检索结果-南通市图书馆

上调的miR-452-5p抑制RORα的表达并促进肝癌细胞的增殖和迁移

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国药科大学学报 2022年第3期53卷 323-332页

作者：史政科陈佩佩张怡轩魏杰杜亚楠柳晓泉中国药科大学药物代谢动力学研究中心南京211198

为了探究肝细胞癌中miR-452-5p对患者预后生存的影响及其对肝癌细胞增殖、迁移的作用。采用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中肝细胞肝癌数据集对miR-452-5p进行差异表达分析和Kaplan-Meier生存分析。采用TargetscanHuman和miRDB靶基因数据... 详细信息

为了探究肝细胞癌中miR-452-5p对患者预后生存的影响及其对肝癌细胞增殖、迁移的作用。采用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中肝细胞肝癌数据集对miR-452-5p进行差异表达分析和Kaplan-Meier生存分析。采用TargetscanHuman和miRDB靶基因数据库对miR-452-5p靶基因进行预测;采用基因差异表达分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)的方法对数据集GSE14520进行分析计算。用Lipofectmine-2000将miR-452-5p模拟物、模拟物阴性对照和miR-452-5p抑制剂、抑制剂阴性对照分别转染到Huh7细胞中。分别采用RT-qPCR和Westernblot实验,检测4组细胞中RORα在mRNA和蛋白水平上的表达情况。采用CCK-8、Transwell实验,检测4组细胞的增殖活力以及迁移能力。双荧光素酶报告基因实验验证Huh7细胞中miR-452-5p与RORα的调控关系。经TCGA数据分析,miR-452-5p在肝癌组织中高表达且显著影响患者预后总生存期。通过miRNA靶基因预测、基因差异表达分析、WGCNA分析,筛选出关键基因RORα和LAMC1。通过Kaplan-Meier生存分析得知RORα的异常表达显著影响肝癌患者的预后总生存期。肝癌细胞中miR-452-5p的过表达,会降低RORα的mRNA和蛋白表达,同时增强肝癌细胞的增殖能力和迁移能力。双荧光素酶报告基因实验结果证实了miR-452-5p靶向RORα的3′UTR区。在肝细胞癌患者中高表达的miR-452-5p靶向抑制了RORα的表达,促进了肝癌细胞增殖和迁移,进而加剧了肝癌的进展和预后不良。

关键词： miR-452-5p 肝细胞癌生物信息学差异表达总生存期 RORα 增殖迁移

针刺调控CIRI大鼠缺血侧海马组织差异表达circRNAs的功能研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国病理生理杂志 2023年第2期39卷 220-232页

作者：江姗姗唐红汪红娟吕倩忆谢灿明王瑶陈楚淘田浩梅湖南中医药大学针灸推拿与康复学院湖南长沙410208 成都市第二人民医院四川成都610021

目的:探讨针刺对脑缺血再灌注损伤(CIRI)大鼠脑组织的保护作用,观察针刺对CIRI大鼠缺血侧海马组织环状RNAs(circRNAs)差异表达的影响,并对其进行基因本体(GO)分析。方法:6~8周龄SD大鼠54只,运用随机数字法随机分为造模组和假手术组(sham... 详细信息

目的:探讨针刺对脑缺血再灌注损伤(CIRI)大鼠脑组织的保护作用,观察针刺对CIRI大鼠缺血侧海马组织环状RNAs(circRNAs)差异表达的影响,并对其进行基因本体(GO)分析。方法:6~8周龄SD大鼠54只,运用随机数字法随机分为造模组和假手术组(sham组),造模成功后再随机分为模型组(model组)和针刺组(AC组),每组18只。采用改良Longa线栓法制备大脑中动脉闭塞再灌注(MCAO/R)模型,激光散斑成像仪监测造模前、MCAO手术后及再灌注后脑血流量,假手术组只剥离血管,不插入线栓;干预期间模型组和假手术组只捆绑不针刺,针刺组捆绑+针刺。采用改良加西亚(Garcia)评分法对神经功能进行评定,TTC染色法检测脑梗死面积,Western blot法检测神经元核抗原(NeuN)的表达,尼氏染色法观察缺血侧海马组织神经元损伤程度,基因芯片微阵列分析筛选出缺血侧海马组织差异表达的circRNAs,并对模型组/假手术组、针刺组/模型组共同差异表达circRNAs的来源基因进行GO分析。结果:与假手术组比较,模型组大鼠脑梗死面积比显著升高(P表达量和海马CA1区尼氏染色阳性细胞数显著降低(P表达量和尼氏染色阳性细胞数显著升高(P差异表达circRNAs个数为33,下调个数为18(FC>1.25,P差异表达的circRNAs个数为23个;GO分析显示共同差异表达circRNAs的来源基因功能涉及神经系统发育,神经元的产生、发育、分化及投射,头部、大脑及海马的发育,突触的形成、发育、延伸及运输等。结论:CIRI大鼠缺血侧海马组织circRNAs在造模后及针刺干预后均存在差异表达。针刺能显著改善CIRI大鼠的神经功能和脑梗死面积,减轻海马组织神经元损伤,其机制可能与针刺调控缺血侧海马组织多种circRNAs的差异表达及激发其促进神经元发育分化、抗神经损伤等功能有关。

