北京黑猪全基因组ROH检测和选择信号分析

作     者：田晶晶 王晓庆 李棉燕 王海玲 吴启钿 王立贤 张龙超 赵福平 TIAN Jingjing;WANG Xiaoqing;LI Mianyan;WANG Hailing;WU Qitian;WANG Lixian;ZHANG Longchao;ZHAO Fuping

作者机构：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193 

出 版 物：《畜牧兽医学报》 (ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA)

年 卷 期：2024年第55卷第9期

页      面：3833-3842页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：国家重点研发计划(2021YFD1301101) 中国农业科学院科技创新工程(ASTIP-IAS02) 国家生猪产业技术体系(CARS-35) 

主　　题：北京黑猪 芯片数据 ROH iHS 

摘      要：旨在基于长纯合片段(ROH)和选择信号iHS分析北京黑猪群体的遗传结构,挖掘与经济性状相关的候选基因。本研究的对象为北京黑猪群体,平均日龄为210 d。对729头北京黑猪的illumina Porcine 50K芯片数据进行质控和填充后,进行ROH和iHS的分析。本研究选择参与组成ROHs的前1%的SNPs作为ROH岛的阈值,将超过此阈值的区域称为ROH岛。保留标准化的iHS值中排在前1%的所有SNPs位点,将位点上下游各延伸200 kb作为选择信号iHS得到的强受选择区域。将选择信号的强受选择区域与ROH岛重叠的区段定为本研究的候选区域。本研究最终保留724个体和45585个SNPs,通过ROH分析共识别到10个ROH岛,这些岛内包含449个SNPs。iHS分析的结果显示,保留得分排在前1%的位点后,共有376个强受选择位点。最终,在iHS的强受选择区域与ROH岛的5个重叠区域内注释到18个基因,其中包括一些已知的影响猪肉质和生长发育过程的基因。本研究分析了北京黑猪群体ROH的分布,并结合选择信号,揭示了北京黑猪受选择的位点和候选基因,该研究结果为深入探讨北京黑猪的群体特性及经济性状的遗传机制提供重要参考。