蛋白,并以纯化蛋白免疫家兔,获得抗GapC多抗。利用生物信息学软件预测并分析GapCb细胞抗原表位的三维结构和空间位置及对GapC蛋白及表位的同源性比较。结果表明,表达纯化了44kDa的GapC蛋白具有良好的反应性。利用表位预测软件筛选并合成针对S.uberisGapC蛋白的6个线性和3个构象优势b细胞表位多肽,三维结构的分析显示,筛选的多肽具有良好的抗原表位形成条件。以纯化的S.uberis GapC蛋白免疫家兔制备多抗,通过间接ELISA对抗原表位进行鉴定。ELISA检测结果显示,9条抗原表位肽均可不同程度地与抗GapC多抗反应,其中表位^(266)AANDSYGYTEDPIVSSD^(282)与多抗反应水平显著高于其他表位。研究结果为深入了解S.uberis GapC蛋白的免疫学特性和利用其有效抗原表位奠定了基础。

关键词：乳房链球菌 GapC蛋白原核表达 b细胞表位表位多肽

维普期刊数据库

梅毒螺旋体TP17蛋白的重组表达和b细胞表位研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

梅毒螺旋体TP17蛋白的重组表达和B细胞表位研究

作者：刘晶晶郑州大学

学位级别：硕士

背景和目的梅毒(Syphilis)是由梅毒密螺旋体苍白亚种(Treponemapallidum,TP)感染引起的一种性传播疾病,潜伏期可达10年以上,且潜伏期也具有传染性。梅毒在我国属于法定乙类传染病,2014至2019年,我国梅毒发病率由30.93/10万增长至38.37/1... 详细信息

背景和目的梅毒(Syphilis)是由梅毒密螺旋体苍白亚种(Treponemapallidum,TP)感染引起的一种性传播疾病,潜伏期可达10年以上,且潜伏期也具有传染性。梅毒在我国属于法定乙类传染病,2014至2019年,我国梅毒发病率由30.93/10万增长至38.37/10万,年均增长4.41%。国家卫生健康委网站数据显示,2021年我国共报告梅毒发病39586例,死亡5例。血清学检测是梅毒诊断、监测和治疗评估最常用的实验室技术。目前常用的血清诊断方法是快速血浆反应素试验(Rapid plasma reagin,RPR)和梅毒螺旋体颗粒凝集试验(Treponema pallidum particle agglutination assay,TPPA)。RPR以心磷脂作为抗原,检测血清中的抗心磷脂抗体,该方法诊断结果依赖主观判断,难以实现定量化检测,对早期梅毒漏检率高。TPPA主要检测梅毒特异性抗体,可用于疾病的确诊,但该方法是检测的特异性IgG抗体,不能用于判断疾病的活动性,要结合患者病史和临床症状来进行诊断。近年来酶联免疫吸附试验(ELISA)在梅毒的筛查中使用越来越多,该方法以梅毒外膜蛋白(outer membrane proteins,OMPs)为抗原,检测血清中梅毒特异性抗体,是一种简便、快捷和可数字化的诊断方法。外膜蛋白(outer membrane proteins,OMPs)是TP的主要抗原蛋白,主要包括 TP47(TP0574)、TP15(TP0171)、TP17(TP0435)、TP34(TP0971)及GlpQ(TP0257)等。其中,TP17蛋白(也称TP0435)是一种分子量约为17kDa的膜脂蛋白,约占TP可溶性蛋白的2%,具有较强的免疫原性,在梅毒感染的血清学诊断中具有重要的价值。本研究目的在于探索大肠杆菌重组表达TP17蛋白的方法,在此基础上研究重组TP17蛋白的抗原性和作为梅毒抗体诊断靶标的可行性,并进一步研究TP17蛋白b细胞抗原表位的分布,为梅毒人工抗原设计和ELISA检测方法的改进提供理论指导和技术支撑。方法1.采用大肠杆菌表达系统,以质粒pET-28a(+)为载体,重组表达TP17蛋白;以镍(NI)亲和纯化方法和分子筛方法纯化重组TP17蛋白;2.采用间接ELISA方法以10份TP患者阳性血清样本检测重组TP17蛋白的抗原性。3.采用 SOPMA、DNASTAR、SWISS-MODEL 及 IEDb 数据库 bepiPred-2.0等软件预测脂蛋白TP17的三级结构及线性b细胞表位;委托上海生工分段合成TP17多肽,用碳二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)将TP17多肽偶联到牛血清白蛋白(bSA)。4.采用间接ELISA方法检测TP17表位多肽与TP阳性临床血清的反应,分析TP17蛋白抗原表位分布。结果1.使用大肠杆菌表达系统重组表达了 TP17蛋白,重组蛋白分子量22kDa,大约10%左右的重组蛋白表达在大肠杆菌破碎菌体上清中,纯化后重组TP17蛋白纯度约为90%;2.重组TP17蛋白与临床血清反应,具有良好的抗原性;3.TP17蛋白具有丰富的b细胞抗原表位,合成的6段TP17多肽均与梅毒患者阳性血清样本发生特异反应,多肽TP17-1(AA21-AA50)包含表位Thr27-Glu38和Lys34-Ala35具有最好的抗原性。结论1.大肠杆菌bL21(DE3)和pET-28a(+)载体可用于表达重组TP17蛋白,分子量约22kDa,可溶性蛋白占10%,纯化后蛋白纯度约为90%,具有良好的抗原性;2.TP17蛋白具有丰富的b细胞抗原表位,其中多肽TP17-1包含的抗原表位Thr27-Glu38和Lys34-Ala35,在6个多肽中具有最好的抗原性,可用于设计梅毒人工抗原,提升梅毒ELISA检测技术的特异性和灵敏性。

