广丰千金薯烟草花叶病毒lncRNA测序鉴定、原核蛋白表达及其序列分析

作     者：尹明华 张艳红 李淑娟 段俊 蒋晓峰 YIN Ming-hua;ZHANG Yan-hong;LI Shu-juan;DUAN Jun;JIANG Xiao-feng

作者机构：上饶师范学院生命科学学院江西上饶334001 上饶农业技术创新研究院江西上饶334001 上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室江西上饶334001 上饶市薯芋类作物种质保存与利用重点实验室江西上饶334001 

出 版 物：《中草药》 (Chinese Traditional and Herbal Drugs)

年 卷 期：2023年第54卷第11期

页      面：3666-3675页

核心收录：

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 1006[医学-中西医结合] 100602[医学-中西医结合临床] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(32060092) 国家自然科学基金资助项目(31960079) 2022年上饶市科技专项项目(饶科发5号社发类)(2022A008) 江西省科技厅重点研发计划一般项目(20202BBG73010,20192BBGL70050) 江西省现代农业产业技术体系建设专项(JXARS-13-赣东站) 江西省教育厅科学技术研究项目(GJJ211729) 上饶市科技局平台载体建设项目(2019I017,2020J001) 

主　　题：广丰千金薯 烟草花叶病毒 lncRNA测序鉴定 原核蛋白表达 序列分析 

摘      要：目的对广丰千金薯Dioscorea polystachya *** Qianjin烟草花叶病毒进行鉴定、原核蛋白表达和序列分析,为广丰千金薯脱毒苗的培育和鉴定提供理论依据。方法通过lnc RNA测序鉴定广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白基因,利用大肠杆菌重组技术表达广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白,并采用生物信息学方法进行序列分析。结果广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白基因包括复制酶1(ORF1)、复制酶2(ORF2)、RNA聚合酶、运动蛋白(movement protein,MP)、带电蛋白和外壳蛋白(coat protein,CP);广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2基因c DNA总长度分别为480、807、1425、123、4851、3351 bp,其蛋白分别由159、268、474、40、1613和1114个氨基酸组成;广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白除带电蛋白为疏水性蛋白质外,其余如ORF1、ORF2、RNA聚合酶、运动蛋白和外壳蛋白均为亲水性蛋白质;广丰千金薯烟草花叶病毒带电蛋白二级结构由β-片层和无规则卷曲构成,CP、MP、RNA聚合酶、ORF1和ORF2的二级结构均由α螺旋、β-片层、无规则卷曲构成;广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2三级结构均为单体;广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2的亚细胞定位分别为内质网、细胞核、细胞质、细胞核、线粒体、叶绿体;广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2与烟草花叶病毒的亲缘关系较近,同源性分别为99.79%、99.38%、99.23%、100%、99.38%、99.49%;广丰千金薯烟草花叶病毒复制酶、RNA聚合酶、MP和CP可实现大肠杆菌重组表达,表明广丰千金薯烟草花叶病毒的lnc RNA测序结果准确。结论广丰千金薯烟草花叶病毒与烟草花叶病毒同源性极高,氨基酸序列及核酸序列与烟草花叶病毒其他植物分离物相似度高,在进化上高度保守。