关键词：针刺脑缺血再灌注损伤神经元损伤环状RNA 差异表达

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

彩色马铃薯响应UV-B辐射的转录组学分析

西南农业学报 2024年

作者：董秋菊吴晓杰张晓龙肖继坪虎跳峡镇农业综合服务中心云南农业大学农学与生物技术学院

【目的】探究彩色马铃薯对UV-B 辐射具有较强的耐受性的机理，通过转录组分析马铃薯对UV-B辐射响应的分子机制，为筛选马铃薯耐UV-B 辐射相关基因提供理论依据。【方法】以彩色马铃薯‘花心洋芋’为试验材料，对全生育期进行UV-B辐射处... 详细信息

【目的】探究彩色马铃薯对UV-B 辐射具有较强的耐受性的机理，通过转录组分析马铃薯对UV-B辐射响应的分子机制，为筛选马铃薯耐UV-B 辐射相关基因提供理论依据。【方法】以彩色马铃薯‘花心洋芋’为试验材料，对全生育期进行UV-B辐射处理，选取成熟期的块茎，采用Illumina HiseQ2500平台进行测序分析。【结果】共得到232285320个有效测序读长数，且与参考基因组比对率超过78.5%，GC含量均超过42.1%。通过分析筛选到843个差异表达基因（DEGs），包括544个上调基因和299个下调基因。GO功能分析表明，‘花心洋芋’的DEGs主要富集在代谢过程、细胞组分和催化活性。KEGG富集分析发现，‘花心洋芋’主要通过代谢途径中的碳水化合物代谢通路来响应UV-B辐射，转录因子主要是ARR-B、AP2-EREBP、MADS、bHLH和NAC等与响应光信号和环境胁迫相关的转录因子。【结论】‘花心洋芋’响应UV-B辐射的主要通路为代谢途径中的碳水化合物代谢通路，转录因子ARR-B、AP2-EREBP、MADS、bHLH和NAC均起到一定的调控作用。

关键词：彩色马铃薯 UV-B辐射转录组差异表达转录因子

小鼠感染肝毛细线虫肝脏microRNA的差异表达分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2022年第1期40卷 56-60,67页

作者：张雅兰蒋甜甜贺志权邓艳陈伟奇朱岩昆张红卫赵东阳河南省疾病预防控制中心郑州450016 河南省传染病病原生物重点实验室郑州450016

目的分析小鼠感染肝毛细线虫后肝脏microRNA (miRNA)的表达谱,筛选差异表达miRNA,为肝毛细线虫感染致肝纤维化机制研究提供资料。方法 6只雄性BABL/c小鼠随机分为肝毛细线虫感染组和对照组,每组3只。感染组小鼠经灌胃感染肝毛细线虫感... 详细信息