关键词：梅毒螺旋体 TP17蛋白 b细胞表位重组蛋白

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白的b细胞及T细胞抗原表位的生物信息学分析

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

细胞与分子免疫学杂志 2023年第1期39卷 49-56页

作者：陶佳李莎莎杨继辉张婷瑞吕咏雪赵巍宁夏医科大学总医院医学实验中心宁夏常见传染病重点实验室宁夏银川750003

目的使用生物信息学方法预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白(S蛋白)的结构特点,并预测可能的b细胞和T细胞表位。方法从NCbI数据库中获取SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列,通过蛋白质基本性质分析工具ProtParam分析S蛋白... 详细信息

目的使用生物信息学方法预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白(S蛋白)的结构特点,并预测可能的b细胞和T细胞表位。方法从NCbI数据库中获取SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列,通过蛋白质基本性质分析工具ProtParam分析S蛋白的理化性质;利用综合性序列工具软件Lasergene和蛋白质二级结构分析软件SOMPA分析S蛋白二级结构;蛋白质同源物/类似物Y识别引擎Phyre2和分子图像观察软件Rasmol构建并分析S蛋白三级结构;b细胞表位预测工具AbCpred、bepiPred和bcePred预测S蛋白的b细胞抗原表位;利用免疫表位数据库IEDb预测S蛋白的T细胞抗原表位。结果S蛋白由1273个氨基酸组成,理论等电点为6.24,原子组成为C_(6336)H_(9770)N_(1656)O_(1894)S_(54),属于稳定亲水性蛋白。Lasergene软件的Gramier-Robson方法预测显示:α螺旋占23.5%、β折叠占53.7%、转角区域占14.9%、无规则卷曲占8.33%;Lasergene软件的Chou-Fasman方法预测显示:α螺旋占20.9%,β折叠占35.5%,β转角占35.2%。同时,使用SOPMA在线服务工具分析S蛋白二级结构,其中α螺旋占28.59%,延长链占23.25%,β转角占3.38%,无规则卷曲占44.78%。AbCpred、bepiPred和bcePred分别预测S蛋白的潜在b细胞抗原表位数量为5个、11个、6个。IEDb预测的CD8^(+)T细胞表位和CD4^(+)T细胞表位结果中分别选择各人类白细胞抗原(HLA)基因型亲和力最好的5个表位。结论采用生物信息学方法预测SARS-CoV-2的S蛋白具有多个b细胞及T细胞抗原表位。

关键词：严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2) 刺突蛋白/S蛋白生物信息学 b细胞表位 T细胞表位

