肺鳞癌全基因组lncRNAs表达研究

作     者：王瑛 尹继业 李湘平 陈娟 钱晨月 郑艺 刘昭前 Wang Ying;Yin Jiye;Li Xiangping;Chen Juan;QianChenyue;ZhengYi;Liu Zhaoqian

作者机构：中南大学临床药理研究所遗传药理学湖南省重点实验室湖南长沙410078 

出 版 物：《肿瘤药学》 (Anti-Tumor Pharmacy)

年 卷 期：2013年第3卷第4期

页      面：319-320页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主　　题：肺鳞癌 全基因组 原发性肺癌 组织病理类型 世界范围 复杂疾病 分子机制 

摘      要：肺癌是世界范围内癌症死亡的主要原因,而肺鳞癌是肺癌中最常见的组织病理类型,约占原发性肺癌的40～50%。临床和分子机制研究表明肺鳞癌是多因素复杂疾病。长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是长度大于200nt的非编码RNA的统称。最初的研究认为它是转录组的噪音,但近十年来的生命科学研究发现,它们参与了多项生物调控过程。有研究表明lncRNAs在许多癌症类型中均异常表达。本研究通过全基因组lncRNAs表达研究探索lncRNAs是否有可能与肺鳞癌的形成相关。我们从中南大学湘雅医院收集了16例肺鳞癌手术病人的肺癌及癌旁组织并保存于液氮中,采用Trizol法提取组织总RNA,反转录成cDNA,体外转录合成cRNA,使用RNA纯化柱纯化cRNA,以cRNA为模板,用随机引物进行反转录,荧光标记反转录产物,最后进行Agilent human4×180K芯片杂交。使用Agilent Feature Extraction(v10.7)软件对杂交图片进行分析并提取数据,然后用Agilent GeneSpring软件对数据进行归一化和差异分析,使用R语言对归一化后的表达数据进行统计分析。此芯片中设计了总共38361个lncRNAs探针,我们的数据结果显示,肺鳞癌组织组与正常肺组织组比较,有28055个lncRNAs探针的表达有一定水平的改变,其中3460个显著差异表达(倍数变化绝对值≥2),而我们对所有样本对统计发现,127个在所有肺鳞癌组织中与配对正常组织相比,其表达有显著差异。在这3460个lncRNAs中,1559个lncRNAs表达下调,1901个lncRNAs表达上调,绝大部分lncRNAs的功能未知,因此我们试图通过构建共表达网络预测lncRNAs的功能。我们以相关系数0.99和P0.05为基础,构建了lncRNAs和mRNAs的共表达网络,并在此基础上从两个方面对lncRNAs可能的靶基因进行预测,分别是顺式距离在10Kb内的lncRNA-mRNA对和与mRNA的3 UTR的序列比对相似的lncRNA-mRNA对,共得到33个lncRNA-mRNA对。对这33个mRNA进行分析发现,TERC很可能是非小细胞肺癌的诊断标志物,因此考虑与之对应的两个lncRNA:ENST00000363312和sno-RNA_scaRNA_0_548也可能作为非小细胞肺癌的诊断标志物。因此我们得出结论:肺鳞癌组织中差异表达的lncRNAs可能参与到肺癌的发展过程中,也可能作为未来肺鳞癌的潜在治疗靶标。