目的分析小鼠感染肝毛细线虫后肝脏microRNA (miRNA)的表达谱,筛选差异表达miRNA,为肝毛细线虫感染致肝纤维化机制研究提供资料。方法 6只雄性BABL/c小鼠随机分为肝毛细线虫感染组和对照组,每组3只。感染组小鼠经灌胃感染肝毛细线虫感染期虫卵(20个卵/鼠),对照组灌胃等量生理盐水。感染后35 d分别取感染组和对照组小鼠的肝组织,进行组织切片、苏木精-伊红(HE)染色后,镜下观察肝组织病变情况。提取和纯化小鼠肝组织总RNA进行文库构建和miRNA高通量测序。通过生物信息学分析筛选差异表达的mi RNA,预测其靶基因并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对部分差异表达miRNA进行验证分析。结果肝组织切片的HE染色结果显示,感染组小鼠肝组织呈虫卵肉芽肿性病变,伴有明显的炎性细胞浸润;对照组肝细胞形态完整,未见炎性细胞浸润、变性坏死和纤维化。通过miRNA测序,筛选出差异表达的miRNA共16条,4条表达上调,且均上调2倍以上,其中mmu-miR-129-5p上调4倍以上;12条表达下调,均下调0.5倍以下,其中mmu-miR-21a-3p下调0.1倍以下。mi RNA靶基因GO功能分析显示,富集的基因主要参与了信号转导、蛋白连接、转化酶活性、 G蛋白偶联受体通路、细胞凋亡的负向调控、细胞增殖的正向调控、转录调控等;KEGG通路分析显示,富集的信号通路主要有Hippo信号通路、 Ras信号通路、 mTOR信号通路、磷脂类信号通路、 Wnt信号通路。qRT-PCR检测结果显示,感染组2个上调基因mmu-miR-21a-3p和mmu-miR-181a-1-3p的相对表达水平分别为0.70±0.30和0.68±0.27,2个下调基因mmu-miR-409-5p和mmu-miR-129-5p的相对表达水平分别为1.27±0.24和2.61±0.52,与参考基因相比表达水平均与测序结果趋势一致。结论肝毛细线虫感染导致小鼠肝组织miRNA表达谱发生了改变,mmu-miR-409-5p和mmu-miR-129-5p等基因可能是参与肝纤维化的候选基因。

关键词：肝毛细线虫 miRNA 差异表达肝纤维化

番木瓜成熟过程中全基因组DNA甲基化和转录组变化分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

园艺学报 2022年第3期49卷 519-532页

作者：周陈平杨敏郭金菊邝瑞彬杨护黄炳雄魏岳荣广东省农业科学院果树研究所农业农村部南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室广东省热带亚热带果树研究重点实验室广州510640 广东省农业科学院设施农业研究所广州510640

采用全基因组DNA甲基化(WGBS)和转录组测序(RNA-seq)技术对番木瓜4个成熟时期(绿熟期、破色期、熟化期、腐熟期)的果实样品进行高通量测序。C位点、CG、CHG和CHH序列平均甲基化水平分别为17.15%、49.33%、34.30%和8.28%。全基因组DNA甲... 详细信息

采用全基因组DNA甲基化(WGBS)和转录组测序(RNA-seq)技术对番木瓜4个成熟时期(绿熟期、破色期、熟化期、腐熟期)的果实样品进行高通量测序。C位点、CG、CHG和CHH序列平均甲基化水平分别为17.15%、49.33%、34.30%和8.28%。全基因组DNA甲基化水平在果实成熟过程中持续下降,同时差异表达基因(DEG)数量逐渐上升。全基因组DNA甲基化和转录组数据联合分析表明,基因表达水平与启动子及基因体甲基化水平呈显著正相关。筛选出CpACO4、CpPDS、CpXTH30和CpXTH31等4个番木瓜果实成熟差异表达候选基因,利用荧光定量PCR和McrBC-PCR分别检测其表达水平和相应DMR序列甲基化水平,结果分别同转录组和全基因组DNA甲基化一致,推测这些基因在番木瓜果实成熟过程中起重要作用。

关键词：番木瓜果实成熟全基因组 DNA甲基化基因差异表达

不同氮利用效率小麦品种TaNRT/TaNPF家族基因表达特点

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

作物学报 2023年第11期49卷 2966-2977页

作者：王露露仪子博王浩哲能芙蓉马新明张志勇王小纯省部共建小麦玉米作物学国家重点实验室/河南农业大学河南郑州450002 河南农业大学生命科学学院河南郑州450002

氮素是小麦生长发育的必需元素之一,NO_(3)^(-)-N是小麦从土壤中获取氮的主要形式。NRT/NPF家族基因编码膜转运蛋白,主要参与植物NO_(3)^(-)-N吸收、运输及分配。为了解小麦NRT/NPF家族基因与氮素利用的关系,选用氮高效小麦品种周麦27(Z... 详细信息