维普期刊数据库

鰤鱼诺卡氏菌GapA蛋白的黏附功能及其b细胞表位研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

鰤鱼诺卡氏菌GapA蛋白的黏附功能及其B细胞表位研究

作者：郭佳静安徽农业大学

学位级别：硕士

近年来,由鰤鱼诺卡氏菌(Nocardia seriolae)引起的以皮肤溃疡和内脏器官出现结节为主要特征的鱼类疾病严重危害了水产养殖业的健康发展,亟需研制安全有效的疫苗用于该病的防控。细菌黏附是病原菌感染宿主的初始关键环节,以黏附素作为候... 详细信息

近年来,由鰤鱼诺卡氏菌(Nocardia seriolae)引起的以皮肤溃疡和内脏器官出现结节为主要特征的鱼类疾病严重危害了水产养殖业的健康发展,亟需研制安全有效的疫苗用于该病的防控。细菌黏附是病原菌感染宿主的初始关键环节,以黏附素作为候选抗原制备疫苗可在感染最初阶段发挥抗菌作用。在我们前期研究中,从患病的加州鲈(Micropterus salmoides)体内分离鉴定到一株致病性鰤鱼诺卡氏菌,并经过全基因组测序与分析,发现该分离株携带高度保守的gap A基因,并预测出该基因编码的3-磷酸甘油醛脱氢酶(Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GapA)可能具有黏附功能,但仍需验证。为此,本课题以GapA蛋白为研究对象,以CIK细胞为黏附模型,探究该蛋白是否具有黏附功能,鉴定其b细胞表位,并确定其具有黏附作用的表位肽,旨在为后期研制该菌黏附素多表位疫苗奠定基础。主要研究内容与结果如下:1、鰤鱼诺卡氏菌GapA蛋白的重组表达本课题中先以鰤鱼诺卡氏菌基因组DNA为模板,PCR扩增gap A基因,构建重组克隆质粒p MD19T-gap A,再采用酶切酶连法构建重组表达质粒p ET32a(+)-gap A。将鉴定正确的重组菌bL21/p ET32a(+)-gap A经IPTG诱导表达,表达产物经变性、复性、纯化及浓缩,得到了纯度为93%、浓度为1.14 mg/m L的r GapA蛋白。2、兔抗r GapA抗体和兔抗全菌抗体的制备本课题中先将r GapA蛋白、油佐剂和免疫增强剂混匀并乳化为免疫原,再免疫新西兰大白兔以制备兔抗r GapA蛋白抗体,结果显示,兔抗r GapA蛋白抗体的琼扩效价为1:32,能够特异性识别GapA蛋白。此外,以灭活的鰤鱼诺卡氏菌与上述佐剂混合制成免疫原,制备了凝集效价为1:1 024的兔抗鰤鱼诺卡氏菌抗体,这两种抗体可用于后续检测。3、鰤鱼诺卡氏菌GapA蛋白的黏附功能研究本课题中以CIK细胞为黏附模型,利用免疫荧光技术、Western blot和抗体抑制细菌黏附试验检测r GapA蛋白对CIK细胞的黏附情况。结果显示,r GapA蛋白与细胞孵育后细胞膜表面出现绿色荧光,而用r GapA抗体处理的r GapA蛋白孵育细胞后无绿色荧光出现;r GapA蛋白处理后提取的细胞膜蛋白能与抗r GapA抗体发生结合反应,在53.6 k Da处有一条反应条带;细菌黏附对照组、抗菌抗体处理组和抗r GapA抗体处理组的CIK细胞四周平均黏附菌数分别为21.6±5.7、0和5.6±0.49,r GapA抗体的黏附抑制率为74.1%。结果表明,r GapA蛋白对CIK细胞具有黏附作用。4、GapA蛋白b细胞表位鉴定和黏附表位肽的确定本课题中先利用DNAStar Protean和Pymol软件预测GapA蛋白的优势b细胞表位,并采用肽ELISA与Western blot加以验证。结果鉴定到该蛋白的4个b细胞表位,分别为Ep(RLPQDVSLDGDY)、Ep(GVNDDKYDGSQN)、Ep(YTQDQNLQDAPH)和Ep(DNEWGYSNRLAD)。然后,人工合成FITC标记的上述表位肽和无关对照肽,利用流式细胞术检测各标记肽与CIK细胞黏附情况。结果显示,经各标记肽孵育后,荧光标记阳性细胞数百分比依次为1.09±0.07%(Ep)、97.4±0.57%(Ep)、98.1±0.49%(Ep)、86.3±1.71%(Ep)和1.12±0.07%(无关肽),对应的平均荧光强度依次为2.73±0.35、57.08±4.12、38.82±1.62、39.49±0.82和2.35±0.20。表明Ep、Ep和Ep是具有黏附作用的表位肽。综上所述,本课题在成功制备了兔抗r GapA蛋白抗体的基础上,证实GapA蛋白是鰤鱼诺卡氏菌的黏附素,首次鉴定到该黏附素蛋白的4个b细胞表位,确定Ep、Ep和Ep是具有黏附作用的表位肽。研究结果为后期研发基于多表位的鰤鱼诺卡氏菌黏附素疫苗提供了良好基础。

