单细胞RNA测序数据插补方法综述

作     者：张少强 李荔瑄 谢林娟 吕庆 ZHANG Shaoqiang;LI Lixuan;XIE Linjuan;LYU Qing

作者机构：天津师范大学计算机与信息工程学院天津300387 

出 版 物：《天津师范大学学报（自然科学版）》 (Journal of Tianjin Normal University：Natural Science Edition)

年 卷 期：2023年第43卷第2期

页      面：1-10,73页

学科分类：0711[理学-系统科学] 07[理学] 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(61572358) 天津市应用基础与前沿技术研究计划重点资助项目(19JCZDJC35100) 天津市自然科学基金青年基金资助项目(18JCQNJC74100). 

主　　题：单细胞RNA测序 插补 细胞类型 差异表达 轨迹推断 

摘      要：单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据插补方法用于解决scRNA-seq数据观测中存在的大量“漏失(dropout)噪音,改善下游分析,scRNA-seq数据插补方法设计是单细胞数据研究的热点方向之一.本文首先对20种主要的scRNA-seq数据插补方法进行介绍,包括基于模型的插补方法(6种)、基于平滑的插补方法(3种)、基于深度学习的插补方法(8种)和基于低秩矩阵的插补方法(3种),分析了各类方法的优势和缺点;其次,简要综述了插补方法比较研究的相关成果;然后,针对4种下游数据分析评估了以上方法(除scGNN外)的性能;最后,分析目前scRNA-seq插补所面临的挑战,并指出新的研究方向.