用IREFINDER算法在非翻译区搜索人和小鼠的铁反应元件

作     者：陈新,王鲁泉,黄弋,邱平,MURGOLO Nicholas J.,GREENE Jonathan R.,吴才宏,姜颖 

作者机构：北京大学生命科学学院生物信息中心 Schering Plough研究所 北京大学生命科学学院生物信息中心 Schering Plough研究所 Schering Plough研究所 Schering Plough研究所 北京大学膜及膜的工程国家重点实验室 北京大学生命科学学院生物信息中心 北京100871 NJ07033 北京100871 NJ07033 NJ07033 NJ07033 北京100871 北京100871 

出 版 物：《Acta Biochimica et Biophysica Sinica》 (生物化学与生物物理学报(英文版))

年 卷 期：2002年第34卷第6期

页      面：743-747页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：国家高技术研究发展计划资助项目 (863计划 ) (No .2001AA231011)~~ 

主　　题：铁反应元件 铁调控蛋白 茎环结构 非翻译区 

摘      要：铁反应元件 (IRE)具有的高度保守的RNA茎环结构 ,是胞质中IRE结合铁调控蛋白 (IRP)的位点。IRP与IRE的结合受细胞内铁含量的调控 ,与铁代谢有着密切的关系。许多与铁代谢有关的基因在 5′UTR或 3′UTR都存在IRE。当铁离子缺乏时 ,IRE与IRP结合 ,使核糖体的翻译进程受阻 ,抑制mRNA的翻译 ;而当铁离子浓度较高时 ,IRP就释放IRE ,促进翻译。因此 ,IRE在 5′UTR调节着翻译的起始[1] 。如果IRE位于 3′UTR ,IRE与IRP的结合可以稳定mRNA并预防其被降解。所有已知的IRE均为C1G5型 ,即环的 1号和 5号碱基位置分别是保守的C和G ;另外还存在一类体外合成的U1A5型IRE ,即环的 1号和 5号碱基位置分别是保守的U和A ,能够在体外有效地结合IRP。由于IRE与铁代谢、氧化性损伤 (oxidativestress)和衰老等过程都有密切的关系 ,因此在临床及新药研制等方面都很受重视。通过改进搜索IRE的算法 ,用计算机程序对人与鼠的mRNA非编码区(UTR)序列数据库进行全面的搜索 ,期望找出可能存在的C1G5或U1A5类型的IRE ,或包含这两种类型IRE的基因。