关键词：鰤鱼诺卡氏菌 GapA蛋白黏附功能 b细胞表位黏附肽

PEDV S2基因b细胞表位嵌入型S-层蛋白在副干酪乳杆菌中的表达与鉴定

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

PEDV S2基因B细胞表位嵌入型S-层蛋白在副干酪乳杆菌中的表达与鉴...

作者：白伟琴内蒙古农业大学

学位级别：硕士

猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种高度接触性肠道传染病。2010年以来,随着高致病性变异毒株的出现,传统的PEDV灭活疫苗及减毒疫苗对新出现的PEDV变异毒株的血清中和抗体滴度通常较低,不再能提供有效的保护作用。... 详细信息

猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种高度接触性肠道传染病。2010年以来,随着高致病性变异毒株的出现,传统的PEDV灭活疫苗及减毒疫苗对新出现的PEDV变异毒株的血清中和抗体滴度通常较低,不再能提供有效的保护作用。因此为有效防控PED,新型疫苗的研究成为了研究者普遍关注的热点领域。本试验利用生物学分析软件,结合在线数据库筛选出PEDV S2基因的b细胞表位肽基因片段,并人工合成所对应的表位肽。将此表位肽与钥孔血蓝蛋白(KLH)偶联后作为抗原,免疫6～8周龄的雌性bALb/c小鼠,委托吉尔生化(上海)有限公司制备出表位特异的单克隆抗体,该单克隆抗体称为Mc Ab-Epitope S2。并在本实验室通过间接ELISA方法测定单克隆抗体的效价。利用DNA重组技术,制备了融合基因SLP-Epitope S2,并将其克隆到乳杆菌表达载体p TRK892中,成功构建了重组质粒p TRK-SLP-Epitope S2。随后,将经过PCR、双酶切及基因测序法鉴定正确的重组质粒p TRK-SLP-Epitope S2电转化到副干酪乳杆菌中进行表达。分别采用SDS-PAGE、Western blot、免疫荧光和Li Cl洗脱等方法鉴定其表达产物性质和免疫原性。获得了如下试验结果:1.通过生物学软件分析及在线数据库中确定出PEDV S2基因的b细胞表位肽,即为:MQYVYTPTYYML。多肽免疫后bALb/c小鼠血清中多克隆抗体的效价达到1∶2000。而杂交瘤细胞培养物上清及腹水ELISA检测结果显示Mc Ab-Epitope S2效价达到1∶4000。2.通过DNA重组技术,成功构建了PEDV S2基因b细胞表位肽乳酸菌表达载体pTRK-SLP-Epitope S2。并在副干酪乳杆菌中成功表达了融合基因SLP-Epitope S2,经SDS-PAGE、Western blot试验鉴定结果显示,约在48 k Da大小处出现目的条带,与理论值相符。与PEDV感染血清和重组S蛋白高免血清反应结果与Mc Ab-Epitope S2的结果一致,表明在副干酪乳杆菌中表达的融合基因SLP-Epitope S2具备反应原性。3.为了进一步证实融合蛋白SLP-Epitope S2在副干酪乳杆菌中的表达位置,在细菌培养物上清的Western blot试验结果显示未检测出融合基因表达产物,表明目标蛋白不会分泌表达。通过共聚焦免疫荧光检测结果显示,与对照组副干酪乳杆菌无绿色荧光信号相比,绝大多数重组副干酪乳杆菌均被激发出明显的绿色荧光信号,但是未能精确定位到细胞浆里还是细胞膜上发光。采用4 M Li Cl处理各组副干酪乳杆菌使其膜蛋白洗脱下来,经过SDS-PAGE、Western blot结果显示,重组副干酪乳杆菌在48 k Da大小处有目的条带,而对照组则无目的条带出现。初步表明融合蛋白SLP-Epitope S2表达于副干酪乳杆菌膜表面。结论:本研究成功为乳酸菌活菌载体表位肽疫苗的研究奠定了基础。

