藏猪Ⅱ型肺泡上皮细胞新转录本及其功能解析

作     者：柳烜博 杨雅楠 袁浩楠 柳思奇 王正文 赵生国 LIU Xuanbo;YANG Ya'nan;YUAN Haonan;LIU Siqi;WANG Zhengwen;ZHAO Shengguo

作者机构：甘肃农业大学动物科学技术学院兰州730070 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2024年第43卷第4期

页      面：685-696页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：国家自然科学基金地区资助项目(32060730) 甘肃农业大学青年导师扶持基金资助项目(GAU-QDFC-2018-03)共同资助 

主　　题：Ⅱ型肺泡上皮细胞 藏猪 新转录本 

摘      要：利用已获得的藏猪(Tibetan pig)Ⅱ型肺泡上皮细胞(typeⅡalveolar epithelial cells,ATⅡ)的RNA-seq数据完善已注释的猪(Sus scrofa)基因组信息,鉴定并分析新转录本的功能。基于已发表的藏猪和长白猪(Landrace pig)ATⅡ的长读段测序数据,使用Stringtie重构转录本并鉴定新转录本。共对4245个转录本的非翻译区(non-translational region,UTR)进行了延长,其中5′UTR和3′UTR延伸的转录本分别有1646个和3263个,5′和3′端共延伸的转录本有648个。发掘出54个新转录本,其经过滤后的平均长度为4047 bp,且在NC_010448.4染色体上的分布最多。GO富集分析结果表明,藏猪ATⅡ的常氧(21%O_(2))组和低氧(2%O_(2))组的14个差异新转录本显著富集于细胞器膜、限制性脱氧核糖核酸内切酶活性和转座;KEGG分析结果表明,动物细胞因子-细胞因子受体交互作用、淀粉和蔗糖代谢以及丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路有大量差异新转录本显著富集。藏猪ATⅡ的新转录本可能通过淀粉和蔗糖代谢以及MAPK信号通路与已注释基因共同参与ATⅡ的低氧应答反应。研究结果较好地完善了现有的猪基因组注释,并为相关组学和分子生物学研究的深入开展提供了基础。