猪源牛病毒性腹泻病毒SD0803株3′非编码区的克隆及结构分析

作     者：邓宇 袁世山 童武 单同领 文心田 童光志 郑浩 

作者机构：中国农业科学院上海兽医研究所上海200241 西昌学院动物科学学院四川西昌615000 四川农业大学动物医学院四川雅安625014 

出 版 物：《中国兽医科学》 (Chinese Veterinary Science)

年 卷 期：2013年第43卷第9期

页      面：958-962页

核心收录：

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2010JB15) 

主　　题：牛病毒性腹泻病毒 3′非编码区 3′RACE 结构分析 

摘      要：为了研究猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)SD0803株3′非编码区(3′-UTR)的结构及其在病毒复制与转录中的作用,采用病毒RNA 3′末端加Poly(A)尾的方法与3′RACE技术对SD0803株3′末端序列进行了扩增、克隆与测序,并应用Clustal W、CLC RNA Workbench 4软件对3′-UTR一级与二级结构进行分析。结果表明,SD0803株3′-UTR由186nt组成,与ZM-95、NADL、SD-1株核苷酸同源性分别为85.4%、53.8%、57.5%;SD0803与其他BVDV株一样,其一级结构均存在1个高变区与1个相对保守区;在高变区缺失约40nt;在RNA 3′末端二级结构方面,SD0803株与ZM-95株均具有3个茎-环结构,而与具有4个茎-环结构的牛源BVDV差异较大。