关键词： PEDV b细胞表位 S-层蛋白副干酪乳杆菌表达鉴定

人呼吸道合胞病毒G糖蛋白b细胞表位的筛选及免疫原性的研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

人呼吸道合胞病毒G糖蛋白B细胞表位的筛选及免疫原性的研究

作者：黄星湖安徽理工大学

学位级别：硕士

研究背景:人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是造成5岁以下儿童和老人毛细支气管炎和肺炎病主要原体之一,严重时可导致住院和死亡。目前只有一款获批上市的HRSV疫苗,而多种HRSV疫苗仍处于临床实验阶段,包括亚... 详细信息

研究背景:人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是造成5岁以下儿童和老人毛细支气管炎和肺炎病主要原体之一,严重时可导致住院和死亡。目前只有一款获批上市的HRSV疫苗,而多种HRSV疫苗仍处于临床实验阶段,包括亚单位、载体、颗粒和减毒活疫苗。因此,进一步开发安全、有效的HRSV疫苗非常必要。HRSV的融合蛋白(Fusion glycoprotein,F)和黏附蛋白(Attachment glycoprotein,G)是HRSV疫苗研究的主要靶抗原,均已被证实能诱导中和抗体产生。由于F蛋白序列的相对保守性和包含多种抗原表位,使其在目前的临床HRSV亚单位疫苗及保护性单抗研究中处于主要地位。然而G蛋白中央保守区两侧序列变化很大、高度糖基化且被报道在动物模型中诱发了疾病增强作用(Enhanced respiratory disease,ERD)等原因,因此其研究进展相对缓慢。针对G蛋白糖基化的问题,研究表明原核系统表达的蛋白可以避免糖基化,从而增强G蛋白免疫原性;同时,选用合适的佐剂也可以改善G蛋白的免疫效果。此外,采用G蛋白的关键表位肽也是一种可行的解决方案。多肽疫苗组成简单,同时可以包含不同的特异性抗原表位,能有效地避免引起机体超敏反应或ERD的蛋白区域。提示多肽疫苗可能是一种解决G蛋白高度糖基化以及ERD的另一种疫苗策略。此外,多肽疫苗的成本较低,生产工艺也相对简单,因此可以快速制备以应对HRSV的大规模传播。研究目的:本研究旨在通过原核系统表达的G蛋白来避免其糖基化,并探索不同的新型佐剂对G蛋白免疫效果的影响。此外,通过查阅大量文献和利用生物信息学平台等方式筛选G蛋白中有效的抗原表位肽,以评估其免疫原性和安全性,为基于G蛋白亚单位的HRSV疫苗的佐剂选择和多肽疫苗设计提供了科学依据。