氮素是小麦生长发育的必需元素之一,NO_(3)^(-)-N是小麦从土壤中获取氮的主要形式。NRT/NPF家族基因编码膜转运蛋白,主要参与植物NO_(3)^(-)-N吸收、运输及分配。为了解小麦NRT/NPF家族基因与氮素利用的关系,选用氮高效小麦品种周麦27(ZM27)和氮低效品种矮抗58(AK58),利用二代测序技术,研究了不同氮水平(N120、N225、N330)开花期TaNRT/TaNPF家族基因在旗叶中的表达特点。结果表明,二代测序鉴定到386个TaNRT/TaNPF家族基因;与AK58相比,ZM27在氮减量(N120)、正常(N225)、过量(N330)条件下差异表达基因分别为27、16和23个,上调表达基因分别为16(59.26%)、12(75%)和19(82.61%)个;减氮条件下ZM27有7个特异下调表达基因,氮过量条件下TaNPF8.1表达量最高,且显著上调1.5倍。可见,TaNRT/TaNPF家族基因表达水平受施氮量及品种调控。利用小麦网络数据库分析发现TaNRT/TaNPF家族基因表达具有组织特异性及染色体偏好性,旗叶表达量最高的TaNPF8.1定位于3A染色体,根系特异表达的TaNRT2.2和TaNRT3.1主要分布于6号染色体,茎秆特异表达的TaNPF4.5主要分布在2号染色体。qRT-PCR分析显示TaNRT/TaNPF基因表达特点与二代转录组及网络数据结果一致。TaNPF8.1、TaNPF4.5和TaNRT3.1蛋白互作分析发现,NO_(3)^(-)-N转运可能还需要转录因子MYB、叶绿素A-B结合蛋白、伴侣蛋白等协同参与,为进一步研究TaNRT/TaNPF家族表达与氮素吸收利用的关系奠定了基础。

关键词：小麦 NRT/NPF 氮效率差异表达组织特异性

miR-335靶定ENPP4和FADS1基因介导高脂性小鼠肥胖

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华内分泌代谢杂志 2022年第9期38卷 806-814页

作者：邵芳潘洁戚春建南京医科大学附属常州市第二人民医院中心实验室常州251300

目的研究高脂饮食小鼠腹脂微小RNA(miRNA)的差异表达,探讨高表达miR-335在脂类代谢过程中作用。方法对高脂饮食的小鼠腹脂进行miRNA芯片分析,检测小鼠腹脂miRNA的差异表达;采用生物信息学方法预测miR-335靶基因,双荧光素酶报告系统及点... 详细信息

目的研究高脂饮食小鼠腹脂微小RNA(miRNA)的差异表达,探讨高表达miR-335在脂类代谢过程中作用。方法对高脂饮食的小鼠腹脂进行miRNA芯片分析,检测小鼠腹脂miRNA的差异表达;采用生物信息学方法预测miR-335靶基因,双荧光素酶报告系统及点突变实验验证靶基因外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶4(ectonucleotide pyrophosphatase/phosphordiester-ase4,ENPP4)和脂肪酸去饱和酶1(fatty acid desaturase1,FADS1);3T3L1细胞中转染miR-335模拟体,检测靶基因mRNA和蛋白表达量;实时荧光定量PCR检测miR-335和靶基因在高脂饮食小鼠不同组织中的表达量。结果高脂饮食后,模型组小鼠体型明显大于对照组,小鼠血清总胆固醇(P=0.016)和三酰甘油(P=0.014)水平显著上升。高脂饮食的小鼠脂肪组织中多种miRNA发生差异表达,其中miR-335表达上升尤为明显(P=0.024)。通过Targetscan预测miR-335靶基因,结合其功能,筛选出ENPP4和FADS1。报告基因试验显示miR-335通过"种子区"与ENPP4和FADS1预测靶位点结合从而抑制ENPP4和FADS1基因的表达,点突变实验证实了结合的靶位点;设计合成miR-335模拟体转染3T3L1细胞,培养48 h后,FADS1 mRNA表达水平显著下降(P=0.038),ENPP4和FADS1蛋白水平均显著下降(P=0.033,P=0.007)。与对照组相比,高脂饮食后miR-335在肝脏、白棕脂肪组织和脑中显著性高表达(P=0.017,P=0.002,P=0.003,P=0.031);而ENPP4和FADS1在脑(P=0.006,P=0.034)和棕色脂肪组织(P=0.014,P=0.037)中表达量显著下降,同时ENPP4在肝脏中的表达量也极显著下降(P<0.001)。结论miR-335是与脂类代谢和脂肪沉积相关的miRNA,ENPP4和FADS1基因是miR-335的靶基因。

