基于生物信息学对非酒精性脂肪性肝病肝纤维化进展关键基因的挖掘与分析

作     者：梁金强 任松 花欣 LIANG Jinqiang;REN Song;HUA Xin

作者机构：西安交通大学第二附属医院干部病房普通外科陕西西安710004 西安市人民医院西安市第四医院医学影像中心陕西西安710004 

出 版 物：《中国医药导报》 (China Medical Herald)

年 卷 期：2024年第21卷第13期

页      面：29-33页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100201[医学-内科学(含：心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病)] 10[医学] 

基　　金：陕西省重点研发计划项目(2020SF-298) 

主　　题：非酒精性脂肪性肝病 肝纤维化 关键基因 生物信息学 

摘      要：目的 基于生物信息学分析对非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)肝纤维化进展关键基因及潜在致病机制进行挖掘。方法 从GEO数据库获取数据集GSE49541,limma包筛选出差异表达基因(DEGs)后对其进行基因本体(GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。STRING数据库对DEGs构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并用Cytoscape筛选关键基因,利用Gene MANIA分析关键基因的共表达网络和功能,最后基于药物特征数据库对关键基因进行药物预测。结果 进展期NAFLD与轻度NAFLD比较后,DEGs有65个,表达上调的基因58个,表达下调的基因7个。GO功能分析强调了65个DEGs的分子功能集中在细胞外基质结构成分,KEGG通路分析显示,DEGs主要与细胞外基质受体相互反应等通路有关。Cytoscape筛选出的10个关键基因为COL1A1、COL3A1、COL4A1、COL1A2、COL14A1、FBN1、LUM、THBS1、THBS2、SPP1。Gene MANIA提示关键基因之间存在高度的共表达-互作网络,与细胞外基质结构成分等功能相关。最后,药物预测分析发现,维甲酸和黄体酮是富集到最多关键基因的药物。结论 NAFLD纤维化进展相关的10个关键基因可能成为其生物监测标志物并为分子靶向治疗提供线索。