研究方法:首先,本研究在大肠杆菌中表达了HRSVA-Long株G蛋白膜外区6798氨基酸(REG),并将REG与四种不同组合形式的新型佐剂(bFA03佐剂、b型Cp G OND+AL(Adju-Phos)佐剂组合、C型Cp G OND+AL佐剂组合,以及针对bALb/c小鼠CD4+T细胞表位肽+C型Cp G OND+AL佐剂组合)联合免疫bALb/c小鼠,每只小鼠大腿肌肉多点注射100μL免疫原,初次免疫后第28天进行加强免疫,以探索四种不同组合形式的佐剂联合REG的免疫效果;其次,本研究利用等生物信息学网站平台(如IEDb等)以及文献查阅的方式,对G蛋白序列中的保守区域进行筛选,共选定三表位肽,分别为Peptide1(P1,aa173-186)、Peptide2(P2,aa44-159)和Peptide3(P3,aa184-198)。将通过上一步研究已确定能够增强免疫原性的佐剂bFA03分别联合P1、P2和P3单独表位肽,以及P1、P2和P3的等比例混合表位肽分别免疫bALb/c小鼠,以探讨单独表位肽和混合表位肽的免疫效果。最后,本研究由于P1、P2和P3的免疫效果不佳,探究原因并查阅文献筛选出含P1和P3的长表位肽Peptide4(P4,aa169-207),通过联合吸附能力较好的佐剂组合CPG+AL组合免疫bALb/c小鼠开展了免疫原性和保护效果的研究,以探讨包含多个表位长肽的免疫效果。本研究针对bALb/c小鼠的免疫效果评价主要采用酶联免疫吸附试验(ELISA)、酶联免疫斑点试验(ELISpot)、HRSV攻毒保护试验、实时荧光定量PCR试验、蚀斑减少中和试验及肺脏组织病理切片等实验方法。研究结果:1.将REG蛋白联合新型bFA03佐剂免疫bALb/c小鼠可以诱导产生最强的结合抗体,然而,与REG蛋白联合b型Cp G OND+AL佐剂组相比,两组产生的中和抗体水平无统计学差异,且仅有这两组佐剂组合能降低小鼠攻毒后的肺病毒载量,且差异有统计学意义(PbS组相比均未表现出对降低HRSV攻毒后肺病理损伤的有效保护作用。因此,结果提示在选用G蛋白研发HRSV疫苗和筛选高效价中和抗体时,需要进一步优化佐剂的选择,降低肺病理损伤。2.无论是利用P1、P2、P3单独免疫还是混合免疫小鼠,三条表位肽的免疫原性都很弱,其结合抗体滴度不足1:50,中和抗体水平低于1:8。此外,联合或不联合佐剂bFA03的效果差异无统计意义。因此推测免疫原性差与三条表位肽本身的氨基酸数量过少有关,此外也可能与佐剂bFA03增强多肽免疫原性的效果不佳有关。3.在免疫P4表位肽的小鼠中,初次免疫14天后血清结合抗体的平均EC50值为1517,而第二次免疫后14天,小鼠血清结合抗体平均EC50值高达46697.2,中和抗体的几何平均滴度为126。虽然P4未表现出减少攻毒4天后小鼠肺病毒载量的能力,但肺病理结果表明,与单独使用CPG

