细菌高通量数据荟萃分析的可行性研究

作     者：肖海钰 李蕾 王琳 秦明森 唐贇 XIAO Hai-yu;LI Lei;WANG Lin;QIN Ming-sen;TANG Yun

作者机构：西华师范大学生命科学学院四川南充637000 

出 版 物：《微生物学杂志》 (Journal of Microbiology)

年 卷 期：2023年第43卷第2期

页      面：88-95页

学科分类：0710[理学-生物学] 1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 07[理学] 071005[理学-微生物学] 10[医学] 

基　　金：四川省科技厅应用基础重点项目(2020YJ0346) 西华师范大学博士科研启动项目(19E048) 四川省自然科学基金项目(2023NSFSC1223) 

主　　题：高通量测序 荟萃分析 扩增引物 16S rRNA 截取引物 

摘      要：细菌作为重要的分解者,对于生态系统功能至关重要,其群落多样性一直是生态研究的热点。通过荟萃分析,整理已发表的细菌高通量数据,已经取得一些重要的全球性研究结果。这些荟萃分析的核心是将不同引物来源序列提取统一区段,进行细菌群落分析,但该方法的可行性和准确性还一直未被探究。本研究使用了含有三种引物扩增的同一细菌16S rRNA高通量数据,分析了不同引物和提取统一区段后细菌群落情况。结果显示,不同引物以及提取统一区段后,得到细菌群落组成和多样性显著不同,且提取同一区段后的群落主要受原始引物的影响较大。该研究表明,细菌高通量数据荟萃分析中,引物差异会影响其统一分析的群落结果,荟萃方法需要慎重使用。