关键词： miR-335 ENPP4基因 FADS1基因差异表达脂类代谢

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

StEFR1正调控马铃薯对晚疫病的抗性

作物学报 2023年第4期49卷 996-1005页

作者：张卫娜余慧芳安珍柳文凯康益晨石铭福杨昕宇张茹艳王勇秦舒浩甘肃农业大学园艺学院甘肃兰州730070

马铃薯晚疫病是毁灭性卵菌病害,对我国乃至全球的农业生产造成巨大的经济损失。本试验结合生物信息学分析、表达模式和功能验证,分析了LRR-RLK家族成员StEFR1调控晚疫病抗性的作用和潜在的调控机制。进化分析表明,StEFR1与拟南芥中功能... 详细信息

马铃薯晚疫病是毁灭性卵菌病害,对我国乃至全球的农业生产造成巨大的经济损失。本试验结合生物信息学分析、表达模式和功能验证,分析了LRR-RLK家族成员StEFR1调控晚疫病抗性的作用和潜在的调控机制。进化分析表明,StEFR1与拟南芥中功能已知的AtEFR序列相似度为53.9%。接种晚疫病菌3 d和elf18处理3 h,‘大西洋’离体叶片中StEFR1的表达分别上调至对照的1.87倍和2.31倍。瞬时过表达StEFR1的叶片受到晚疫病菌侵染时抗性增强,表现在叶片病斑面积较对照减小,而叶片细胞活性较对照增强。此外,与野生型相比,过表达StEFR1的叶片中3个PTI标记基因、SA和JA信号通路相关基因差异表达,且呈不同程度的显著上调,而ET信号通路相关基因的表达量无明显变化。综上所述,StEFR1参与晚疫病菌诱导的PTI抗性,且调控SA和JA激素信号相关基因的表达,对晚疫病起正调控作用。本文为深入研究StEFR1调控晚疫病免疫反应的分子机制奠定了基础,并为晚疫病分子育种研究提供重要参考。

关键词：马铃薯晚疫病 LRR-RLK家族激素信号标记基因差异表达

神经介素B及其受体在不同发育阶段山羊睾丸组织中的差异表达

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

南京农业大学学报 2023年第3期46卷 538-544页

作者：曾诚夏荣欣李悦刘婷婷孙宣钟黄欣郭文晴张国敏南京农业大学动物医学院江苏南京210095 南京农业大学江苏省家畜胚胎工程实验室江苏南京210095

[目的]本试验旨在探究神经介素B(NMB)及其受体NMBR[还包括胃泌素释放肽受体(GRPR)和蛙皮素受体(BRS3)]在山羊不同发育阶段睾丸组织中的差异表达,为解析哺乳动物睾丸发育及功能调节机制提供参考。[方法]选取系谱清晰和体况良好的雄性山... 详细信息

[目的]本试验旨在探究神经介素B(NMB)及其受体NMBR[还包括胃泌素释放肽受体(GRPR)和蛙皮素受体(BRS3)]在山羊不同发育阶段睾丸组织中的差异表达,为解析哺乳动物睾丸发育及功能调节机制提供参考。[方法]选取系谱清晰和体况良好的雄性山羊12只(3月龄和9月龄,各6只)进行阉割并采集睾丸组织,在克隆NMB及其受体基因与分析序列的基础上,采用免疫组化技术检测NMB及其受体在睾丸组织中的表达定位,利用RT-qPCR和Western blot检测NMB及其受体在不同发育阶段山羊睾丸组织中的表达变化。[结果]NMB及其受体基因与绵羊和牛的进化关系最近,NMB及其受体基因编码区的核苷酸序列与牛和绵羊的同源性达96%以上,结构分析发现NMBR、GRPR和BRS3均属于7次跨膜受体。NMB及其受体在3月龄和9月龄山羊睾丸组织中广泛表达,其中在间质细胞、肌样细胞和精子细胞中呈高表达。与3月龄山羊相比,9月龄山羊睾丸组织中NMB与GRPR的mRNA和蛋白表达量显著降低(P表达量显著增加(P<0.05)。[结论]NMB及其受体可能参与山羊睾丸发育的调节。

关键词：神经介素B(NMB) NMB受体基因克隆差异表达睾丸山羊