关键词：人呼吸道合胞病毒 G蛋白 CpG OND b细胞表位

马腺疫链球菌三种蛋白抗原的免疫及其b细胞表位的初步鉴定及分析

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

马腺疫链球菌三种蛋白抗原的免疫及其B细胞表位的初步鉴定及分析

作者：杜宇新疆农业大学

学位级别：硕士

马腺疫(S.equi)是常见的马传染病之一,具有高度传染性。随着马产业的兴起,马腺疫呈多发状态。疫苗是预防马腺疫的重要手段。本研究对马腺疫链球菌EAG、GAPDH、SeM三种蛋白抗原,以实验动物兔及马为研究模型,对三种蛋白进行生物信息学分析... 详细信息

马腺疫(S.equi)是常见的马传染病之一,具有高度传染性。随着马产业的兴起,马腺疫呈多发状态。疫苗是预防马腺疫的重要手段。本研究对马腺疫链球菌EAG、GAPDH、SeM三种蛋白抗原,以实验动物兔及马为研究模型,对三种蛋白进行生物信息学分析,并鉴定了3种蛋白的b细胞抗原表位,期望为马腺疫的疫苗今后的开发,提供理论和实验依据。对三种蛋白,使用TMHMM分析蛋白跨膜区域,表明三种蛋白为膜表面蛋白;运用SOPMA方法成功预测了蛋白的二级结构,三种蛋白均具有完整的结构区域;运用SWISS-MODEL成功预测三种蛋白的三维空间结构;利用bepi Pred及AbCpred对三种蛋白的b细胞表位进行预测及分析,预测了4个EAG蛋白b细胞表位、3个GAPDH蛋白b细胞表位、6个SeM蛋白b细胞表位。将EAG、GAPDH、SeM三种蛋白抗原表达纯化,对兔及马匹进行免疫。用间接ELISA法,检测免疫后的抗体水平、抗体效价,兔子抗体检测结果表明,EAG组最高、SeM组次之、然后是GAPDH组,三组抗体水平显著高于对照组(Pb细胞表位的鉴定,对兔血清及马血清特异性抗体检测结果显示三种蛋白各有一个优势表位分别是EAG(aa:60-75)、GAPDH(aa:119-134)、SeM(aa:214-229)。综上所述,对S.equi三种蛋白进行了生物信息学分析并预测了b细胞表位;利用间接ELISA法,鉴定出了三个优势b细胞抗原表位,该结果为今后基于EAG、GAPDH、SeM蛋白抗原表位开展马链球菌(S.equi)诊断、疫苗设计及致病机制研究提供理论基础。

关键词：马链球菌 EAG GAPDH SeM b细胞表位

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于点云架构的b细胞表位预测研究

基于点云架构的B细胞表位预测研究

作者：于洋东北师范大学

学位级别：硕士

免疫信息学是在现代信息学和免疫学的基础上建立的新兴学科,它是一种使用信息学的相关方法理论来处理免疫和疫苗学相关问题的学科,同时也是研究生物免疫应答过程中信号传输规律以及免疫系统调节的学科。作为免疫信息学研究的主要问题之... 详细信息

免疫信息学是在现代信息学和免疫学的基础上建立的新兴学科,它是一种使用信息学的相关方法理论来处理免疫和疫苗学相关问题的学科,同时也是研究生物免疫应答过程中信号传输规律以及免疫系统调节的学科。作为免疫信息学研究的主要问题之一,表位预测是研究疫苗、抗体、变态反应和移植免疫计算分析的基础。表位是在抗原分子中能够与抗体或受体结合、引发特异性反应,从而引发免疫应答的特殊化学结构。b细胞表位是指抗原表面上,能够被b细胞受体或抗体特异性识别,并在体液免疫反应中诱导抗体的特定区域。识别b细胞表位有助于设计出更为安全高效的抗原疫苗与抗体,有助于疾病的预防和诊断。目前已有一些鉴定表位的实验方法,包括蛋白质晶体学和核磁共振技术等,但这些方法通常价格昂贵且耗时较长。因此,一些基于计算的方法被开发出来用于辅助或为试验方法提供依据。现有基于计算的b细胞表位预测方法主要有基于抗原序列、基于模拟表位和基于抗原3D序列的预测,根据表位相关特征属性,采用丰富的计算策略识别表位位点。近年来,随着公开的蛋白质3D结构的数据及预测蛋白质结构的方法的增加,基于抗原结构的预测方法得到了迅速的发展。本文利用抗原蛋白的三维结构,构建基于原子的抗原蛋白点云架构,得到基于点云架构的b细胞表位预测工具。点云架构可以很好地体现并利用蛋白质的三维结构数据,并学习蛋白质的几何属性。为了提取蛋白质更细微的特征,本文基于原子层面进行建模,以原子的理化属性和蛋白质序列的进化信息作为输入特征,使用PPFConv的点云网络得到局部几何编码后进行特征的学习,并且使用多尺度分组学习不同感受野的特征。得到原子层面的表征后聚合到残基层面进一步学习残基层面的信息,实现蛋白质上不同尺度不同层面的特征学习。本文方法在独立测试集上的AUC达到了0.735,AP达到了0.435,与其他工具对比,性能上显示出了明显的优势。本文选取了与HIV-Ⅰ密切相关的gp120抗原蛋白和与甲型流感病毒密切相关的HA1抗原蛋白进行案例分析,本文方法在这两条蛋白上均有着较好的表现。由此看出,本文提出的基于点云架构的b细胞表位预测工具有着较好的预测能力,可为后续疫苗的设计和疾病的预防等提供帮助。

关键词： b细胞表位表位预测蛋白质三维结构点云